SAXSdb — 4p3e

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Signal recognition particle 19 kDa protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–120	片段：UNP residues 1-120	SRP RNA (124-mer) × 1 Signal recognition particle subunit SRP68 × 1 （Q9UHB9） MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；291 K；Ammonium sulfate, Sodium malonate	分辨率 3.50 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4P3E	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1JID Human SRP19 in complex with helix 6 of Human SRP RNA 提交 2001-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–120（120 aa）片段：24 C-TERMINAL RESIDUES TRUNCATED	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；potassium chloride, magnesium chloride, sodium chloride, PEG 3350, isopropanol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
1MFQ Crystal Structure Analysis of a Ternary S-Domain Complex of Human Signal Recognition Particle 提交 2002-08-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 B 14–120（107 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300.5 K；14% (w/v) PEG8000, 100mM Na-cacodylate, 400mM lithium sulfate, 80mM magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.5K	分辨率 3.10 Å R-free 0.267
2J37 MODEL OF MAMMALIAN SRP BOUND TO 80S RNCS 提交 2006-08-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 B 14–120（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.70 Å
3KTV Crystal structure of the human SRP19/S-domain SRP RNA complex 提交 2009-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–120（120 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；100 mM NaOAc, 0.75 M KF, 2.2 M (NH4)2SO4, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.80 Å R-free 0.329
3KTV Crystal structure of the human SRP19/S-domain SRP RNA complex 提交 2009-11-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 D 1–120（120 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；100 mM NaOAc, 0.75 M KF, 2.2 M (NH4)2SO4, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.80 Å R-free 0.329
5M73 Structure of the human SRP S domain with SRP72 RNA-binding domain 提交 2016-10-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 B 11–118（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 30 K POTASSIUM ION × 5 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；17 % (w/v) PEG3350 0.1 M KF 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.40 Å R-free 0.280
5M73 Structure of the human SRP S domain with SRP72 RNA-binding domain 提交 2016-10-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 F 11–118（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 15 K POTASSIUM ION × 5 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；17 % (w/v) PEG3350 0.1 M KF 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.40 Å R-free 0.280
7NFX Mammalian ribosome nascent chain complex with SRP and SRP receptor in early state A 提交 2021-02-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：55-meric	链 q 1–144（144 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.20 Å
7QWQ Ternary complex of ribosome nascent chain with SRP and NAC 提交 2022-01-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：52-meric	链 q 1–144（144 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 97 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.83 Å

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SRP19_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120

Signal recognition particle subunit SRP68

Homo sapiens

UniProt Q9UHB9

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 47–254	片段：UNP residues 47-254 突变：E108D	SRP RNA (124-mer) × 1 Signal recognition particle 19 kDa protein × 1 （P09132） MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；291 K；Ammonium sulfate, Sodium malonate	分辨率 3.50 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4P3E	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4P3F Structure of the human SRP68-RBD 提交 2014-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 47–254（208 aa）片段：UNP residues 47-254 链 B 47–254（208 aa）片段：UNP residues 47-254	突变：E108D 突变：E108D	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；K/Na tartrate, PEG5000MME	分辨率 1.70 Å R-free 0.219
5M72 Structure of the human SRP68-72 protein-binding domain complex 提交 2016-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 546–614（69 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.2 M K2SO4 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.60 Å R-free 0.184
5M73 Structure of the human SRP S domain with SRP72 RNA-binding domain 提交 2016-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 C 60–254（195 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 30 K POTASSIUM ION × 5 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；17 % (w/v) PEG3350 0.1 M KF 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.40 Å R-free 0.280
5M73 Structure of the human SRP S domain with SRP72 RNA-binding domain 提交 2016-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 G 60–254（195 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 15 K POTASSIUM ION × 5 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；17 % (w/v) PEG3350 0.1 M KF 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.40 Å R-free 0.280
5WRV Complex structure of human SRP72/SRP68 提交 2016-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 509–614（106 aa）片段：UNP residues 509-614	突变：E608A, Q609A, K610A	ACT ACETATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 5 SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；(NH4)2SO4	分辨率 1.70 Å R-free 0.189
7NFX Mammalian ribosome nascent chain complex with SRP and SRP receptor in early state A 提交 2021-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：55-meric	链 u 1–627（627 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.20 Å
7QWQ Ternary complex of ribosome nascent chain with SRP and NAC 提交 2022-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：52-meric	链 v 1–627（627 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 97 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.83 Å
8QVW Cryo-EM structure of the peptide binding domain of human SRP68/72 提交 2023-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 52–627（576 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8QVX Structure of the PBD of human SRP68/72 (cryoSPARC 3DFlex) 提交 2023-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 52–627（576 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SRP68_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 9–216； UniProt 47–254

