4lrz

Crystal Structure of the E.coli DhaR(N)-DhaL complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, ADP-binding subunit DhaL

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PTS-dependent dihydroxyacetone kinase operon regulatory protein × 2 （P76016） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 4 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PTS-dependent dihydroxyacetone kinase operon regulatory protein × 2 （P76016） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DHAL_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–211； UniProt 2–210 作者链 B； PDB构建体 3–211； UniProt 2–210 作者链 C； PDB构建体 3–211； UniProt 2–210 作者链 D； PDB构建体 3–211； UniProt 2–210

PTS-dependent dihydroxyacetone kinase operon regulatory protein

Escherichia coli

UniProt P76016

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, ADP-binding subunit DhaL × 2 （P76014） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 4 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, ADP-binding subunit DhaL × 2 （P76014） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DHAR_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–318； UniProt 1–318 作者链 F； PDB构建体 1–318； UniProt 1–318 作者链 G； PDB构建体 1–318； UniProt 1–318 作者链 H； PDB构建体 1–318； UniProt 1–318

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4lrz
沉积日期 deposition_date	2013-07-21
结构标题 title	Crystal Structure of the E.coli DhaR(N)-DhaL complex
关键词 keywords	coiled-coil, helix rotation, GAF, PAS, transcriptional regulation complex, Transferase-Transcription Regulator complex; Transferase/Transcription Regulator
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4lrz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4lrz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4lrz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.15 Å
Rg（电子密度）	30.33 Å
总 Rg	30.94 Å
原子数	7729
残基数	1007
排除体积	137490 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4lrz__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4lrz__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, ADP-binding subunit DhaL
分子量 formula_weight	22666.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	15955

GSSLSRTQIVNWLTRCGDIFSTESEYLTGLDREIGDADHGLNMNRGFSKVVEKLPAIADKDIGFILKNTGMTLLSSVGGASGPLFGTFFIRAAQATQARQSLTLEELYQMFRDGADGVISRGKAEPGDKTMCDVWVPVVESLRQSSEQNLSVPVALEAASSIAESAAQSTITMQARKGRASYLGERSIGHQDPGATSVMFMMQMLALAAKE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PTS-dependent dihydroxyacetone kinase operon regulatory protein
分子量 formula_weight	34889.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

MSGAFNNDGRGISPLIATSWERCNKLMKRETWNVPHQAQGVTFASIYRRKKAMLTLGQAALEDAWEYMAPRECALFILDETACILSRNGDPQTLQQLSALGFNDGTYCAEGIIGTCALSLAAISGQAVKTMADQHFKQVLWNWAFCATPLFDSKGRLTGTIALACPVEQTTAADLPLTLAIAREVGNLLLTDSLLAETNRHLNQLNALLESMDDGVISWDEQGNLQFINAQAARVLRLDATASQGRAITELLTLPAVLQQAIKQAHPLKHVEATFESQHQFIDAVITLKPIIETQGTSFILLLHPVEQMRQLMTSQLG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	445

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d4lrza1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.208 — DhaL-like
超家族 Superfamily superfamily	a.208.1 — DhaL-like
家族 Family family	a.208.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4lrza2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4lrzb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.208 — DhaL-like
超家族 Superfamily superfamily	a.208.1 — DhaL-like
家族 Family family	a.208.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4lrzb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4lrzc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.208 — DhaL-like
超家族 Superfamily superfamily	a.208.1 — DhaL-like
家族 Family family	a.208.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4lrzc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4lrzd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.208 — DhaL-like
超家族 Superfamily superfamily	a.208.1 — DhaL-like
家族 Family family	a.208.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4lrzd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	4lrzA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — DhaL domain

结构域编号 domain_id	4lrzB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — DhaL domain

结构域编号 domain_id	4lrzC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — DhaL domain

结构域编号 domain_id	4lrzD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — DhaL domain

结构域编号 domain_id	4lrzE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GAF domain

结构域编号 domain_id	4lrzE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	4lrzF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GAF domain

结构域编号 domain_id	4lrzF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	4lrzG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GAF domain

结构域编号 domain_id	4lrzG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	4lrzH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GAF domain

结构域编号 domain_id	4lrzH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

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晶胞边长 a length_a	89.766 Å
晶胞边长 b length_b	91.500 Å
晶胞边长 c length_c	93.808 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	84.15 °
晶胞夹角 β angle_beta	72.42 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.01 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.320 Å
最低分辨率 resolution_low	90.910 Å
R 因子 r_factor	0.2021
R_work r_work	0.1997
R_free r_free	0.2474

Crystal Structure of the E.coli DhaR(N)-DhaL complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, ADP-binding subunit DhaL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PTS-dependent dihydroxyacetone kinase operon regulatory protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4lrz__assembly_1__model_1

4lrz__assembly_1__model_1 | I(q)

4lrz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of the E.coli DhaR(N)-DhaL complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, ADP-binding subunit DhaL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PTS-dependent dihydroxyacetone kinase operon regulatory protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4lrz__assembly_1__model_1

4lrz__assembly_1__model_1 | I(q)

4lrz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)