4mgx

Crystal structure of human filamin C domains 4-5 and GPIB alpha cytoplasmic domain complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 73.4 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Filamin-C

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 572–756	片段：domains 4 and 5 (UNP residues 572-756)	Platelet glycoprotein Ib alpha chain × 1 （P07359）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；297 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 20% w/v PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 3.16 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4MGX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1V05 Dimerization of human Filamin C: crystal structure of the domain 24 提交 2004-03-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2633–2725（93 aa）片段：ROD DOMAIN, RESIDUES 2633-2725	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；1.6M NA CITRATE, 0.1M HEPES, PH7.5, pH 7.50	分辨率 1.43 Å R-free 0.205
2D7M Solution structure of the 14th Filamin domain from human Filamin C 提交 2005-11-24	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1536–1637（102 aa）片段：Filamin domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.22mM Filamin domain U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2D7N Solution structure of the 16th Filamin domain from human Filamin C 提交 2005-11-24	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1782–1861（80 aa）片段：Filamin domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.19mM Filamin domain U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2D7O Solution structure of the 17th Filamin domain from human Filamin C 提交 2005-11-24	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1856–1953（98 aa）片段：Filamin domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.16mM Filamin domain U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2D7P Solution structure of the 22th Filamin domain from human Filamin C 提交 2005-11-24	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2402–2500（99 aa）片段：Filamin domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.24mM Filamin domain U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2D7Q Solution structure of the 23th Filamin domain from human Filamin C 提交 2005-11-24	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2500–2599（100 aa）片段：Filamin domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.13mM Filamin domain U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2NQC Crystal structure of ig-like domain 23 from human filamin C 提交 2006-10-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2495–2598（104 aa）片段：Ig-like domain 23	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；17.5% PEG 10000, 0.2M imidazole malate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.05 Å R-free 0.237
3V8O Human Filamin C Ig - like Domains 4 and 5 提交 2011-12-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 569–761（193 aa）片段：Domains 4 and 5 (UNP residues 569-761)	未记录	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.6M Sodium Potassium Phosphate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.255
3V8O Human Filamin C Ig - like Domains 4 and 5 提交 2011-12-23	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 569–761（193 aa）片段：Domains 4 and 5 (UNP residues 569-761)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.6M Sodium Potassium Phosphate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.255
7OUU Crystal structure of human filamin C domains 14-15 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1534–1736（203 aa）链 B 1534–1736（203 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295.15 K；0.1 M HEPES 7.0, 30 % v/v Jeffamine ED-2003	分辨率 1.47 Å R-free 0.228
7OUV Crystal structure of human filamin C domains 14-15 cardiovascular disease causing mutation S1624L 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1534–1736（203 aa）链 B 1534–1736（203 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295.15 K；0.1 M SPG pH 5.0, 25% w/v PEG 1500	分辨率 1.80 Å R-free 0.240
7P0E Crystal structure of human filamin C domains 14-15 cardiovascular disease causing mutation G1676R 提交 2021-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1534–1736（203 aa）链 B 1534–1736（203 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；295.15 K；0.1 M BIS-TRIS pH 6.0, 26.3 % w/v PEG 3350, 5% w/v Glycerol	分辨率 1.60 Å R-free 0.221
8PA0 cvHsp (HspB7) C131S alpha-crystallin domain - filamin C (FLNC) domain 24 complex 提交 2023-06-06	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2630–2725（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 mM HEPES and 20% w/v PEG 8000, pH 7.0	分辨率 2.85 Å R-free 0.291

共 12 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FLNC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–185； UniProt 572–756