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4p3e
沉积日期 deposition_date	2014-03-07
结构标题 title	Structure of the human SRP S domain
关键词 keywords	SRP, SRP RNA, SRP19, SRP68, ribonucleoprotein particle (RNP), Arginine-rich motif (ARM), RNA BINDING PROTEIN-RNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.78 Å
零角强度 I(0) i0	167410000.00
分子量 molecular_weight	73807.0 kDa
排除体积 excluded_volume	79296 Å³
包络体积 envelope_volume	118420 Å³
水化壳体积 shell_volume	30077 Å³
包络直径 envelope_diameter	125.1 Å
壳层 Rg shell_rg	38.41 Å
包络 Rg envelope_rg	35.59 Å
形状 Rg shape_rg	35.83 Å
总 Rg total_rg	35.81 Å
总原子数 total_atoms	5011
残基数 n_residues	408
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.1 Å
Rg (实空间) rg_real	34.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.01 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	167400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6083
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.573
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.391
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9746000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.663; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.214; Positv: 1.000; Valcen: 0.486; Smooth: 0.786

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SRP RNA (124-mer)
分子量 formula_weight	40549.2 kDa
突变 mutation	C114G, G237U, G238A
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5140

GACUAAGUUCGGCAUCAAUAUGGUGACCUCCCGGGAGCGGGGGACCACCAGGUUGCCUAAGGAGGGGUGAACCGGCCCAGGUCGGAAACGGAGCAGGUCAAAACUCCCGUGCUGAUCAGUAGUUA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Signal recognition particle 19 kDa protein
分子量 formula_weight	14791.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MACAAARSPADQDRFICIYPAYLNNKKTIAEGRRIPISKAVENPTATEIQDVCSAVGLNVFLEKNKMYSREWNRDVQYRGRVRVQLKQEDGSLCLVQFPSRKSVMLYAAEMIPKLKTRTQLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Signal recognition particle subunit SRP68
分子量 formula_weight	25604.2 kDa
突变 mutation	E108D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGHHHHHHGSKANKEFGDSLSLEILQIIKESQQQHGLRHGDFQRYRGYCSRRQRRLRKTLNFKMGNRHKFTGKKVTEDLLTDNRYLLLVLMDAERAWSYAMQLKQEANTEPRKRFHLLSRLRKAVKHAEELERLCESNRVDAKTKLEAQAYTAYLSGMLRFEHQEWKAAIEAFNKCKTIYEKLASAFTEEQAVLYNQRVEEISPNIRYCAYNIGDQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4p3eB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	56 — Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Signal recognition particle, SRP19-like subunit

结构域编号 domain_id	4p3eC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3450 — Hyaluronidase domain-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — Signal recognition particle, SRP68 subunit, RNA-binding domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	125.649 Å
晶胞边长 b length_b	70.530 Å
晶胞边长 c length_c	106.493 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.46 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	44.089 Å
R 因子 r_factor	0.2456
R_work r_work	0.2437
R_free r_free	0.2851

fit	/app/data/saxs_computation/p3/4p3e/4p3e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p3/4p3e/4p3e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p3/4p3e/4p3e.dat

Structure of the human SRP S domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Signal recognition particle 19 kDa protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Signal recognition particle subunit SRP68

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)