SAXSdb — 4nc7

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit delta

Bacillus subtilis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–92 链 B； UniProt 2–92	片段：UNP residues 2-92	I3C 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid × 1 NI NICKEL (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 290.15K	分辨率 2.00 Å R-free 0.259
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–92	片段：UNP residues 2-92	I3C 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid × 2 NI NICKEL (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 290.15K	分辨率 2.00 Å R-free 0.259
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2–92	片段：UNP residues 2-92	NI NICKEL (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 290.15K	分辨率 2.00 Å R-free 0.259
4	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–92 链 B； UniProt 2–92	片段：UNP residues 2-92	I3C 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid × 2 NI NICKEL (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 290.15K	分辨率 2.00 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4NC7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2KRC Solution structure of the N-terminal domain of Bacillus subtilis delta subunit of RNA polymerase 提交 2009-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–92（91 aa）片段：residues 2-92	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.6；301 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1 NMR样品组成 10 mM sodium chloride-1, 50 uM sodium azide-2, 20 mM phosphate buffer-3, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 10 mM sodium chloride-4, 50 uM sodium azide-5, 20 mM phosphate buffer-6, 14.29 mg/mL filamentous Pf1 bacteriophage-7, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 10 mM sodium chloride-8, 50 uM sodium azide-9, 20 mM phosphate buffer-10, 5 % polyacrylamide gel-11, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2M4K Solution structure of the delta subunit of RNA polymerase from Bacillus subtilis 提交 2013-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–173（172 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 ambient NMR样品组成 10 % [U-100% 2H] D2O, 10 mM sodium chloride, 50 uM sodium azide, 20 mM sodium phosphate, 90 % H2O, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4NC8 N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with nickel ions 提交 2013-10-24	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–92（91 aa）片段：UNP residues 2-92	未记录	NI NICKEL (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K	分辨率 2.17 Å R-free 0.283
4NC8 N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with nickel ions 提交 2013-10-24	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–92（91 aa）片段：UNP residues 2-92	未记录	NI NICKEL (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K	分辨率 2.17 Å R-free 0.283
4NC8 N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with nickel ions 提交 2013-10-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–92（91 aa）片段：UNP residues 2-92 链 B 2–92（91 aa）片段：UNP residues 2-92	未记录	NI NICKEL (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K	分辨率 2.17 Å R-free 0.283
7F75 Cryo-EM structure of Spx-dependent transcription activation complex 提交 2021-06-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 L 1–173（173 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8XA6 Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 L 1–173（173 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
8XA7 Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNAP,sigA and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 L 1–173（173 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
8XA8 Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and HelD complex 提交 2023-12-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 I 1–173（173 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.19 Å

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOE_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–91； UniProt 2–92 作者链 B； PDB构建体 1–91； UniProt 2–92

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4nc7
沉积日期 deposition_date	2013-10-24
结构标题 title	N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with I3C and nickel ions
关键词 keywords	nucleus, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.50 Å
零角强度 I(0) i0	7135070.00
分子量 molecular_weight	19225.0 kDa
排除体积 excluded_volume	23820 Å³
包络体积 envelope_volume	31613 Å³
水化壳体积 shell_volume	14781 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.1 Å
壳层 Rg shell_rg	24.10 Å
包络 Rg envelope_rg	19.46 Å
形状 Rg shape_rg	19.52 Å
总 Rg total_rg	20.25 Å
总原子数 total_atoms	1332
残基数 n_residues	158
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.9 Å
Rg (实空间) rg_real	20.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.1350e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.2300e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7135000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8761
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	20.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.350
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.431
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	870200.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.812; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.956; Smooth: 0.992

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit delta
分子量 formula_weight	11769.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1430

GIKQYSQEELKEMALVEIAHELFEEHKKPVPFQELLNEIASLLGVKKEELGDRIAQFYTDLNIDGRFLALSDQTWGLRSWYPYDQLDEETQLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid
分子量 formula_weight	558.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	80

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4nc7A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1250 — RNA polymerase, subunit delta, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4nc7B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1250 — RNA polymerase, subunit delta, N-terminal domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	41.650 Å
晶胞边长 b length_b	110.200 Å
晶胞边长 c length_c	85.260 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	27.500 Å
R 因子 r_factor	0.2042
R_work r_work	0.2013
R_free r_free	0.2594

fit	/app/data/saxs_computation/nc/4nc7/4nc7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nc/4nc7/4nc7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nc/4nc7/4nc7.dat

N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with I3C and nickel ions

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit delta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction