SAXSdb — 4nem

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 4–133	未记录	2JY 5-[(2,3-dichlorophenoxy)methyl]furan-2-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；34% PEG 8K, 0.1 M NaOAc, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.93 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4NEM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4NEJ Small molecular fragment bound to crystal contact interface of Interleukin-2 提交 2013-10-29	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–133（130 aa）	未记录	2K1 5-methylfuran-2-carboxylic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；34% PEG 8K, 0.1 M NaOAc, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.92 Å R-free 0.258
6VWU X-ray structure of ALKS 4230, a fusion of circularly permuted human Interleukin-2 and Interleukin-2 Receptor alpha 提交 2020-02-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 75–133（59 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；An equal volume of protein was mixed with crystallization buffer, 25 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Hepes 7.5. Large crystals appeared within 48-72 hours, and were frozen in a cryoprotectant consisting of mother liquor with 10 % glycerol	分辨率 3.40 Å R-free 0.297

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6QWN0_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–130； UniProt 4–133

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4nem
沉积日期 deposition_date	2013-10-29
结构标题 title	Small molecular fragment bound to crystal contact interface of Interleukin-2
关键词 keywords	fragment mapping, crystal contact, cytokine, Interleukin-2, helixbundle, CD25, extracellular, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.29 Å
零角强度 I(0) i0	3321000.00
分子量 molecular_weight	13615.0 kDa
排除体积 excluded_volume	17412 Å³
包络体积 envelope_volume	19546 Å³
水化壳体积 shell_volume	11849 Å³
包络直径 envelope_diameter	52.4 Å
壳层 Rg shell_rg	19.82 Å
包络 Rg envelope_rg	14.79 Å
形状 Rg shape_rg	14.24 Å
总 Rg total_rg	15.63 Å
总原子数 total_atoms	953
残基数 n_residues	114
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	52.8 Å
Rg (实空间) rg_real	15.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3210e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6550e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3321000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8693
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.226
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.241
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.767; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 1.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Interleukin-2
分子量 formula_weight	15150.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	968

SSSTKKTQLQLEHLLLDLQMILNGINNYKNPKLTRMLTFKFYMPKKATELKHLQCLEEELKPLEEVLNLAQSKNFHLRPRDLISNINVIVLELKGSETTFMCEYADETATIVEFLNRWITFSQSIISTLT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	5-[(2,3-dichlorophenoxy)methyl]furan-2-carboxylic acid
分子量 formula_weight	287.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	15

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d4nema_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamily	a.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family family	a.26.1.2 — Short-chain cytokines

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4nemA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	31.709 Å
晶胞边长 b length_b	48.544 Å
晶胞边长 c length_c	79.767 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.934 Å
最低分辨率 resolution_low	41.468 Å
R 因子 r_factor	0.2093
R_work r_work	0.2069
R_free r_free	0.2589

fit	/app/data/saxs_computation/ne/4nem/4nem.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ne/4nem/4nem.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ne/4nem/4nem.dat

Small molecular fragment bound to crystal contact interface of Interleukin-2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction