4m8n

Crystal Structure of PlexinC1/Rap1B Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 183.5 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PlexinC1 Intracellular Region

Danio rerio

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 455–1050 链 D； UniProt 455–1050	未记录	Ras-related protein Rap-1b × 2 （P61224） MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294.15 K；0.1 M HEPES, 5% 2-propanol, 25% PEG 3350, 3.6% polypropylene glycol P400, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K	分辨率 3.29 Å R-free 0.299
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 455–1050 链 C； UniProt 455–1050	未记录	Ras-related protein Rap-1b × 2 （P61224） MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294.15 K；0.1 M HEPES, 5% 2-propanol, 25% PEG 3350, 3.6% polypropylene glycol P400, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K	分辨率 3.29 Å R-free 0.299

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4M8N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4M8M Crystal structure of the active dimer of zebrafish PlexinC1 cytoplasmic region 提交 2013-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 456–1056（601 aa）片段：zebrafish PlexinC1 cytoplasmic region, UNP residues 456-1056 链 B 456–1056（601 aa）片段：zebrafish PlexinC1 cytoplasmic region, UNP residues 456-1056	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；293 K；0.1M Bis-Tris propane, pH 9.1, 21% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.31 Å R-free 0.281

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5RGW1_DANRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–599； UniProt 455–1050 作者链 B； PDB构建体 4–599； UniProt 455–1050 作者链 C； PDB构建体 4–599； UniProt 455–1050 作者链 D； PDB构建体 4–599； UniProt 455–1050

Ras-related protein Rap-1b

Homo sapiens

UniProt P61224

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–166 链 H； UniProt 1–166	未记录	PlexinC1 Intracellular Region × 2 （Q5RGW1） MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294.15 K；0.1 M HEPES, 5% 2-propanol, 25% PEG 3350, 3.6% polypropylene glycol P400, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K	分辨率 3.29 Å R-free 0.299
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–166 链 G； UniProt 1–166	未记录	PlexinC1 Intracellular Region × 2 （Q5RGW1） MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294.15 K；0.1 M HEPES, 5% 2-propanol, 25% PEG 3350, 3.6% polypropylene glycol P400, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K	分辨率 3.29 Å R-free 0.299

