← 返回搜索
4lsh

Ion selectivity of OmpF porin soaked in 0.2M KBr

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 102.7 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein F

Escherichia coli

UniProt P02931

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 23–362 片段：UNP residues 23-362 BR BROMIDE ION × 18 MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, crystals soaked in 0.2 M potassium bromide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K 分辨率 2.20 Å R-free 0.293
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 23–362 片段：UNP residues 23-362 BR BROMIDE ION × 18 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, crystals soaked in 0.2 M potassium bromide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K 分辨率 2.20 Å R-free 0.293

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4LSH Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BT9 OMPF PORIN MUTANT D74A 提交 1998-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa）
突变：D74A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0
分辨率 3.00 Å R-free 0.269
1GFM OMPF PORIN (MUTANT D113G) 提交 1996-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa）
突变：D113G C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 36 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å
1GFN OMPF PORIN DELETION (MUTANT DELTA 109-114) 提交 1996-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa）
突变：DEL(109-114) C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 36 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.10 Å
1GFO OMPF PORIN (MUTANT R132P) 提交 1996-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa）
突变：R132P C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 36 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.30 Å
1GFP OMPF PORIN (MUTANT R42C) 提交 1996-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa）
突变：R42C C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 36 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.70 Å
1GFQ OMPF PORIN (MUTANT R82C) 提交 1996-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa）
突变：R82C C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 36 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
1HXT OMPF PORIN MUTANT NQAAA 提交 2001-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa）
突变：R42A,R82A,D113N,E117Q,R132A C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 30 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.289
1HXU OMPF PORIN MUTANT KK 提交 2001-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa）
突变：V18K,G131K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å R-free 0.264
1HXX OMPF PORIN MUTANT Y106F 提交 2001-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa）
突变：Y106F C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 12 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.249
1MPF STRUCTURAL AND FUNCTIONAL ALTERATIONS OF A COLICIN RESISTANT MUTANT OF OMPF-PORIN FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1994-08-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa）
未记录 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 36 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
1OPF THE STRUCTURE OF OMPF PORIN IN A TETRAGONAL CRYSTAL FORM 提交 1994-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa）
链 B 23–362（340 aa）
链 C 23–362（340 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.20 Å
1OPF THE STRUCTURE OF OMPF PORIN IN A TETRAGONAL CRYSTAL FORM 提交 1994-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 23–362（340 aa）
链 E 23–362（340 aa）
链 F 23–362（340 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.20 Å
2OMF OMPF PORIN 提交 1995-02-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa）
未记录 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 36 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å
2ZFG Structure of OMPF PORIN 提交 2008-01-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.59 Å R-free 0.218
2ZLD Structure of OmpF co-crystallized with T83 提交 2008-04-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 23–362（340 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å R-free 0.294
2ZLD Structure of OmpF co-crystallized with T83 提交 2008-04-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 23–362（340 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å R-free 0.294
2ZLD Structure of OmpF co-crystallized with T83 提交 2008-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–362（340 aa）
链 B 23–362（340 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å R-free 0.294
3FYX The Structure of OmpF porin with a synthetic dibenzo-18-crown-6 as modulator 提交 2009-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa）
突变：K16C 451 N-(6,7,9,10,17,18,20,21-octahydrodibenzo[b,k][1,4,7,10,13,16]hexaoxacyclooctadecin-2-yl)acetamide × 3 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；0.2 M CaCl2, 48% PEG 400, 0.1 M Na-HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 3.40 Å R-free 0.294
3HW9 Cation selective pathway of OmpF porin revealed by anomalous x-ray diffraction 提交 2009-06-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–362（362 aa）
未记录 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 3 K POTASSIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.5M NaCl, Na Phosphate pH 6.5, 0.9% BOG, 0.09% octylPOE and 14-18% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.61 Å R-free 0.300
