4oyj

Structure of the apo HOIP PUB domain

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 135.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase RNF31

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–184	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；1.3 M ammonium sulphate, 200 mM KI, 100 mM Tris, pH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.255
10	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 1–184	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；1.3 M ammonium sulphate, 200 mM KI, 100 mM Tris, pH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.255
11	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 1–184	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；1.3 M ammonium sulphate, 200 mM KI, 100 mM Tris, pH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.255
12	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 1–184	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；1.3 M ammonium sulphate, 200 mM KI, 100 mM Tris, pH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.255
13	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 1–184	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；1.3 M ammonium sulphate, 200 mM KI, 100 mM Tris, pH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.255
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–184	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；1.3 M ammonium sulphate, 200 mM KI, 100 mM Tris, pH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.255
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–184	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；1.3 M ammonium sulphate, 200 mM KI, 100 mM Tris, pH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.255
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–184	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；1.3 M ammonium sulphate, 200 mM KI, 100 mM Tris, pH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.255
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–184	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；1.3 M ammonium sulphate, 200 mM KI, 100 mM Tris, pH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.255
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–184	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；1.3 M ammonium sulphate, 200 mM KI, 100 mM Tris, pH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.255
7	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–184	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；1.3 M ammonium sulphate, 200 mM KI, 100 mM Tris, pH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.255
8	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–184	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；1.3 M ammonium sulphate, 200 mM KI, 100 mM Tris, pH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.255
9	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 1–184	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；1.3 M ammonium sulphate, 200 mM KI, 100 mM Tris, pH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4OYJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2CT7 Solution Structure of the IBR domain of the RING finger protein 31 protein 提交 2005-05-23	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 779–851（73 aa）片段：IBR domain	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）220；压力 ambient NMR样品组成 1.55mM IBR domain U-13C,15N; 20mM d-Tris-HCl; 200mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 0.01mM ZnCl2; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4DBG Crystal structure of HOIL-1L-UBL complexed with a HOIP-UBA derivative 提交 2012-01-15	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 480–636（157 aa）片段：Ub-associated domain, residues 480-636	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；15%(w/v) PEG6000, 0.1M KCl, 0.1M HEPES-Na buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.71 Å R-free 0.253
4JUY Crystal structure of the PUB domain of E3 ubiquitin ligase RNF31 提交 2013-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–180（180 aa）链 B 1–180（180 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 40	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.8M K/Na tartrate tetrahydrate, 0.5% PEG MME 5000, 0.1 M BisTris, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.40 Å R-free 0.258
4LJO Structure of an active ligase (HOIP)/ubiquitin transfer complex 提交 2013-07-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 853–1072（220 aa）片段：E3 ligase HOIP catalytic core (unp residues 853-1072)	未记录	ZN ZINC ION × 5 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；0.1 M carboxylic acids, 0.1 M imidazole, MES, 30 % P550 MME_P20K, pH 6.5, vapour diffusion, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.56 Å R-free 0.212
4LJP Structure of an active ligase (HOIP-H889A)/ubiquitin transfer complex 提交 2013-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 853–1072（220 aa）片段：E3 ligase HOIP catalytic core (unp residues 853-1072)	突变：H889A	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M amino acids, 0.1 M imidazole, MES, 30 % P550 MME_P20K , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.15 Å R-free 0.216