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 4M8N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3BRW Structure of the Rap-RapGAP complex 提交 2007-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-167	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；8-11% PEG 2000 MME, 100mM MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 3.40 Å R-free 0.280
3CF6 Structure of Epac2 in complex with cyclic-AMP and Rap 提交 2008-03-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-167	未记录	SP1 6-(6-AMINO-PURIN-9-YL)-2-THIOXO-TETRAHYDRO-2-FURO[3,2-D][1,3,2]DIOXAPHOSPHININE-2,7-DIOL × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M Li2SO4, 0.1M citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.265
3CF6 Structure of Epac2 in complex with cyclic-AMP and Rap 提交 2008-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-167	未记录	SP1 6-(6-AMINO-PURIN-9-YL)-2-THIOXO-TETRAHYDRO-2-FURO[3,2-D][1,3,2]DIOXAPHOSPHININE-2,7-DIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M Li2SO4, 0.1M citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.265
4DXA Co-crystal structure of Rap1 in complex with KRIT1 提交 2012-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–167（167 aa）	突变：G12V	GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.2M KNO3, 20% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.239
4HDO Crystal structure of the binary Complex of KRIT1 bound to the Rap1 GTPase 提交 2012-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-167	未记录	GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；278 K；15% PEG2000 MME, 100 mM Tris, 100 mM potassium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K	分辨率 1.67 Å R-free 0.231
4HDQ Crystal Structure of the Ternary Complex of KRIT1 bound to both the Rap1 GTPase and the Heart of Glass (HEG1) cytoplasmic tail 提交 2012-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-167	未记录	GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；278 K；15% PEG2000 MME, 100 mM Tris, 100 mM potassium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K	分辨率 1.95 Å R-free 0.263
4MGI Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
4MGI Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
4MGK Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.264
4MGK Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.264
4MGY Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	H07 (2S,4aR,6R,7R,7aR)-6-{6-amino-8-[(4-chlorophenyl)sulfanyl]-9H-purin-9-yl}-7-methoxytetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-2-ol 2-oxide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.270
4MGY Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	H07 (2S,4aR,6R,7R,7aR)-6-{6-amino-8-[(4-chlorophenyl)sulfanyl]-9H-purin-9-yl}-7-methoxytetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-2-ol 2-oxide × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.270
4MGZ Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	HR6 (2S,4aR,6R,7R,7aS)-6-[6-amino-8-(benzylsulfanyl)-9H-purin-9-yl]-2-sulfanyltetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-7-ol 2-oxide × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.264
4MGZ Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	HR6 (2S,4aR,6R,7R,7aS)-6-[6-amino-8-(benzylsulfanyl)-9H-purin-9-yl]-2-sulfanyltetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-7-ol 2-oxide × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.264
4MH0 Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	HR4 (2S,4aR,6R,7R,7aS)-6-{6-amino-8-[(4-fluorobenzyl)sulfanyl]-9H-purin-9-yl}-2-sulfanyltetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-7-ol 2-oxide × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.282
4MH0 Selective activation of Epac1 and Epac2 提交 2013-08-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 1–167（167 aa）片段：UNP residues 1-169	未记录	HR4 (2S,4aR,6R,7R,7aS)-6-{6-amino-8-[(4-fluorobenzyl)sulfanyl]-9H-purin-9-yl}-2-sulfanyltetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-7-ol 2-oxide × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.282
5KHO Rasip1 RA domain in complex with Rap1B 提交 2016-06-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–167（167 aa）链 D 1–167（167 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；16% PEG 8K, 200mM Calcium Acetate, and 100mM MES pH 6.5	分辨率 2.78 Å R-free 0.286
6AXF Structure of RasGRP2 in complex with Rap1B 提交 2017-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
6AXF Structure of RasGRP2 in complex with Rap1B 提交 2017-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–167（167 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
6AXF Structure of RasGRP2 in complex with Rap1B 提交 2017-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–167（167 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
6AXF Structure of RasGRP2 in complex with Rap1B 提交 2017-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–167（167 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
6AXF Structure of RasGRP2 in complex with Rap1B 提交 2017-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 1–167（167 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
6AXF Structure of RasGRP2 in complex with Rap1B 提交 2017-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–167（167 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
