4l7k

Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D38E from Pseudomonas Testosteroni (tKSI)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 185.3 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Steroid Delta-isomerase

Comamonas testosteroni

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–125 链 B； UniProt 1–125	突变：D38E	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；298 K；5mg/ml protein, 1.6 M ammonium sulfate, 40mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2mM DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.354
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–125 链 J； UniProt 1–125	突变：D38E	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；298 K；5mg/ml protein, 1.6 M ammonium sulfate, 40mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2mM DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.354
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–125 链 I； UniProt 1–125	突变：D38E	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；298 K；5mg/ml protein, 1.6 M ammonium sulfate, 40mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2mM DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.354
4	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–125 链 G； UniProt 1–125	突变：D38E	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；298 K；5mg/ml protein, 1.6 M ammonium sulfate, 40mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2mM DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.354
5	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–125 链 K； UniProt 1–125	突变：D38E	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；298 K；5mg/ml protein, 1.6 M ammonium sulfate, 40mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2mM DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.354
6	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–125 链 O； UniProt 1–125	突变：D38E	SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；298 K；5mg/ml protein, 1.6 M ammonium sulfate, 40mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2mM DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.354

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4L7K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BUQ SOLUTION STRUCTURE OF DELTA-5-3-KETOSTEROID ISOMERASE COMPLEXED WITH THE STEROID 19-NORTESTOSTERONE-HEMISUCCINATE 提交 1998-09-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）	突变：Y55F,Y88F 突变：Y55F,Y88F	NTH SUCCINIC ACID MONO-(13-METHYL-3-OXO-2,3,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17-TETRADECAHYDRO-1H-CYCLOPENTA[A]PHENANTHREN-17-YL) ESTER × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；310 K；离子强度（mmCIF原始值）30 mM；压力 1	分辨率未提供
1ISK 3-OXO-DELTA5-STEROID ISOMERASE, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1997-03-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；300 K	分辨率未提供
1OCV the F116W mutant structure of ketosteroid isomerase from Comamonas testosteroni 提交 2003-02-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.00 Å R-free 0.282
1OCV the F116W mutant structure of ketosteroid isomerase from Comamonas testosteroni 提交 2003-02-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–125（125 aa）链 D 1–125（125 aa）	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.00 Å R-free 0.282
1OGZ Crystal Structure Of 5-3-Ketosteroid Isomerase Mutants P39A Complexed With Equilenin From Pseudomonas Testosteroni 提交 2003-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）	突变：YES	EQU EQUILENIN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.00	分辨率 2.30 Å R-free 0.309
1OHP CRYSTAL STRUCTURE OF 5-3-KETOSTEROID ISOMERASE MUTANT D38N FROM PSEUDOMONAS TESTOSTERONI COMPLEXED WITH 5ALPHA-ESTRAN-3,17-DIONE 提交 2003-05-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）	突变：YES 突变：YES	ESR 5-ALPHA-ESTRAN-3,17-DIONE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；PEG 4K 24%, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM ACETATE PH 4.6	分辨率 1.53 Å R-free 0.229
1OHP CRYSTAL STRUCTURE OF 5-3-KETOSTEROID ISOMERASE MUTANT D38N FROM PSEUDOMONAS TESTOSTERONI COMPLEXED WITH 5ALPHA-ESTRAN-3,17-DIONE 提交 2003-05-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–125（125 aa）链 D 1–125（125 aa）	突变：YES 突变：YES	ESR 5-ALPHA-ESTRAN-3,17-DIONE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；PEG 4K 24%, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM ACETATE PH 4.6	分辨率 1.53 Å R-free 0.229
1OHS CRYSTAL STRUCTURE OF 5-3-KETOSTEROID ISOMERASE MUTANT Y14F/D38N FROM PSEUDOMONAS TESTOSTERONI COMPLEXED WITH ANDROSTANEDIONE 提交 2003-05-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）	突变：YES 突变：YES	5SD 5ALPHA-ANDROSTAN-3,17-DIONE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；PEG 4K 20% 0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM ACETATE PH 4.6	分辨率 1.70 Å R-free 0.249
1OHS CRYSTAL STRUCTURE OF 5-3-KETOSTEROID ISOMERASE MUTANT Y14F/D38N FROM PSEUDOMONAS TESTOSTERONI COMPLEXED WITH ANDROSTANEDIONE 提交 2003-05-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–125（125 aa）链 D 1–125（125 aa）	突变：YES 突变：YES	5SD 5ALPHA-ANDROSTAN-3,17-DIONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；PEG 4K 20% 0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM ACETATE PH 4.6	分辨率 1.70 Å R-free 0.249
1QJG Crystal structure of delta5-3-ketosteroid isomerase from Pseudomonas testosteroni in complex with equilenin 提交 1999-06-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–125（125 aa）链 D 1–125（125 aa）	突变：YES 突变：YES	EQU EQUILENIN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；PEG 4000 25%, 0.1M SODIUM ACETATE, PH 4.6, 0.2M AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.30 Å R-free 0.271
1QJG Crystal structure of delta5-3-ketosteroid isomerase from Pseudomonas testosteroni in complex with equilenin 提交 1999-06-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）	突变：YES 突变：YES	EQU EQUILENIN × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；PEG 4000 25%, 0.1M SODIUM ACETATE, PH 4.6, 0.2M AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.30 Å R-free 0.271
1QJG Crystal structure of delta5-3-ketosteroid isomerase from Pseudomonas testosteroni in complex with equilenin 提交 1999-06-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–125（125 aa）链 F 1–125（125 aa）	突变：YES 突变：YES	EQU EQUILENIN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；PEG 4000 25%, 0.1M SODIUM ACETATE, PH 4.6, 0.2M AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.30 Å R-free 0.271
3M8C Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D99N from Pseudomonas Testosteroni (tKSI) with Equilenin Bound 提交 2010-03-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）	突变：D99N 突变：D99N	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 7 EQU EQUILENIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 sitting drop；pH 7.2；298 K；1.4 M ammonium sulfate, 40 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, pH 7.2, sitting drop, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.222
3M8C Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D99N from Pseudomonas Testosteroni (tKSI) with Equilenin Bound 提交 2010-03-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–125（125 aa）链 D 1–125（125 aa）	突变：D99N 突变：D99N	SO4 SULFATE ION × 6 EQU EQUILENIN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 sitting drop；pH 7.2；298 K；1.4 M ammonium sulfate, 40 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, pH 7.2, sitting drop, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.222
3MHE Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase P39A from Pseudomonas Testosteroni (tKSI) 提交 2010-04-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）	突变：P39A 突变：P39A	SO4 SULFATE ION × 7 POL N-PROPANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 5% propanol, 20 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, pH 7.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.72 Å R-free 0.233
3MKI Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D38ED99N from Pseudomonas Testosteroni (tKSI) 提交 2010-04-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）	突变：D38E, D99N 突变：D38E, D99N	SO4 SULFATE ION × 11 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；298 K；1.2 M ammonium sulfate, 20 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, pH 7.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.00 Å R-free 0.213
3MKI Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D38ED99N from Pseudomonas Testosteroni (tKSI) 提交 2010-04-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–125（125 aa）链 D 1–125（125 aa）	突变：D38E, D99N 突变：D38E, D99N	SO4 SULFATE ION × 10 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；298 K；1.2 M ammonium sulfate, 20 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, pH 7.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.00 Å R-free 0.213
3MKI Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D38ED99N from Pseudomonas Testosteroni (tKSI) 提交 2010-04-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）链 C 1–125（125 aa）链 D 1–125（125 aa）	突变：D38E, D99N 突变：D38E, D99N 突变：D38E, D99N 突变：D38E, D99N	SO4 SULFATE ION × 42 GOL GLYCEROL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；298 K；1.2 M ammonium sulfate, 20 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, pH 7.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.00 Å R-free 0.213
3MYT Crystal structure of Ketosteroid Isomerase D38HD99N from Pseudomonas testosteroni (tKSI) 提交 2010-05-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）链 C 1–125（125 aa）	突变：D38HD99N 突变：D38HD99N	SO4 SULFATE ION × 6 EQU EQUILENIN × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 sitting drop；pH 7.2；298 K；1.2 M ammonium sulfate, 40 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2mM DTT, 1.8mM equilenin, pH 7.2, sitting drop, temperature 298K	分辨率 1.96 Å R-free 0.282
3MYT Crystal structure of Ketosteroid Isomerase D38HD99N from Pseudomonas testosteroni (tKSI) 提交 2010-05-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–125（125 aa）链 D 1–125（125 aa）	突变：D38HD99N 突变：D38HD99N	SO4 SULFATE ION × 9 EQU EQUILENIN × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 sitting drop；pH 7.2；298 K；1.2 M ammonium sulfate, 40 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2mM DTT, 1.8mM equilenin, pH 7.2, sitting drop, temperature 298K	分辨率 1.96 Å R-free 0.282
3MYT Crystal structure of Ketosteroid Isomerase D38HD99N from Pseudomonas testosteroni (tKSI) 提交 2010-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）链 C 1–125（125 aa）链 D 1–125（125 aa）	突变：D38HD99N 突变：D38HD99N 突变：D38HD99N 突变：D38HD99N	SO4 SULFATE ION × 30 EQU EQUILENIN × 6 GOL GLYCEROL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 sitting drop；pH 7.2；298 K；1.2 M ammonium sulfate, 40 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2mM DTT, 1.8mM equilenin, pH 7.2, sitting drop, temperature 298K	分辨率 1.96 Å R-free 0.282
3MYT Crystal structure of Ketosteroid Isomerase D38HD99N from Pseudomonas testosteroni (tKSI) 提交 2010-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）链 C 1–125（125 aa）链 D 1–125（125 aa）	突变：D38HD99N 突变：D38HD99N 突变：D38HD99N 突变：D38HD99N	SO4 SULFATE ION × 15 EQU EQUILENIN × 3 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 sitting drop；pH 7.2；298 K；1.2 M ammonium sulfate, 40 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2mM DTT, 1.8mM equilenin, pH 7.2, sitting drop, temperature 298K	分辨率 1.96 Å R-free 0.282
3NBR Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D38NP39GD99N from Pseudomonas Testosteroni (tKSI) with 4-Androstene-3,17-dione Bound 提交 2010-06-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）	突变：D38NP39GD99N	SO4 SULFATE ION × 6 ASD 4-ANDROSTENE-3-17-DIONE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；298 K；2 M ammonium sulfate, 20 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2mM DTT, pH 7.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K	分辨率 1.73 Å R-free 0.265
3NHX Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D99N from Pseudomonas Testosteroni (tKSI) with 4-Androstene-3,17-dione Bound 提交 2010-06-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）	突变：D99N	ASD 4-ANDROSTENE-3-17-DIONE × 2 SO4 SULFATE ION × 20	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；298 K；2 M ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl, 1 mM EDTA, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.59 Å R-free 0.219
3NM2 Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D38EP39GV40GS42G from Pseudomonas Testosteroni (tKSI) 提交 2010-06-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 20 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.89 Å R-free 0.254
3NUV Crystal structure of ketosteroid isomerase D38ND99N from Pseudomonas testosteroni (tKSI) with 4-Androstene-3,17-dione Bound 提交 2010-07-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）	突变：D38N, D99N 突变：D38N, D99N	ASD 4-ANDROSTENE-3-17-DIONE × 2 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；298 K；1.8 M ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl, 1 mM EDTA, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.76 Å R-free 0.198
3NUV Crystal structure of ketosteroid isomerase D38ND99N from Pseudomonas testosteroni (tKSI) with 4-Androstene-3,17-dione Bound 提交 2010-07-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）	突变：D38N, D99N 突变：D38N, D99N	ASD 4-ANDROSTENE-3-17-DIONE × 4 SO4 SULFATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；298 K；1.8 M ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl, 1 mM EDTA, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.76 Å R-free 0.198
3NXJ Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D99N from Pseudomonas Testosteroni (tKSI) 提交 2010-07-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）	突变：D99N 突变：D99N	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl, 1 mM EDTA, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.97 Å R-free 0.314
3NXJ Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D99N from Pseudomonas Testosteroni (tKSI) 提交 2010-07-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）	突变：D99N 突变：D99N	SO4 SULFATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl, 1 mM EDTA, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.97 Å R-free 0.314
3OV4 Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase P39GV40GS42G from Pseudomonas Testosteroni (tKSI) bound to Equilenin 提交 2010-09-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）	突变：P39G V40G S42G 突变：P39G V40G S42G	SO4 SULFATE ION × 7 EQU EQUILENIN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；298 K；10mg/ml protein, 1.8 M ammonium sulfate, 40mM potassium phosphate , 1 mM EDTA, 2mM DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.83 Å R-free 0.228
3OV4 Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase P39GV40GS42G from Pseudomonas Testosteroni (tKSI) bound to Equilenin 提交 2010-09-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–125（125 aa）链 D 1–125（125 aa）	突变：P39G V40G S42G 突变：P39G V40G S42G	SO4 SULFATE ION × 6 EQU EQUILENIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；298 K；10mg/ml protein, 1.8 M ammonium sulfate, 40mM potassium phosphate , 1 mM EDTA, 2mM DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.83 Å R-free 0.228
3T8U Crystal structure of ketosteroid isomerase Y14AY55FD99A from Pseudomonas testosteroni 提交 2011-08-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）	突变：Y14A, Y55F, D99A 突变：Y14A, Y55F, D99A	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 40 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.300
3T8U Crystal structure of ketosteroid isomerase Y14AY55FD99A from Pseudomonas testosteroni 提交 2011-08-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–125（125 aa）链 D 1–125（125 aa）	突变：Y14A, Y55F, D99A 突变：Y14A, Y55F, D99A	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；298 K；2.0 M ammonium sulfate, 40 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.300
3UNL Crystal structure of ketosteroid isomerase F54G from Pseudomonas testosteroni 提交 2011-11-15	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）链 B 1–125（125 aa）	突变：F54G 突变：F54G	SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；298 K；1.4 M ammonium sulfate, 20 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2mM DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.52 Å R-free 0.268
3UNL Crystal structure of ketosteroid isomerase F54G from Pseudomonas testosteroni 提交 2011-11-15	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–125（125 aa）链 D 1–125（125 aa）	突变：F54G 突变：F54G	SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；298 K；1.4 M ammonium sulfate, 20 mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2mM DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.52 Å R-free 0.268
5DRE Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D38GP39GD99N mutant from Pseudomonas Testosteroni (tKSI) 提交 2015-09-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）	突变：D38G, P39G, D99N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；Potassium Phosphate 40 mM, Ammonium Sulfate 0.6 M	分辨率 2.15 Å R-free 0.268
5UGI Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D38GF54A mutant from Pseudomonas Testosteroni (tKSI) bound to Equilenin 提交 2017-01-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）	突变：D38G, F54A	EQU EQUILENIN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；40 mM Potassium Phosphate, 1.0 M Ammonium Sulfate, 0.25 M Trimethyl acetate	分辨率 1.80 Å R-free 0.227
8CHO CRYSTAL STRUCTURE OF DELTA5-3-KETOSTEROID ISOMERASE FROM PSEUDOMONAS TESTOSTERONI 提交 1998-01-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–125（125 aa）	未记录	P4C O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.271

共 22 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SDIS_COMTE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125 作者链 B； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125 作者链 C； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125 作者链 D； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125 作者链 E； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125 作者链 F； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125 作者链 G； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125 作者链 H； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125 作者链 I； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125 作者链 J； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125 作者链 K； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125 作者链 O； PDB构建体 1–125； UniProt 1–125

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4l7k
沉积日期 deposition_date	2013-06-14
结构标题 title	Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D38E from Pseudomonas Testosteroni (tKSI)
关键词 keywords	Isomerase; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.62 Å
零角强度 I(0) i0	440105000.00
分子量 molecular_weight	165150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	203350 Å³
包络体积 envelope_volume	320300 Å³
水化壳体积 shell_volume	55581 Å³
包络直径 envelope_diameter	194.4 Å
壳层 Rg shell_rg	48.29 Å
包络 Rg envelope_rg	53.54 Å
形状 Rg shape_rg	54.60 Å
总 Rg total_rg	54.43 Å
总原子数 total_atoms	11561
残基数 n_residues	1486
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	185.3 Å
Rg (实空间) rg_real	54.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.6910e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	439600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7807
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	63.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.556
峰度 Kurtosis kurtosis	0.009
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11160000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.689; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.925; Smooth: 0.155

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Steroid Delta-isomerase
分子量 formula_weight	13426.1 kDa
EC 编号 ec_number	5.3.3.1
突变 mutation	D38E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,O
原子数 atom_count	12883

MNTPEHMTAVVQRYVAALNAGDLDGIVALFADDATVEEPVGSEPRSGTAAIREFYANSLKLPLAVELTQEVRAVANEAAFAFTVSFEYQGRKTVVAPIDHFRFNGAGKVVSMRALFGEKNIHAGA

来源 Source

来源生物 organism	Comamonas testosteroni
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	285
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	51

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	901

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d4l7ka_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.4 — NTF2-like
家族 Family family	d.17.4.3 — Ketosteroid isomerase-like

结构域编号 domain_id	d4l7kb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.4 — NTF2-like
家族 Family family	d.17.4.3 — Ketosteroid isomerase-like

结构域编号 domain_id	d4l7kc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.4 — NTF2-like
家族 Family family	d.17.4.3 — Ketosteroid isomerase-like

结构域编号 domain_id	d4l7kd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.4 — NTF2-like
家族 Family family	d.17.4.3 — Ketosteroid isomerase-like

结构域编号 domain_id	d4l7ke_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.4 — NTF2-like
家族 Family family	d.17.4.3 — Ketosteroid isomerase-like

结构域编号 domain_id	d4l7kf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.4 — NTF2-like
家族 Family family	d.17.4.3 — Ketosteroid isomerase-like

结构域编号 domain_id	d4l7kg_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.4 — NTF2-like
家族 Family family	d.17.4.3 — Ketosteroid isomerase-like

结构域编号 domain_id	d4l7kh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.4 — NTF2-like
家族 Family family	d.17.4.3 — Ketosteroid isomerase-like

结构域编号 domain_id	d4l7ki_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.4 — NTF2-like
家族 Family family	d.17.4.3 — Ketosteroid isomerase-like

结构域编号 domain_id	d4l7kj_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.4 — NTF2-like
家族 Family family	d.17.4.3 — Ketosteroid isomerase-like

结构域编号 domain_id	d4l7kk_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.4 — NTF2-like
家族 Family family	d.17.4.3 — Ketosteroid isomerase-like

结构域编号 domain_id	d4l7ko_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.4 — NTF2-like
家族 Family family	d.17.4.3 — Ketosteroid isomerase-like

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	4l7kA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4l7kB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4l7kC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4l7kD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4l7kE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4l7kF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4l7kG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4l7kH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4l7kI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4l7kJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4l7kK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4l7kO00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	111.128 Å
晶胞边长 b length_b	111.128 Å
晶胞边长 c length_c	499.813 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	144

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	29.260 Å
R 因子 r_factor	0.3055
R_work r_work	0.3029
R_free r_free	0.3540

fit	/app/data/saxs_computation/l7/4l7k/4l7k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l7/4l7k/4l7k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l7/4l7k/4l7k.dat