SAXSdb — 4o9s

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinol-binding protein 4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 19–201	未记录	2RY 1-[4-(7-thia-9,11-diazatricyclo[6.4.0.0^{2,6}]dodeca-1(12),2(6),8,10-tetraen-12-yl)piperazin-1-yl]-2-[2-(trifluoromethyl)phenyl]ethanone × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 13 CL CHLORIDE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；1M ammonium phosphate dibasic, 0.1M imidazole, 0.2M sodium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 2.30 Å R-free 0.261
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 19–201	未记录	2RY 1-[4-(7-thia-9,11-diazatricyclo[6.4.0.0^{2,6}]dodeca-1(12),2(6),8,10-tetraen-12-yl)piperazin-1-yl]-2-[2-(trifluoromethyl)phenyl]ethanone × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 13 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；1M ammonium phosphate dibasic, 0.1M imidazole, 0.2M sodium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 2.30 Å R-free 0.261
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 19–201 链 B； UniProt 19–201	未记录	2RY 1-[4-(7-thia-9,11-diazatricyclo[6.4.0.0^{2,6}]dodeca-1(12),2(6),8,10-tetraen-12-yl)piperazin-1-yl]-2-[2-(trifluoromethyl)phenyl]ethanone × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 26 CL CHLORIDE ION × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；1M ammonium phosphate dibasic, 0.1M imidazole, 0.2M sodium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 2.30 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4O9S	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BRP CRYSTAL STRUCTURE OF THE TRIGONAL FORM OF HUMAN PLASMA RETINOL-BINDING PROTEIN AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-07-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–198（182 aa）	未记录	RTL RETINOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1BRQ CRYSTAL STRUCTURE OF THE TRIGONAL FORM OF HUMAN PLASMA RETINOL-BINDING PROTEIN AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-07-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–198（182 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1JYD Crystal Structure of Recombinant Human Serum Retinol-Binding Protein at 1.7 A Resolution 提交 2001-09-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–198（182 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；289 K；Sodium cacodylate, sodium chloride, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.70 Å R-free 0.270
1JYJ Crystal Structure of a Double Variant (W67L/W91H) of Recombinant Human Serum Retinol-binding Protein at 2.0 A Resolution 提交 2001-09-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–198（182 aa）	突变：W67L, W91H	GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.1；289 K；Sodium Chloride, Tris/HCl buffer, beta-octyl-glucoside, pH 9.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
1QAB The structure of human retinol binding protein with its carrier protein transthyretin reveals interaction with the carboxy terminus of RBP 提交 1999-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 24–201（178 aa）链 F 24–201（178 aa）	未记录	RTL RETINOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.403
1RBP CRYSTALLOGRAPHIC REFINEMENT OF HUMAN SERUM RETINOL BINDING PROTEIN AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1990-04-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–198（182 aa）	未记录	RTL RETINOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1RLB RETINOL BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH TRANSTHYRETIN 提交 1995-02-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 17–190（174 aa）链 F 17–190（174 aa）	未记录	REA RETINOIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
2WQ9 Crystal Structure of RBP4 bound to Oleic Acid 提交 2009-08-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–192（174 aa）片段：RESIDUES 19-192	未记录	CL CHLORIDE ION × 5 OLA OLEIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 3.5 TO 4.2 M NACL, 1M HEPES PH 7.2	分辨率 1.65 Å R-free 0.219
2WQA Complex of TTR and RBP4 and Oleic Acid 提交 2009-08-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 19–194（176 aa）链 F 19–194（176 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 11 OLA OLEIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.85 Å R-free 0.253
2WR6 Structure of the complex of RBP4 with linoleic acid 提交 2009-08-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–192（174 aa）片段：RESIDUES 19-192	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 ODT (11E,13E,15Z)-OCTADECA-11,13,15-TRIENOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 3.5-4.2M NACL, 0.1M HEPES, PH 7.2	分辨率 1.80 Å R-free 0.227
3BSZ Crystal structure of the transthyretin-retinol binding protein-Fab complex 提交 2007-12-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 E 19–194（176 aa）链 F 19–194（176 aa）	未记录	RTL RETINOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；2.35M ammonium phosphate, 10mM sodium citrate, 10mM beta-mercaptoethanol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.38 Å R-free 0.312
3FMZ Crystal Structure of Retinol-Binding Protein 4 (RBP4) in complex with non-retinoid ligand 提交 2008-12-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–201（183 aa）	未记录	2T1 2-[({4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)amino]benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；289 K；0.4M Mg formate, 0.1M GndHCl, 0.1M Bis-Tris 6.5, vapor diffusion, temperature 289K	分辨率 2.90 Å R-free 0.286
3FMZ Crystal Structure of Retinol-Binding Protein 4 (RBP4) in complex with non-retinoid ligand 提交 2008-12-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 19–201（183 aa）	未记录	2T1 2-[({4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)amino]benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；289 K；0.4M Mg formate, 0.1M GndHCl, 0.1M Bis-Tris 6.5, vapor diffusion, temperature 289K	分辨率 2.90 Å R-free 0.286
4PSQ Crystal Structure of Retinol-Binding Protein 4 (RBP4) in complex with a non-retinoid ligand 提交 2014-03-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 19–201（183 aa）片段：UNP residues 19-201	未记录	2WL (1-benzyl-1H-imidazol-4-yl)[4-(2-chlorophenyl)piperazin-1-yl]methanone × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；1 M ammonium phosphate dibasic, 0.1 M imidazole, pH 8.0, 200 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.287
4PSQ Crystal Structure of Retinol-Binding Protein 4 (RBP4) in complex with a non-retinoid ligand 提交 2014-03-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–201（183 aa）片段：UNP residues 19-201	未记录	2WL (1-benzyl-1H-imidazol-4-yl)[4-(2-chlorophenyl)piperazin-1-yl]methanone × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；1 M ammonium phosphate dibasic, 0.1 M imidazole, pH 8.0, 200 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.287
5NTY Structure of non-fluorescent human plasma RBP4 提交 2017-04-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–200（182 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；279 K；4.5M NaCl, 20mM Na cacodylate, pH 6.8	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
5NU2 Structure of non-fluorescent human urine RBP4 提交 2017-04-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–200（182 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；4.3 M NaCl, 100 mM Hepes, pH 7.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.184
5NU6 Structure of non-fluorescent human amniotic fluid RBP4 提交 2017-04-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–200（182 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；4.3 M NaCl, 100 mM Hepes, pH 7.5	分辨率 1.68 Å R-free 0.197
5NU7 Structure of human holo plasma RBP4 提交 2017-04-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–200（182 aa）	未记录	RTL RETINOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；277 K；4.5 M NaCl, 20 mM Na cacodylate, pH 6.8	分辨率 1.50 Å R-free 0.210
5NU8 Structure of human urine RBP4 saturated with palmitate 提交 2017-04-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–200（182 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；4.3 M NaCl, 100 mM Hepes, pH 7.5	分辨率 1.59 Å R-free 0.212
5NU9 Structure of human amniotic fluid RBP4 saturated with palmitate 提交 2017-04-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–200（182 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；4.3 M NaCl, 100 mM Hepes, pH 7.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.195
5NUA Structure of human urine RBP4 saturated with laurate 提交 2017-04-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–200（182 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；4.3 M NaCl, 100 mM Hepes, pH 7.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.197
5NUB Structure of human amniotic fluid RBP4 saturated with laurate 提交 2017-04-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–200（182 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；4.3 M NaCl, 100 mM Hepes, pH 7.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.205
6QBA Crystal Structure of Retinol-Binding Protein 4 (RBP4) in complex with non-retinoid ligand A1120 and engineered binding scaffold 提交 2018-12-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 19–201（183 aa）	未记录	2T1 2-[({4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]piperidin-1-yl}carbonyl)amino]benzoic acid × 1 IMD IMIDAZOLE × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ZN ZINC ION × 3 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；0.2 M Zn acetate 0.1 M imidazole pH 8 20% PEG 3K	分辨率 1.80 Å R-free 0.221

