4otc

4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE OBSERVED AS AN OCTODECAMER, TRIGONAL CRYSTAL FORM

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 142.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE

Pseudomonas putida

UniProt Q01468

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–62 未记录 SO4 SULFATE ION × 12 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;pH 7.0 分辨率 2.28 Å R-free 0.265
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–62 链 C; UniProt 1–62 未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;pH 7.0 分辨率 2.28 Å R-free 0.265
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–62 链 E; UniProt 1–62 未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;pH 7.0 分辨率 2.28 Å R-free 0.265
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–62 链 G; UniProt 1–62 未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;pH 7.0 分辨率 2.28 Å R-free 0.265
5 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–62 链 I; UniProt 1–62 未记录 SO4 SULFATE ION × 12 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;pH 7.0 分辨率 2.28 Å R-free 0.265
6 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–62 链 C; UniProt 1–62 未记录 SO4 SULFATE ION × 12 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;pH 7.0 分辨率 2.28 Å R-free 0.265
7 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–62 链 G; UniProt 1–62 未记录 SO4 SULFATE ION × 12 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;pH 7.0 分辨率 2.28 Å R-free 0.265
8 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–62 链 E; UniProt 1–62 未记录 SO4 SULFATE ION × 12 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;pH 7.0 分辨率 2.28 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、60 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 4OT1_PSEPU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62 作者链 B; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62 作者链 C; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62 作者链 D; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62 作者链 E; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62 作者链 F; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62 作者链 G; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62 作者链 H; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62 作者链 I; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4otc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4otc
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4otc
沉积日期 deposition_date1998-10-15
结构标题 title4-OXALOCROTONATE TAUTOMERASE OBSERVED AS AN OCTODECAMER, TRIGONAL CRYSTAL FORM
关键词 keywordsTAUTOMERASE, ISOMERASE, MICROBIAL BIODEGRADATION; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.26
回转半径 Rg (电子) rg_electron45.37
零角强度 I(0) i060598900.00
分子量 molecular_weight60044.0 kDa
排除体积 excluded_volume74362 ų
包络体积 envelope_volume133910 ų
水化壳体积 shell_volume27452 ų
包络直径 envelope_diameter153.1
壳层 Rg shell_rg44.50
包络 Rg envelope_rg42.53
形状 Rg shape_rg45.36
总 Rg total_rg45.33
总原子数 total_atoms4185
残基数 n_residues540
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax142.8
Rg (实空间) rg_real45.46
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.39
I(0) (实空间) i0_real6.0600e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.27
I(0) (倒空间) i0_reciprocal60580000.0000
解质量估计 total_estimate0.8096
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary61.2
偏度 Skewness skewness0.207
峰度 Kurtosis kurtosis-0.587
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1975000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.833; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.858; Smooth: 0.173

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_idd4otca_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4otcb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4otcc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4otcd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4otce_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4otcf_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4otcg_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4otch_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like
结构域编号 domain_idd4otci_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.1 — 4-oxalocrotonate tautomerase-like

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id4otcA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4otcB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4otcC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4otcD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4otcE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4otcF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4otcG00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4otcH00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id4otcI00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)