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4mn3

Chromodomain antagonists that target the polycomb-group methyllysine reader protein Chromobox homolog 7 (CBX7)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 46.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromobox protein homolog 7

Homo sapiens

UniProt O95931

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 7–62 片段：protein peptide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 P33 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；40% ethylene glycol, 0.1M HEPES pH 7.5, 5% PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 1.54 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4MN3 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2K1B Solution NMR structure of the chromo domain of the chromobox protein homolog 7 提交 2008-02-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 7–62（56 aa） 片段：Chromo domain: Residues 7-62
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）300；压力 ambient
NMR样品组成 10 mM phosphate, 300 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2L1B Solution NMR structure of the chromobox protein Cbx7 with H3K27me3 提交 2010-07-27 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 8–62（55 aa） 片段：UNP Residues 7-62
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）300；压力 ambient
NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 2.7 mM peptide, 10 mM sodium phosphate, 300 mM sodium chloride, 0.5 mM PMSF, 0.5 mM TCEP, 1 mM Benzamidine, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3GS2 Ring1B C-terminal domain/Cbx7 Cbox Complex 提交 2009-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 219–248（30 aa） 片段：Cbox domain, residues 219-248
链 D 219–248（30 aa） 片段：Cbox domain, residues 219-248
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；25% PEG MME 550, 0.1 M MES, 0.01 M zinc sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 1.70 Å R-free 0.243
3GS2 Ring1B C-terminal domain/Cbx7 Cbox Complex 提交 2009-03-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 219–248（30 aa） 片段：Cbox domain, residues 219-248
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；25% PEG MME 550, 0.1 M MES, 0.01 M zinc sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 1.70 Å R-free 0.243
3GS2 Ring1B C-terminal domain/Cbx7 Cbox Complex 提交 2009-03-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 219–248（30 aa） 片段：Cbox domain, residues 219-248
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；25% PEG MME 550, 0.1 M MES, 0.01 M zinc sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 1.70 Å R-free 0.243
5EPJ Crystal Structure of chromodomain of CBX7 in complex with inhibitor UNC3866 提交 2015-11-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 7–62（56 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 13 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M ammonium formate
分辨率 1.60 Å R-free 0.260
6V2R Crystal Structure of chromodomain of CBX7 mutant V13A in complex with inhibitor UNC3866 提交 2019-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 7–62（56 aa） 片段：Chromodomain
突变：V13A UNX UNKNOWN LIGAND × 17 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-tris propane, pH 7
分辨率 1.60 Å R-free 0.235
8SII Crystal Structure of CBX7 with compound UNC4976 提交 2023-04-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 7–62（56 aa） 片段：chromodomain
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.5 M Ammonium Sulfate, 0.1 M BIS-Tris propane PH7.0
分辨率 1.37 Å R-free 0.223
8SII Crystal Structure of CBX7 with compound UNC4976 提交 2023-04-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 7–62（56 aa） 片段：chromodomain
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.5 M Ammonium Sulfate, 0.1 M BIS-Tris propane PH7.0
分辨率 1.37 Å R-free 0.223
9V9P Cryo-EM structure of the cPRC1-di-nucleosome (CBX7) complex 提交 2025-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric
链 S 1–251（251 aa）
链 Y 1–251（251 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.40 Å

共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CBX7_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–56； UniProt 7–62

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4mn3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4mn3
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4mn3
沉积日期 deposition_date2013-09-09
结构标题 titleChromodomain antagonists that target the polycomb-group methyllysine reader protein Chromobox homolog 7 (CBX7)
关键词 keywordschromobox domain 7, TRANSCRIPTION REGULATOR; TRANSCRIPTION REGULATOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.48 Å
零角强度 I(0) i01255670.00
分子量 molecular_weight7891.0 kDa
排除体积 excluded_volume10108 ų
包络体积 envelope_volume11306 ų
水化壳体积 shell_volume8588 ų
包络直径 envelope_diameter42.3 Å
壳层 Rg shell_rg16.85 Å
包络 Rg envelope_rg12.01 Å
形状 Rg shape_rg11.42 Å
总 Rg total_rg13.14 Å
总原子数 total_atoms557
残基数 n_residues60
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax46.0 Å
Rg (实空间) rg_real12.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2560e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7150e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1256000.0000
解质量估计 total_estimate0.8400
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary15.7 Å
偏度 Skewness skewness0.198
峰度 Kurtosis kurtosis-0.239
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha347600.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.652; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.988
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4mn3A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)