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4p9t

Structure of the free form of the N-terminal VH1 domain of monomeric alpha-catenin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 126.8 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catenin alpha-2

Mus musculus

UniProt Q61301

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 13–261 片段：UNP residues 13-261 IOD IODIDE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG3350, 0.1 M Bis-Tris propane (pH 6.5), 0.2 M Sodium iodide 分辨率 2.50 Å R-free 0.234
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 13–261 片段：UNP residues 13-261 IOD IODIDE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG3350, 0.1 M Bis-Tris propane (pH 6.5), 0.2 M Sodium iodide 分辨率 2.50 Å R-free 0.234
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 13–261 片段：UNP residues 13-261 IOD IODIDE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG3350, 0.1 M Bis-Tris propane (pH 6.5), 0.2 M Sodium iodide 分辨率 2.50 Å R-free 0.234
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 13–261 片段：UNP residues 13-261 IOD IODIDE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG3350, 0.1 M Bis-Tris propane (pH 6.5), 0.2 M Sodium iodide 分辨率 2.50 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4P9T Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4K1O Crystal structure of the alphaN-catenin actin-binding domain 提交 2013-04-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 651–905（255 aa） 片段：C-terminal actin-binding domain
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；0.1M HEPES, pH 7.0, 1.6 M (NH4)2SO4, 0.2 M NaCl,and 0.1M K/Na tartate, vapor diffusion, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.231
4K1O Crystal structure of the alphaN-catenin actin-binding domain 提交 2013-04-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 651–905（255 aa） 片段：C-terminal actin-binding domain
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；0.1M HEPES, pH 7.0, 1.6 M (NH4)2SO4, 0.2 M NaCl,and 0.1M K/Na tartate, vapor diffusion, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.231
4ONS Structural and thermodynamic characterization of cadherin-beta-catenin-alpha-catenin complex formation 提交 2014-01-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 18–264（247 aa） 片段：beta-catenin binding domain, UNP residues 18-264
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；283 K；100mM Tris-Cl, 22% polyethylene glycol monomethryl ether, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
分辨率 2.80 Å R-free 0.264
4ONS Structural and thermodynamic characterization of cadherin-beta-catenin-alpha-catenin complex formation 提交 2014-01-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 18–264（247 aa） 片段：beta-catenin binding domain, UNP residues 18-264
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；283 K；100mM Tris-Cl, 22% polyethylene glycol monomethryl ether, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
分辨率 2.80 Å R-free 0.264
5XFL Crystal structure of the force-sensing device region of alpha N-catenin 提交 2017-04-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 260–632（373 aa） 片段：UNP residues 260-632
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；100MM HEPES, 20% PEG3350, 200MM POTASSIUM FORMATE, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K
分辨率 2.45 Å R-free 0.267
5XFL Crystal structure of the force-sensing device region of alpha N-catenin 提交 2017-04-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 260–632（373 aa） 片段：UNP residues 260-632
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；100MM HEPES, 20% PEG3350, 200MM POTASSIUM FORMATE, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K
分辨率 2.45 Å R-free 0.267
5XFL Crystal structure of the force-sensing device region of alpha N-catenin 提交 2017-04-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 260–632（373 aa） 片段：UNP residues 260-632
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；100MM HEPES, 20% PEG3350, 200MM POTASSIUM FORMATE, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K
分辨率 2.45 Å R-free 0.267
5XFL Crystal structure of the force-sensing device region of alpha N-catenin 提交 2017-04-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 260–632（373 aa） 片段：UNP residues 260-632
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；100MM HEPES, 20% PEG3350, 200MM POTASSIUM FORMATE, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K
分辨率 2.45 Å R-free 0.267
6DUY Crystal structure of the alpha-N-catenin actin-binding domain H1 mutant 提交 2018-06-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 664–918（255 aa）
链 B 664–918（255 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100 mM sodium acetate/acetic acid, pH 4.5, 0.8 M sodium phosphate monobasic, 1.2 M potassium phosphate dibasic
分辨率 2.81 Å R-free 0.255

共 4 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CTNA2_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 15–263； UniProt 13–261 作者链 B； PDB构建体 15–263； UniProt 13–261 作者链 C； PDB构建体 15–263； UniProt 13–261 作者链 D； PDB构建体 15–263； UniProt 13–261

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4p9t

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4p9t
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4p9t
沉积日期 deposition_date2014-04-04
结构标题 titleStructure of the free form of the N-terminal VH1 domain of monomeric alpha-catenin
关键词 keywordsCytoskeletal protein, adherens junction, helix bundle, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.55 Å
零角强度 I(0) i0166536000.00
分子量 molecular_weight97745.0 kDa
排除体积 excluded_volume119320 ų
包络体积 envelope_volume168360 ų
水化壳体积 shell_volume39556 ų
包络直径 envelope_diameter135.9 Å
壳层 Rg shell_rg41.17 Å
包络 Rg envelope_rg36.50 Å
形状 Rg shape_rg37.51 Å
总 Rg total_rg37.89 Å
总原子数 total_atoms6693
残基数 n_residues924
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax126.8 Å
Rg (实空间) rg_real38.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.25 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6650e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1540e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal166500000.0000
解质量估计 total_estimate0.6699
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary43.3 Å
偏度 Skewness skewness0.275
峰度 Kurtosis kurtosis-0.430
角度范围 angular_range— – 0.2050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5845000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.035; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.839
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id4p9tA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily230 — Alpha-catenin/vinculin-like
结构域编号 domain_id4p9tA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily230 — Alpha-catenin/vinculin-like
结构域编号 domain_id4p9tB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily230 — Alpha-catenin/vinculin-like
结构域编号 domain_id4p9tB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily230 — Alpha-catenin/vinculin-like
结构域编号 domain_id4p9tC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily230 — Alpha-catenin/vinculin-like
结构域编号 domain_id4p9tC02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily230 — Alpha-catenin/vinculin-like
结构域编号 domain_id4p9tD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily230 — Alpha-catenin/vinculin-like
结构域编号 domain_id4p9tD02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily230 — Alpha-catenin/vinculin-like
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)