4n7e

Crystal structure of the Vps10p domain of human sortilin/NTS3 in complex with AF38469

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 93.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sortilin

Homo sapiens

UniProt Q99523

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 2 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 78–756 片段:UNP residues 78-756 突变:V617M beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 2JQ 2-[(6-methylpyridin-2-yl)carbamoyl]-5-(trifluoromethyl)benzoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.3;292 K;0.1 M HEPES-Tris, 0.4 M sodium malonate, 27 % (w/v) PEG 3350, 4.5 % (v/v) glycerol, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K 分辨率 2.70 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SORT_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–679; UniProt 78–756

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4n7e

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4n7e
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4n7e
沉积日期 deposition_date2013-10-15
结构标题 titleCrystal structure of the Vps10p domain of human sortilin/NTS3 in complex with AF38469
关键词 keywords;Sortilin, Small molecule ligand, AF38469, AF40431, proNGF, Alzheimer's disease, Beta-propeller Asp-box repeat, Vps10p domain, 10CC domain, Receptor Sorting, Membrane, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.53
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.35
零角强度 I(0) i093846900.00
分子量 molecular_weight74466.0 kDa
排除体积 excluded_volume92462 ų
包络体积 envelope_volume120640 ų
水化壳体积 shell_volume35920 ų
包络直径 envelope_diameter96.3
壳层 Rg shell_rg35.61
包络 Rg envelope_rg27.14
形状 Rg shape_rg27.32
总 Rg total_rg28.27
总原子数 total_atoms5240
残基数 n_residues653
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax93.4
Rg (实空间) rg_real28.34
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.53
I(0) (实空间) i0_real9.3850e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3770e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.40
I(0) (倒空间) i0_reciprocal93850000.0000
解质量估计 total_estimate0.8897
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary38.4
偏度 Skewness skewness0.113
峰度 Kurtosis kurtosis-0.466
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha18510000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.855; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.997

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4n7eA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Sortilin Vps10-D, 10CC-a domain
结构域编号 domain_id4n7eA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily270

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)