3HW9 Cation selective pathway of OmpF porin revealed by anomalous x-ray diffraction 提交 2009-06-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–362（362 aa）
未记录 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 3 K POTASSIUM ION × 9 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.5M NaCl, Na Phosphate pH 6.5, 0.9% BOG, 0.09% octylPOE and 14-18% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.61 Å R-free 0.300
3HW9 Cation selective pathway of OmpF porin revealed by anomalous x-ray diffraction 提交 2009-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–362（362 aa）
链 B 1–362（362 aa）
未记录 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 2 K POTASSIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.5M NaCl, Na Phosphate pH 6.5, 0.9% BOG, 0.09% octylPOE and 14-18% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.61 Å R-free 0.300
3HWB Cation selective pathway of OmpF porin revealed by anomalous diffraction 提交 2009-06-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–362（362 aa）
未记录 RB RUBIDIUM ION × 42 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.5M NaCl,Na Phosphate buffer pH 6.5, 0.9% BOG, 0.09% octylPOE, sodium azide and 14-18% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.00 Å R-free 0.285
3HWB Cation selective pathway of OmpF porin revealed by anomalous diffraction 提交 2009-06-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–362（362 aa）
未记录 RB RUBIDIUM ION × 15 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.5M NaCl,Na Phosphate buffer pH 6.5, 0.9% BOG, 0.09% octylPOE, sodium azide and 14-18% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.00 Å R-free 0.285
3HWB Cation selective pathway of OmpF porin revealed by anomalous diffraction 提交 2009-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–362（362 aa）
链 B 1–362（362 aa）
未记录 RB RUBIDIUM ION × 19 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.5M NaCl,Na Phosphate buffer pH 6.5, 0.9% BOG, 0.09% octylPOE, sodium azide and 14-18% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.00 Å R-free 0.285
3K19 OmpF porin 提交 2009-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa） 片段：sequence database residues 1-340
链 B 23–362（340 aa） 片段：sequence database residues 1-340
链 C 23–362（340 aa） 片段：sequence database residues 1-340
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；0.4 M NaH2PO4/1.6 M K2HPO4, 0.2M sodium chloride, 0.1M Imidazole pH 8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 3.79 Å R-free 0.288
3K19 OmpF porin 提交 2009-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 23–362（340 aa） 片段：sequence database residues 1-340
链 E 23–362（340 aa） 片段：sequence database residues 1-340
链 F 23–362（340 aa） 片段：sequence database residues 1-340
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；0.4 M NaH2PO4/1.6 M K2HPO4, 0.2M sodium chloride, 0.1M Imidazole pH 8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 3.79 Å R-free 0.288
3K19 OmpF porin 提交 2009-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 23–362（340 aa） 片段：sequence database residues 1-340
链 H 23–362（340 aa） 片段：sequence database residues 1-340
链 I 23–362（340 aa） 片段：sequence database residues 1-340
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；0.4 M NaH2PO4/1.6 M K2HPO4, 0.2M sodium chloride, 0.1M Imidazole pH 8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 3.79 Å R-free 0.288
3K19 OmpF porin 提交 2009-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 23–362（340 aa） 片段：sequence database residues 1-340
链 K 23–362（340 aa） 片段：sequence database residues 1-340
链 L 23–362（340 aa） 片段：sequence database residues 1-340
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；0.4 M NaH2PO4/1.6 M K2HPO4, 0.2M sodium chloride, 0.1M Imidazole pH 8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 3.79 Å R-free 0.288
3K1B Structure of OmpF porin 提交 2009-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa） 片段：sequence database residues 1-340
链 B 23–362（340 aa） 片段：sequence database residues 1-340
链 C 23–362（340 aa） 片段：sequence database residues 1-340
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 3.9；293 K；0.48 sodium phosphate monobasic, 0.72 M potassium phosphate monobasic, 0.1 M acetate pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 4.39 Å R-free 0.329
3K1B Structure of OmpF porin 提交 2009-09-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 23–362（340 aa） 片段：sequence database residues 1-340
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 3.9；293 K；0.48 sodium phosphate monobasic, 0.72 M potassium phosphate monobasic, 0.1 M acetate pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 4.39 Å R-free 0.329
4D5U Structure of OmpF in I2 提交 2014-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa）
链 B 23–362（340 aa）
链 C 23–362（340 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；16% PEG 4000, 0.4 M NACL AND 10 MM CDCL2 AS AN ADDITIVE, pH 8
分辨率 3.50 Å R-free 0.283
4D5U Structure of OmpF in I2 提交 2014-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 23–362（340 aa）
链 E 23–362（340 aa）
链 F 23–362（340 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；16% PEG 4000, 0.4 M NACL AND 10 MM CDCL2 AS AN ADDITIVE, pH 8
分辨率 3.50 Å R-free 0.283
4GCP Crystal Structure of E. coli OmpF porin in complex with Ampicillin 提交 2012-07-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa） 片段：UNP Residues 23-362
未记录 AIC (2S,5R,6R)-6-{[(2R)-2-AMINO-2-PHENYLETHANOYL]AMINO}-3,3-DIMETHYL-7-OXO-4-THIA-1-AZABICYCLO[3.2.0]HEPTANE-2-CARBOXYLIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG 200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 1.98 Å R-free 0.239
4GCP Crystal Structure of E. coli OmpF porin in complex with Ampicillin 提交 2012-07-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 23–362（340 aa） 片段：UNP Residues 23-362
未记录 AIC (2S,5R,6R)-6-{[(2R)-2-AMINO-2-PHENYLETHANOYL]AMINO}-3,3-DIMETHYL-7-OXO-4-THIA-1-AZABICYCLO[3.2.0]HEPTANE-2-CARBOXYLIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG 200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 1.98 Å R-free 0.239
4GCQ Crystal Structure of E. coli OmpF porin in complex with Carbenicillin 提交 2012-07-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa） 片段：UNP Residues 23-362
未记录 0JM (2S,5R,6R,7R)-6-{[(2R)-2-carboxy-2-phenylacetyl]amino}-7-hydroxy-3,3-dimethyl-4-thia-1-azabicyclo[3.2.0]heptane-2-carbo xylic acid × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG 200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.20 Å R-free 0.275
4GCQ Crystal Structure of E. coli OmpF porin in complex with Carbenicillin 提交 2012-07-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 23–362（340 aa） 片段：UNP Residues 23-362
未记录 0JM (2S,5R,6R,7R)-6-{[(2R)-2-carboxy-2-phenylacetyl]amino}-7-hydroxy-3,3-dimethyl-4-thia-1-azabicyclo[3.2.0]heptane-2-carbo xylic acid × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG 200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.20 Å R-free 0.275
4GCS Crystal Structure of E. coli OmpF porin in complex with Ertapenem 提交 2012-07-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa） 片段：UNP Residues 23-362
未记录 1RG (4R,5S)-3-({(3S,5S)-5-[(3-carboxyphenyl)carbamoyl]pyrrolidin-3-yl}sulfanyl)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-4-methyl-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG 200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 1.87 Å R-free 0.227
4GCS Crystal Structure of E. coli OmpF porin in complex with Ertapenem 提交 2012-07-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 23–362（340 aa） 片段：UNP Residues 23-362
未记录 1RG (4R,5S)-3-({(3S,5S)-5-[(3-carboxyphenyl)carbamoyl]pyrrolidin-3-yl}sulfanyl)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-4-methyl-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG 200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 1.87 Å R-free 0.227
4JFB Crystal structure of OmpF in C2 with tNCS 提交 2013-02-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa）
链 B 23–362（340 aa）
链 C 23–362（340 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；18-22% PEG 1500, 5-10% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.1M Tris-HCl pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.80 Å R-free 0.314
4JFB Crystal structure of OmpF in C2 with tNCS 提交 2013-02-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 23–362（340 aa）
链 E 23–362（340 aa）
链 F 23–362（340 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；18-22% PEG 1500, 5-10% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.1M Tris-HCl pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.80 Å R-free 0.314
4LSE Ion selectivity of OmpF porin soaked in 0.2M NaBr 提交 2013-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa） 片段：UNP residues 23-362
链 B 23–362（340 aa） 片段：UNP residues 23-362
链 C 23–362（340 aa） 片段：UNP residues 23-362
未记录 BR BROMIDE ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.10 Å R-free 0.290
4LSF Ion selectivity of OmpF soaked in 0.1M KBr 提交 2013-07-22 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa） 片段：UNP residues 23-362
未记录 BR BROMIDE ION × 9 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 1.90 Å R-free 0.298
4LSF Ion selectivity of OmpF soaked in 0.1M KBr 提交 2013-07-22 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 23–362（340 aa） 片段：UNP residues 23-362
未记录 BR BROMIDE ION × 12 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 1.90 Å R-free 0.298
4LSI Ion selectivity of OmpF porin soaked in 0.3M KBr 提交 2013-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa） 片段：UNP residues 23-362
链 B 23–362（340 aa） 片段：UNP residues 23-362
链 C 23–362（340 aa） 片段：UNP residues 23-362
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 4 GOL GLYCEROL × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 BR BROMIDE ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50% PEG200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, crystals soaked in 0.3 M potassium bromide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.09 Å R-free 0.245
5NUO Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry 提交 2017-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 23–362（340 aa）
链 C 23–362（340 aa）
链 E 23–362（340 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 20 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.05 M sodium sulfate, 0.05 M lithium sulfate, 0.05 M Tris pH 8.5 and 35 % PEG 400
分辨率 3.20 Å R-free 0.269
5NUQ Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry 提交 2017-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–362（340 aa）
链 C 23–362（340 aa）
链 E 23–362（340 aa）
未记录 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.32 M lithium chloride 0.1M Sodium citrate pH 5.5 and 14% PEG 400
分辨率 3.20 Å R-free 0.306
5NUQ Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry 提交 2017-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 23–362（340 aa）
链 D 23–362（340 aa）
链 F 23–362（340 aa）
未记录 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.32 M lithium chloride 0.1M Sodium citrate pH 5.5 and 14% PEG 400
分辨率 3.20 Å R-free 0.306
5NUR Structural basis for maintenance of bacterial outer membrane lipid asymmetry 提交 2017-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 23–362（340 aa）
链 C 23–362（340 aa）
链 E 23–362（340 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 SO4 SULFATE ION × 8 C8E (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.05 M sodium sulfate, 0.05 M lithium sulfate, 0.05 M Tris pH 8.5 and 35 % PEG 400
分辨率 3.29 Å R-free 0.259
6WTZ Cryo-EM structure of E. Coli OmpF 提交 2020-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–362（362 aa）
链 B 1–362（362 aa）
链 C 1–362（362 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
6ZHP Crystal structure of OmpF porin soaked in ciprofloxacin metaloantibiotic 提交 2020-06-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–362（362 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 QLB 2-[2-(2-octoxyethoxy)ethoxy]ethanol × 6 NA SODIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；22 % PEG 2000, 0.25 M MgCl2, 0.1 M Tris
分辨率 2.05 Å R-free 0.207
6ZHV Crystal structure of OmpF porin soaked in ciprofloxacin metaloantibiotic 提交 2020-06-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–362（362 aa）
链 B 1–362（362 aa）
链 C 1–362（362 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 12 QLB 2-[2-(2-octoxyethoxy)ethoxy]ethanol × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；50% PEG 200, 0.2 M MgCl2, 0.1 M NaCacodylate
分辨率 1.95 Å R-free 0.233
7NST ColicinE9 partial translocation complex 提交 2021-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 23–362（340 aa）
链 B 23–362（340 aa）
链 C 23–362（340 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 uL of diluted translocon preparation were applied on freshly glow discharged grids coated with graphene oxide (as described in https://doi.org/10.1038/s41594-019-0355-2); after 30sec waiting grids were blotted for 8-10 using -10 force and plunge frozen in liquid ethane
分辨率 3.70 Å
7NSU ColicinE9 intact translocation complex 提交 2021-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 23–362（340 aa）
链 B 23–362（340 aa）
链 C 23–362（340 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 uL of diluted translocon preparation were applied on freshly glow discharged grids coated with graphene oxide (as described in https://doi.org/10.1038/s41594-019-0355-2); after 30sec waiting grids were blotted for 8-10 using -10 force and plunge frozen in liquid ethane
分辨率 4.70 Å
8C7L Serendipitous structure of OmpF contaminant in space group P21. 提交 2023-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–362（362 aa）
链 B 1–362（362 aa）
链 C 1–362（362 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1mM NaCl, 0.1 MgCl2, 0.1 mM NaAcetate pH 4.5, 30% PEG400 copurified after refolding with 0.2 % lauryl sulfobetaine
分辨率 3.52 Å R-free 0.255
8C7L Serendipitous structure of OmpF contaminant in space group P21. 提交 2023-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–362（362 aa）
链 E 1–362（362 aa）
链 F 1–362（362 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1mM NaCl, 0.1 MgCl2, 0.1 mM NaAcetate pH 4.5, 30% PEG400 copurified after refolding with 0.2 % lauryl sulfobetaine
分辨率 3.52 Å R-free 0.255
9J9L artificial mononuclear Zn-bound metalloprotein 1 (M1:Zn) 提交 2024-08-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 BCN BICINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Bicine pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000
分辨率 2.60 Å R-free 0.278
9J9M artificial mononuclear Zn-bound metalloprotein 1 (M1:Mn) 提交 2024-08-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.3 M MgCl2, 0.1 M MOPS pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000
分辨率 2.29 Å R-free 0.221
9J9M artificial mononuclear Zn-bound metalloprotein 1 (M1:Mn) 提交 2024-08-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 23–362（340 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.3 M MgCl2, 0.1 M MOPS pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000
分辨率 2.29 Å R-free 0.221
9J9N artificial mononuclear Zn-bound metalloprotein 2 (M2:Zn) 提交 2024-08-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.3 M MgCl2, 0.1 M MOPS pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000
分辨率 2.86 Å R-free 0.250
9J9N artificial mononuclear Zn-bound metalloprotein 2 (M2:Zn) 提交 2024-08-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 23–362（340 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.3 M MgCl2, 0.1 M MOPS pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000
分辨率 2.86 Å R-free 0.250
9J9O artificial dinuclear Zn-bound metalloprotein 1 (D1:2Zn) 提交 2024-08-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.3 M MgCl2, 0.1 M MOPS pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000
分辨率 2.99 Å R-free 0.239
9J9O artificial dinuclear Zn-bound metalloprotein 1 (D1:2Zn) 提交 2024-08-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 23–362（340 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.3 M MgCl2, 0.1 M MOPS pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000
分辨率 2.99 Å R-free 0.239
9J9P artificial mononuclear Zn-bound metalloprotein 3 (M3:Zn) 提交 2024-08-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–362（340 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.3 M MgCl2, MOPS pH 8.0, and 28 % w/v PEG 2000
分辨率 3.47 Å R-free 0.266

共 41 个其他 PDB 条目、63 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 OMPF_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–341； UniProt 23–362 作者链 B； PDB构建体 2–341； UniProt 23–362

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4lsh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4lsh
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4lsh
沉积日期 deposition_date2013-07-22
结构标题 titleIon selectivity of OmpF porin soaked in 0.2M KBr
关键词 keywordsporin, outer membrane protein, beta-barrel, ion transport, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.63 Å
零角强度 I(0) i095454100.00
分子量 molecular_weight73702.0 kDa
排除体积 excluded_volume90248 ų
包络体积 envelope_volume120340 ų
水化壳体积 shell_volume32754 ų
包络直径 envelope_diameter104.8 Å
壳层 Rg shell_rg37.31 Å
包络 Rg envelope_rg31.22 Å
形状 Rg shape_rg31.59 Å
总 Rg total_rg32.25 Å
总原子数 total_atoms5166
残基数 n_residues669
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax102.7 Å
Rg (实空间) rg_real32.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real9.5450e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal95450000.0000
解质量估计 total_estimate0.8400
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.4 Å
偏度 Skewness skewness0.396
峰度 Kurtosis kurtosis-0.599
角度范围 angular_range— – 0.2450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14980000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.819; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.945; Smooth: 0.512
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd4lsha_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamilyf.4.3 — Porins
家族 Family familyf.4.3.1 — Porin
结构域编号 domain_idd4lshb_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamilyf.4.3 — Porins
家族 Family familyf.4.3.1 — Porin

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4lshA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Porin
结构域编号 domain_id4lshB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Porin
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)