Platelet glycoprotein Ib alpha chain

物种未注明

UniProt P07359

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 577–585	片段：cytoplasmic domain (UNP residues 577-585)	Filamin-C × 1 （Q14315）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；297 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 20% w/v PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 3.16 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 4MGX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GWB STRUCTURE OF GLYCOPROTEIN 1B 提交 2002-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–296（281 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 16-296	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PT PLATINUM (II) ION × 2 ACY ACETIC ACID × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.80 Å R-free 0.274
1GWB STRUCTURE OF GLYCOPROTEIN 1B 提交 2002-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 16–296（281 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 16-296	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PT PLATINUM (II) ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.80 Å R-free 0.274
1M0Z Crystal Structure of the von Willebrand Factor Binding Domain of Glycoprotein Ib alpha 提交 2002-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–306（290 aa）片段：von Willebrand Factor binding domain	突变：N21Q N159Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；301 K；ammonium sulfate, lithium sulfate, CAPS, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 301K	分辨率 1.85 Å R-free 0.216
1M0Z Crystal Structure of the von Willebrand Factor Binding Domain of Glycoprotein Ib alpha 提交 2002-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 17–306（290 aa）片段：von Willebrand Factor binding domain	突变：N21Q N159Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；301 K；ammonium sulfate, lithium sulfate, CAPS, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 301K	分辨率 1.85 Å R-free 0.216
1M10 Crystal structure of the complex of Glycoprotein Ib alpha and the von Willebrand Factor A1 Domain 提交 2002-06-16	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 17–306（290 aa）片段：von Willebrand Factor binding domain	突变：N21Q N159Q M239V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；PEG 3000, sodium chloride, MES, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.10 Å R-free 0.296
1OOK Crystal Structure of the Complex of Platelet Receptor GPIb-alpha and Human alpha-Thrombin 提交 2003-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 17–306（290 aa）片段：N-terminal domain	突变：C65A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 6000, Ammonium Phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.260
1P8V CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF PLATELET RECEPTOR GPIB-ALPHA AND ALPHA-THROMBIN AT 2.6A 提交 2003-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 17–294（278 aa）片段：Glycoprotein 1B alpha	突变：N21D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 DFP DIISOPROPYL PHOSPHONATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；291 K；14% PEG 400, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 6.00	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
1P9A Crystal Structure of N-Terminal Domain of Human Platelet Receptor Glycoprotein Ib-alpha at 1.7 Angstrom Resolution 提交 2003-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 17–306（290 aa）片段：N-Terminal Domain	突变：C65A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG 6000, Sodium Nitrate, Sodium Acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.224
1QYY Crystal Structure of N-Terminal Domain of Human Platelet Receptor Glycoprotein Ib-alpha at 2.8 Angstrom Resolution 提交 2003-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–306（290 aa）片段：N-Terminal Domain	突变：C65A	PT PLATINUM (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG 6000, SODIUM NITRATE, SODIUM ACETATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.282
1QYY Crystal Structure of N-Terminal Domain of Human Platelet Receptor Glycoprotein Ib-alpha at 2.8 Angstrom Resolution 提交 2003-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 17–306（290 aa）片段：N-Terminal Domain	突变：C65A	PT PLATINUM (II) ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG 6000, SODIUM NITRATE, SODIUM ACETATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.282
1SQ0 Crystal Structure of the Complex of the Wild-type Von Willebrand Factor A1 domain and Glycoprotein Ib alpha at 2.6 Angstrom Resolution 提交 2004-03-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 17–304（288 aa）片段：Glycoprotein Ib-(alpha)	突变：N21D, N159D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；PEG-3350; potassium thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.239
