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4oww

Structural basis of SOSS1 in complex with a 35nt ssDNA

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.4 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrator complex subunit 3

Homo sapiens

UniProt Q68E01

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–500 未记录 ;DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3') ; × 1 SOSS complex subunit B1 × 1 （Q9BQ15） SOSS complex subunit C × 1 （Q9NRY2） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；20% PEG2000 MME, 0.1M MES pH6.0, 0.05M sodium chloride. 分辨率 2.30 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4OWW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4OWT Structural basis of SOSS1 complex assembly 提交 2014-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 35–498（464 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；21% PEG2000 MME, 0.1M MES pH6.0, 0.05M sodium chloride
分辨率 2.00 Å R-free 0.195
4OWX Structural basis of SOSS1 in complex with a 12nt ssDNA 提交 2014-02-04 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 1–500（500 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；16% PEG3350, 0.1M MES pH6.0, 0.1M ammonium formate
分辨率 2.30 Å R-free 0.226
6WLG Ints3 C-terminal Domain 提交 2020-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 555–977（423 aa）
链 B 555–977（423 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.2 M Magnesium Acetate, 13% PEG 3350
分辨率 3.11 Å R-free 0.263
7BV7 INTS3 complexed with INTS6 提交 2020-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 559–994（436 aa）
链 B 559–994（436 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；1.7 M Ammonium citrate pH 7.0 4% pentaerythritol ethoxylate
分辨率 2.40 Å R-free 0.249
8HPP Crystal structure of human INTS3 with SAGE1 提交 2022-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 573–1043（471 aa） 片段：C-terminal motif
链 B 573–1043（471 aa） 片段：C-terminal motif
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.2 M Ammonium sulfate and 25% Ethylene Glycol 3350
分辨率 3.00 Å R-free 0.257
8RBZ Structure of Integrator-PP2A-SOSS-CTD post-termination complex 提交 2023-12-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric
链 c 1–1042（1042 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INT3_HUMAN
Isoform Q68E01-2
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–500； UniProt 1–500

SOSS complex subunit B1

Homo sapiens

UniProt Q9BQ15

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 1–211 未记录 ;DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3') ; × 1 Integrator complex subunit 3 × 1 （Q68E01） SOSS complex subunit C × 1 （Q9NRY2） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；20% PEG2000 MME, 0.1M MES pH6.0, 0.05M sodium chloride. 分辨率 2.30 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4OWW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4OWT Structural basis of SOSS1 complex assembly 提交 2014-02-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–211（211 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；21% PEG2000 MME, 0.1M MES pH6.0, 0.05M sodium chloride
分辨率 2.00 Å R-free 0.195
4OWX Structural basis of SOSS1 in complex with a 12nt ssDNA 提交 2014-02-04 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 B 1–211（211 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；16% PEG3350, 0.1M MES pH6.0, 0.1M ammonium formate
分辨率 2.30 Å R-free 0.226
5D8E crystal structure of SSB from homo sapiens 提交 2015-08-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–109（109 aa） 片段：UNP residues 1-109
链 D 1–109（109 aa） 片段：UNP residues 1-109
突变：L70M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：L70M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1M MES pH 6.0, 16% Jeffamine M-600
分辨率 3.00 Å R-free 0.289
5D8E crystal structure of SSB from homo sapiens 提交 2015-08-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–109（109 aa） 片段：UNP residues 1-109
链 C 1–109（109 aa） 片段：UNP residues 1-109
突变：L70M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：L70M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1M MES pH 6.0, 16% Jeffamine M-600
分辨率 3.00 Å R-free 0.289
5D8F crystal structure of SSB and ssDNA complex from homo sapiens 提交 2015-08-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 1–109（109 aa） 片段：UNP residues 1-109
链 B 1–109（109 aa） 片段：UNP residues 1-109
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1M MES pH 6.0, 16% Jeffamine M-600
分辨率 2.35 Å R-free 0.282
8RBZ Structure of Integrator-PP2A-SOSS-CTD post-termination complex 提交 2023-12-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric
链 B 1–211（211 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SOSB1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–211； UniProt 1–211

SOSS complex subunit C

Homo sapiens

UniProt Q9NRY2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 3 DNA 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 C； UniProt 1–104 未记录 ;DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3') ; × 1 Integrator complex subunit 3 × 1 （Q68E01） SOSS complex subunit B1 × 1 （Q9BQ15） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；20% PEG2000 MME, 0.1M MES pH6.0, 0.05M sodium chloride. 分辨率 2.30 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4OWW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4OWT Structural basis of SOSS1 complex assembly 提交 2014-02-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–104（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；21% PEG2000 MME, 0.1M MES pH6.0, 0.05M sodium chloride
分辨率 2.00 Å R-free 0.195
8RBZ Structure of Integrator-PP2A-SOSS-CTD post-termination complex 提交 2023-12-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric
链 C 1–104（104 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SOSSC_HUMAN
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–104； UniProt 1–104

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4oww

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4oww
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4oww
沉积日期 deposition_date2014-02-04
结构标题 titleStructural basis of SOSS1 in complex with a 35nt ssDNA
关键词 keywordsSOSS1 complex, DNA double-strand breaks, homologous recombination, ssDNA-binding protein, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.17 Å
零角强度 I(0) i079400400.00
分子量 molecular_weight70936.0 kDa
排除体积 excluded_volume89255 ų
包络体积 envelope_volume108610 ų
水化壳体积 shell_volume32442 ų
包络直径 envelope_diameter99.1 Å
壳层 Rg shell_rg35.15 Å
包络 Rg envelope_rg28.33 Å
形状 Rg shape_rg28.15 Å
总 Rg total_rg28.92 Å
总原子数 total_atoms4971
残基数 n_residues615
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.4 Å
Rg (实空间) rg_real29.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real7.9400e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal79400000.0000
解质量估计 total_estimate0.9094
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.5 Å
偏度 Skewness skewness0.233
峰度 Kurtosis kurtosis-0.582
角度范围 angular_range— – 0.2700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha21630000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.953; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.962
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4owwB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)