SAXSdb — 4nsw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Arf-GAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–377 链 B； UniProt 1–377	片段：UNP residues 1-377	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；0.2M AMMONIUM CITRATE, 10% PEG3350, 6.0MM OCTYL BETA-THIOGLUCOPYRANOSIDE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.20 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4NSW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3JUE Crystal Structure of ArfGAP and ANK repeat domain of ACAP1 提交 2009-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 378–740（363 aa）片段：ArfGAP and ANK repeat domain, residues 378-740	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；289 K；0.2M ammonium sulfate, 14% PEG 3350, 0.1M Sodium Citrate, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.30 Å R-free 0.219
3JUE Crystal Structure of ArfGAP and ANK repeat domain of ACAP1 提交 2009-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 378–740（363 aa）片段：ArfGAP and ANK repeat domain, residues 378-740	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；289 K；0.2M ammonium sulfate, 14% PEG 3350, 0.1M Sodium Citrate, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.30 Å R-free 0.219
3T9K Crystal Structure of ACAP1 C-portion mutant S554D fused with integrin beta1 peptide 提交 2011-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 378–740（363 aa）	突变：S554D	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；0.2M ammonium sulfate, 14% PEG 3350, 0.1M Sodium Citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.30 Å R-free 0.225
3T9K Crystal Structure of ACAP1 C-portion mutant S554D fused with integrin beta1 peptide 提交 2011-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 378–740（363 aa）	突变：S554D	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；0.2M ammonium sulfate, 14% PEG 3350, 0.1M Sodium Citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.30 Å R-free 0.225
4CKG Helical reconstruction of ACAP1(BAR-PH domain) decorated membrane tubules by cryo-electron microscopy 提交 2014-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 40 PDB 声明：40-meric	链 A 1–377（377 aa）片段：BAR-PH DOMAIN, RESIDUES 1-377 链 B 1–377（377 aa）片段：BAR-PH DOMAIN, RESIDUES 1-377 链 C 1–377（377 aa）片段：BAR-PH DOMAIN, RESIDUES 1-377 链 D 1–377（377 aa）片段：BAR-PH DOMAIN, RESIDUES 1-377	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50MM HEPES, PH7.4, 100MM NACL；pH 7.4；50MM HEPES, PH7.4, 100MM NACL cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 15.00 Å
4CKH Helical reconstruction of ACAP1(BAR-PH domain) decorated membrane tubules by cryo-electron microscopy 提交 2014-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 40 PDB 声明：40-meric	链 A 1–377（377 aa）片段：BAR-PH DOMAIN, RESIDUES 1-377 链 B 1–377（377 aa）片段：BAR-PH DOMAIN, RESIDUES 1-377 链 C 1–377（377 aa）片段：BAR-PH DOMAIN, RESIDUES 1-377 链 D 1–377（377 aa）片段：BAR-PH DOMAIN, RESIDUES 1-377	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50MM HEPES, PH7.4, 100MM NACL；pH 7.4；50MM HEPES, PH7.4, 100MM NACL cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 17.00 Å
4F1P Crystal Structure of mutant S554D for ArfGAP and ANK repeat domain of ACAP1 提交 2012-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 378–740（363 aa）片段：ArfGAP and ANK repeat domains, UNP residues 378-740	突变：S554D	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；289 K；0.2M ammonium sulfate, 12-14% PEG 3350, 0.1M Sodium Citrate, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.30 Å R-free 0.235
4F1P Crystal Structure of mutant S554D for ArfGAP and ANK repeat domain of ACAP1 提交 2012-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 378–740（363 aa）片段：ArfGAP and ANK repeat domains, UNP residues 378-740	突变：S554D	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；289 K；0.2M ammonium sulfate, 12-14% PEG 3350, 0.1M Sodium Citrate, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.30 Å R-free 0.235
5H3D Helical structure of membrane tubules decorated by ACAP1 (BARPH doamin) protein by cryo-electron microscopy and MD simulation 提交 2016-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 A 1–377（377 aa）链 B 1–377（377 aa）链 C 1–377（377 aa）链 D 1–377（377 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50mM HEPES, pH7.4, 100mM NaCl, pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 14.00 Å
5H3D Helical structure of membrane tubules decorated by ACAP1 (BARPH doamin) protein by cryo-electron microscopy and MD simulation 提交 2016-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–377（377 aa）链 B 1–377（377 aa）链 C 1–377（377 aa）链 D 1–377（377 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50mM HEPES, pH7.4, 100mM NaCl, pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 14.00 Å
5H3D Helical structure of membrane tubules decorated by ACAP1 (BARPH doamin) protein by cryo-electron microscopy and MD simulation 提交 2016-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–377（377 aa）链 B 1–377（377 aa）链 C 1–377（377 aa）链 D 1–377（377 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50mM HEPES, pH7.4, 100mM NaCl, pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 14.00 Å

共 6 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACAP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–382； UniProt 1–377 作者链 B； PDB构建体 6–382； UniProt 1–377

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4nsw
沉积日期 deposition_date	2013-11-29
结构标题 title	Crystal structure of the BAR-PH domain of ACAP1
关键词 keywords	COILED-COIL, BAR DOMAIN, PH DOMAIN, GTPASE ACTIVATION, PROTEIN TRANSPORT, membrane remodeling; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.84 Å
零角强度 I(0) i0	107466000.00
分子量 molecular_weight	83061.0 kDa
排除体积 excluded_volume	103550 Å³
包络体积 envelope_volume	156990 Å³
水化壳体积 shell_volume	30336 Å³
包络直径 envelope_diameter	166.9 Å
壳层 Rg shell_rg	42.32 Å
包络 Rg envelope_rg	51.38 Å
形状 Rg shape_rg	50.83 Å
总 Rg total_rg	50.49 Å
总原子数 total_atoms	5839
残基数 n_residues	730
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	160.2 Å
Rg (实空间) rg_real	50.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0750e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2560e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	107300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6096
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	25.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.550
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.688
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3077000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.279; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.090; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4nswA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain

结构域编号 domain_id	4nswA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	4nswB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain

结构域编号 domain_id	4nswB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.460 Å
晶胞边长 b length_b	59.720 Å
晶胞边长 c length_c	168.950 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.40 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	29.850 Å
R 因子 r_factor	0.2140
R_work r_work	0.2110
R_free r_free	0.2660

描述 description	Arf-GAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 1
分子量 formula_weight	43334.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5985

Crystal structure of the BAR-PH domain of ACAP1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Arf-GAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	146

fit	/app/data/saxs_computation/ns/4nsw/4nsw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ns/4nsw/4nsw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ns/4nsw/4nsw.dat