SAXSdb — 4mo3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coagulation factor VIII

Sus scrofa

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 1971–2129	片段：C2 domain (UNP residues 1971-2129)	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.4；277 K；2:1 crystallization buffer (0.1 M magnesium acetate, 10% ethanol) to protein, crystals formed overnight with 0.1 M CHES buffer and 220 uL Hampton Research Al's oil over 400 uL reservoir, pH 10.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.209

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4MO3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6MF0 Crystal Structure Determination of Human/Porcine Chimera Coagulation Factor VIII 提交 2018-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：monomeric	链 A 1–386（386 aa）片段：UNP residues 1-386 (pig), 387-761 (human), 762-771,1438-1820 (pig), 2039-2351 (human) 链 A 762–771（10 aa）片段：UNP residues 1-386 (pig), 387-761 (human), 762-771,1438-1820 (pig), 2039-2351 (human) 链 A 1438–1820（383 aa）片段：UNP residues 1-386 (pig), 387-761 (human), 762-771,1438-1820 (pig), 2039-2351 (human) 链 B 1–386（386 aa）片段：UNP residues 1-386 (pig), 387-761 (human), 762-771,1438-1820 (pig), 2039-2351 (human) 链 B 762–771（10 aa）片段：UNP residues 1-386 (pig), 387-761 (human), 762-771,1438-1820 (pig), 2039-2351 (human) 链 B 1438–1820（383 aa）片段：UNP residues 1-386 (pig), 387-761 (human), 762-771,1438-1820 (pig), 2039-2351 (human)	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 CU1 COPPER (I) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG3350, 0.025 M magnesium chloride, 0.025 M HEPES	分辨率 3.20 Å R-free 0.287
6MF0 Crystal Structure Determination of Human/Porcine Chimera Coagulation Factor VIII 提交 2018-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–386（386 aa）片段：UNP residues 1-386 (pig), 387-761 (human), 762-771,1438-1820 (pig), 2039-2351 (human) 链 A 762–771（10 aa）片段：UNP residues 1-386 (pig), 387-761 (human), 762-771,1438-1820 (pig), 2039-2351 (human) 链 A 1438–1820（383 aa）片段：UNP residues 1-386 (pig), 387-761 (human), 762-771,1438-1820 (pig), 2039-2351 (human)	未记录	CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CU1 COPPER (I) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG3350, 0.025 M magnesium chloride, 0.025 M HEPES	分辨率 3.20 Å R-free 0.287
7K66 Structure of Blood Coagulation Factor VIII in Complex with an Anti-C1 Domain Pathogenic Antibody Inhibitor 提交 2020-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–405（405 aa）链 A 1438–1820（383 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CU COPPER (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.7；293 K；17.5 %(w/v) PEG 1500, 50 mM HEPES (pH 7.7)	分辨率 3.92 Å R-free 0.322
7KBT Factor VIII in complex with the anti-C2 domain antibody, G99 提交 2020-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–386（386 aa）链 A 762–771（10 aa）链 A 1438–1820（383 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CU COPPER (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8 - 18% PEG 1500, PEG 6K, or PEG 10K and 50mM malic acid, pH 7.	分辨率 4.15 Å R-free 0.338
7S0P Crystal structure of Porcine Factor VIII C2 Domain Bound to Phosphatidylserine 提交 2021-08-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 M 1974–2129（156 aa）	未记录	SEP PHOSPHOSERINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2:1 drop ratio 0.1 M CHES (pH 7.4) 0.1M magnesium acetate 10% ethanol (v/v) Crystal soaked with 5 mM OPLS	分辨率 1.30 Å R-free 0.156
8G6I Coagulation factor VIII bound to a patient-derived anti-C1 domain antibody inhibitor 提交 2023-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–405（405 aa）链 A 1438–1820（383 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；150 mM NaCl, 20 mM HEPES pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.23 Å
8TY1 Cryo-EM structure of coagulation factor VIII bound to NB2E9 提交 2023-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–391（391 aa）链 A 1438–1820（383 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES (pH 7.4) and 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FA8_PIG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 19–177； UniProt 1971–2129

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4mo3
沉积日期 deposition_date	2013-09-11
结构标题 title	Crystal Structure of Porcine C2 Domain of Blood Coagulation Factor VIII
关键词 keywords	Blood coagulation domain, BLOOD CLOTTING; BLOOD CLOTTING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.89 Å
零角强度 I(0) i0	6057720.00
分子量 molecular_weight	17490.0 kDa
排除体积 excluded_volume	21815 Å³
包络体积 envelope_volume	24464 Å³
水化壳体积 shell_volume	13802 Å³
包络直径 envelope_diameter	53.6 Å
壳层 Rg shell_rg	20.98 Å
包络 Rg envelope_rg	15.43 Å
形状 Rg shape_rg	14.85 Å
总 Rg total_rg	16.14 Å
总原子数 total_atoms	1231
残基数 n_residues	156
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	56.1 Å
Rg (实空间) rg_real	15.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.0580e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.4720e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6058000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8524
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.166
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.292
角度范围 angular_range	— – 0.4950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1217000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.696; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.997

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Coagulation factor VIII
分子量 formula_weight	19903.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M
原子数 atom_count	1442

MGSSHHHHHHENLYFQGSDLNSCSMPLGMQNKAISDSQITASSHLSNIFATWSPSQARLHLQGRTNAWRPRVSSAEEWLQVDLQKTVKVTGITTQGVKSLLSSMYVKEFLVSSSQDGRRWTLFLQDGHTKVFQGNQDSSTPVVNALDPPLFTRYLRIHPTSWAQHIALRLEVLGCEA

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	179

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d4mo3m_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.2 — Discoidin domain (FA58C, coagulation factor 5/8 C-terminal domain)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4mo3M00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.070 Å
晶胞边长 b length_b	68.940 Å
晶胞边长 c length_c	105.960 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.702 Å
最低分辨率 resolution_low	31.912 Å
R 因子 r_factor	0.1786
R_work r_work	0.1752
R_free r_free	0.2093

fit	/app/data/saxs_computation/mo/4mo3/4mo3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mo/4mo3/4mo3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mo/4mo3/4mo3.dat

Crystal Structure of Porcine C2 Domain of Blood Coagulation Factor VIII

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coagulation factor VIII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction