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4l0n

Crystal structure of STK3 (MST2) SARAH domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 111.9 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase 3

Homo sapiens

UniProt Q13188

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 436–484 链 B； UniProt 436–484 片段：SARAH domain (UNP residues 436-484) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；277.15 K；30% MPD, 0.1M acetate pH 4.9, 0.2M calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K 分辨率 1.40 Å R-free 0.207
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 436–484 链 D； UniProt 436–484 片段：SARAH domain (UNP residues 436-484) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；277.15 K；30% MPD, 0.1M acetate pH 4.9, 0.2M calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K 分辨率 1.40 Å R-free 0.207
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 436–484 链 F； UniProt 436–484 片段：SARAH domain (UNP residues 436-484) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；277.15 K；30% MPD, 0.1M acetate pH 4.9, 0.2M calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K 分辨率 1.40 Å R-free 0.207
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 G； UniProt 436–484 链 H； UniProt 436–484 片段：SARAH domain (UNP residues 436-484) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；277.15 K；30% MPD, 0.1M acetate pH 4.9, 0.2M calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K 分辨率 1.40 Å R-free 0.207
5 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 I； UniProt 436–484 片段：SARAH domain (UNP residues 436-484) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；277.15 K；30% MPD, 0.1M acetate pH 4.9, 0.2M calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K 分辨率 1.40 Å R-free 0.207
6 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 J； UniProt 436–484 片段：SARAH domain (UNP residues 436-484) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；277.15 K；30% MPD, 0.1M acetate pH 4.9, 0.2M calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K 分辨率 1.40 Å R-free 0.207

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4L0N Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3WWS Crystal structure of Serine/threonine-protein kinase 3 提交 2014-06-27 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 436–484（49 aa） 片段：UNP residues 436-484
链 B 436–484（49 aa） 片段：UNP residues 436-484
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.1M Tris-HCl pH 7.4. 10%(m/v) PEG3350, 0.1M (NH4)3PO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.01 Å R-free 0.311
3WWS Crystal structure of Serine/threonine-protein kinase 3 提交 2014-06-27 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 436–484（49 aa） 片段：UNP residues 436-484
链 D 436–484（49 aa） 片段：UNP residues 436-484
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.1M Tris-HCl pH 7.4. 10%(m/v) PEG3350, 0.1M (NH4)3PO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.01 Å R-free 0.311
4HKD Crystal structure of human MST2 SARAH domain 提交 2012-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 436–484（49 aa） 片段：SARAH DOMAIN, UNP residues 436-484
链 B 436–484（49 aa） 片段：SARAH DOMAIN, UNP residues 436-484
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；289 K；0.4M calcium chloride dihydrate, 0.1M sodium acetate trihydrate, 5%(v/v) 2-propanol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 1.50 Å R-free 0.231
4HKD Crystal structure of human MST2 SARAH domain 提交 2012-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 436–484（49 aa） 片段：SARAH DOMAIN, UNP residues 436-484
链 D 436–484（49 aa） 片段：SARAH DOMAIN, UNP residues 436-484
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；289 K；0.4M calcium chloride dihydrate, 0.1M sodium acetate trihydrate, 5%(v/v) 2-propanol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 1.50 Å R-free 0.231
4LG4 Structural Basis for Autoactivation of Human Mst2 Kinase and Its Regulation by RASSF5 提交 2013-06-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 16–313（298 aa） 片段：kinase domain, UNP residues 16-313
突变：D146N GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.7；277 K；0.2 M sodium citrate, 15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES, pH 7.7, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
分辨率 2.42 Å R-free 0.231
4LG4 Structural Basis for Autoactivation of Human Mst2 Kinase and Its Regulation by RASSF5 提交 2013-06-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 16–313（298 aa） 片段：kinase domain, UNP residues 16-313
突变：D146N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.7；277 K；0.2 M sodium citrate, 15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES, pH 7.7, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
分辨率 2.42 Å R-free 0.231
4LG4 Structural Basis for Autoactivation of Human Mst2 Kinase and Its Regulation by RASSF5 提交 2013-06-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 16–313（298 aa） 片段：kinase domain, UNP residues 16-313
突变：D146N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.7；277 K；0.2 M sodium citrate, 15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES, pH 7.7, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
分辨率 2.42 Å R-free 0.231
4LG4 Structural Basis for Autoactivation of Human Mst2 Kinase and Its Regulation by RASSF5 提交 2013-06-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 16–313（298 aa） 片段：kinase domain, UNP residues 16-313
突变：D146N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.7；277 K；0.2 M sodium citrate, 15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES, pH 7.7, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
分辨率 2.42 Å R-free 0.231
4LG4 Structural Basis for Autoactivation of Human Mst2 Kinase and Its Regulation by RASSF5 提交 2013-06-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 16–313（298 aa） 片段：kinase domain, UNP residues 16-313
突变：D146N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.7；277 K；0.2 M sodium citrate, 15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES, pH 7.7, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
分辨率 2.42 Å R-free 0.231
4LG4 Structural Basis for Autoactivation of Human Mst2 Kinase and Its Regulation by RASSF5 提交 2013-06-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 16–313（298 aa） 片段：kinase domain, UNP residues 16-313
突变：D146N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.7；277 K；0.2 M sodium citrate, 15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES, pH 7.7, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
分辨率 2.42 Å R-free 0.231
4LGD Structural Basis for Autoactivation of Human Mst2 Kinase and Its Regulation by RASSF5 提交 2013-06-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 9–313（305 aa） 片段：kinase domain, SARAH domain, UNP residues 1-313, 428-491
链 A 428–491（64 aa） 片段：kinase domain, SARAH domain, UNP residues 1-313, 428-491
突变：D146N 突变：D146N ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Bis-Tris propane, 200 mM Na2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.05 Å R-free 0.244
4LGD Structural Basis for Autoactivation of Human Mst2 Kinase and Its Regulation by RASSF5 提交 2013-06-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 9–313（305 aa） 片段：kinase domain, SARAH domain, UNP residues 1-313, 428-491
链 C 428–491（64 aa） 片段：kinase domain, SARAH domain, UNP residues 1-313, 428-491
突变：D146N 突变：D146N ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Bis-Tris propane, 200 mM Na2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.05 Å R-free 0.244
4LGD Structural Basis for Autoactivation of Human Mst2 Kinase and Its Regulation by RASSF5 提交 2013-06-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 9–313（305 aa） 片段：kinase domain, SARAH domain, UNP residues 1-313, 428-491
链 D 428–491（64 aa） 片段：kinase domain, SARAH domain, UNP residues 1-313, 428-491
突变：D146N 突变：D146N ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Bis-Tris propane, 200 mM Na2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.05 Å R-free 0.244
4LGD Structural Basis for Autoactivation of Human Mst2 Kinase and Its Regulation by RASSF5 提交 2013-06-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 9–313（305 aa） 片段：kinase domain, SARAH domain, UNP residues 1-313, 428-491
链 B 428–491（64 aa） 片段：kinase domain, SARAH domain, UNP residues 1-313, 428-491
突变：D146N 突变：D146N ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Bis-Tris propane, 200 mM Na2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.05 Å R-free 0.244
4LGD Structural Basis for Autoactivation of Human Mst2 Kinase and Its Regulation by RASSF5 提交 2013-06-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 9–313（305 aa） 片段：kinase domain, SARAH domain, UNP residues 1-313, 428-491
链 A 428–491（64 aa） 片段：kinase domain, SARAH domain, UNP residues 1-313, 428-491
链 B 9–313（305 aa） 片段：kinase domain, SARAH domain, UNP residues 1-313, 428-491
链 B 428–491（64 aa） 片段：kinase domain, SARAH domain, UNP residues 1-313, 428-491
突变：D146N 突变：D146N 突变：D146N 突变：D146N ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Bis-Tris propane, 200 mM Na2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.05 Å R-free 0.244
4LGD Structural Basis for Autoactivation of Human Mst2 Kinase and Its Regulation by RASSF5 提交 2013-06-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 9–313（305 aa） 片段：kinase domain, SARAH domain, UNP residues 1-313, 428-491
链 C 428–491（64 aa） 片段：kinase domain, SARAH domain, UNP residues 1-313, 428-491
链 D 9–313（305 aa） 片段：kinase domain, SARAH domain, UNP residues 1-313, 428-491
链 D 428–491（64 aa） 片段：kinase domain, SARAH domain, UNP residues 1-313, 428-491
突变：D146N 突变：D146N 突变：D146N 突变：D146N ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 NA SODIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Bis-Tris propane, 200 mM Na2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.05 Å R-free 0.244
4OH9 Crystal Structure of the human MST2 SARAH homodimer 提交 2014-01-17 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 436–484（49 aa） 片段：SARAH domain
链 B 436–484（49 aa） 片段：SARAH domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.0 M NaCl, 8% polyethylene glycol (PEG) 6000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.272
5BRM Structural basis for Mob1-dependent activation of the core Mst-Lats kinase cascade in Hippo signaling 提交 2015-05-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 G 371–401（31 aa） 片段：UNP residues 371-401
链 H 371–401（31 aa） 片段：UNP residues 371-401
链 I 371–401（31 aa） 片段：UNP residues 371-401
链 J 371–401（31 aa） 片段：UNP residues 371-401
链 K 371–401（31 aa） 片段：UNP residues 371-401
链 L 371–401（31 aa） 片段：UNP residues 371-401
链 M 371–401（31 aa） 片段：UNP residues 371-401
链 N 371–401（31 aa） 片段：UNP residues 371-401
链 O 371–401（31 aa） 片段：UNP residues 371-401
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.4 M Na Malonate
分辨率 2.65 Å R-free 0.268
5DH3 Crystal structure of MST2 in complex with XMU-MP-1 提交 2015-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 15–313（299 aa）
链 B 15–313（299 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 5BS 4-[(5,10-dimethyl-6-oxo-6,10-dihydro-5H-pyrimido[5,4-b]thieno[3,2-e][1,4]diazepin-2-yl)amino]benzenesulfonamide × 2 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 28% PEG3350, 0.2M (NH4)2SO4
分辨率 2.47 Å R-free 0.247
6AO5 Crystal structure of human MST2 in complex with SAV1 SARAH domain 提交 2017-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 16–313（298 aa） 片段：kinase domain (UNP residues 16-313, 428-491)
链 A 428–491（64 aa） 片段：kinase domain (UNP residues 16-313, 428-491)
突变：D146N 突变：D146N ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.05 M NaCl, 0.1 M Hepes, 0.19 mM CYMAL-7, 1 mM TCEP, 40% PEG 400
分辨率 2.96 Å R-free 0.256
8A66 Crystal structure of MST2 in complex with XMU-MP-1 提交 2022-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 16–312（297 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 5BS 4-[(5,10-dimethyl-6-oxo-6,10-dihydro-5H-pyrimido[5,4-b]thieno[3,2-e][1,4]diazepin-2-yl)amino]benzenesulfonamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Ammonium citrate pH 7.0 and 18% PEG3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.258
8A66 Crystal structure of MST2 in complex with XMU-MP-1 提交 2022-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 16–312（297 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 5BS 4-[(5,10-dimethyl-6-oxo-6,10-dihydro-5H-pyrimido[5,4-b]thieno[3,2-e][1,4]diazepin-2-yl)amino]benzenesulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Ammonium citrate pH 7.0 and 18% PEG3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.258

