SAXSdb — 4lgd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase 3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 9–313 链 A； UniProt 428–491	片段：kinase domain, SARAH domain, UNP residues 1-313, 428-491 突变：D146N	Ras association domain family member 5, RASSF5 × 1 （Q8WWW0） ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Bis-Tris propane, 200 mM Na2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.244
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 9–313 链 C； UniProt 428–491	片段：kinase domain, SARAH domain, UNP residues 1-313, 428-491 突变：D146N	Ras association domain family member 5, RASSF5 × 1 （Q8WWW0） ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Bis-Tris propane, 200 mM Na2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.244
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 9–313 链 D； UniProt 428–491	片段：kinase domain, SARAH domain, UNP residues 1-313, 428-491 突变：D146N	Ras association domain family member 5, RASSF5 × 1 （Q8WWW0） ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Bis-Tris propane, 200 mM Na2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.244
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 9–313 链 B； UniProt 428–491	片段：kinase domain, SARAH domain, UNP residues 1-313, 428-491 突变：D146N	Ras association domain family member 5, RASSF5 × 1 （Q8WWW0） ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Bis-Tris propane, 200 mM Na2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.244
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 9–313 链 A； UniProt 428–491 链 B； UniProt 9–313 链 B； UniProt 428–491	片段：kinase domain, SARAH domain, UNP residues 1-313, 428-491 突变：D146N	Ras association domain family member 5, RASSF5 × 2 （Q8WWW0） ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Bis-Tris propane, 200 mM Na2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.244
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 9–313 链 C； UniProt 428–491 链 D； UniProt 9–313 链 D； UniProt 428–491	片段：kinase domain, SARAH domain, UNP residues 1-313, 428-491 突变：D146N	Ras association domain family member 5, RASSF5 × 2 （Q8WWW0） ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Bis-Tris propane, 200 mM Na2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4LGD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3WWS Crystal structure of Serine/threonine-protein kinase 3 提交 2014-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 436–484（49 aa）片段：UNP residues 436-484 链 B 436–484（49 aa）片段：UNP residues 436-484	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.1M Tris-HCl pH 7.4. 10%(m/v) PEG3350, 0.1M (NH4)3PO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.01 Å R-free 0.311
3WWS Crystal structure of Serine/threonine-protein kinase 3 提交 2014-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 436–484（49 aa）片段：UNP residues 436-484 链 D 436–484（49 aa）片段：UNP residues 436-484	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.1M Tris-HCl pH 7.4. 10%(m/v) PEG3350, 0.1M (NH4)3PO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.01 Å R-free 0.311
4HKD Crystal structure of human MST2 SARAH domain 提交 2012-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 436–484（49 aa）片段：SARAH DOMAIN, UNP residues 436-484 链 B 436–484（49 aa）片段：SARAH DOMAIN, UNP residues 436-484	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；289 K；0.4M calcium chloride dihydrate, 0.1M sodium acetate trihydrate, 5%(v/v) 2-propanol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.50 Å R-free 0.231
4HKD Crystal structure of human MST2 SARAH domain 提交 2012-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 436–484（49 aa）片段：SARAH DOMAIN, UNP residues 436-484 链 D 436–484（49 aa）片段：SARAH DOMAIN, UNP residues 436-484	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；289 K；0.4M calcium chloride dihydrate, 0.1M sodium acetate trihydrate, 5%(v/v) 2-propanol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.50 Å R-free 0.231
4L0N Crystal structure of STK3 (MST2) SARAH domain 提交 2013-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 436–484（49 aa）片段：SARAH domain (UNP residues 436-484) 链 B 436–484（49 aa）片段：SARAH domain (UNP residues 436-484)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；277.15 K；30% MPD, 0.1M acetate pH 4.9, 0.2M calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.40 Å R-free 0.207
4L0N Crystal structure of STK3 (MST2) SARAH domain 提交 2013-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 436–484（49 aa）片段：SARAH domain (UNP residues 436-484) 链 D 436–484（49 aa）片段：SARAH domain (UNP residues 436-484)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；277.15 K；30% MPD, 0.1M acetate pH 4.9, 0.2M calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.40 Å R-free 0.207
4L0N Crystal structure of STK3 (MST2) SARAH domain 提交 2013-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 436–484（49 aa）片段：SARAH domain (UNP residues 436-484) 链 F 436–484（49 aa）片段：SARAH domain (UNP residues 436-484)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；277.15 K；30% MPD, 0.1M acetate pH 4.9, 0.2M calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.40 Å R-free 0.207
4L0N Crystal structure of STK3 (MST2) SARAH domain 提交 2013-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 436–484（49 aa）片段：SARAH domain (UNP residues 436-484) 链 H 436–484（49 aa）片段：SARAH domain (UNP residues 436-484)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；277.15 K；30% MPD, 0.1M acetate pH 4.9, 0.2M calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.40 Å R-free 0.207
4L0N Crystal structure of STK3 (MST2) SARAH domain 提交 2013-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 436–484（49 aa）片段：SARAH domain (UNP residues 436-484)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；277.15 K；30% MPD, 0.1M acetate pH 4.9, 0.2M calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.40 Å R-free 0.207
