4ph4

The crystal structure of Human VPS34 in complex with PIK-III

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 84.4 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 293–887	片段：UNP residues 293-887	GOL GLYCEROL × 1 2UG 4'-(cyclopropylmethyl)-N~2~-(pyridin-4-yl)-4,5'-bipyrimidine-2,2'-diamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；303.15 K；VPS34 protein and PIK-III were mixed and incubated on ice for 1 hr (final PIK-III concentration was 1 mM). Prior to crystallization, the mixture was passed through a 0.2 um filter. The protein:ligand complex was crystallized using the hanging drop vapor diffusion method in Nextal plates: 6 uL of protein solution was mixed with 4 uL of precipitant, which consisted of 20% (w/v) PEG 3350, 100 mM bis-tris propane, and 200 mM Na-K-phosphate. The resulting drop was suspended over a reservoir of 0.3 mL of precipitant and sealed with a screw cap. The crystals grew at 30 degC in approximately 12-24 hr.	分辨率 2.80 Å R-free 0.223

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4PH4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
11MM The structure of human Vacuolar Protein Sorting 34 catalytic domain bound to RD-II-81 提交 2026-03-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 290–871（582 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 A1C9V (8S)-3-[6-(propan-2-yl)-1,3-benzothiazol-2-yl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；BIS-TRIS pH 6.5, 20% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000	分辨率 2.69 Å R-free 0.265
11YC The structure of human Vacuolar Protein Sorting 34 catalytic domain bound to RD-II-123 提交 2026-03-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 290–871（582 aa）	未记录	A1DAY (8S)-3-(6-butyl-1,3-benzothiazol-2-yl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；Ammonium Acetate, HEPES, Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.41 Å R-free 0.220
13BV Cryo-EM structure of human PI3KC3-C1 complex 提交 2026-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–887（887 aa）	未记录	MYR MYRISTIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.77 Å
3IHY Human PIK3C3 crystal structure 提交 2009-07-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 282–879（598 aa）片段：UNP residues 282-879	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2M ammonium acetate 25% PEG3350 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.255
3IHY Human PIK3C3 crystal structure 提交 2009-07-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 282–879（598 aa）片段：UNP residues 282-879	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2M ammonium acetate 25% PEG3350 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.255
3IHY Human PIK3C3 crystal structure 提交 2009-07-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 282–879（598 aa）片段：UNP residues 282-879	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2M ammonium acetate 25% PEG3350 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.255
3IHY Human PIK3C3 crystal structure 提交 2009-07-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 282–879（598 aa）片段：UNP residues 282-879	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2M ammonium acetate 25% PEG3350 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.255
3IHY Human PIK3C3 crystal structure 提交 2009-07-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 282–879（598 aa）片段：UNP residues 282-879	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2M ammonium acetate 25% PEG3350 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.255
3LS8 Crystal structure of human PIK3C3 in complex with 3-[4-(4-Morpholinyl)thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl]-phenol 提交 2010-02-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 268–879（612 aa）片段：UNP Residues 268-879	未记录	AJZ 3-(4-morpholin-4-ylthieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl)phenol × 1 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.25 Å R-free 0.251
3LS8 Crystal structure of human PIK3C3 in complex with 3-[4-(4-Morpholinyl)thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl]-phenol 提交 2010-02-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 268–879（612 aa）片段：UNP Residues 268-879	未记录	AJZ 3-(4-morpholin-4-ylthieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl)phenol × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.25 Å R-free 0.251
4OYS CRYSTAL STRUCTURE OF VPS34 IN COMPLEX WITH SAR405. 提交 2014-02-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 282–879（598 aa）片段：UNP residues 282-879	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 1TT (8S)-9-[(5-chloranylpyridin-3-yl)methyl]-2-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-8-(trifluoromethyl)-6,7,8,9a-tetrahydro-3H-pyrimido[1,2-a]pyrimidin-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；1.9 M ammonium sulfate, 100 mM Tris pH 8.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
4UWF Discovery of (2S)-8-((3R)-3-Methylmorpholin-4-yl)-1-(3-methyl-2-oxo- butyl)-2-(trifluoromethyl)-3,4-dihydro-2H-pyrimido(1,2-a)pyrimidin-6- one: a Novel Potent and Selective Inhibitor of Vps34 for the Treatment of Solid Tumors 提交 2014-08-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 282–879（598 aa）片段：VPS34 HELICAL AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 282-879	未记录	EUT (8S)-9-[3,5-bis(fluoranyl)phenyl]-2-morpholin-4-yl-8-(trifluoromethyl)-7,8-dihydro-6H-pyrimido[1,2-a]pyrimidin-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；292 K；NA-MALONATE 1.4M, TRIS 100MM PH 8 AT 19C	分辨率 2.99 Å R-free 0.246
4UWG Discovery of (2S)-8-((3R)-3-Methylmorpholin-4-yl)-1-(3-methyl-2-oxo- butyl)-2-(trifluoromethyl)-3,4-dihydro-2H-pyrimido(1,2-a)pyrimidin-6- one: a Novel Potent and Selective Inhibitor of Vps34 for the Treatment of Solid Tumors 提交 2014-08-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 282–879（598 aa）片段：VPS34 HELICAL AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 282-879	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 RBQ (8S)-2-(morpholin-4-yl)-9-[2-(propan-2-yloxy)ethyl]-8-(trifluoromethyl)-6,7,8,9-tetrahydro-4H-pyrimido[1,2-a]pyrimidin-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；AMMONIUM SULFATE 2M - TRIS 100MM PH 8.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.221
4UWH Discovery of (2S)-8-((3R)-3-Methylmorpholin-4-yl)-1-(3-methyl-2-oxo- butyl)-2-(trifluoromethyl)-3,4-dihydro-2H-pyrimido(1,2-a)pyrimidin-6- one: a Novel Potent and Selective Inhibitor of Vps34 for the Treatment of Solid Tumors 提交 2014-08-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 282–879（598 aa）片段：VPS34 HELICAL AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 282-879	未记录	NA SODIUM ION × 2 JXM (8S)-9-[(2R)-2-hydroxy-2-phenylethyl]-2-(morpholin-4-yl)-8-(trifluoromethyl)-6,7,8,9-tetrahydro-4H-pyrimido[1,2-a]pyrimidin-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；NA CITRATE 1M PH8.0, pH 7.5	分辨率 1.93 Å R-free 0.208
4UWK Discovery of (2S)-8-((3R)-3-Methylmorpholin-4-yl)-1-(3-methyl-2-oxo- butyl)-2-(trifluoromethyl)-3,4-dihydro-2H-pyrimido(1,2-a)pyrimidin-6- one: a Novel Potent and Selective Inhibitor of Vps34 for the Treatment of Solid Tumors 提交 2014-08-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 282–879（598 aa）片段：VPS34 HELICAL AND KINASE DOMAINS, UNP RESIDUES 282-879	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 UJB (2S)-1-[(5-chloro-2-thienyl)methyl]-8-[(3R,5R)-3,5-dimethylmorpholin-4-yl]-2-(trifluoromethyl)-3,4-dihydro-2H-pyrimido[1,2-a]pyrimidin-6-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；AMMONIUM SULFATE 1.8M - TRIS 100MM PH 8.5	分辨率 2.83 Å R-free 0.225
4UWL Discovery of (2S)-8-((3R)-3-Methylmorpholin-4-yl)-1-(3-methyl-2-oxo- butyl)-2-(trifluoromethyl)-3,4-dihydro-2H-pyrimido(1,2-a)pyrimidin-6- one: a Novel Potent and Selective Inhibitor of Vps34 for the Treatment of Solid Tumors 提交 2014-08-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 282–879（598 aa）片段：VPS34 HELICAL AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 282-879	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 7A5 (8S)-2-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-9-(3-methyl-2-oxobutyl)-8-(trifluoromethyl)-6,7,8,9-tetrahydro-4H-pyrimido[1,2-a]pyrimidin-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；1.8M AMMONIUM SULFATE, 100MM TRIS PH 8	分辨率 2.80 Å R-free 0.255
5ANL Crystal structure of VPS34 in complex with (2S)-8-((3R)-3- Methylmorpholin-4-yl)-1-(3-methyl-2-oxo- butyl)-2-(trifluoromethyl)-3, 4-dihydro-2H-pyrimido(1,2-a)pyrimidin-6- one, processed with the CrystalDirect automated mounting and cryo-cooling technology 提交 2015-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 282–879（598 aa）片段：VPS34 HELICAL AND KINASE DOMAINS, UNP RESIDUES 282-879	未记录	RBQ (8S)-2-(morpholin-4-yl)-9-[2-(propan-2-yloxy)ethyl]-8-(trifluoromethyl)-6,7,8,9-tetrahydro-4H-pyrimido[1,2-a]pyrimidin-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M TRIS, PH=7.5, 1.8 M AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.70 Å R-free 0.267
5ENN The crystal structure of Human VPS34 in complex with a selective and potent inhibitor 提交 2015-11-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 293–887（595 aa）片段：UNP residues 293-887	未记录	5QS 1-[[4-(cyclopropylmethyl)-5-[2-(pyridin-4-ylamino)pyrimidin-4-yl]pyrimidin-2-yl]amino]-2-methyl-propan-2-ol × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291.15 K；200nL:200nL well to protein 0.2M Sodium Acetate 0.1M HEPES 7.5 20% PEG 3000	分辨率 2.70 Å R-free 0.201
5ENN The crystal structure of Human VPS34 in complex with a selective and potent inhibitor 提交 2015-11-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 293–887（595 aa）片段：UNP residues 293-887	未记录	5QS 1-[[4-(cyclopropylmethyl)-5-[2-(pyridin-4-ylamino)pyrimidin-4-yl]pyrimidin-2-yl]amino]-2-methyl-propan-2-ol × 1 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291.15 K；200nL:200nL well to protein 0.2M Sodium Acetate 0.1M HEPES 7.5 20% PEG 3000	分辨率 2.70 Å R-free 0.201
