SAXSdb — 4nwr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

integron gene cassette protein

uncultured bacterium

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Macrophage migration inhibitory factor-like protein × 12 （Q4Q413）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Macrophage migration inhibitory factor-like protein × 12 （Q4Q413）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Macrophage migration inhibitory factor-like protein × 12 （Q4Q413）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Macrophage migration inhibitory factor-like protein × 12 （Q4Q413）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B0BGB0_9BACT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 0； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 2； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 4； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 6； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 8； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 A； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 AA； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 AC； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 AE； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 AG； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 AI； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 AK； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 AM； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 AO； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 AQ； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 AS； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 AU； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 AW； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 AY； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 BA； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 BC； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 BE； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 BG； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 C； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 E； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 G； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 I； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 K； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 M； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 O； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 Q； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 S； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 U； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 W； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 Y； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 a； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 c； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 e； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 g； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 i； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 k； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 m； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 o； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 q； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 s； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 u； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 w； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 y； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158

Macrophage migration inhibitory factor-like protein

Leishmania major

UniProt Q4Q413

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	integron gene cassette protein × 12 （B0BGB0）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	integron gene cassette protein × 12 （B0BGB0）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	integron gene cassette protein × 12 （B0BGB0）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	integron gene cassette protein × 12 （B0BGB0）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q4Q413_LEIMA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 3； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 5； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 7； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 9； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 AB； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 AD； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 AF； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 AH； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 AJ； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 AL； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 AN； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 AP； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 AR； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 AT； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 AV； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 AX； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 AZ； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 B； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 BB； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 BD； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 BF； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 BH； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 D； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 F； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 H； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 J； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 L； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 N； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 P； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 R； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 T； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 V； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 X； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 Z； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 b； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 d； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 f； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 h； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 j； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 l； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 n； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 p； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 r； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 t； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 v； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 x； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 z； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4nwr
沉积日期 deposition_date	2013-12-06
结构标题 title	Computationally Designed Two-Component Self-Assembling Tetrahedral Cage T33-28
关键词 keywords	;two-component, self-assembling, tetrahedron, designed protein cage, computational design, computational biology, protein engineering, multimerization, nanomaterial, nanostructure, integrons, macrophage migration-inhibitory factors, PROTEIN BINDING ;; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4nwr__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4nwr__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4nwr__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.96 Å
Rg（电子密度）	48.69 Å
总 Rg	48.87 Å
原子数	22187
残基数	3170
排除体积	390220 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4nwr__assembly_1__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4nwr__assembly_2__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4nwr__assembly_3__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4nwr__assembly_4__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	integron gene cassette protein
分子量 formula_weight	17789.0 kDa
突变 mutation	K49I, D53A, Q56I, S57F, I58L, F64D, L109E, E112L, K113A, A116V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	48

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O,Q,S,U,W,Y,a,c,e,g,i,k,m,o,q,s,u,w,y,0,2,4,6,8,AA,AC,AE,AG,AI,AK,AM,AO,AQ,AS,AU,AW,AY,BA,BC,BE,BG
原子数 atom_count	88858

MESVNTSFLSPSLVTIRDFDNGQFAVLRIGRTGFPADKGDIDLCLDKMIGVRAAQIFLGDDTEDGFKGPHIRIRCVDIDDKHTYNAMVYVDLIVGTGASEVERETAEEEAKLALRVALQVDIADEHSCVTQFEMKLREELLSSDSFHPDKDEYYKDFL

来源 Source

来源生物 organism	uncultured bacterium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	77133
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Macrophage migration inhibitory factor-like protein
分子量 formula_weight	13517.7 kDa
突变 mutation	E18L, N19L, Q22I, V23I, A26I, D30V, K87A, E88V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	48

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P,R,T,V,X,Z,b,d,f,h,j,l,n,p,r,t,v,x,z,1,3,5,7,9,AB,AD,AF,AH,AJ,AL,AN,AP,AR,AT,AV,AX,AZ,BB,BD,BF,BH

MPVIQTFVSTPLDHHKRLLLAIIYRIVTRVVLGKPEDLVMMTFHDSTPMHFFGSTDPVACVRVEALGGYGPSEPEKVTSIVTAAITAVCGIVADRIFVLYFSPLHCGWNGTNFLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Leishmania major
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5664
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	124.910 Å
晶胞边长 b length_b	189.250 Å
晶胞边长 c length_c	376.830 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.02 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	96

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	94.207 Å
R 因子 r_factor	0.2653
R_work r_work	0.2616
R_free r_free	0.2983

Computationally Designed Two-Component Self-Assembling Tetrahedral Cage T33-28

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

integron gene cassette protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Macrophage migration inhibitory factor-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4nwr__assembly_3__model_1

4nwr__assembly_3__model_1 | I(q)

4nwr__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Computationally Designed Two-Component Self-Assembling Tetrahedral Cage T33-28

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

integron gene cassette protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Macrophage migration inhibitory factor-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4nwr__assembly_3__model_1

4nwr__assembly_3__model_1 | I(q)

4nwr__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)