6AXF Structure of RasGRP2 in complex with Rap1B 提交 2017-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 N 1–167（167 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
6AXF Structure of RasGRP2 in complex with Rap1B 提交 2017-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 1–167（167 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；17% PEG3350 and 10 mM sodium citrate (pH 5.6)	分辨率 3.10 Å R-free 0.258
6BA6 Solution structure of Rap1b/talin complex 提交 2017-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	突变：G12V	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.6；301 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl, 5mM MgCl2；压力 101325 NMR测量条件 pH 6.6；301 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl, 5mM MgCl2；压力 101325 NMR样品组成 0.6 mM [U-13C; U-15N] Rap1b, 0.9 mM talin-F0, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] talin-F0, 0.7 mM Rap1b, 95% H20, 5% D2O \| 95% H20, 5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-15N; U-2H] talin-F0, 0.7 mM Rap1b, 95% H20, 5% D2O \| 95% H20, 5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] talin-F0, 0.7 mM Rap1b, 0.2% H20, 99.8% D20 \| 0.2% H20, 99.8% D20 NMR样品组成 0.6 mM [U-13C; U-15N] Rap1b, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6KYK Crystal structure of Shank3 NTD-ANK mutant in complex with Rap1 提交 2019-09-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–167（167 aa）链 D 1–167（167 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；289 K；0.1M bicine (pH8.5), 1% Dextran sulfate sodium salt, 5% PEG 20000, 10% PEG 1500	分辨率 2.82 Å R-free 0.300
6KYK Crystal structure of Shank3 NTD-ANK mutant in complex with Rap1 提交 2019-09-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–167（167 aa）链 F 1–167（167 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；289 K；0.1M bicine (pH8.5), 1% Dextran sulfate sodium salt, 5% PEG 20000, 10% PEG 1500	分辨率 2.82 Å R-free 0.300
6OQ3 Crystal Structure of the Ternary Complex of KRIT1 bound to both the Rap1 GTPase and HKi2 提交 2019-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	未记录	7WO 2-hydroxynaphthalene-1-carbaldehyde × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20-25% PEG 3,350, 100 mM Tris, pH 8.5, 100 mM KCl	分辨率 1.85 Å R-free 0.292
6OQ4 Crystal Structure of the Ternary Complex of KRIT1 bound to both the Rap1 GTPase and HKi1 提交 2019-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	未记录	N0G 2-{(Z)-[(2-hydroxynaphthalen-1-yl)methylidene]amino}-N-[(1S)-1-phenylethyl]benzamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20-25% PEG 3,350, 100 mM Tris, pH 8.5, 100 mM KCl	分辨率 1.75 Å R-free 0.264
6UZK Crystal Structure of the Ternary Complex of KRIT1 bound to both the Rap1 GTPase and HKi6 提交 2019-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	未记录	QMA 2-hydroxy-6-methoxynaphthalene-1-carbaldehyde × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20-25% PEG 3,350, 100 mM Tris, pH 8.5, 100 mM KCl	分辨率 1.92 Å R-free 0.286
7C7I Crystal structure of SHANK3 SPN domain in complex with GTP-bound Rap1b(E30D,K31E) 提交 2020-05-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–167（167 aa）链 B 1–167（167 aa）	突变：E30D,K31E 突变：E30D,K31E	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；14.4% (w/v) PEG 8000, Sodium cacodylate/Hydrochloric acid (pH 6.5), 160 mM Calcium acetate, 20% (v/v) Glycerol	分辨率 2.28 Å R-free 0.246
7C7J Crystal structure of SHANK3 SPN domain in complex with GTP-bound Rap1b(G12V,Q63E) 提交 2020-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–167（167 aa）	突变：G12V,Q63E	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10% (w/v) PEG 8000, 100 mM Imidazole/Hydrochloric acid (pH 8.0), 200 mM Calcium acetate	分辨率 2.39 Å R-free 0.255
7C7J Crystal structure of SHANK3 SPN domain in complex with GTP-bound Rap1b(G12V,Q63E) 提交 2020-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	突变：G12V,Q63E	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10% (w/v) PEG 8000, 100 mM Imidazole/Hydrochloric acid (pH 8.0), 200 mM Calcium acetate	分辨率 2.39 Å R-free 0.255
8SU8 Co-crystal structure of KRIT1 with a 1-hydroxy 2-naphthaldehyde derivative (6-(furan-2-yl)-2-hydroxy-1-naphthaldehyde). 提交 2023-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	未记录	XE2 (6P)-6-(furan-2-yl)-2-hydroxynaphthalene-1-carbaldehyde × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20% PEG 3350, 100 mM Tris, pH 8.5, 100 mM KCl	分辨率 2.01 Å R-free 0.238
8T09 Co-crystal structure of KRIT1 with a 1-hydroxy 2-naphthaldehyde derivative (6-ethynyl-2-hydroxy-1-naphthaldehyde) 提交 2023-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	未记录	XHZ 6-ethynyl-2-hydroxynaphthalene-1-carbaldehyde × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 3350, 100mM Tris, pH 8.5, 100 mM KCl	分辨率 2.15 Å R-free 0.247
8T7V Co-crystal structure of KRIT1 with a 1-hydroxy 2-naphthaldehyde derivative (6-(furan-2-yl)-2-hydroxy-1-naphthaldehyde) 提交 2023-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–167（167 aa）	未记录	ZTA (7M)-7-(furan-2-yl)-2-hydroxynaphthalene-1-carbaldehyde × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20% PEG 3350, 100mM Tris, pH 8.5, 100mM KCl	分辨率 2.25 Å R-free 0.250