共 9 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STK3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–51； UniProt 436–484 作者链 B； PDB构建体 3–51； UniProt 436–484 作者链 C； PDB构建体 3–51； UniProt 436–484 作者链 D； PDB构建体 3–51； UniProt 436–484 作者链 E； PDB构建体 3–51； UniProt 436–484 作者链 F； PDB构建体 3–51； UniProt 436–484 作者链 G； PDB构建体 3–51； UniProt 436–484 作者链 H； PDB构建体 3–51； UniProt 436–484 作者链 I； PDB构建体 3–51； UniProt 436–484 作者链 J； PDB构建体 3–51； UniProt 436–484

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4l0n

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4l0n
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4l0n
沉积日期 deposition_date2013-05-31
结构标题 titleCrystal structure of STK3 (MST2) SARAH domain
关键词 keywords;Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, SARAH domain, STK3, MST2, heptad repeat, structural genomics consortium (SGC), TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.45 Å
零角强度 I(0) i063050200.00
分子量 molecular_weight60745.0 kDa
排除体积 excluded_volume75787 ų
包络体积 envelope_volume109810 ų
水化壳体积 shell_volume31855 ų
包络直径 envelope_diameter120.0 Å
壳层 Rg shell_rg35.21 Å
包络 Rg envelope_rg30.43 Å
形状 Rg shape_rg30.46 Å
总 Rg total_rg30.92 Å
总原子数 total_atoms4225
残基数 n_residues506
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax111.9 Å
Rg (实空间) rg_real30.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.05 Å
I(0) (实空间) i0_real6.3050e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1020e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal63050000.0000
解质量估计 total_estimate0.6330
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.6 Å
偏度 Skewness skewness0.426
峰度 Kurtosis kurtosis-0.001
角度范围 angular_range— – 0.2600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8994000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.698; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.077; Positv: 1.000; Valcen: 0.908; Smooth: 0.991
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id4l0nA00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology170 — p53, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — p53-like tetramerisation domain
结构域编号 domain_id4l0nB00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology170 — p53, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — p53-like tetramerisation domain
结构域编号 domain_id4l0nC00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology170 — p53, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — p53-like tetramerisation domain
结构域编号 domain_id4l0nD00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology170 — p53, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — p53-like tetramerisation domain
结构域编号 domain_id4l0nE00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology170 — p53, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — p53-like tetramerisation domain
结构域编号 domain_id4l0nF00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology170 — p53, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — p53-like tetramerisation domain
结构域编号 domain_id4l0nG00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology170 — p53, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — p53-like tetramerisation domain
结构域编号 domain_id4l0nH00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology170 — p53, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — p53-like tetramerisation domain
结构域编号 domain_id4l0nI00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology170 — p53, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — p53-like tetramerisation domain
结构域编号 domain_id4l0nJ00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology170 — p53, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — p53-like tetramerisation domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)