SAXSdb — 4odo

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SlyD

Thermus thermophilus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–149	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 FK5 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.2 M magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.204
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–149	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 FK5 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN × 1 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.2 M magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.204
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–149	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 FK5 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.2 M magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4ODO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3CGM Crystal structure of thermophilic SlyD 提交 2008-03-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–149（149 aa）	未记录	SCN THIOCYANATE ION × 6 NI NICKEL (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；286 K；60mg/ml protein, 1:1 mixing, 2M Ammonium sulfate, 2% PEG 400, 1% Thiocyanate, 100mM HEPES, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K	分辨率 2.41 Å R-free 0.226
3CGM Crystal structure of thermophilic SlyD 提交 2008-03-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–149（149 aa）	未记录	SCN THIOCYANATE ION × 36 NI NICKEL (II) ION × 6 GOL GLYCEROL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；286 K；60mg/ml protein, 1:1 mixing, 2M Ammonium sulfate, 2% PEG 400, 1% Thiocyanate, 100mM HEPES, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K	分辨率 2.41 Å R-free 0.226
3CGN Crystal Structure of thermophilic SlyD 提交 2008-03-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–149（149 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；286 K；100mM MES, pH6.5, 1.6M Na/K-Tartrate, 26mg/ml, 1:1 mixing, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K	分辨率 2.70 Å R-free 0.257
3CGN Crystal Structure of thermophilic SlyD 提交 2008-03-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–149（149 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；286 K；100mM MES, pH6.5, 1.6M Na/K-Tartrate, 26mg/ml, 1:1 mixing, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K	分辨率 2.70 Å R-free 0.257
3LUO Crystal Structure and functional characterization of the thermophilic prolyl isomerase and chaperone SlyD 提交 2010-02-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–149（149 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；10MG/ML N-SUC-ALA-LEU-PRO-PHE-PNA, 2M AMMONIUM SULFATE, 5 % PEG 400, 100MM MES, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.55 Å R-free 0.235
3LUO Crystal Structure and functional characterization of the thermophilic prolyl isomerase and chaperone SlyD 提交 2010-02-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–149（149 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；10MG/ML N-SUC-ALA-LEU-PRO-PHE-PNA, 2M AMMONIUM SULFATE, 5 % PEG 400, 100MM MES, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.55 Å R-free 0.235
4ODK Structure of SlyD from Thermus thermophilus in complex with T1 peptide 提交 2014-01-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–149（149 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；13.2% PEG1500, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.05 M sodium chloride, 11% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.40 Å R-free 0.167
4ODL Structure of SlyD from Thermus thermophilus in complex with S2 peptide 提交 2014-01-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–149（149 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.92 Å R-free 0.224
4ODL Structure of SlyD from Thermus thermophilus in complex with S2 peptide 提交 2014-01-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–149（149 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.92 Å R-free 0.224
4ODM Structure of SlyD from Thermus thermophilus in complex with S2-W23A peptide 提交 2014-01-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–149（149 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；19% PEG3350, 8% Tacsimate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.75 Å R-free 0.208
4ODM Structure of SlyD from Thermus thermophilus in complex with S2-W23A peptide 提交 2014-01-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–149（149 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；19% PEG3350, 8% Tacsimate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.75 Å R-free 0.208
4ODM Structure of SlyD from Thermus thermophilus in complex with S2-W23A peptide 提交 2014-01-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–149（149 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；19% PEG3350, 8% Tacsimate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.75 Å R-free 0.208
4ODM Structure of SlyD from Thermus thermophilus in complex with S2-W23A peptide 提交 2014-01-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–149（149 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；19% PEG3350, 8% Tacsimate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.75 Å R-free 0.208
4ODN Structure of SlyD from Thermus thermophilus in complex with S2-plus peptide 提交 2014-01-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–149（149 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；20% PEG6000, 0.1 M citric acid, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.198
4ODP Structure of SlyD delta-IF from Thermus thermophilus in complex with S2-W23A peptide 提交 2014-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）片段：SEE REMARK 999 链 A 126–149（24 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 4 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；28% PEG400, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.2 M calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.75 Å R-free 0.202
4ODQ Structure of SlyD delta-IF from Thermus thermophilus in complex with S3 peptide 提交 2014-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）片段：SEE REMARK 999 链 A 126–149（24 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 4 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；25% PEG6000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.213
4ODR Structure of SlyD delta-IF from Thermus thermophilus in complex with FK506 提交 2014-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–64（64 aa）片段：SEE REMARK 999 链 A 126–149（24 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	FK5 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；20% PEG6000, 0.1 M sodium acetate, pH 5.0, 0.2 M zinc chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.93 Å R-free 0.170
4ODR Structure of SlyD delta-IF from Thermus thermophilus in complex with FK506 提交 2014-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–64（64 aa）片段：SEE REMARK 999 链 B 126–149（24 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	FK5 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；20% PEG6000, 0.1 M sodium acetate, pH 5.0, 0.2 M zinc chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.93 Å R-free 0.170
7OXG ttSlyD FKBP domain with M8A pseudo-wild-type S2 peptide 提交 2021-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）链 A 126–149（24 aa）	突变：Deletion of IF domain 突变：Deletion of IF domain	CL CHLORIDE ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.5；292.15 K；Bis-Tris, PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
7OXG ttSlyD FKBP domain with M8A pseudo-wild-type S2 peptide 提交 2021-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–64（64 aa）链 B 126–149（24 aa）	突变：Deletion of IF domain 突变：Deletion of IF domain	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.5；292.15 K；Bis-Tris, PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
7OXH ttSlyD with pseudo-wild-type S2 peptide 提交 2021-06-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–149（149 aa）	未记录	PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 NI NICKEL (II) ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 6.5；292.15 K；Sodium cacodylate, PEG 200	分辨率 1.70 Å R-free 0.238
7OXI ttSlyD with W4A pseudo-wild-type S2 peptide 提交 2021-06-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–149（149 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 6.5；292.15 K；sodium cacodylate, MPD, PEG8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.245
7OXJ ttSlyD with M8A pseudo-wild-type S2 peptide 提交 2021-06-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–149（149 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；292.15 K；Sodium cacodylate, PEG 200	分辨率 1.85 Å R-free 0.224
7OXK ttSlyD with W4K pseudo-wild-type S2 peptide 提交 2021-06-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–149（149 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 9；292.15 K；1-4dioxane, bicine, PEG 20000	分辨率 2.80 Å R-free 0.235

