4mvq

Structural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 108.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ion transport protein

Arcobacter butzleri

UniProt A8EVM5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–219 链 B; UniProt 1–219 链 C; UniProt 1–219 链 D; UniProt 1–219 未记录 CA CALCIUM ION × 2 PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.75;298 K;CHAPSO:DMPC BICELLES,0.1M Na-Acetate ,pH4.75, 2M Ammonium Sulfate, 28% Glucose, 15mM Calcium Chloride., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.40 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 71 个其他 PDB 条目、73 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A8EVM5_ARCB4
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 19–237; UniProt 1–219 作者链 B; PDB构建体 19–237; UniProt 1–219 作者链 C; PDB构建体 19–237; UniProt 1–219 作者链 D; PDB构建体 19–237; UniProt 1–219

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4mvq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4mvq
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4mvq
沉积日期 deposition_date2013-09-24
结构标题 titleStructural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel
关键词 keywords;Tetrameric, Voltage-gated Ion Channel, Voltage-gated Calcium Channel, Calcium Selective, Transport Protein, Membrane, METAL TRANSPORT ;; METAL TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.79
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.10
零角强度 I(0) i0127692000.00
分子量 molecular_weight104690.0 kDa
排除体积 excluded_volume136890 ų
包络体积 envelope_volume172950 ų
水化壳体积 shell_volume44086 ų
包络直径 envelope_diameter114.5
壳层 Rg shell_rg39.46
包络 Rg envelope_rg33.28
形状 Rg shape_rg33.11
总 Rg total_rg33.65
总原子数 total_atoms7382
残基数 n_residues876
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax108.0
Rg (实空间) rg_real33.70
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.97
I(0) (实空间) i0_real1.2770e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8960e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.76
I(0) (倒空间) i0_reciprocal127700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8913
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary43.7
偏度 Skewness skewness0.221
峰度 Kurtosis kurtosis-0.333
角度范围 angular_range— – 0.2350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10710000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.898; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.891

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id4mvqA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily350 — Voltage-gated potassium channels. Chain C
结构域编号 domain_id4mvqA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id4mvqB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily350 — Voltage-gated potassium channels. Chain C
结构域编号 domain_id4mvqB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id4mvqC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily350 — Voltage-gated potassium channels. Chain C
结构域编号 domain_id4mvqC02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id4mvqD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily350 — Voltage-gated potassium channels. Chain C
结构域编号 domain_id4mvqD02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)