SAXSdb — 4p4q

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c peroxidase, mitochondrial

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cytochrome c iso-1 × 1 （P00044） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cytochrome c iso-1 × 1 （P00044） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCPR_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–294； UniProt 68–361 作者链 C； PDB构建体 1–294； UniProt 68–361

Cytochrome c iso-1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P00044

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cytochrome c peroxidase, mitochondrial × 1 （P00431） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cytochrome c peroxidase, mitochondrial × 1 （P00431） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYC1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 7–109 作者链 D； PDB构建体 1–103； UniProt 7–109

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4p4q
沉积日期 deposition_date	2014-03-12
结构标题 title	Complex of yeast cytochrome c peroxidase (W191F) with iso-1 cytochrome c
关键词 keywords	electron transfer, heme proteins, electron hopping, photochemistry, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4p4q__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4p4q__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4p4q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.86 Å
Rg（电子密度）	21.79 Å
总 Rg	22.77 Å
原子数	3259
残基数	397
排除体积	57674 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4p4q__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4p4q__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
分子量 formula_weight	33486.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.5
突变 mutation	W191F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	6952

TTPLVHVASVEKGRSYEDFQKVYNAIALKLREDDEYDNYIGYGPVLVRLAWHISGTWDKHDNTGGSYGGTYRFKKEFNDPSNAGLQNGFKFLEPIHKEFPWISSGDLFSLGGVTAVQEMQGPKIPWRCGRVDTPEDTTPDNGRLPDADKDAGYVRTFFQRLNMNDREVVALMGAHALGKTHLKNSGYEGPFGAANNVFTNEFYLNLLNEDWKLEKNDANNEQWDSKSGYMMLPTDYSLIQDPKYLSIVKEYANDQDKFFKDFSKAFEKLLENGITFPKDAPSPFIFKTLEEQGL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome c iso-1
分子量 formula_weight	11496.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GSAKKGATLFKTRCLQCHTVEKGGPHKVGPNLHGIFGRHSGQAEGYSYTDANIKKNVLWDENNMSEYLTNPKKYIPGTKMAFGGLKKEKDRNDLITYLKKACE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	434

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4p4qa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.93 — Heme-dependent peroxidases
超家族 Superfamily superfamily	a.93.1 — Heme-dependent peroxidases
家族 Family family	a.93.1.1 — CCP-like

结构域编号 domain_id	d4p4qb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

结构域编号 domain_id	d4p4qc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.93 — Heme-dependent peroxidases
超家族 Superfamily superfamily	a.93.1 — Heme-dependent peroxidases
家族 Family family	a.93.1.1 — CCP-like

结构域编号 domain_id	d4p4qd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4p4qA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	520 — Peroxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	4p4qA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	420 — Peroxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peroxidase, domain 2

结构域编号 domain_id	4p4qB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	4p4qC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	520 — Peroxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	4p4qC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	420 — Peroxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peroxidase, domain 2

结构域编号 domain_id	4p4qD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

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晶胞边长 a length_a	44.797 Å
晶胞边长 b length_b	113.842 Å
晶胞边长 c length_c	88.239 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.31 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.010 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2181
R_work r_work	0.2157
R_free r_free	0.2776

Complex of yeast cytochrome c peroxidase (W191F) with iso-1 cytochrome c

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c peroxidase, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cytochrome c iso-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4p4q__assembly_1__model_1

4p4q__assembly_1__model_1 | I(q)

4p4q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Complex of yeast cytochrome c peroxidase (W191F) with iso-1 cytochrome c

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c peroxidase, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c iso-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4p4q__assembly_1__model_1

4p4q__assembly_1__model_1 | I(q)

4p4q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)