共 22 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RET4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 33–215； UniProt 19–201 作者链 B； PDB构建体 33–215； UniProt 19–201

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4o9s
沉积日期 deposition_date	2014-01-02
结构标题 title	Crystal structure of Retinol-Binding Protein 4 (RBP4)in complex with a non-retinoid ligand
关键词 keywords	;retinol binding, Disease mutation, Retinol-binding, Secreted, Sensory transduction, Transport, Vision, Vitamin A, TRANSPORT PROTEIN, PROTEIN BINDING ;; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.66 Å
零角强度 I(0) i0	33049400.00
分子量 molecular_weight	42852.0 kDa
排除体积 excluded_volume	52958 Å³
包络体积 envelope_volume	67074 Å³
水化壳体积 shell_volume	23425 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.8 Å
壳层 Rg shell_rg	30.80 Å
包络 Rg envelope_rg	24.95 Å
形状 Rg shape_rg	24.62 Å
总 Rg total_rg	25.50 Å
总原子数 total_atoms	2998
残基数 n_residues	349
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.7 Å
Rg (实空间) rg_real	25.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3050e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4600e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	33050000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8412
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.473
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.313
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8151000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.744; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.781; Smooth: 0.918

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Retinol-binding protein 4
分子量 formula_weight	24958.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3235

HISMASMSYYHHHHHHDYDIPTTENLYFQGAMERDCRVSSFRVKENFDKARFSGTWYAMAKKDPEGLFLQDNIVAEFSVDETGQMSATAKGRVRLLNNWDVCADMVGTFTDTEDPAKFKMKYWGVASFLQKGNDDHWIVDTDYDTYAVQYSCRLLNLDGTCADSYSFVFSRDPNGLPPEAQKIVRQRQEELCLARQYRLIVHNGYCDGRSERNLL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;1-[4-(7-thia-9,11-diazatricyclo[6.4.0.0^{2,6}]dodeca-1(12),2(6),8,10-tetraen-12-yl)piperazin-1-yl]-2-[2-(trifluoromethyl)phenyl]ethanone ;
分子量 formula_weight	446.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	26

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	231

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4o9sa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamily	b.60.1 — Lipocalins
家族 Family family	b.60.1.1 — Retinol binding protein-like

结构域编号 domain_id	d4o9sb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamily	b.60.1 — Lipocalins
家族 Family family	b.60.1.1 — Retinol binding protein-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4o9sA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

结构域编号 domain_id	4o9sB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	85.737 Å
晶胞边长 b length_b	85.737 Å
晶胞边长 c length_c	118.806 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2326
R_work r_work	0.2312
R_free r_free	0.2607

fit	/app/data/saxs_computation/o9/4o9s/4o9s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o9/4o9s/4o9s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o9/4o9s/4o9s.dat

Crystal structure of Retinol-Binding Protein 4 (RBP4)in complex with a non-retinoid ligand