4nia

Satellite Tobacco Mosaic Virus Refined at room temperature to 1.8 A Resolution using NCS Restraints

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 60 RNA 180	;RNA (5'-R(PAPAPAPAPAPAPAPAPAPA)-3') ; × 60 ;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') ; × 60 ;RNA (5'-R(PUPU)-3') ; × 60 MAGNESIUM ION × 12 PHOSPHATE ION × 12 SULFATE ION × 4 water × 200	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COAT_STMV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 B； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 C； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 D； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 E； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 F； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 G； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 H； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 I； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 J； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 K； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 L； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 M； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 N； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 O； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4nia
沉积日期 deposition_date	2013-11-05
结构标题 title	Satellite Tobacco Mosaic Virus Refined at room temperature to 1.8 A Resolution using NCS Restraints
关键词 keywords	Double-helix RNA, Protein-RNA complex, Swiss Jelly-roll beta barrel, icosahedral virus, VIRUS-RNA complex; VIRUS/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4nia__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4nia__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4nia__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	69.64 Å
Rg（电子密度）	70.80 Å
总 Rg	70.66 Å
原子数	80888
残基数	9312
排除体积	1386500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4nia__assembly_1__model_1`	240-meric （240）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Coat protein
分子量 formula_weight	17533.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	15

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O
原子数 atom_count	28403

MGRGKVKPNRKSTGDNSNVVTMIRAGSYPKVNPTPTWVRAIPFEVSVQSGIAFKVPVGSLFSANFRTDSFTSVTVMSVRAWTQLTPPVNEYSFVRLKPLFKTGDSTEEFEGRASNINTRASVGYRIPTNLRQNTVAADNVCEVRSNCRQVALVISCCFN

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PAPAPAPAPAPAPAPAPAPA)-3') ;
分子量 formula_weight	3247.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	15

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,a,b,c,d

AAAAAAAAAA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') ;
分子量 formula_weight	3016.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	15

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	e,f,g,h,i,j,k,l,m,n,o,p,q,r,s

UUUUUUUUUU

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PUPU)-3') ;
分子量 formula_weight	567.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	15

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	t,u,v,w,x,y,z,1,2,3,4,5,6,7,8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3381

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (15 domains)

结构域编号 domain_id	d4niaa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.7 — Satellite viruses
家族 Family family	b.121.7.1 — Satellite viruses

结构域编号 domain_id	d4niab_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.7 — Satellite viruses
家族 Family family	b.121.7.1 — Satellite viruses

结构域编号 domain_id	d4niac_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.7 — Satellite viruses
家族 Family family	b.121.7.1 — Satellite viruses

结构域编号 domain_id	d4niad_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.7 — Satellite viruses
家族 Family family	b.121.7.1 — Satellite viruses

结构域编号 domain_id	d4niae_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.7 — Satellite viruses
家族 Family family	b.121.7.1 — Satellite viruses

结构域编号 domain_id	d4niaf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.7 — Satellite viruses
家族 Family family	b.121.7.1 — Satellite viruses

结构域编号 domain_id	d4niag_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.7 — Satellite viruses
家族 Family family	b.121.7.1 — Satellite viruses

结构域编号 domain_id	d4niah_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.7 — Satellite viruses
家族 Family family	b.121.7.1 — Satellite viruses

结构域编号 domain_id	d4niai_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.7 — Satellite viruses
家族 Family family	b.121.7.1 — Satellite viruses

结构域编号 domain_id	d4niaj_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.7 — Satellite viruses
家族 Family family	b.121.7.1 — Satellite viruses

结构域编号 domain_id	d4niak_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.7 — Satellite viruses
家族 Family family	b.121.7.1 — Satellite viruses

结构域编号 domain_id	d4nial_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.7 — Satellite viruses
家族 Family family	b.121.7.1 — Satellite viruses

结构域编号 domain_id	d4niam_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.7 — Satellite viruses
家族 Family family	b.121.7.1 — Satellite viruses

结构域编号 domain_id	d4nian_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.7 — Satellite viruses
家族 Family family	b.121.7.1 — Satellite viruses

结构域编号 domain_id	d4niao_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.7 — Satellite viruses
家族 Family family	b.121.7.1 — Satellite viruses

CATH v4.4 (15 domains)

结构域编号 domain_id	4niaA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — Satellite virus coat domain

结构域编号 domain_id	4niaB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — Satellite virus coat domain

结构域编号 domain_id	4niaC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — Satellite virus coat domain

结构域编号 domain_id	4niaD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — Satellite virus coat domain

结构域编号 domain_id	4niaE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — Satellite virus coat domain

结构域编号 domain_id	4niaF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — Satellite virus coat domain

结构域编号 domain_id	4niaG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — Satellite virus coat domain

结构域编号 domain_id	4niaH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — Satellite virus coat domain

结构域编号 domain_id	4niaI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — Satellite virus coat domain

结构域编号 domain_id	4niaJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — Satellite virus coat domain

结构域编号 domain_id	4niaK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — Satellite virus coat domain

结构域编号 domain_id	4niaL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — Satellite virus coat domain

结构域编号 domain_id	4niaM00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — Satellite virus coat domain

结构域编号 domain_id	4niaN00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — Satellite virus coat domain

结构域编号 domain_id	4niaO00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — Satellite virus coat domain

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晶胞边长 a length_a	174.268 Å
晶胞边长 b length_b	191.774 Å
晶胞边长 c length_c	202.503 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	120

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.820 Å
最低分辨率 resolution_low	87.040 Å
R 因子 r_factor	0.1240
R_work r_work	0.1230
R_free r_free	0.1560

Satellite Tobacco Mosaic Virus Refined at room temperature to 1.8 A Resolution using NCS Restraints

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4nia__assembly_1__model_1

4nia__assembly_1__model_1 | I(q)

4nia__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (15 domains)

CATH v4.4 (15 domains)

7. 引用文献 (6)

Satellite Tobacco Mosaic Virus Refined at room temperature to 1.8 A Resolution using NCS Restraints

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4nia__assembly_1__model_1

4nia__assembly_1__model_1 | I(q)

4nia__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (15 domains)

CATH v4.4 (15 domains)

7. 引用文献 (6)