4L0N Crystal structure of STK3 (MST2) SARAH domain 提交 2013-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 436–484（49 aa）片段：SARAH domain (UNP residues 436-484)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；277.15 K；30% MPD, 0.1M acetate pH 4.9, 0.2M calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.40 Å R-free 0.207
4LG4 Structural Basis for Autoactivation of Human Mst2 Kinase and Its Regulation by RASSF5 提交 2013-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–313（298 aa）片段：kinase domain, UNP residues 16-313	突变：D146N	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；277 K；0.2 M sodium citrate, 15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES, pH 7.7, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.42 Å R-free 0.231
4LG4 Structural Basis for Autoactivation of Human Mst2 Kinase and Its Regulation by RASSF5 提交 2013-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 16–313（298 aa）片段：kinase domain, UNP residues 16-313	突变：D146N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；277 K；0.2 M sodium citrate, 15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES, pH 7.7, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.42 Å R-free 0.231
4LG4 Structural Basis for Autoactivation of Human Mst2 Kinase and Its Regulation by RASSF5 提交 2013-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 16–313（298 aa）片段：kinase domain, UNP residues 16-313	突变：D146N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；277 K；0.2 M sodium citrate, 15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES, pH 7.7, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.42 Å R-free 0.231
4LG4 Structural Basis for Autoactivation of Human Mst2 Kinase and Its Regulation by RASSF5 提交 2013-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 16–313（298 aa）片段：kinase domain, UNP residues 16-313	突变：D146N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；277 K；0.2 M sodium citrate, 15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES, pH 7.7, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.42 Å R-free 0.231
4LG4 Structural Basis for Autoactivation of Human Mst2 Kinase and Its Regulation by RASSF5 提交 2013-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 16–313（298 aa）片段：kinase domain, UNP residues 16-313	突变：D146N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；277 K；0.2 M sodium citrate, 15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES, pH 7.7, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.42 Å R-free 0.231
4LG4 Structural Basis for Autoactivation of Human Mst2 Kinase and Its Regulation by RASSF5 提交 2013-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 16–313（298 aa）片段：kinase domain, UNP residues 16-313	突变：D146N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；277 K；0.2 M sodium citrate, 15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES, pH 7.7, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K	分辨率 2.42 Å R-free 0.231
4OH9 Crystal Structure of the human MST2 SARAH homodimer 提交 2014-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 436–484（49 aa）片段：SARAH domain 链 B 436–484（49 aa）片段：SARAH domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.0 M NaCl, 8% polyethylene glycol (PEG) 6000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.272
5BRM Structural basis for Mob1-dependent activation of the core Mst-Lats kinase cascade in Hippo signaling 提交 2015-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 G 371–401（31 aa）片段：UNP residues 371-401 链 H 371–401（31 aa）片段：UNP residues 371-401 链 I 371–401（31 aa）片段：UNP residues 371-401 链 J 371–401（31 aa）片段：UNP residues 371-401 链 K 371–401（31 aa）片段：UNP residues 371-401 链 L 371–401（31 aa）片段：UNP residues 371-401 链 M 371–401（31 aa）片段：UNP residues 371-401 链 N 371–401（31 aa）片段：UNP residues 371-401 链 O 371–401（31 aa）片段：UNP residues 371-401	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.4 M Na Malonate	分辨率 2.65 Å R-free 0.268
5DH3 Crystal structure of MST2 in complex with XMU-MP-1 提交 2015-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 15–313（299 aa）链 B 15–313（299 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	5BS 4-[(5,10-dimethyl-6-oxo-6,10-dihydro-5H-pyrimido[5,4-b]thieno[3,2-e][1,4]diazepin-2-yl)amino]benzenesulfonamide × 2 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 28% PEG3350, 0.2M (NH4)2SO4	分辨率 2.47 Å R-free 0.247
6AO5 Crystal structure of human MST2 in complex with SAV1 SARAH domain 提交 2017-08-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 16–313（298 aa）片段：kinase domain (UNP residues 16-313, 428-491) 链 A 428–491（64 aa）片段：kinase domain (UNP residues 16-313, 428-491)	突变：D146N 突变：D146N	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.05 M NaCl, 0.1 M Hepes, 0.19 mM CYMAL-7, 1 mM TCEP, 40% PEG 400	分辨率 2.96 Å R-free 0.256
8A66 Crystal structure of MST2 in complex with XMU-MP-1 提交 2022-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–312（297 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	5BS 4-[(5,10-dimethyl-6-oxo-6,10-dihydro-5H-pyrimido[5,4-b]thieno[3,2-e][1,4]diazepin-2-yl)amino]benzenesulfonamide × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Ammonium citrate pH 7.0 and 18% PEG3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.258
8A66 Crystal structure of MST2 in complex with XMU-MP-1 提交 2022-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 16–312（297 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	5BS 4-[(5,10-dimethyl-6-oxo-6,10-dihydro-5H-pyrimido[5,4-b]thieno[3,2-e][1,4]diazepin-2-yl)amino]benzenesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Ammonium citrate pH 7.0 and 18% PEG3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.258