4LJQ Crystal structure of the catalytic core of E3 ligase HOIP 提交 2013-07-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 853–1072（220 aa）片段：Catalytic domain (unp residues 853-1072)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；20% PEG 12000, 800 mM LiCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.45 Å R-free 0.243
4LJQ Crystal structure of the catalytic core of E3 ligase HOIP 提交 2013-07-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 853–1072（220 aa）片段：Catalytic domain (unp residues 853-1072)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；20% PEG 12000, 800 mM LiCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.45 Å R-free 0.243
4LJQ Crystal structure of the catalytic core of E3 ligase HOIP 提交 2013-07-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 853–1072（220 aa）片段：Catalytic domain (unp residues 853-1072)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；20% PEG 12000, 800 mM LiCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.45 Å R-free 0.243
4LJQ Crystal structure of the catalytic core of E3 ligase HOIP 提交 2013-07-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 853–1072（220 aa）片段：Catalytic domain (unp residues 853-1072)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；20% PEG 12000, 800 mM LiCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.45 Å R-free 0.243
4LJQ Crystal structure of the catalytic core of E3 ligase HOIP 提交 2013-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 853–1072（220 aa）片段：Catalytic domain (unp residues 853-1072) 链 C 853–1072（220 aa）片段：Catalytic domain (unp residues 853-1072)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；20% PEG 12000, 800 mM LiCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.45 Å R-free 0.243
4LJQ Crystal structure of the catalytic core of E3 ligase HOIP 提交 2013-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 853–1072（220 aa）片段：Catalytic domain (unp residues 853-1072) 链 D 853–1072（220 aa）片段：Catalytic domain (unp residues 853-1072)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；20% PEG 12000, 800 mM LiCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.45 Å R-free 0.243
4OWF Crystal structure of the NEMO CoZi in complex with HOIP NZF1 domain 提交 2014-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 199–228（30 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；Co-crystals were obtained after 6 days in 20% (w/v) PEG-3350 and 0.2 M DL-malic acid	分辨率 2.00 Å R-free 0.313
4OYK Structure of HOIP PUB domain bound to OTULIN PIM 提交 2014-02-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–179（177 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；295 K；32% PEG 6000, 1M LiCl, 100 mM Tris pH 8.4	分辨率 2.00 Å R-free 0.237
4OYK Structure of HOIP PUB domain bound to OTULIN PIM 提交 2014-02-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–179（177 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；295 K；32% PEG 6000, 1M LiCl, 100 mM Tris pH 8.4	分辨率 2.00 Å R-free 0.237
4P09 Crystal structure of HOIP PUB domain 提交 2014-02-20	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–179（179 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0,1M Tris, 20% 2-methyl-2,4-pentanediol, 15% Polyethyleneglycol 3350, pH 8.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.230
4P0A Crystal structure of HOIP PUB domain in complex with p97 PIM 提交 2014-02-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–179（179 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0,1M Tris, 20% 2-methyl-2,4-pentanediol, 15% Polyethyleneglycol 3350, pH 6.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.249
4P0A Crystal structure of HOIP PUB domain in complex with p97 PIM 提交 2014-02-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–179（179 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0,1M Tris, 20% 2-methyl-2,4-pentanediol, 15% Polyethyleneglycol 3350, pH 6.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.249
4P0B Crystal structure of HOIP PUB domain in complex with OTULIN PIM 提交 2014-02-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–179（179 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0,1M Tris, 20% 2-methyl-2,4-pentanediol, 15% Polyethyleneglycol 3350, pH 7.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.270
4P0B Crystal structure of HOIP PUB domain in complex with OTULIN PIM 提交 2014-02-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–179（179 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0,1M Tris, 20% 2-methyl-2,4-pentanediol, 15% Polyethyleneglycol 3350, pH 7.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.270
5EDV Structure of the HOIP-RBR/UbcH5B~ubiquitin transfer complex 提交 2015-10-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 696–1072（377 aa）片段：UNP residues 696-1072	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；285 K；0.06M Tris, 0.04M Bicine, 0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2- Propanediol (racemic), 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 20% PEG550MME, 10% PEG20K, 8% glycerol	分辨率 3.48 Å R-free 0.303
