SAXSdb — 4orz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase HCK

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Protein Nef × 1 （P03407） single domain antibody sdAb19 × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HCK_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–67； UniProt 77–138

Protein Nef

HIV-1 M:B_ARV2/SF2

UniProt P03407

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Tyrosine-protein kinase HCK × 1 （P08631） single domain antibody sdAb19 × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NEF_HV1A2
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–145； UniProt 45–210

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4orz
沉积日期 deposition_date	2014-02-12
结构标题 title	HIV-1 Nef protein in complex with single domain antibody sdAb19 and an engineered Hck SH3 domain
关键词 keywords	;SH3 domain, immunglobolin fold, Antibodies, Epitopes, HIV Antibodies, HIV Accessory Proteins, PxxP motif, Complementarity Determining Regions, TRANSFERASE-APOPTOSIS-IMMUNE SYSTEM complex ;; TRANSFERASE/APOPTOSIS/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4orz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4orz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4orz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.26 Å
Rg（电子密度）	24.04 Å
总 Rg	24.87 Å
原子数	2330
残基数	287
排除体积	41484 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4orz__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tyrosine-protein kinase HCK
分子量 formula_weight	7614.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.2
突变 mutation	E90Y, A91S, I92P, H93F, H94S, E95W
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2455

GAHMGGSEDIIVVALYDYYSPFSWDLSFQKGDQMVVLEESGEWWKARSLATRKEGYIPSNYVARVDS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein Nef
分子量 formula_weight	16818.0 kDa
突变 mutation	I47M, T48A, C59S, C210A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GAMASSNTAATNADSAWLEAQEEEEVGFPVRPQVPLRPMTYKAALDISHFLKEKGGLEGLIWSQRRQEILDLWIYHTQGYFPDWQNYTPGPGIRYPLTFGWCFKLVPVEPEKVDAEKEVLVWRFDSKLAFHHMARELHPEYYKDA

来源 Source

来源生物 organism	HIV-1 M:B_ARV2/SF2
通用名 common_name	HIV-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11685
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	single domain antibody sdAb19
分子量 formula_weight	13007.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GAMAEVQLVESGGGLVQAGGSLRLFCAASGFTFGTSNMAWLRQAPGKRREWVALITISGYTDYADSVKDRFTISRDNAKNTVSLQMNSLKPEDTAIYFCARRVGSEYDLWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	125

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d4orza_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4orzb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.102 — Regulatory factor Nef
超家族 Superfamily superfamily	d.102.1 — Regulatory factor Nef
家族 Family family	d.102.1.1 — Regulatory factor Nef

结构域编号 domain_id	d4orzc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	4orzA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — SH3 Domains

结构域编号 domain_id	4orzB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	62 — Nef Regulatory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nef Regulatory Factor

结构域编号 domain_id	4orzC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	73.000 Å
晶胞边长 b length_b	73.000 Å
晶胞边长 c length_c	71.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	41.750 Å
R 因子 r_factor	0.2036
R_work r_work	0.2018
R_free r_free	0.2364

HIV-1 Nef protein in complex with single domain antibody sdAb19 and an engineered Hck SH3 domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase HCK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein Nef

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4orz__assembly_1__model_1

4orz__assembly_1__model_1 | I(q)

4orz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

HIV-1 Nef protein in complex with single domain antibody sdAb19 and an engineered Hck SH3 domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase HCK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein Nef

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4orz__assembly_1__model_1

4orz__assembly_1__model_1 | I(q)

4orz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)