1U0N The ternary von Willebrand Factor A1-glycoprotein Ibalpha-botrocetin complex 提交 2004-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 17–281（265 aa）片段：Alpha chain	突变：N21Q,N159Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；Sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.95 Å R-free 0.276
2BP3 Crystal structure of Filamin A domain 17 and GPIb alpha cytoplasmic domain complex 提交 2005-04-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 T 572–593（22 aa）片段：CYTOPLASMIC DOMAIN, RESIDUES 572-593	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.2；1.75M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 8.2, AFTER MICROSEEDING: 1.25M AMMONIUM SULFATE PH 8.2	分辨率 2.32 Å R-free 0.256
2BP3 Crystal structure of Filamin A domain 17 and GPIb alpha cytoplasmic domain complex 提交 2005-04-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 572–593（22 aa）片段：CYTOPLASMIC DOMAIN, RESIDUES 572-593	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.2；1.75M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 8.2, AFTER MICROSEEDING: 1.25M AMMONIUM SULFATE PH 8.2	分辨率 2.32 Å R-free 0.256
3P72 structure of platelet Glycoprotein 1b alpha with a bound peptide inhibitor 提交 2010-10-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–281（265 aa）片段：UNP residues 17-281	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；298 K；1.9M ammonium sulfate, 80mM lithium sulfate, 100mM N-cyclohexyl-3-aminopropanesulfonic acid buffer. 1:1 mix buffer with 4mg/mL protein. lyophilised peptide added directly to crystallised protein drops., pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.286
3PMH Mechanism of Sulfotyrosine-Mediated Glycoprotein Ib Interaction with Two Distinct alpha-Thrombin Sites 提交 2010-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 17–306（290 aa）片段：unp residues 17-306	突变：C65A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	0G7 D-phenylalanyl-N-[(3S)-6-carbamimidamido-1-chloro-2-oxohexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；277 K；16% PEG 6000, 0.2M ammonium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 3.20 Å R-free 0.263
4C2A Crystal Structure of High-Affinity von Willebrand Factor A1 domain with R1306Q and I1309V Mutations in Complex with High Affinity GPIb alpha 提交 2013-08-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 17–306（290 aa）片段：RESIDUES 17-306	突变：YES	CAC CACODYLATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；CRYSTALS OF A1/VWD2-GPIBALPA/VWD2 COMPLEX APPEARED IN 12% PEG 8000, 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 0.1 M CALCIUM ACETATE, AND 0.4 MG/ML RISTOCETIN (SIGMA-ALDRICH). THESE CRYSTALS WERE CRUSHED AND USED FOR SEEDING. CRYSTALS GREW IN 10 MG/ML COMPLEX, 14% PEG8000, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, AND 0.4 MG/ML RISTOCETIN. NEXT WE SOAKED THESE CRYSTALS IN 14% PEG8000, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 0.1 SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, AND 4 MG/ML RISTOCETIN.	分辨率 2.08 Å R-free 0.189
4C2B Crystal Structure of High-Affinity von Willebrand Factor A1 domain with Disulfide Mutation in Complex with High Affinity GPIb alpha 提交 2013-08-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 17–306（290 aa）	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；CRYSTALS OF A1/SS-GPIB/VWD2 COMPLEX APPEARED IN DROPS WITH 20% PEG 4000, 0.16 M AMMONIUM SULFATE, 0.08M SODIUM ACETATE, PH 4.6, AND 20% GLYCEROL. THESE CRYSTALS WERE CRUSHED AND USED FOR SEEDING CRYSTAL GROWTH IN 8 MG/ML COMPLEX, 15% PEG 4000, 0.16 M AMMONIUM SULFATE, 0.08 M SODIUM ACETATE, PH 4.6, AND 20% GLYCEROL. SINCE THESE CRYSTALS WERE FORMED IN BUFFER CONTAINING 20% GLYCEROL, NO ADDITIONAL CRYOPROTECTION WAS USED.	分辨率 2.80 Å R-free 0.286
4C2B Crystal Structure of High-Affinity von Willebrand Factor A1 domain with Disulfide Mutation in Complex with High Affinity GPIb alpha 提交 2013-08-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 17–306（290 aa）	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；CRYSTALS OF A1/SS-GPIB/VWD2 COMPLEX APPEARED IN DROPS WITH 20% PEG 4000, 0.16 M AMMONIUM SULFATE, 0.08M SODIUM ACETATE, PH 4.6, AND 20% GLYCEROL. THESE CRYSTALS WERE CRUSHED AND USED FOR SEEDING CRYSTAL GROWTH IN 8 MG/ML COMPLEX, 15% PEG 4000, 0.16 M AMMONIUM SULFATE, 0.08 M SODIUM ACETATE, PH 4.6, AND 20% GLYCEROL. SINCE THESE CRYSTALS WERE FORMED IN BUFFER CONTAINING 20% GLYCEROL, NO ADDITIONAL CRYOPROTECTION WAS USED.	分辨率 2.80 Å R-free 0.286