共 22 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAP1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 4–169； UniProt 1–166 作者链 F； PDB构建体 4–169； UniProt 1–166 作者链 G； PDB构建体 4–169； UniProt 1–166 作者链 H； PDB构建体 4–169； UniProt 1–166

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4m8n
沉积日期 deposition_date	2013-08-13
结构标题 title	Crystal Structure of PlexinC1/Rap1B Complex
关键词 keywords	GTPase, GTPase activating protein, Rap, GTP binding, Magnesium Binding, Membrane, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.76 Å
零角强度 I(0) i0	1364540000.00
分子量 molecular_weight	315280.0 kDa
排除体积 excluded_volume	396620 Å³
包络体积 envelope_volume	576260 Å³
水化壳体积 shell_volume	89367 Å³
包络直径 envelope_diameter	180.7 Å
壳层 Rg shell_rg	57.00 Å
包络 Rg envelope_rg	52.31 Å
形状 Rg shape_rg	53.77 Å
总 Rg total_rg	53.84 Å
总原子数 total_atoms	22218
残基数 n_residues	2934
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	183.5 Å
Rg (实空间) rg_real	54.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3650e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6520e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1364000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8217
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	63.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.324
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.500
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	108500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PlexinC1 Intracellular Region
分子量 formula_weight	69216.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	22228

GGSSQKQMSKKMNDQLELMESNIRRDIRQGFVDLQTEKSDLIDNVGAIPFLDYKHFASRIFFPEAGTLTAVMIRDIGEDSEQTTVDEKCLAFAELIRDKQFLSCFVHALEEQKNFSIKDKCTVASLLTLALHGDLLYLTEIMEDLLQSLMDQSSNANPKLLLRRTESIVEKLLTNWMSICLYGFLRESVGQPLFLLVSALTQQISKGPVDSVTEKALYTLSEDWLLCQAQDFEPLKLKVVFAVGTGEEISESLEVIALTCDTIQQVKEKILQTFQRKFGFRYTQQIRDIEIEYEKEGKFVMLQEVDDTSEIRGHVTMLNTLKHYQVGDGACIKVITPKIHAPLKTQNSVKDDKNFSIKYFHLVDPDIDTDLSNHPEKKALKIKEMYLIKLLSTKVAVHSFVENLFKSIWGLPNNKAPLAVKYFFDFLDEQAERKKITDPDVLHIWKTNSLPLRFWVNILKNPDFVFSDMEKSPHLDGCLSVIAQAFMDSFSLTDTHLDKHSPTNKLLYGKDIPQYKQEVKSYYKLVKDQTSISSQELKTFLQEESKKHQNEFNESAALRELYKYMQRYFTEIFQKLEQTDAPSNLKENMHRVKELFDNM

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	leopard danio,zebra danio,zebra fish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ras-related protein Rap-1b
分子量 formula_weight	21409.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

GPHMREYKLVVLGSGGVGKSALTVQFVQGIFVEKYDPTIEDSYRKQVEVDAQQCMLEILDTAGTEQFTAMRDLYMKNGQGFALVYSITAQSTFNDLQDLREQILRVKDTDDVPMILVGNKCDLEDERVVGKEQGQNLARQWNNCAFLESSAKSKINVNEIFYDLVRQINSGGSGSGSSGGSGSGGGSGSGSSGLPETGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ALUMINUM FLUORIDE
分子量 formula_weight	84.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	4m8nA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	506 — GTPase Activation - p120GAP; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — GTPase Activation - p120gap; domain 1

结构域编号 domain_id	4m8nA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4m8nB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	506 — GTPase Activation - p120GAP; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — GTPase Activation - p120gap; domain 1

结构域编号 domain_id	4m8nB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4m8nC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	506 — GTPase Activation - p120GAP; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — GTPase Activation - p120gap; domain 1

结构域编号 domain_id	4m8nC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4m8nD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	506 — GTPase Activation - p120GAP; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — GTPase Activation - p120gap; domain 1

结构域编号 domain_id	4m8nD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4m8nE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4m8nF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4m8nG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4m8nH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	76.276 Å
晶胞边长 b length_b	84.734 Å
晶胞边长 c length_c	138.752 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	91.09 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.15 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.32 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.294 Å
最低分辨率 resolution_low	41.053 Å
R 因子 r_factor	0.2449
R_work r_work	0.2427
R_free r_free	0.2995

fit	/app/data/saxs_computation/m8/4m8n/4m8n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m8/4m8n/4m8n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m8/4m8n/4m8n.dat

Crystal Structure of PlexinC1/Rap1B Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PlexinC1 Intracellular Region

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ras-related protein Rap-1b

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)