4m5d

Crystal structure of the Utp22 and Rrp7 complex from Saccharomyces cerevisiae

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 130.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

U3 small nucleolar RNA-associated protein 22

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–1237	未记录	Ribosomal RNA-processing protein 7 × 1 （P25368） SO4 SULFATE ION × 11 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；100mM sodium cacodylate pH 6.2-6.5, 30% (w/v) PEG 400, 200mM lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.97 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4M5D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5WLC The complete structure of the small subunit processome 提交 2017-07-26	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 67 PDB 声明：70-meric	链 NH 1–1237（1237 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
5WYJ Cryo-EM structure of the 90S small subunit pre-ribosome (Dhr1-depleted, Enp1-TAP, state 1) 提交 2017-01-13	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 61 PDB 声明：64-meric	链 CB 1–1237（1237 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.70 Å
5WYK Cryo-EM structure of the 90S small subunit pre-ribosome (Mtr4-depleted, Enp1-TAP) 提交 2017-01-13	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric	链 CB 1–1237（1237 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging	分辨率 4.50 Å
6KE6 3.4 angstrom cryo-EM structure of yeast 90S small subunit preribosome 提交 2019-07-03	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric	链 RE 1–1237（1237 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；wait 30s and blot 2s before plunging	分辨率 3.40 Å
6LQP Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State A) 提交 2020-01-14	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：73-meric	链 RE 1–1237（1237 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
6LQQ Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State B) 提交 2020-01-14	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 67 PDB 声明：70-meric	链 RE 1–1237（1237 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
6LQR Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State C) 提交 2020-01-14	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：68-meric	链 RE 1–1237（1237 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.60 Å
6LQS Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State D) 提交 2020-01-14	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：79-meric	链 RE 1–1237（1237 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6LQT Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State E) 提交 2020-01-14	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric	链 RE 1–1237（1237 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å
6LQU Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State A1) 提交 2020-01-14	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric	链 RE 1–1237（1237 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
6ZQA Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state A (Poly-Ala) 提交 2020-07-09	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 57 PDB 声明：60-meric	链 UV 1–1237（1237 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
6ZQB Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state B2 提交 2020-07-09	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric	链 UV 1–1237（1237 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6ZQC Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state Pre-A1 提交 2020-07-09	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric	链 UV 1–1237（1237 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6ZQD Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state Post-A1 提交 2020-07-09	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 63 PDB 声明：66-meric	链 UV 1–1237（1237 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6ZQE Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state Dis-A (Poly-Ala) 提交 2020-07-09	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：62-meric	链 UV 1–1237（1237 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.10 Å
6ZQF Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state Dis-B (Poly-Ala) 提交 2020-07-09	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：42-meric	链 UV 1–1237（1237 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å
7AJT Cryo-EM structure of the 90S-exosome super-complex (state Pre-A1-exosome) 提交 2020-09-29	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric	链 UV 1–1237（1237 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7AJU Cryo-EM structure of the 90S-exosome super-complex (state Post-A1-exosome) 提交 2020-09-29	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：78-meric	链 UV 1–1237（1237 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7D4I Cryo-EM structure of 90S small ribosomal precursors complex with the DEAH-box RNA helicase Dhr1 (State F) 提交 2020-09-24	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：82-meric	链 RE 1–1237（1237 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
7D5S Cryo-EM structure of 90S preribosome with inactive Utp24 (state A2) 提交 2020-09-28	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric	链 RE 1–1237（1237 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7D5T Cryo-EM structure of 90S preribosome with inactive Utp24 (state F1) 提交 2020-09-28	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric	链 RE 1–1237（1237 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.00 Å
7D63 Cryo-EM structure of 90S preribosome with inactive Utp24 (state C) 提交 2020-09-29	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric	链 RE 1–1237（1237 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.30 Å
7SUK Structure of Bfr2-Lcp5 Complex Observed in the Small Subunit Processome Isolated from R2TP-depleted Yeast Cells 提交 2021-11-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 67 PDB 声明：70-meric	链 NH 97–1237（1141 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.99 Å
9N6V SSU processome maturation and disassembly, State A 提交 2025-02-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric	链 NH 1–1237（1237 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 25 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.16 Å
9N6W SSU processome maturation and disassembly, State A* 提交 2025-02-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric	链 NH 1–1237（1237 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 25 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.05 Å
9N6X SSU processome maturation and disassembly, State B 提交 2025-02-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric	链 NH 1–1237（1237 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 34 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.71 Å
9N6Y SSU processome maturation and disassembly, State C 提交 2025-02-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：73-meric	链 NH 1–1237（1237 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 34 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.65 Å
9N6Z SSU processome maturation and disassembly, State D 提交 2025-02-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric	链 NH 1–1237（1237 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.74 Å
9N70 SSU processome maturation and disassembly, State E 提交 2025-02-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric	链 NH 1–1237（1237 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.17 Å
9N72 SSU processome maturation and disassembly, State F 提交 2025-02-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：73-meric	链 NH 1–1237（1237 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.94 Å
9N73 SSU processome maturation and disassembly, State G 提交 2025-02-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 71 PDB 声明：74-meric	链 NH 1–1237（1237 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.96 Å
9N74 SSU processome maturation and disassembly, State H 提交 2025-02-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric	链 NH 1–1237（1237 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 39 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.65 Å
9N75 SSU processome maturation and disassembly, State I 提交 2025-02-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：68-meric	链 NH 1–1237（1237 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 59 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
9N76 SSU processome maturation and disassembly, State J 提交 2025-02-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：67-meric	链 NH 1–1237（1237 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 38 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å

共 34 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UTP22_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1237； UniProt 1–1237

Ribosomal RNA-processing protein 7

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P25368

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–297	未记录	U3 small nucleolar RNA-associated protein 22 × 1 （P53254） SO4 SULFATE ION × 11 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；100mM sodium cacodylate pH 6.2-6.5, 30% (w/v) PEG 400, 200mM lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.97 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 4M5D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2MBY NMR Structure of Rrp7 C-terminal Domain 提交 2013-08-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 256–297（42 aa）片段：UNP residues 256-297	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 50 mM potassium phosphate, 0.05 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5WLC The complete structure of the small subunit processome 提交 2017-07-26	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 67 PDB 声明：70-meric	链 NI 1–297（297 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
5WYJ Cryo-EM structure of the 90S small subunit pre-ribosome (Dhr1-depleted, Enp1-TAP, state 1) 提交 2017-01-13	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 61 PDB 声明：64-meric	链 CA 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.70 Å
5WYK Cryo-EM structure of the 90S small subunit pre-ribosome (Mtr4-depleted, Enp1-TAP) 提交 2017-01-13	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric	链 CA 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging	分辨率 4.50 Å
6KE6 3.4 angstrom cryo-EM structure of yeast 90S small subunit preribosome 提交 2019-07-03	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric	链 RF 1–297（297 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；wait 30s and blot 2s before plunging	分辨率 3.40 Å
6LQP Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State A) 提交 2020-01-14	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：73-meric	链 RF 1–297（297 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
6LQQ Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State B) 提交 2020-01-14	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 67 PDB 声明：70-meric	链 RF 1–297（297 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
6LQR Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State C) 提交 2020-01-14	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：68-meric	链 RF 1–297（297 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.60 Å
6LQS Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State D) 提交 2020-01-14	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：79-meric	链 RF 1–297（297 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6LQT Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State E) 提交 2020-01-14	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric	链 RF 1–297（297 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å
6LQU Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State A1) 提交 2020-01-14	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric	链 RF 1–297（297 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
6ZQA Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state A (Poly-Ala) 提交 2020-07-09	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 57 PDB 声明：60-meric	链 CN 1–297（297 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
6ZQB Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state B2 提交 2020-07-09	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric	链 CN 1–297（297 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6ZQC Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state Pre-A1 提交 2020-07-09	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric	链 CN 1–297（297 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6ZQD Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state Post-A1 提交 2020-07-09	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 63 PDB 声明：66-meric	链 CN 1–297（297 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6ZQE Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state Dis-A (Poly-Ala) 提交 2020-07-09	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：62-meric	链 CN 1–297（297 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.10 Å
6ZQF Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state Dis-B (Poly-Ala) 提交 2020-07-09	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：42-meric	链 CN 1–297（297 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å
7AJT Cryo-EM structure of the 90S-exosome super-complex (state Pre-A1-exosome) 提交 2020-09-29	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric	链 CN 1–297（297 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7AJU Cryo-EM structure of the 90S-exosome super-complex (state Post-A1-exosome) 提交 2020-09-29	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：78-meric	链 CN 1–297（297 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7D4I Cryo-EM structure of 90S small ribosomal precursors complex with the DEAH-box RNA helicase Dhr1 (State F) 提交 2020-09-24	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：82-meric	链 RF 1–297（297 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
7D5S Cryo-EM structure of 90S preribosome with inactive Utp24 (state A2) 提交 2020-09-28	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric	链 RF 1–297（297 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7D5T Cryo-EM structure of 90S preribosome with inactive Utp24 (state F1) 提交 2020-09-28	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric	链 RF 1–297（297 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.00 Å
7D63 Cryo-EM structure of 90S preribosome with inactive Utp24 (state C) 提交 2020-09-29	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric	链 RF 1–297（297 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.30 Å
7SUK Structure of Bfr2-Lcp5 Complex Observed in the Small Subunit Processome Isolated from R2TP-depleted Yeast Cells 提交 2021-11-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 67 PDB 声明：70-meric	链 NI 3–189（187 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.99 Å
9N6V SSU processome maturation and disassembly, State A 提交 2025-02-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric	链 NI 1–297（297 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 25 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.16 Å
9N6W SSU processome maturation and disassembly, State A* 提交 2025-02-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric	链 NI 1–297（297 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 25 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.05 Å
9N6X SSU processome maturation and disassembly, State B 提交 2025-02-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric	链 NI 1–297（297 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 34 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.71 Å
9N6Y SSU processome maturation and disassembly, State C 提交 2025-02-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：73-meric	链 NI 1–297（297 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 34 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.65 Å
9N6Z SSU processome maturation and disassembly, State D 提交 2025-02-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric	链 NI 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.74 Å
9N70 SSU processome maturation and disassembly, State E 提交 2025-02-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric	链 NI 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.17 Å
9N72 SSU processome maturation and disassembly, State F 提交 2025-02-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：73-meric	链 NI 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.94 Å
9N73 SSU processome maturation and disassembly, State G 提交 2025-02-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 71 PDB 声明：74-meric	链 NI 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.96 Å
9N74 SSU processome maturation and disassembly, State H 提交 2025-02-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric	链 NI 1–297（297 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 39 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.65 Å
9N75 SSU processome maturation and disassembly, State I 提交 2025-02-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：68-meric	链 NI 1–297（297 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 59 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
9N76 SSU processome maturation and disassembly, State J 提交 2025-02-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：67-meric	链 NI 1–297（297 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 38 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å

共 35 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RRP7_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–297； UniProt 1–297

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4m5d
沉积日期 deposition_date	2013-08-08
结构标题 title	Crystal structure of the Utp22 and Rrp7 complex from Saccharomyces cerevisiae
关键词 keywords	Nucleolus, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.41 Å
零角强度 I(0) i0	294745000.00
分子量 molecular_weight	146220.0 kDa
排除体积 excluded_volume	185540 Å³
包络体积 envelope_volume	240240 Å³
水化壳体积 shell_volume	52154 Å³
包络直径 envelope_diameter	137.2 Å
壳层 Rg shell_rg	43.91 Å
包络 Rg envelope_rg	39.24 Å
形状 Rg shape_rg	39.39 Å
总 Rg total_rg	39.71 Å
总原子数 total_atoms	10316
残基数 n_residues	1267
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.6 Å
Rg (实空间) rg_real	39.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8680e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	294700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8601
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.460
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.404
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	60190000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.850; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.942; Smooth: 0.684

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	U3 small nucleolar RNA-associated protein 22
分子量 formula_weight	140660.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	11079