5EDV Structure of the HOIP-RBR/UbcH5B~ubiquitin transfer complex 提交 2015-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 696–1072（377 aa）片段：UNP residues 696-1072 链 B 696–1072（377 aa）片段：UNP residues 696-1072	未记录	ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；285 K；0.06M Tris, 0.04M Bicine, 0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2- Propanediol (racemic), 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 20% PEG550MME, 10% PEG20K, 8% glycerol	分辨率 3.48 Å R-free 0.303
5EDV Structure of the HOIP-RBR/UbcH5B~ubiquitin transfer complex 提交 2015-10-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 696–1072（377 aa）片段：UNP residues 696-1072	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；285 K；0.06M Tris, 0.04M Bicine, 0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2- Propanediol (racemic), 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 20% PEG550MME, 10% PEG20K, 8% glycerol	分辨率 3.48 Å R-free 0.303
5LJN Structure of the HOIP PUB domain bound to SPATA2 PIM peptide 提交 2016-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–176（172 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.7-1.9 M (NH4)2SO4, 50 mM sodium cacodylate pH 6.4-7.0, 15 mM MgCl2 Protein:precipitant ratio; 1:2 200 nl drops	分辨率 2.70 Å R-free 0.281
5LJN Structure of the HOIP PUB domain bound to SPATA2 PIM peptide 提交 2016-07-18	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 5–176（172 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.7-1.9 M (NH4)2SO4, 50 mM sodium cacodylate pH 6.4-7.0, 15 mM MgCl2 Protein:precipitant ratio; 1:2 200 nl drops	分辨率 2.70 Å R-free 0.281
5X0W Molecular mechanism for the binding between Sharpin and HOIP 提交 2017-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 480–639（160 aa）片段：UNP residues 480-639	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；289 K；0.1 M HEPES (pH 7.3), 7% (w/v) PEG8000, 8% (v/v) ethylene glycerol	分辨率 3.00 Å R-free 0.302
5X0W Molecular mechanism for the binding between Sharpin and HOIP 提交 2017-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 480–639（160 aa）片段：UNP residues 480-639	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；289 K；0.1 M HEPES (pH 7.3), 7% (w/v) PEG8000, 8% (v/v) ethylene glycerol	分辨率 3.00 Å R-free 0.302
5X0W Molecular mechanism for the binding between Sharpin and HOIP 提交 2017-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 480–639（160 aa）片段：UNP residues 480-639	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；289 K；0.1 M HEPES (pH 7.3), 7% (w/v) PEG8000, 8% (v/v) ethylene glycerol	分辨率 3.00 Å R-free 0.302
5X0W Molecular mechanism for the binding between Sharpin and HOIP 提交 2017-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 480–639（160 aa）片段：UNP residues 480-639	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；289 K；0.1 M HEPES (pH 7.3), 7% (w/v) PEG8000, 8% (v/v) ethylene glycerol	分辨率 3.00 Å R-free 0.302
6GZY HOIP-fragment5 complex 提交 2018-07-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 853–1072（220 aa）	未记录	FHH methyl 4-[(2-oxidanylidene-1,5,6,7-tetrahydrocyclopenta[b]pyridin-3-yl)carbonylamino]butanoate × 1 ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M Tris HCl pH 8.5, 28% w/v PEG 4000, 0.2 M Li2SO4	分辨率 2.15 Å R-free 0.246
6GZY HOIP-fragment5 complex 提交 2018-07-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 853–1072（220 aa）	未记录	FHH methyl 4-[(2-oxidanylidene-1,5,6,7-tetrahydrocyclopenta[b]pyridin-3-yl)carbonylamino]butanoate × 1 ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M Tris HCl pH 8.5, 28% w/v PEG 4000, 0.2 M Li2SO4	分辨率 2.15 Å R-free 0.246
6KC5 HOIP-HOIPIN1 complex 提交 2019-06-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 853–1072（220 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 D5U 2-[3-(2-methoxyphenyl)-3-oxidanylidene-propyl]benzoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES-Na (pH 7.5), 200 mM NaCl, 25% PEG 3,350	分辨率 1.54 Å R-free 0.217
6KC6 HOIP-HOIPIN8 complex 提交 2019-06-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 853–1072（220 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 D60 2-[3-[2,6-bis(fluoranyl)-4-(1~{H}-pyrazol-4-yl)phenyl]-3-oxidanylidene-propyl]-4-(1-methylpyrazol-4-yl)benzoic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；200 mM KCl, 20% PEG3,350	分辨率 2.12 Å R-free 0.267
6KC6 HOIP-HOIPIN8 complex 提交 2019-06-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 853–1072（220 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 D60 2-[3-[2,6-bis(fluoranyl)-4-(1~{H}-pyrazol-4-yl)phenyl]-3-oxidanylidene-propyl]-4-(1-methylpyrazol-4-yl)benzoic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；200 mM KCl, 20% PEG3,350	分辨率 2.12 Å R-free 0.267
6KC6 HOIP-HOIPIN8 complex 提交 2019-06-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 853–1072（220 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 D60 2-[3-[2,6-bis(fluoranyl)-4-(1~{H}-pyrazol-4-yl)phenyl]-3-oxidanylidene-propyl]-4-(1-methylpyrazol-4-yl)benzoic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；200 mM KCl, 20% PEG3,350	分辨率 2.12 Å R-free 0.267
6KC6 HOIP-HOIPIN8 complex 提交 2019-06-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 853–1072（220 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 D60 2-[3-[2,6-bis(fluoranyl)-4-(1~{H}-pyrazol-4-yl)phenyl]-3-oxidanylidene-propyl]-4-(1-methylpyrazol-4-yl)benzoic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；200 mM KCl, 20% PEG3,350	分辨率 2.12 Å R-free 0.267
6KC6 HOIP-HOIPIN8 complex 提交 2019-06-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 853–1072（220 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 D60 2-[3-[2,6-bis(fluoranyl)-4-(1~{H}-pyrazol-4-yl)phenyl]-3-oxidanylidene-propyl]-4-(1-methylpyrazol-4-yl)benzoic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；200 mM KCl, 20% PEG3,350	分辨率 2.12 Å R-free 0.267
6KC6 HOIP-HOIPIN8 complex 提交 2019-06-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 K 853–1072（220 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 D60 2-[3-[2,6-bis(fluoranyl)-4-(1~{H}-pyrazol-4-yl)phenyl]-3-oxidanylidene-propyl]-4-(1-methylpyrazol-4-yl)benzoic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；200 mM KCl, 20% PEG3,350	分辨率 2.12 Å R-free 0.267
6SC5 dAb3/HOIP-RBR-Ligand2 提交 2019-07-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 697–1072（376 aa）	未记录	L6B methyl 4-[(2-oxidanylidene-5,6,7,8-tetrahydro-1~{H}-quinolin-3-yl)carbonylamino]but-3-enoate × 1 ZN ZINC ION × 8 SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Ammonium sulfate, sodium chloride, HEPES	分辨率 2.10 Å R-free 0.252
6SC6 dAb3/HOIP-RBR apo structure 提交 2019-07-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 697–1072（376 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SO4 SULFATE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Ammonium sulfate, sodium chloride, HEPES	分辨率 2.25 Å R-free 0.246
6SC7 dAb3/HOIP-RBR-Ligand3 提交 2019-07-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 697–1072（376 aa）	未记录	L6H [2-[3-(cyclooct-4-en-1-yloxycarbonylamino)propylamino]-2-oxidanylidene-ethyl] (~{E})-4-[(2-oxidanylidene-5,6,7,8-tetrahydro-1~{H}-quinolin-3-yl)carbonylamino]but-2-enoate × 1 ZN ZINC ION × 8 SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Ammonium sulfate, sodium chloride, HEPES	分辨率 2.56 Å R-free 0.267
6SC8 dAb3/HOIP-RBR-Ligand4 提交 2019-07-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 697–1072（376 aa）	未记录	L6E [2-(methylamino)-2-oxidanylidene-ethyl] (~{E})-4-[(2-oxidanylidene-5,6,7,8-tetrahydro-1~{H}-quinolin-3-yl)carbonylamino]but-2-enoate × 1 ZN ZINC ION × 8 SO4 SULFATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Ammonium sulfate, sodium chloride, HEPES	分辨率 2.11 Å R-free 0.261
6SC9 dAb3/HOIP-RBR-HOIPIN-8 提交 2019-07-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 697–1072（376 aa）	未记录	L68 2-[3-[2,6-bis(fluoranyl)-4-(1~{H}-pyrazol-4-yl)phenyl]-3-oxidanylidene-prop-1-enyl]-4-(1-methylpyrazol-4-yl)benzoic acid × 1 ZN ZINC ION × 8 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Ammonium sulfate, sodium chloride, HEPES	分辨率 2.47 Å R-free 0.252
7TV4 Crystal structure of NEMO CoZi in complex with HOIP NZF1 and linear diubiquitin 提交 2022-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 K 350–379（30 aa）片段：Residues 350-379	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 22% v/v PEG Smear Broad	分辨率 4.20 Å R-free 0.286
7UY2 Structure of RNF31 in complex with FP06649, a Helicon Polypeptide 提交 2022-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–179（179 aa）	未记录	NH2 AMINO GROUP × 1 WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.06 M Divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate; 0.3M Calcium chloride dihydrate), 0.1 M Buffer System 1 (Imidazole; MES monohydrate (acid) pH 6.5), 37.5% Precipitant Mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)	分辨率 2.51 Å R-free 0.270
7UY2 Structure of RNF31 in complex with FP06649, a Helicon Polypeptide 提交 2022-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–179（179 aa）	未记录	NH2 AMINO GROUP × 1 WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.06 M Divalents (0.3M Magnesium chloride hexahydrate; 0.3M Calcium chloride dihydrate), 0.1 M Buffer System 1 (Imidazole; MES monohydrate (acid) pH 6.5), 37.5% Precipitant Mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)	分辨率 2.51 Å R-free 0.270
7UYJ Structure of RNF31 in complex with FP06652, a Helicon Polypeptide 提交 2022-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–179（179 aa）	未记录	NH2 AMINO GROUP × 1 WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M Amino Acids (0.2M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.2M DL-Alanine; 0.2M Glycine; 0.2M DL-Lysine monohydrochloride; 0.2M DL-Serine),0.1 M Buffer System 1 (Imidazole; MES monohydrate (acid) pH 6.5), 30.0% Precipitant Mix 1 (40% v/v PEG 500* MME; 20 % w/v PEG 20000)	分辨率 2.32 Å R-free 0.274
7UYJ Structure of RNF31 in complex with FP06652, a Helicon Polypeptide 提交 2022-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–179（179 aa）	未记录	NH2 AMINO GROUP × 1 WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M Amino Acids (0.2M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.2M DL-Alanine; 0.2M Glycine; 0.2M DL-Lysine monohydrochloride; 0.2M DL-Serine),0.1 M Buffer System 1 (Imidazole; MES monohydrate (acid) pH 6.5), 30.0% Precipitant Mix 1 (40% v/v PEG 500* MME; 20 % w/v PEG 20000)	分辨率 2.32 Å R-free 0.274
7UYK Structure of RNF31 in complex with FP06655, a Helicon Polypeptide 提交 2022-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 480–639（160 aa）	未记录	NH2 AMINO GROUP × 1 WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；10% w/v glycerol, 20% w/v ethanol	分辨率 2.70 Å R-free 0.245
