4n6v

Partial rotational order disorder structure of human stefin B

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 144.1 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cystatin-B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 2； UniProt 8–98	片段：UNP residues 8-98	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；293 K；0.1M CAPS buffer, 0.2M Li2SO4, 2M ammonium sulfate, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
10	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 5； UniProt 8–98	片段：UNP residues 8-98	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；293 K；0.1M CAPS buffer, 0.2M Li2SO4, 2M ammonium sulfate, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 8–98	片段：UNP residues 8-98	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；293 K；0.1M CAPS buffer, 0.2M Li2SO4, 2M ammonium sulfate, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 9； UniProt 8–98	片段：UNP residues 8-98	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；293 K；0.1M CAPS buffer, 0.2M Li2SO4, 2M ammonium sulfate, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 8； UniProt 8–98	片段：UNP residues 8-98	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；293 K；0.1M CAPS buffer, 0.2M Li2SO4, 2M ammonium sulfate, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 7； UniProt 8–98	片段：UNP residues 8-98	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；293 K；0.1M CAPS buffer, 0.2M Li2SO4, 2M ammonium sulfate, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 6； UniProt 8–98	片段：UNP residues 8-98	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；293 K；0.1M CAPS buffer, 0.2M Li2SO4, 2M ammonium sulfate, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
7	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 4； UniProt 8–98	片段：UNP residues 8-98	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；293 K；0.1M CAPS buffer, 0.2M Li2SO4, 2M ammonium sulfate, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
8	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 3； UniProt 8–98	片段：UNP residues 8-98	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；293 K；0.1M CAPS buffer, 0.2M Li2SO4, 2M ammonium sulfate, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
9	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 0； UniProt 8–98	片段：UNP residues 8-98	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；293 K；0.1M CAPS buffer, 0.2M Li2SO4, 2M ammonium sulfate, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4N6V	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1STF THE REFINED 2.4 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF RECOMBINANT HUMAN STEFIN B IN COMPLEX WITH THE CYSTEINE PROTEINASE PAPAIN: A NOVEL TYPE OF PROTEINASE INHIBITOR INTERACTION 提交 1993-04-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 1–98（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.37 Å
2OCT Stefin B (Cystatin B) tetramer 提交 2006-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–98（98 aa）链 B 1–98（98 aa）	突变：C3S, P79S 突变：C3S, P79S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；30 % MPD, 0.1 M HEPES, 1.4-butanediol as additive, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.40 Å R-free 0.189

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYTB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 0； PDB构建体 1–91； UniProt 8–98 作者链 1； PDB构建体 1–91； UniProt 8–98 作者链 2； PDB构建体 1–91； UniProt 8–98 作者链 3； PDB构建体 1–91； UniProt 8–98 作者链 4； PDB构建体 1–91； UniProt 8–98 作者链 5； PDB构建体 1–91； UniProt 8–98 作者链 6； PDB构建体 1–91； UniProt 8–98 作者链 7； PDB构建体 1–91； UniProt 8–98 作者链 8； PDB构建体 1–91； UniProt 8–98 作者链 9； PDB构建体 1–91； UniProt 8–98

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4n6v
沉积日期 deposition_date	2013-10-14
结构标题 title	Partial rotational order disorder structure of human stefin B
关键词 keywords	stefin B, cystatin B, partial rotational order disorder, crystal disorder, HYDROLASE INHIBITOR; HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.90 Å
零角强度 I(0) i0	166816000.00
分子量 molecular_weight	105000.0 kDa
排除体积 excluded_volume	131540 Å³
包络体积 envelope_volume	198870 Å³
水化壳体积 shell_volume	42247 Å³
包络直径 envelope_diameter	148.1 Å
壳层 Rg shell_rg	42.61 Å
包络 Rg envelope_rg	42.37 Å
形状 Rg shape_rg	42.89 Å
总 Rg total_rg	42.92 Å
总原子数 total_atoms	7440
残基数 n_residues	910
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	144.1 Å
Rg (实空间) rg_real	42.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6680e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2380e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	166700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8105
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.541
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.360
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11870000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.794; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.849; Smooth: 0.300

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cystatin-B
分子量 formula_weight	10477.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2,1,9,8,7,6,4,3,0,5
原子数 atom_count	9934

ATQPATAETQHIADQVRSQLEEKENKKFPVFKAVSFKSQVVAGTNYFIKVHVGDEDFVHLRVFQSLPHENKPLTLSNYQTNKAKHDELTYF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	755

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d4n6v0_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.1 — Cystatin/monellin
家族 Family family	d.17.1.2 — Cystatins

结构域编号 domain_id	d4n6v1_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.1 — Cystatin/monellin
家族 Family family	d.17.1.2 — Cystatins

结构域编号 domain_id	d4n6v2_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.1 — Cystatin/monellin
家族 Family family	d.17.1.2 — Cystatins

结构域编号 domain_id	d4n6v3_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.1 — Cystatin/monellin
家族 Family family	d.17.1.2 — Cystatins

结构域编号 domain_id	d4n6v4_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.1 — Cystatin/monellin
家族 Family family	d.17.1.2 — Cystatins

结构域编号 domain_id	d4n6v5_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.1 — Cystatin/monellin
家族 Family family	d.17.1.2 — Cystatins

结构域编号 domain_id	d4n6v6_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.1 — Cystatin/monellin
家族 Family family	d.17.1.2 — Cystatins

结构域编号 domain_id	d4n6v7_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.1 — Cystatin/monellin
家族 Family family	d.17.1.2 — Cystatins

结构域编号 domain_id	d4n6v8_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.1 — Cystatin/monellin
家族 Family family	d.17.1.2 — Cystatins

结构域编号 domain_id	d4n6v9_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.1 — Cystatin/monellin
家族 Family family	d.17.1.2 — Cystatins

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	4n6v000
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	4n6v100
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	4n6v200
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	4n6v300
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	4n6v400
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	4n6v500
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	4n6v600
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	4n6v700
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	4n6v800
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	4n6v900
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	95.559 Å
晶胞边长 b length_b	95.559 Å
晶胞边长 c length_c	254.977 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	80

空间群 space_group	I 4
空间群编号 int_tables_number	79
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	46.370 Å
R 因子 r_factor	0.1921
R_work r_work	0.1899
R_free r_free	0.2337

fit	/app/data/saxs_computation/n6/4n6v/4n6v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n6/4n6v/4n6v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n6/4n6v/4n6v.dat