4p1b

CRYSTAL STRUCTURE OF THE TOLUENE 4-MONOOXYGENASE HYDROXYLASE-FERREDOXIN C7S E16C C84A C85A VARIANT ELECTRON-TRANSFER COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Toluene-4-monooxygenase system protein A

Pseudomonas mendocina

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Toluene-4-monooxygenase system protein E × 2 （Q00460） Toluene-4-monooxygenase system protein B × 2 （Q00457） Toluene-4-monooxygenase system ferredoxin subunit × 2 （Q00458） FE (III) ION × 4 ACETATE ION × 7 SODIUM ION × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TMOA_PSEME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–490； UniProt 2–491 作者链 D； PDB构建体 1–490； UniProt 2–491

Toluene-4-monooxygenase system protein E

Pseudomonas mendocina

UniProt Q00460

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Toluene-4-monooxygenase system protein A × 2 （Q00456） Toluene-4-monooxygenase system protein B × 2 （Q00457） Toluene-4-monooxygenase system ferredoxin subunit × 2 （Q00458） FE (III) ION × 4 ACETATE ION × 7 SODIUM ION × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TMOE_PSEME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–305； UniProt 2–306 作者链 E； PDB构建体 1–305； UniProt 2–306

Toluene-4-monooxygenase system protein B

Pseudomonas mendocina

UniProt Q00457

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Toluene-4-monooxygenase system protein A × 2 （Q00456） Toluene-4-monooxygenase system protein E × 2 （Q00460） Toluene-4-monooxygenase system ferredoxin subunit × 2 （Q00458） FE (III) ION × 4 ACETATE ION × 7 SODIUM ION × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TMOB_PSEME
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–82； UniProt 2–83 作者链 F； PDB构建体 1–82； UniProt 2–83

Toluene-4-monooxygenase system ferredoxin subunit

Pseudomonas mendocina

UniProt Q00458

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Toluene-4-monooxygenase system protein A × 2 （Q00456） Toluene-4-monooxygenase system protein E × 2 （Q00460） Toluene-4-monooxygenase system protein B × 2 （Q00457） FE (III) ION × 4 ACETATE ION × 7 SODIUM ION × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TMOC_PSEME
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–111； UniProt 2–112 作者链 I； PDB构建体 1–111； UniProt 2–112

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4p1b
沉积日期 deposition_date	2014-02-25
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE TOLUENE 4-MONOOXYGENASE HYDROXYLASE-FERREDOXIN C7S E16C C84A C85A VARIANT ELECTRON-TRANSFER COMPLEX
关键词 keywords	ELECTRON-TRANSFER COMPLEX, OXIDOREDUCTASE, DIIRON ENZYME COMPLEX, IRON-SULFUR, REDUCTION, HYDROXYLASE FERREDOXIN, OXYGENASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4p1b__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4p1b__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4p1b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.24 Å
Rg（电子密度）	39.82 Å
总 Rg	40.19 Å
原子数	16186
残基数	1976
排除体积	284890 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4p1b__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Toluene-4-monooxygenase system protein A
分子量 formula_weight	57089.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.13.-
突变 mutation	Stop 492
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	18244

AMHPRKDWYELTRATNWTPSYVTEEQLFPERMSGHMGIPLEKWESYDEPYKTSYPEYVSIQREKDAGAYSVKAALERAKIYENSDPGWISTLKSHYGAIAVGEYAAVTGEGRMARFSKAPGNRNMATFGMMDELRHGQLQLFFPHEYCKKDRQFDWAWRAYHSNEWAAIAAKHFFDDIITGRDAISVAIMLTFSFETGFTNMQFLGLAADAAEAGDYTFANLISSIQTDESRHAQQGGPALQLLIENGKREEAQKKVDMAIWRAWRLFAVLTGPVMDYYTPLEDRSQSFKEFMYEWIIGQFERSLIDLGLDKPWYWDLFLKDIDELHHSYHMGVWYWRTTAWWNPAAGVTPEERDWLEEKYPGWNKRWGRCWDVITENVLNDRMDLVSPETLPSVCNMSQIPLVGVPGDDWNIEVFSLEHNGRLYHFGSEVDRWVFQQDPVQYQNHMNIVDRFLAGQIQPMTLEGALKYMGFQSIEEMGKDAHDFAWADK

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas mendocina
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	300
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Toluene-4-monooxygenase system protein E
分子量 formula_weight	35930.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.13.-
突变 mutation	Stop 307
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

SFESKKPMRTWSHLAEMRKKPSEYDIVSRKLHYSTNNPDSPWELSPDSPMNLWYKQYRNASPLKHDNWDAFTDPDQLVYRTYNLMQDGQESYVQSLFDQFNEREHDQMVREGWEHTMARCYSPLRYLFHCLQMSSAYVQQMAPASTISNCCILQTADSLRWLTHTAYRTHELSLTYPDAGLGEHERELWEKEPGWQGLRELMEKQLTAFDWGEAFVSLNLVVKPMIVESIFKPLQQQAWENNDTLLPLLIDSQLKDAERHSRWSKALVKHALENPDNHAVIEGWIEKWRPLADRAAEAYLSMLSS

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas mendocina
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	300
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Toluene-4-monooxygenase system protein B
分子量 formula_weight	9340.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.13.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

SAFPVHAAFEKDFLVQLVVVDLNDSMDQVAEKVAYHCVNRRVAPREGVMRVRKHRSTELFPRDMTIAESGLNPTEVIDVVFE

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas mendocina
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	300
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Toluene-4-monooxygenase system ferredoxin subunit
分子量 formula_weight	12099.3 kDa
突变 mutation	C7S, E16C, C84A,C85A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I

SFEKISSLDDIWVGCMETFETSDGTEVLIVNSEEHGVKAYQAMCPHQEILLSEGSYEGGVITCRAHLWTFNDGTGHGINPDDAALAEYPVEVKGDDIYVSTKGILPNKAHS

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas mendocina
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	300
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1917

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d4p1ba_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.2 — Ribonucleotide reductase-like

结构域编号 domain_id	d4p1bc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.12 — TmoB-like
家族 Family family	d.15.12.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4p1bd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.2 — Ribonucleotide reductase-like

结构域编号 domain_id	d4p1bf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.12 — TmoB-like
家族 Family family	d.15.12.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4p1bh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.33 — ISP domain
超家族 Superfamily superfamily	b.33.1 — ISP domain
家族 Family family	b.33.1.1 — Rieske iron-sulfur protein (ISP)

结构域编号 domain_id	d4p1bi_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.33 — ISP domain
超家族 Superfamily superfamily	b.33.1 — ISP domain
家族 Family family	b.33.1.1 — Rieske iron-sulfur protein (ISP)

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4p1bA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	620 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribonucleotide Reductase, subunit A

结构域编号 domain_id	4p1bB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	620 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribonucleotide Reductase, subunit A

结构域编号 domain_id	4p1bC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — TmoB-like

结构域编号 domain_id	4p1bD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	620 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribonucleotide Reductase, subunit A

结构域编号 domain_id	4p1bE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	620 — Ribonucleotide Reductase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribonucleotide Reductase, subunit A

结构域编号 domain_id	4p1bF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — TmoB-like

结构域编号 domain_id	4p1bH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain

结构域编号 domain_id	4p1bI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain

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晶胞边长 a length_a	128.367 Å
晶胞边长 b length_b	128.367 Å
晶胞边长 c length_c	284.460 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	47.950 Å
R 因子 r_factor	0.1480
R_work r_work	0.1460
R_free r_free	0.1770

CRYSTAL STRUCTURE OF THE TOLUENE 4-MONOOXYGENASE HYDROXYLASE-FERREDOXIN C7S E16C C84A C85A VARIANT ELECTRON-TRANSFER COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Toluene-4-monooxygenase system protein A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Toluene-4-monooxygenase system protein E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Toluene-4-monooxygenase system protein B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Toluene-4-monooxygenase system ferredoxin subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4p1b__assembly_1__model_1

4p1b__assembly_1__model_1 | I(q)

4p1b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)