SAXSdb — 4owt

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrator complex subunit 3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 35–498	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SOSS complex subunit B1 × 1 （Q9BQ15） SOSS complex subunit C × 1 （Q9NRY2）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；21% PEG2000 MME, 0.1M MES pH6.0, 0.05M sodium chloride	分辨率 2.00 Å R-free 0.195

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4OWT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4OWW Structural basis of SOSS1 in complex with a 35nt ssDNA 提交 2014-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–500（500 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；20% PEG2000 MME, 0.1M MES pH6.0, 0.05M sodium chloride.	分辨率 2.30 Å R-free 0.218
4OWX Structural basis of SOSS1 in complex with a 12nt ssDNA 提交 2014-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–500（500 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；16% PEG3350, 0.1M MES pH6.0, 0.1M ammonium formate	分辨率 2.30 Å R-free 0.226
6WLG Ints3 C-terminal Domain 提交 2020-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 555–977（423 aa）链 B 555–977（423 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.2 M Magnesium Acetate, 13% PEG 3350	分辨率 3.11 Å R-free 0.263
7BV7 INTS3 complexed with INTS6 提交 2020-04-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 559–994（436 aa）链 B 559–994（436 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；1.7 M Ammonium citrate pH 7.0 4% pentaerythritol ethoxylate	分辨率 2.40 Å R-free 0.249
8HPP Crystal structure of human INTS3 with SAGE1 提交 2022-12-12	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 573–1043（471 aa）片段：C-terminal motif 链 B 573–1043（471 aa）片段：C-terminal motif	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.2 M Ammonium sulfate and 25% Ethylene Glycol 3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.257
8RBZ Structure of Integrator-PP2A-SOSS-CTD post-termination complex 提交 2023-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 c 1–1042（1042 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	INT3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–466； UniProt 35–498

SOSS complex subunit B1

Homo sapiens

UniProt Q9BQ15

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–211	未记录	Integrator complex subunit 3 × 1 （Q68E01） SOSS complex subunit C × 1 （Q9NRY2）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；21% PEG2000 MME, 0.1M MES pH6.0, 0.05M sodium chloride	分辨率 2.00 Å R-free 0.195

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4OWT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4OWW Structural basis of SOSS1 in complex with a 35nt ssDNA 提交 2014-02-04	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–211（211 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；20% PEG2000 MME, 0.1M MES pH6.0, 0.05M sodium chloride.	分辨率 2.30 Å R-free 0.218
4OWX Structural basis of SOSS1 in complex with a 12nt ssDNA 提交 2014-02-04	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 B 1–211（211 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；16% PEG3350, 0.1M MES pH6.0, 0.1M ammonium formate	分辨率 2.30 Å R-free 0.226
5D8E crystal structure of SSB from homo sapiens 提交 2015-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–109（109 aa）片段：UNP residues 1-109 链 D 1–109（109 aa）片段：UNP residues 1-109	突变：L70M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：L70M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1M MES pH 6.0, 16% Jeffamine M-600	分辨率 3.00 Å R-free 0.289
5D8E crystal structure of SSB from homo sapiens 提交 2015-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–109（109 aa）片段：UNP residues 1-109 链 C 1–109（109 aa）片段：UNP residues 1-109	突变：L70M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：L70M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1M MES pH 6.0, 16% Jeffamine M-600	分辨率 3.00 Å R-free 0.289
5D8F crystal structure of SSB and ssDNA complex from homo sapiens 提交 2015-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–109（109 aa）片段：UNP residues 1-109 链 B 1–109（109 aa）片段：UNP residues 1-109	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1M MES pH 6.0, 16% Jeffamine M-600	分辨率 2.35 Å R-free 0.282
8RBZ Structure of Integrator-PP2A-SOSS-CTD post-termination complex 提交 2023-12-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 B 1–211（211 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SOSB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–211； UniProt 1–211

SOSS complex subunit C

Homo sapiens

UniProt Q9NRY2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–104	未记录	Integrator complex subunit 3 × 1 （Q68E01） SOSS complex subunit B1 × 1 （Q9BQ15）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；21% PEG2000 MME, 0.1M MES pH6.0, 0.05M sodium chloride	分辨率 2.00 Å R-free 0.195

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4OWT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4OWW Structural basis of SOSS1 in complex with a 35nt ssDNA 提交 2014-02-04	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–104（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；20% PEG2000 MME, 0.1M MES pH6.0, 0.05M sodium chloride.	分辨率 2.30 Å R-free 0.218
8RBZ Structure of Integrator-PP2A-SOSS-CTD post-termination complex 提交 2023-12-05	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 C 1–104（104 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SOSSC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–104； UniProt 1–104

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4owt
沉积日期 deposition_date	2014-02-03
结构标题 title	Structural basis of SOSS1 complex assembly
关键词 keywords	SOSS1 complex, DNA double-strand breaks, homologous recombination, ssDNA- binding protein, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.70 Å
零角强度 I(0) i0	70034100.00
分子量 molecular_weight	66340.0 kDa
排除体积 excluded_volume	83237 Å³
包络体积 envelope_volume	99861 Å³
水化壳体积 shell_volume	31334 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.5 Å
壳层 Rg shell_rg	33.84 Å
包络 Rg envelope_rg	26.89 Å
形状 Rg shape_rg	26.72 Å
总 Rg total_rg	27.37 Å
总原子数 total_atoms	4603
残基数 n_residues	561
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.6 Å
Rg (实空间) rg_real	27.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0030e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0430e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	70030000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8896
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.315
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.365
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	17180000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.866; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.977

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Integrator complex subunit 3
分子量 formula_weight	54147.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5018

GGRLLLSTSLDAKDELEERLERCMSIVTSMTAGVSEREANDALNAYVCKGLPQHEEICLGLFTLILTEPAQAQKCYRDLALVSRDGMNIVLNKINQILMEKYLKLQDTCRTQLVWLVRELVKSGVLGADGVCMTFMKQIAGGDVTAKNIWLAESVLDILTEQREWVLKSSILIAMAVYTYLRLIVDHHGTAQLQALRQKEVDFCISLLRERFMECLMIGRDLVRLLQNVARIPEFELLWKDIIHNPQALSPQFTGILQLLQSRTSRKFLACRLTPDMETKLLFMTSRVRFGQQKRYQDWFQRQYLSTPDSQSLRCDLIRYICGVVHPSNEVLSSDILPRWAIIGWLLTTCTSNVAASNAKLALFYDWLFFSPDKDSIMNIEPAILVMHHSMKPHPAITATLLDFMCRIIPNFYPPLEGHVRQGVFSSLNHIVEKRVLAHLAPLFDNPKLDKELRAMLREKFPEFCS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SOSS complex subunit B1
分子量 formula_weight	22364.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MTTETFVKDIKPGLKNLNLIFIVLETGRVTKTKDGHEVRTCKVADKTGSINISVWDDVGNLIQPGDIIRLTKGYASVFKGCLTLYTGRGGDLQKIGEFCMVYSEVPNFSEPNPEYSTQQAPNKAVQNDSNPSASQPTTGPSAASPASENQNGNGLSAPPGPGGGPHPPHTPSHPPSTRITRSQPNHTPAGPPGPSSNPVSNGKETRRSSKR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	SOSS complex subunit C
分子量 formula_weight	11441.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MAANSSGQGFQNKNRVAILAELDKEKRKLLMQNQSSTNHPGASIALSRPSLNKDFRDHAEQQHIAAQQKAALQHAHAHSSGYFITQDSAFGNLILPVLPRLDPE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	410

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	116.809 Å
晶胞边长 b length_b	116.809 Å
晶胞边长 c length_c	109.832 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	19.900 Å
R 因子 r_factor	0.1730
R_work r_work	0.1720
R_free r_free	0.1950

fit	/app/data/saxs_computation/ow/4owt/4owt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ow/4owt/4owt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ow/4owt/4owt.dat

Structural basis of SOSS1 complex assembly

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrator complex subunit 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SOSS complex subunit B1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SOSS complex subunit C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)