共 15 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5SLE7_THET8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 B； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 C； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4odo
沉积日期 deposition_date	2014-01-10
结构标题 title	Structure of SlyD from Thermus thermophilus in complex with FK506
关键词 keywords	FKBP domain, IF domain, chaperone, peptidyl-prolyl isomerase, PPIase, ISOMERASE; ISOMERASE, CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.43 Å
零角强度 I(0) i0	46177200.00
分子量 molecular_weight	52873.0 kDa
排除体积 excluded_volume	66068 Å³
包络体积 envelope_volume	86006 Å³
水化壳体积 shell_volume	27694 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.9 Å
壳层 Rg shell_rg	33.11 Å
包络 Rg envelope_rg	26.83 Å
形状 Rg shape_rg	27.39 Å
总 Rg total_rg	28.15 Å
总原子数 total_atoms	3729
残基数 n_residues	458
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.4 Å
Rg (实空间) rg_real	28.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6180e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.1840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	46180000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8676
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.491
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.174
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7124000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.803; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.912; Smooth: 0.965

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase SlyD
分子量 formula_weight	17400.2 kDa
EC 编号 ec_number	5.2.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	4385

MKVGQDKVVTIRYTLQVEGEVLDQGELSYLHGHRNLIPGLEEALEGREEGEAFQAHVPAEKAYGPHDPEGVQVVPLSAFPEDAEVVPGAQFYAQDMEGNPMPLTVVAVEGEEVTVDFNHPLAGKDLDFQVEVVKVREATPEELLHGHAHPSGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN
分子量 formula_weight	804.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	209.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	629

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	4odoA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	50 — Chitinase A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	4odoB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	50 — Chitinase A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	4odoC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	50 — Chitinase A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	48.710 Å
晶胞边长 b length_b	50.210 Å
晶胞边长 c length_c	57.670 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	85.74 °
晶胞夹角 β angle_beta	68.92 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	80.12 °
晶胞分子数 Z z_pdb	3

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.599 Å
最低分辨率 resolution_low	27.810 Å
R 因子 r_factor	0.1808
R_work r_work	0.1800
R_free r_free	0.2041

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Structure of SlyD from Thermus thermophilus in complex with FK506