4C2B Crystal Structure of High-Affinity von Willebrand Factor A1 domain with Disulfide Mutation in Complex with High Affinity GPIb alpha 提交 2013-08-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 17–306（290 aa）	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；CRYSTALS OF A1/SS-GPIB/VWD2 COMPLEX APPEARED IN DROPS WITH 20% PEG 4000, 0.16 M AMMONIUM SULFATE, 0.08M SODIUM ACETATE, PH 4.6, AND 20% GLYCEROL. THESE CRYSTALS WERE CRUSHED AND USED FOR SEEDING CRYSTAL GROWTH IN 8 MG/ML COMPLEX, 15% PEG 4000, 0.16 M AMMONIUM SULFATE, 0.08 M SODIUM ACETATE, PH 4.6, AND 20% GLYCEROL. SINCE THESE CRYSTALS WERE FORMED IN BUFFER CONTAINING 20% GLYCEROL, NO ADDITIONAL CRYOPROTECTION WAS USED.	分辨率 2.80 Å R-free 0.286
4C2B Crystal Structure of High-Affinity von Willebrand Factor A1 domain with Disulfide Mutation in Complex with High Affinity GPIb alpha 提交 2013-08-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 17–306（290 aa）	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；CRYSTALS OF A1/SS-GPIB/VWD2 COMPLEX APPEARED IN DROPS WITH 20% PEG 4000, 0.16 M AMMONIUM SULFATE, 0.08M SODIUM ACETATE, PH 4.6, AND 20% GLYCEROL. THESE CRYSTALS WERE CRUSHED AND USED FOR SEEDING CRYSTAL GROWTH IN 8 MG/ML COMPLEX, 15% PEG 4000, 0.16 M AMMONIUM SULFATE, 0.08 M SODIUM ACETATE, PH 4.6, AND 20% GLYCEROL. SINCE THESE CRYSTALS WERE FORMED IN BUFFER CONTAINING 20% GLYCEROL, NO ADDITIONAL CRYOPROTECTION WAS USED.	分辨率 2.80 Å R-free 0.286
4CH2 Low-salt crystal structure of a thrombin-GpIbalpha peptide complex 提交 2013-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 287–300（14 aa）片段：C-TERMINAL FRAGMENT OF GPIBALPHA, 271-284	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 2 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；50 MM SODIUM FORMATE, 16% PEG-3350, pH 7.4	分辨率 1.60 Å R-free 0.187
4CH2 Low-salt crystal structure of a thrombin-GpIbalpha peptide complex 提交 2013-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Q 287–300（14 aa）片段：C-TERMINAL FRAGMENT OF GPIBALPHA, 271-284	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 2 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；50 MM SODIUM FORMATE, 16% PEG-3350, pH 7.4	分辨率 1.60 Å R-free 0.187
4CH8 High-salt crystal structure of a thrombin-GpIbalpha peptide complex 提交 2013-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 287–300（14 aa）片段：C-TERMINAL FRAGMENT OF GPIBALPHA, RESIDUES 271-284	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；100 MM SODIUM FORMATE, 18% PEG-3350, pH 7.4	分辨率 1.75 Å R-free 0.242
4CH8 High-salt crystal structure of a thrombin-GpIbalpha peptide complex 提交 2013-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Q 287–300（14 aa）片段：C-TERMINAL FRAGMENT OF GPIBALPHA, RESIDUES 271-284	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；100 MM SODIUM FORMATE, 18% PEG-3350, pH 7.4	分辨率 1.75 Å R-free 0.242
4CH8 High-salt crystal structure of a thrombin-GpIbalpha peptide complex 提交 2013-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 287–300（14 aa）片段：C-TERMINAL FRAGMENT OF GPIBALPHA, RESIDUES 271-284	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；100 MM SODIUM FORMATE, 18% PEG-3350, pH 7.4	分辨率 1.75 Å R-free 0.242
4CH8 High-salt crystal structure of a thrombin-GpIbalpha peptide complex 提交 2013-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 287–300（14 aa）片段：C-TERMINAL FRAGMENT OF GPIBALPHA, RESIDUES 271-284	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；100 MM SODIUM FORMATE, 18% PEG-3350, pH 7.4	分辨率 1.75 Å R-free 0.242
6XFQ Structure of a novel antithrombotic agent Agkisacucetin in complex with the platelet glycoprotein Ib receptor 提交 2020-06-16	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 17–321（305 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；15% PEG4000, 0.1M HEPES, pH 7.5	分辨率 3.30 Å R-free 0.311
8WE2 14-3-3 zeta complexed with S609 phosphorylated peptide derived from GPIb alpha cytoplasmic domain 提交 2023-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 Q 646–652（7 aa）链 R 646–652（7 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium Acetate, 20% PEG 3350	分辨率 2.11 Å R-free 0.238
8WF6 14-3-3 zeta complexed with S559 phosphorylated peptide derived from GPIb alpha cytoplasmic domain 提交 2023-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 Q 596–607（12 aa）链 R 596–607（12 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；2% Tacsimate pH7.0, 0.1M Hepes pH7.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.47 Å R-free 0.238
8WF6 14-3-3 zeta complexed with S559 phosphorylated peptide derived from GPIb alpha cytoplasmic domain 提交 2023-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 596–607（12 aa）链 F 596–607（12 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SIN SUCCINIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；2% Tacsimate pH7.0, 0.1M Hepes pH7.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.47 Å R-free 0.238
8WFS Cryo-EM structure of GPIb-IX Complex 提交 2023-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 a 523–652（130 aa）	突变：S559E, S609E	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.36 Å