共 9 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STK3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 10–314； UniProt 9–313 作者链 A； PDB构建体 315–378； UniProt 428–491 作者链 B； PDB构建体 10–314； UniProt 9–313 作者链 B； PDB构建体 315–378； UniProt 428–491 作者链 C； PDB构建体 10–314； UniProt 9–313 作者链 C； PDB构建体 315–378； UniProt 428–491 作者链 D； PDB构建体 10–314； UniProt 9–313 作者链 D； PDB构建体 315–378； UniProt 428–491

Ras association domain family member 5, RASSF5

Homo sapiens

UniProt Q8WWW0

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 365–413	片段：SARAH domain, UNP residues 365-413	Serine/threonine-protein kinase 3 × 1 （Q13188） ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Bis-Tris propane, 200 mM Na2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.244
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 365–413	片段：SARAH domain, UNP residues 365-413	Serine/threonine-protein kinase 3 × 1 （Q13188） ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Bis-Tris propane, 200 mM Na2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.244
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 365–413	片段：SARAH domain, UNP residues 365-413	Serine/threonine-protein kinase 3 × 1 （Q13188） ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Bis-Tris propane, 200 mM Na2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.244
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 365–413	片段：SARAH domain, UNP residues 365-413	Serine/threonine-protein kinase 3 × 1 （Q13188） ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Bis-Tris propane, 200 mM Na2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.244
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 365–413 链 F； UniProt 365–413	片段：SARAH domain, UNP residues 365-413	Serine/threonine-protein kinase 3 × 2 （Q13188） ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Bis-Tris propane, 200 mM Na2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.244
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 365–413 链 H； UniProt 365–413	片段：SARAH domain, UNP residues 365-413	Serine/threonine-protein kinase 3 × 2 （Q13188） ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M Bis-Tris propane, 200 mM Na2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4LGD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4OH8 Crystal Structure of the human MST1-RASSF5 SARAH heterodimer 提交 2014-01-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 366–418（53 aa）片段：RASSF5 SARAH domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；293 K；35% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.28 Å R-free 0.278

