4ota

4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE OBSERVED AS AN OCTODECAMER, ORTHORHOMBIC CRYSTAL FORM

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 127.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE

Pseudomonas putida

UniProt Q01468

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–62 链 B; UniProt 1–62 链 C; UniProt 1–62 链 D; UniProt 1–62 链 E; UniProt 1–62 链 F; UniProt 1–62 未记录 SO4 SULFATE ION × 10 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;pH 7.0 分辨率 2.75 Å R-free 0.266
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–62 链 H; UniProt 1–62 链 I; UniProt 1–62 链 J; UniProt 1–62 链 K; UniProt 1–62 链 L; UniProt 1–62 未记录 SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;pH 7.0 分辨率 2.75 Å R-free 0.266
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 1–62 链 N; UniProt 1–62 链 O; UniProt 1–62 链 P; UniProt 1–62 链 Q; UniProt 1–62 链 R; UniProt 1–62 未记录 SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;pH 7.0 分辨率 2.75 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 4OT1_PSEPU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62 作者链 B; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62 作者链 C; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62 作者链 D; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62 作者链 E; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62 作者链 F; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62 作者链 G; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62 作者链 H; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62 作者链 I; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62 作者链 J; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62 作者链 K; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62 作者链 L; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62 作者链 M; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62 作者链 N; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62 作者链 O; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62 作者链 P; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62 作者链 Q; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62 作者链 R; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4ota

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4ota
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4ota
沉积日期 deposition_date1998-10-15
结构标题 title4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE OBSERVED AS AN OCTODECAMER, ORTHORHOMBIC CRYSTAL FORM
关键词 keywordsTAUTOMERASE, ISOMERASE, MICROBIAL BIODEGRADATION; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.26
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.25
零角强度 I(0) i0231935000.00
分子量 molecular_weight119700.0 kDa
排除体积 excluded_volume148700 ų
包络体积 envelope_volume193690 ų
水化壳体积 shell_volume46305 ų
包络直径 envelope_diameter125.5
壳层 Rg shell_rg41.09
包络 Rg envelope_rg36.97
形状 Rg shape_rg37.25
总 Rg total_rg37.47
总原子数 total_atoms8359
残基数 n_residues1082
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax127.7
Rg (实空间) rg_real37.64
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.40
I(0) (实空间) i0_real2.3190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.41
I(0) (倒空间) i0_reciprocal231900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8163
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.5
偏度 Skewness skewness0.576
峰度 Kurtosis kurtosis-0.364
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha55890000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.631; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.901; Smooth: 0.814

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

结构域编号 domain_idd4otaa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4otab_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4otac_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4otad_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4otae_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4otaf_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4otag_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4otah_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4otai_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4otaj_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4otak_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4otal_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4otam_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4otan_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4otao_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4otap_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4otaq_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4otar_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id4otaA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4otaB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4otaC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4otaD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4otaE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4otaF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4otaG00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4otaH00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4otaI00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4otaJ00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4otaK00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4otaL00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4otaM00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4otaN00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4otaO00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4otaP00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4otaQ00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4otaR00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)