7UYK Structure of RNF31 in complex with FP06655, a Helicon Polypeptide 提交 2022-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 480–639（160 aa）	未记录	NH2 AMINO GROUP × 1 WHL N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；10% w/v glycerol, 20% w/v ethanol	分辨率 2.70 Å R-free 0.245
7V8F Crystal structure of UBE2L3 bound to HOIP RING1 domain. 提交 2021-08-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 697–793（97 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8；289 K；2%(v/v) 1,4-dioxane, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 15%(w/v) PEG 3,350.	分辨率 1.66 Å R-free 0.198
7V8G Crystal structure of HOIP RING1 domain bound to IpaH1.4 LRR domain 提交 2021-08-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 697–793（97 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8；289 K；2%(v/v) 1,4-dioxane, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 15%(v/v) PEG 3,350	分辨率 2.75 Å R-free 0.278
7V8G Crystal structure of HOIP RING1 domain bound to IpaH1.4 LRR domain 提交 2021-08-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 697–793（97 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8；289 K；2%(v/v) 1,4-dioxane, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 15%(v/v) PEG 3,350	分辨率 2.75 Å R-free 0.278
8Z30 Crystal structure of HOIP PUB domain in complex with tolfenamic acid complex 提交 2024-04-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 4–179（176 aa）链 B 4–179（176 aa）链 C 4–179（176 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 TLF 2-[(3-chloro-2-methylphenyl)amino]benzoic acid × 3 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 TOE 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；20 mM Tris, 150 mM NaCl, pH 7.5, 10% w/v PEG1000, 10% w/v PEG8000	分辨率 2.30 Å R-free 0.242
8Z36 Crystal structure of HOIP PUB domain in complex with sertraline complex 提交 2024-04-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 4–179（176 aa）链 B 4–179（176 aa）链 C 4–179（176 aa）	未记录	SRE (1S,4S)-4-(3,4-dichlorophenyl)-N-methyl-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-amine × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；20 mM Na3PO4, 20 mM K3PO4, pH 7.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.63 Å R-free 0.269
9AZJ Structure of ubiquitinated NEMO UBAN K285C-Ub G76C bound to HOIP NZF1 提交 2024-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 E 351–379（29 aa）片段：HOIP NZF domain, residues 351-379 链 G 351–379（29 aa）片段：HOIP NZF domain, residues 351-379	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.6；293 K；150nl protein + 50 nl mother liquor: 0.1 M Tris/Bicine pH 8.6, 24.2% PEG 500 MME, 8% PEG 20K, 0.03 M each of NaI, NaBr, and NaF. Cryoprotected in mother liquor containing 20% glycerol	分辨率 3.32 Å R-free 0.285
9B0B Structure of Optineurin bound to HOIP NZF1 domain 提交 2024-03-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 350–379（30 aa）	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；3:1 (protein:mother liquor: 10% PEG 8K, 20% ethylene glycol, 0.1 M Tris/Bicine pH 8.5, 0.03 M MgCl2 and 0.03 M CaCl2. cryoprotected in mother liquor containing 10% glycerol	分辨率 1.70 Å R-free 0.222
9B0B Structure of Optineurin bound to HOIP NZF1 domain 提交 2024-03-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 350–379（30 aa）	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；3:1 (protein:mother liquor: 10% PEG 8K, 20% ethylene glycol, 0.1 M Tris/Bicine pH 8.5, 0.03 M MgCl2 and 0.03 M CaCl2. cryoprotected in mother liquor containing 10% glycerol	分辨率 1.70 Å R-free 0.222
9B0Z Structure of Optineurin bound to HOIP NZF1 domain and M1-linked diubiquitin, crystal form 2 提交 2024-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 E 350–379（30 aa）链 F 350–379（30 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；20% PEG 2K MME, 0.2 M TAO and 0.1 M Tris pH 8.5. Cryoprotected in mother liquor containing 20% glycerol	分辨率 2.41 Å R-free 0.270
9B12 Structure of Optineurin bound to HOIP NZF1 domain and M1-linked diubiquitin, crystal form 1 提交 2024-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 G 350–379（30 aa）链 H 350–379（30 aa）	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；3:1 with reservoir solution containing 50% PEG 200 and 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 1.81 Å R-free 0.269
9B12 Structure of Optineurin bound to HOIP NZF1 domain and M1-linked diubiquitin, crystal form 1 提交 2024-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 I 350–379（30 aa）链 J 350–379（30 aa）	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 3 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；3:1 with reservoir solution containing 50% PEG 200 and 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 1.81 Å R-free 0.269
9IIC Crystal structure of HOIP RING2-LDD in complex with STK4 KD domain 提交 2024-06-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 857–1071（215 aa）片段：RING2-LDD	未记录	GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 20% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.78 Å R-free 0.280
9IIC Crystal structure of HOIP RING2-LDD in complex with STK4 KD domain 提交 2024-06-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 857–1071（215 aa）片段：RING2-LDD	未记录	GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 20% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.78 Å R-free 0.280

共 35 个其他 PDB 条目、62 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RNF31_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–186； UniProt 1–184 作者链 B； PDB构建体 3–186； UniProt 1–184 作者链 C； PDB构建体 3–186； UniProt 1–184 作者链 D； PDB构建体 3–186； UniProt 1–184 作者链 E； PDB构建体 3–186； UniProt 1–184 作者链 F； PDB构建体 3–186； UniProt 1–184 作者链 G； PDB构建体 3–186； UniProt 1–184 作者链 H； PDB构建体 3–186； UniProt 1–184 作者链 I； PDB构建体 3–186； UniProt 1–184 作者链 J； PDB构建体 3–186； UniProt 1–184 作者链 K； PDB构建体 3–186； UniProt 1–184 作者链 L； PDB构建体 3–186； UniProt 1–184 作者链 M； PDB构建体 3–186； UniProt 1–184

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4oyj
沉积日期 deposition_date	2014-02-12
结构标题 title	Structure of the apo HOIP PUB domain
关键词 keywords	E3 ubiquitin ligase, PUB domain, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.45 Å
零角强度 I(0) i0	1055530000.00
分子量 molecular_weight	260890.0 kDa
排除体积 excluded_volume	324030 Å³
包络体积 envelope_volume	463950 Å³
水化壳体积 shell_volume	86148 Å³
包络直径 envelope_diameter	137.7 Å
壳层 Rg shell_rg	51.06 Å
包络 Rg envelope_rg	42.24 Å
形状 Rg shape_rg	43.46 Å
总 Rg total_rg	43.75 Å
总原子数 total_atoms	18383
残基数 n_residues	2333
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	135.0 Å
Rg (实空间) rg_real	43.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0560e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6990e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1056000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8924
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	56.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.069
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.535
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	113000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.932; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.834

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase RNF31
分子量 formula_weight	21101.7 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	13

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M
原子数 atom_count	18399

GPMPGEEEERAFLVAREELASALRRDSGQAFSLEQLRPLLASSLPLAARYLQLDAARLVRCNAHGEPRNYLNTLSTALNILEKYGRNLLSPQRPRYWRGVKFNNPVFRSTVDAVQGGRDVLRLYGYTEEQPDGLSFPEGQEEPDEHQVATVTLEVLLLRTELSLLLQNTHPRQQALEQLLEDKVED

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	30

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

CATH v4.4 (13 domains)

结构域编号 domain_id	4oyjA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2190 —

结构域编号 domain_id	4oyjB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2190 —

结构域编号 domain_id	4oyjC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2190 —

结构域编号 domain_id	4oyjD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2190 —

结构域编号 domain_id	4oyjE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2190 —

结构域编号 domain_id	4oyjF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2190 —

结构域编号 domain_id	4oyjG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2190 —

结构域编号 domain_id	4oyjH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2190 —

结构域编号 domain_id	4oyjI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2190 —

结构域编号 domain_id	4oyjJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2190 —

结构域编号 domain_id	4oyjK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2190 —

结构域编号 domain_id	4oyjL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2190 —

结构域编号 domain_id	4oyjM00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2190 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	155.190 Å
晶胞边长 b length_b	99.540 Å
晶胞边长 c length_c	173.730 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.90 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	52

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	62.605 Å
R 因子 r_factor	0.2094
R_work r_work	0.2070
R_free r_free	0.2545

fit	/app/data/saxs_computation/oy/4oyj/4oyj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oy/4oyj/4oyj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oy/4oyj/4oyj.dat