Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 268–443 | 片段：UNP residues 268-443 | Nonstructural protein 1 × 1 （T2F8K6） UNX UNKNOWN LIGAND × 18 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；10% PEG8000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M Tris, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K | 分辨率 1.90 Å R-free 0.242 |
| 2 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 | 链 C； UniProt 268–443 | 片段：UNP residues 268-443 | Nonstructural protein 1 × 1 （T2F8K6） UNX UNKNOWN LIGAND × 13 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；10% PEG8000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M Tris, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K | 分辨率 1.90 Å R-free 0.242 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 4NW2 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2B2T Tandem chromodomains of human CHD1 complexed with Histone H3 Tail containing trimethyllysine 4 and phosphothreonine 3 提交 2005-09-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
268–443（176 aa）
片段：residues 268-443
链 B
268–443（176 aa）
片段：residues 268-443
链 C
268–373（106 aa）
片段：residues 268-373
|
突变：C436M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C436M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8；283 K；4% PEG3350, 0.05M HEPES, pH 8.0, 10mM BTP, 12.5mM NaCl, 5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K, pH 8.00
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.266 |
| 2B2U Tandem chromodomains of human CHD1 complexed with Histone H3 Tail containing trimethyllysine 4 and dimethylarginine 2 提交 2005-09-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
268–443（176 aa）
片段：residues 268-443
链 B
268–443（176 aa）
片段：residues 268-443
链 C
268–373（106 aa）
片段：residues 268-373
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8；283 K；4% PEG3350, 0.05M HEPES, pH 8.0, 10mM BTP, 12.5mM NaCl, 5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K, pH 8.00
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.290 |
| 2B2V Crystal structure analysis of human CHD1 chromodomains 1 and 2 bound to histone H3 resi 1-15 MeK4 提交 2005-09-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
268–443（176 aa）
片段：residues 268-443
链 B
268–443（176 aa）
片段：residues 268-443
链 C
268–373（106 aa）
片段：residues 268-373
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8；283 K；4% PEG3350, 0.05M HEPES, pH 8.0, 10mM BTP, 12.5mM NaCl, 5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K, pH 8.00
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.266 |
| 2B2W Tandem chromodomains of human CHD1 complexed with Histone H3 Tail containing trimethyllysine 4 提交 2005-09-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
268–443（176 aa）
片段：residues 268-443
链 B
268–443（176 aa）
片段：residues 268-443
链 C
268–373（106 aa）
片段：residues 268-373
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8；283 K；4% PEG3350, 0.05M HEPES pH 8.0, 10mM BTP, 12.5mM NaCl, 5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K, pH 8.00
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.273 |
| 2B2Y Tandem chromodomains of human CHD1 提交 2005-09-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
268–443（176 aa）
片段：residues 268-443
链 B
268–443（176 aa）
片段：residues 268-443
链 C
268–373（106 aa）
片段：residues 268-373
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8；283 K；4% PEG3350, 0.05M HEPES, 10mM BTP, pH 8.0, 12.5mM NaCl, 5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K, pH 8.00
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.264 |
| 2N39 NMR solution structure of a C-terminal domain of the chromodomain helicase DNA-binding protein 1 提交 2015-05-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1409–1511（103 aa）
片段：C-terminal domain (UNP residues 1409-1511)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 ambient
NMR样品组成
440 uM [U-98% 13C; U-98% 15N] CHD1-C, 20 mM sodium phosphate, 10 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.003 w/v sodium azide, 0.2 mM 2,2-dimethyl-2-silapentane-5-sulfonate (DSS), 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 4B4C Crystal structure of the DNA-binding domain of human CHD1. 提交 2012-07-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1119–1327（209 aa）
片段：DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 1119-1327
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 GOL GLYCEROL × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.5；2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M CITRATE PH 3.5
|
分辨率 1.62 Å R-free 0.226 |
| 4O42 Tandem chromodomains of human CHD1 in complex with influenza NS1 C-terminal tail dimethylated at K229 提交 2013-12-18 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
268–443（176 aa）
片段：UNP residues 268-443