共 20 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GP1BA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–9； UniProt 577–585

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4mgx
沉积日期 deposition_date	2013-08-29
结构标题 title	Crystal structure of human filamin C domains 4-5 and GPIB alpha cytoplasmic domain complex
关键词 keywords	immunoglobulin like fold, muscle Z disk, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.85 Å
零角强度 I(0) i0	7550470.00
分子量 molecular_weight	20411.0 kDa
排除体积 excluded_volume	25627 Å³
包络体积 envelope_volume	29396 Å³
水化壳体积 shell_volume	14939 Å³
包络直径 envelope_diameter	57.6 Å
壳层 Rg shell_rg	22.35 Å
包络 Rg envelope_rg	17.06 Å
形状 Rg shape_rg	16.83 Å
总 Rg total_rg	17.84 Å
总原子数 total_atoms	1439
残基数 n_residues	190
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.4 Å
Rg (实空间) rg_real	17.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5500e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1500e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7551000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6797
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	20.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.224
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.447
角度范围 angular_range	— – 0.4500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1833000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.416; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.584; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Filamin-C
分子量 formula_weight	19793.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1441

QKVRAWGPGLETGQVGKSADFVVEAIGTEVGTLGFSIEGPSQAKIECDDKGDGSCDVRYWPTEPGEYAVHVICDDEDIRDSPFIAHILPAPPDCFPDKVKAFGPGLEPTGCIVDKPAEFTIDARAAGKGDLKLYAQDADGCPIDIKVIPNGDGTFRCSYVPTKPIKHTIIISWGGVNVPKSPFRV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Platelet glycoprotein Ib alpha chain
分子量 formula_weight	1068.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

PTFRSSLFL

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4mgxA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4mgxA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	111.800 Å
晶胞边长 b length_b	111.800 Å
晶胞边长 c length_c	59.880 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 2 2
空间群编号 int_tables_number	95
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.160 Å
最低分辨率 resolution_low	47.730 Å
R 因子 r_factor	0.2288
R_work r_work	0.2265
R_free r_free	0.2768

fit	/app/data/saxs_computation/mg/4mgx/4mgx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mg/4mgx/4mgx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mg/4mgx/4mgx.dat

Crystal structure of human filamin C domains 4-5 and GPIB alpha cytoplasmic domain complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Filamin-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Platelet glycoprotein Ib alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)