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RASF5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–49； UniProt 365–413 作者链 F； PDB构建体 1–49； UniProt 365–413 作者链 G； PDB构建体 1–49； UniProt 365–413 作者链 H； PDB构建体 1–49； UniProt 365–413

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4lgd
沉积日期 deposition_date	2013-06-27
结构标题 title	Structural Basis for Autoactivation of Human Mst2 Kinase and Its Regulation by RASSF5
关键词 keywords	Hippo, Mst autoactivation, RASSF, SARAH domain, dimerization, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.20 Å
零角强度 I(0) i0	488643000.00
分子量 molecular_weight	182470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	228630 Å³
包络体积 envelope_volume	365140 Å³
水化壳体积 shell_volume	64752 Å³
包络直径 envelope_diameter	163.2 Å
壳层 Rg shell_rg	51.35 Å
包络 Rg envelope_rg	46.04 Å
形状 Rg shape_rg	46.20 Å
总 Rg total_rg	46.43 Å
总原子数 total_atoms	25637
残基数 n_residues	1551
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	158.3 Å
Rg (实空间) rg_real	46.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8860e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.4680e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	488600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8787
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	51.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.372
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.437
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31660000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.854; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.860

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase 3
分子量 formula_weight	43626.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
突变 mutation	D146N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	25637

MHHHHHHGSSKLKKLSEDSLTKQPEEVFDVLEKLGEGSYGSVFKAIHKESGQVVAIKQVPVESDLQEIIKEISIMQQCDSPYVVKYYGSYFKNTDLWIVMEYCGAGSVSDIIRLRNKTLIEDEIATILKSTLKGLEYLHFMRKIHRNIKAGNILLNTEGHAKLADFGVAGQLTDTMAKRNTVIGTPFWMAPEVIQEIGYNCVADIWSLGITSIEMAEGKPPYADIHPMRAIFMIPTNPPPTFRKPELWSDDFTDFVKKCLVKNPEQRATATQLLQHPFIKNAKPVSILRDLITEAMEIKAKRHEEQQRELEEEENWKVPQDGDFDFLKNLSLEELQMRLKALDPMMEREIEELRQRYTAKRQPILDAMDAKKRRQQNF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ras association domain family member 5, RASSF5
分子量 formula_weight	5963.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

GEVEWDAFSIPELQNFLTILEKEEQDKIQQVQKKYDKFRQKLEEALRES

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

CATH v4.4 (11 domains)

结构域编号 domain_id	4lgdA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	4lgdA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4270 —

结构域编号 domain_id	4lgdB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	4lgdB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4270 —

结构域编号 domain_id	4lgdC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	4lgdC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4270 —

结构域编号 domain_id	4lgdD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	4lgdD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4270 —

结构域编号 domain_id	4lgdE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	4lgdG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	4lgdH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	123.403 Å
晶胞边长 b length_b	237.136 Å
晶胞边长 c length_c	95.862 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.70 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.050 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2020
R_work r_work	0.1990
R_free r_free	0.2440

fit	/app/data/saxs_computation/lg/4lgd/4lgd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lg/4lgd/4lgd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lg/4lgd/4lgd.dat

Structural Basis for Autoactivation of Human Mst2 Kinase and Its Regulation by RASSF5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ras association domain family member 5, RASSF5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

CATH v4.4 (11 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)