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 11 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；291 K；15% PEG3350, 0.1 succinic acid, pH 7, temperature 291K
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.221 |
| 5AFW Assembly of methylated LSD1 and CHD1 drives AR-dependent transcription and translocation 提交 2015-01-26 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
270–443（174 aa）
片段：RESIDUES 270-443
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
0.1 M HEPES PH 7.5, 0.2 M L-PROLINE, 10% (W/V) PEG3350
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.227 |
| 8UMG Chromodomains of human CHD1 complexed with UNC10142 提交 2023-10-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
268–445（178 aa）
链 B
268–445（178 aa）
链 C
268–445（178 aa）
|
突变：+KK 突变：+KK 突变：+KK | X31 1-{4-[{2-(azonan-1-yl)-6-methoxy-7-[3-(piperidin-1-yl)propoxy]quinazolin-4-yl}(methyl)amino]piperidin-1-yl}ethan-1-one × 2 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；PEG3350, sodium chloride, HEPES
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.320 |
| 9EAR CHD1-nucleosome complex (closed state) 提交 2024-11-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric |
链 W
2–1327（1326 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9NH8 CHD1-nucleosome complex (anchored state) 提交 2025-02-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric |
链 W
2–1327（1326 aa）
|
未记录 | ARG ARGININE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9T9E Crystal structure of human CHD1 tandem chromodomain in complex with the ethoxyquinoline-based inhibitor 2b 提交 2025-11-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
270–443（174 aa）
|
未记录 | A1JUQ ~{N}2-[3-(dimethylamino)propyl]-7-ethoxy-~{N}4-[1-(phenylmethyl)piperidin-4-yl]quinoline-2,4-diamine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；281 K；12 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES, pH 7.5. The ligand (final conc. of 20 mM, 10% (v/v) DMSO) has been soaked in this condition for 24 h.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.221 |
| 9T9F Crystal structure of human CHD1 tandem chromodomain in complex with the ethoxyquinoline-based inhibitor 2l 提交 2025-11-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
270–443（174 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 A1JUR 2-[4-(dimethylamino)piperidin-1-yl]-7-ethoxy-~{N}-[1-(phenylmethyl)piperidin-4-yl]quinolin-4-amine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；281 K；12 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES, pH 7.5. The ligand (final conc. of 10 mM, 10% (v/v) DMSO) has been soaked in this condition for 24 h.
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.208 |
| 9T9G Crystal structure of human CHD1 tandem chromodomain in complex with the ethoxyquinazoline-based inhibitor 1q 提交 2025-11-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
270–443（174 aa）
|
未记录 | A1JUO 2-[4-(dimethylamino)piperidin-1-yl]-7-ethoxy-~{N}-[1-(phenylmethyl)piperidin-4-yl]quinazolin-4-amine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 BU3 (R,R)-2,3-BUTANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；281 K；12 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES, pH 7.5. The ligand (final conc. of 20 mM, 10 % (v/v) DMSO) has been soaked in this condition for 24 h.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.212 |
| 9T9H Crystal structure of human CHD1 tandem chromodomain in complex with the ethoxyquinoline-based inhibitor 2n 提交 2025-11-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
270–443（174 aa）
|
未记录 | A1JUP 7-ethoxy-2-[4-[(4-methoxyphenyl)methylamino]piperidin-1-yl]-~{N}-[1-(phenylmethyl)piperidin-4-yl]quinolin-4-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；281 K；12 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES, pH 7.5. The ligand (final conc. of 10 mM, 10% (v/v) DMSO) has been soaked in this condition for 24 h.
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.208 |
| 9T9I Crystal structure of human CHD1 tandem chromodomain in complex with the ethoxyquinoline-based inhibitor 2s 提交 2025-11-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
270–443（174 aa）
|
未记录 | A1JUS 7-ethoxy-2-[4-[[4-[[1-(2-methoxyethyl)-1,2,3-triazol-4-yl]methoxy]phenyl]methylamino]piperidin-1-yl]-~{N}-[1-(phenylmethyl)piperidin-4-yl]quinolin-4-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；281 K；12 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES, pH 7.5. The ligand (final conc. of 10 mM, 10% (v/v) DMSO) has been soaked in this condition for 24 h.
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.217 |
共 17 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
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| UniProt名称 | CHD1_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 19–194； UniProt 268–443 作者链 C； PDB构建体 19–194； UniProt 268–443 |