MATSVKRKASETSDQNIVKVQKKHSTQDSTTDNGSKENDHSSQAINERTVPEQENDESDTSPESNEVATNTAATRHNGKVTATESYDIHIARETAELFKSNIFKLQIDELLEQVKLKQKHVLKVEKFLHKLYDILQEIPDWEEKSLAEVDSFFKNKIVSVPFVDPKPIPQNTNYKFNYKKPDISLIGSFALKAGIYQPNGSSIDTLLTMPKELFEKKDFLNFRCLHKRSVYLAYLTHHLLILLKKDKLDSFLQLEYSYFDNDPLLPILRISCSKPTGDSLSDYNFYKTRFSINLLIGFPYKVFEPKKLLPNRNCIRIAQESKEQSLPATPLYNFSVLSSSTHENYLKYLYKTKKQTESFVEATVLGRLWLQQRGFSSNMSHSGSLGGFGTFEFTILMAALLNGGGINSNKILLHGFSSYQLFKGVIKYLATMDLCHDGHLQFHSNPENSSSSPASKYIDEGFQTPTLFDKSTKVNILTKMTVSSYQILKEYAGETLRMLNNVVQDQFSNIFLTNISRFDNLKYDLCYDVQLPLGKYNNLETSLAATFGSMERVKFITLENFLAHKITNVARYALGDRIKYIQIEMVGQKSDFPITKRKVYSNTGGNHFNFDFVRVKLIVNPSECDKLVTKGPAHSETMSTEAAVFKNFWGIKSSLRRFKDGSITHCCVWSTSSSEPIISSIVNFALQKHVSKKAQISNETIKKFHNFLPLPNLPSSAKTSVLNLSSFFNLKKSFDDLYKIIFQMKLPLSVKSILPVGSAFRYTSLCQPVPFAYSDPDFFQDVILEFETSPKWPDEITSLEKAKTAFLLKIQEELSANSSTYRSFFSRDESIPYNLEIVTLNILTPEGYGFKFRVLTERDEILYLRAIANARNELKPELEATFLKFTAKYLASVRHTRTLENISHSYQFYSPVVRLFKRWLDTHLLLGHITDELAELIAIKPFVDPAPYFIPGSLENGFLKVLKFISQWNWKDDPLILDLVKPEDDIRDTFETSIGAGSELDSKTMKKLSERLTLAQYKGIQMNFTNLRNSDPNGTHLQFFVASKNDPSGILYSSGIPLPIATRLTALAKVAVNLLQTHGLNQQTINLLFTPGLKDYDFVVDLRTPIGLKSSCGILSATEFKNITNDQAPSNFPENLNDLSEKMDPTYQLVKYLNLKYKNSLILSSRKYIGVNGGEKGDKNVITGLIKPLFKGAHKFRVNLDCNVKPVDDENVILNKEAIFHEIAAFGNDMVINFETD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ribosomal RNA-processing protein 7
分子量 formula_weight	34526.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGIEDISAMKNGFIVVPFKLPDHKALPKSQEASLHFMFAKRHQSSNSNESDCLFLVNLPLLSNIEHMKKFVGQLCGKYDTVSHVEELLYNDEFGLHEVDLSALTSDLMSSTDVNEKRYTPRNTALLKFVDAASINNCWNALKKYSNLHAKHPNELFEWTYTTPSFTTFVNFYKPLDIDYLKEDIHTHMAIFEQREAQAQEDVQSSIVDEDGFTLVVGKNTKSLNSIRKKILNKNPLSKHENKAKPISNIDKKAKKDFYRFQVRERKKQEINQLLSKFKEDQERIKVMKAKRKFNPYT

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	763

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4m5dA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1410 — Poly(a)-polymerase, middle domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	4m5dA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3020 —

结构域编号 domain_id	4m5dA05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3030 —

结构域编号 domain_id	4m5dB02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2760 —

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	126.257 Å
晶胞边长 b length_b	129.560 Å
晶胞边长 c length_c	214.440 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.970 Å
最低分辨率 resolution_low	19.940 Å
R 因子 r_factor	0.2099
R_work r_work	0.2084
R_free r_free	0.2385

fit	/app/data/saxs_computation/m5/4m5d/4m5d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m5/4m5d/4m5d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m5/4m5d/4m5d.dat

Crystal structure of the Utp22 and Rrp7 complex from Saccharomyces cerevisiae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

U3 small nucleolar RNA-associated protein 22

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ribosomal RNA-processing protein 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)