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4m0q

Ebola virus VP24 structure

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 94.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Membrane-associated protein VP24

Zaire ebolavirus

UniProt Q05322

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 11–237 链 B； UniProt 11–237 片段：UNP residues 11-231 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；150 mM MES, pH 6.4, 20% Jeffamine M-600, pH 7.0, 50 mM cesium chloride, 6 mM barium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.92 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4M0Q Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4U2X Ebola virus VP24 in complex with Karyopherin alpha 5 C-terminus 提交 2014-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 16–231（216 aa） 片段：eVP24
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；3.5M ammonium chloride, 0.1 M Bis-Tris propane
分辨率 3.15 Å R-free 0.249
4U2X Ebola virus VP24 in complex with Karyopherin alpha 5 C-terminus 提交 2014-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 16–231（216 aa） 片段：eVP24
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；3.5M ammonium chloride, 0.1 M Bis-Tris propane
分辨率 3.15 Å R-free 0.249
4U2X Ebola virus VP24 in complex with Karyopherin alpha 5 C-terminus 提交 2014-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 16–231（216 aa） 片段：eVP24
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；3.5M ammonium chloride, 0.1 M Bis-Tris propane
分辨率 3.15 Å R-free 0.249
6EHM Model of the Ebola virus nucleocapsid subunit from recombinant virus-like particles 提交 2017-09-13 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–251（251 aa）
链 D 1–251（251 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.30 Å
8USN Intracellular cryo-tomography structure of EBOV nucleocapsid at 8.9 Angstrom 提交 2023-10-27 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 I 1–251（251 aa）
链 J 1–251（251 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 8.90 Å
8UST In-virion structure of Ebola virus nucleocapsid-like assemblies from recombinant virus-like particles (nucleoprotein, VP24,VP35,VP40) 提交 2023-10-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 I 1–251（251 aa）
链 J 1–251（251 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.30 Å
8Y9J Structure of the Ebola virus nucleocapsid subunit 提交 2024-02-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 C 1–251（251 aa）
链 D 1–251（251 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；The sample was applied to both sides of the grid. The grids were blotted for 14 seconds.
分辨率 4.60 Å

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VP24_EBOZM
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–230； UniProt 11–237 作者链 B； PDB构建体 4–230； UniProt 11–237

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4m0q

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4m0q
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4m0q
沉积日期 deposition_date2013-08-01
结构标题 titleEbola virus VP24 structure
关键词 keywordsEbola virus virulence factor, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.93 Å
零角强度 I(0) i038330800.00
分子量 molecular_weight50133.0 kDa
排除体积 excluded_volume63728 ų
包络体积 envelope_volume76580 ų
水化壳体积 shell_volume25727 ų
包络直径 envelope_diameter100.5 Å
壳层 Rg shell_rg31.85 Å
包络 Rg envelope_rg26.17 Å
形状 Rg shape_rg25.91 Å
总 Rg total_rg26.64 Å
总原子数 total_atoms3528
残基数 n_residues444
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax94.8 Å
Rg (实空间) rg_real27.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real3.8330e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.7040e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal38330000.0000
解质量估计 total_estimate0.8416
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks0
主峰位置 r_peak_primary— Å
偏度 Skewness skewness0.488
峰度 Kurtosis kurtosis-0.250
角度范围 angular_range— – 0.2950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8733000.0000
实空间数据点数 n_real_points60
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.724; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.771; Smooth: 0.992
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)