6HOG Structure of VPS34 LIR motif bound to GABARAP 提交 2018-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 244–258（15 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；50 mM HEPES pH 7.1, 40% PEG 600	分辨率 1.26 Å R-free 0.181
6HOH Structure of VPS34 LIR motif (S249E) bound to GABARAP 提交 2018-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 244–258（15 aa）	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 3350, 200 mM magnesium formate	分辨率 2.25 Å R-free 0.250
6HOH Structure of VPS34 LIR motif (S249E) bound to GABARAP 提交 2018-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 244–258（15 aa）链 C 244–258（15 aa）链 D 244–258（15 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 3350, 200 mM magnesium formate	分辨率 2.25 Å R-free 0.250
6I3U Optimization of potent and selective ATM inhibitors suitable for a proof-of-concept study in Huntington's disease models 提交 2018-11-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 268–879（612 aa）	突变：F612A, L616N, I634L, M682L, F684W, Q686_S687insG	H2E 2-morpholin-4-yl-6-[7-[(2~{R})-1-morpholin-4-ylpropan-2-yl]oxy-9~{H}-thioxanthen-4-yl]pyran-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.4 M Sodium Malonate pH 7.0, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.0	分辨率 2.09 Å R-free 0.236
6YKG Structure-based exploration of selectivity for ATM inhibitors in Huntingtons disease 提交 2020-04-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 268–879（612 aa）	未记录	OZ8 4-morpholin-4-yl-6-[(2~{R})-2-(phenylmethyl)pyrrolidin-1-yl]-1~{H}-pyridin-2-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.4 M sodium malonate pH 7.0, 0.1 M BIS-TRIS	分辨率 3.12 Å R-free 0.261
7BL1 human complex II-BATS bound to membrane-attached Rab5a-GTP 提交 2021-01-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 BBB 1–887（887 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force 20, blot time 6 s	分辨率 9.80 Å
7RSJ Structure of the VPS34 kinase domain with compound 14 提交 2021-08-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 282–879（598 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 3 7IH N-{4-[(7R,8R)-4-oxo-7-(propan-2-yl)-4,5,6,7-tetrahydropyrazolo[1,5-a]pyrazin-2-yl]pyridin-2-yl}cyclopropanecarboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.2M Potassium/Sodium tartrate 0.1M Bis-Tris propane pH7.5, 20% PEG3350 0.7% v/v 1-butanol	分辨率 1.88 Å R-free 0.203
7RSP Structure of the VPS34 kinase domain with compound 14 提交 2021-08-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 282–879（598 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 7IK (7R,8R)-2-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-7-(propan-2-yl)-6,7-dihydropyrazolo[1,5-a]pyrazin-4(5H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.2M Potassium/Sodium tartrate, 0.1M Bis-Tris propane pH7.5, 20% PEG3350 0.7% v/v 1-butanol	分辨率 1.67 Å R-free 0.225
7RSP Structure of the VPS34 kinase domain with compound 14 提交 2021-08-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 282–879（598 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 7IK (7R,8R)-2-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-7-(propan-2-yl)-6,7-dihydropyrazolo[1,5-a]pyrazin-4(5H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.2M Potassium/Sodium tartrate, 0.1M Bis-Tris propane pH7.5, 20% PEG3350 0.7% v/v 1-butanol	分辨率 1.67 Å R-free 0.225
7RSV Structure of the VPS34 kinase domain with compound 5 提交 2021-08-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 282–879（598 aa）	未记录	7IQ (5aS,8aR,9S)-2-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-5,5a,6,7,8,8a-hexahydro-4H-cyclopenta[e]pyrazolo[1,5-a]pyrazin-4-one × 1 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.2M Potassium/Sodium tartrate 0.1M Bis-Tris propane pH7.5, 20% PEG3350 0.7% v/v 1-butanol	分辨率 1.78 Å R-free 0.214
7RSV Structure of the VPS34 kinase domain with compound 5 提交 2021-08-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 282–879（598 aa）	未记录	7IQ (5aS,8aR,9S)-2-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-5,5a,6,7,8,8a-hexahydro-4H-cyclopenta[e]pyrazolo[1,5-a]pyrazin-4-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.2M Potassium/Sodium tartrate 0.1M Bis-Tris propane pH7.5, 20% PEG3350 0.7% v/v 1-butanol	分辨率 1.78 Å R-free 0.214
8RXR Crystal structure of VPS34 in complex with inhibitor SB02024 提交 2024-02-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 282–879（598 aa）	未记录	A1H4E 4-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-2-[(2R)-2-(trifluoromethyl)piperidin-1-yl]-3H-pyridin-6-one × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 IMD IMIDAZOLE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；22.5 % PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 8.0	分辨率 2.06 Å R-free 0.225
8RXR Crystal structure of VPS34 in complex with inhibitor SB02024 提交 2024-02-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 282–879（598 aa）	未记录	A1H4E 4-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-2-[(2R)-2-(trifluoromethyl)piperidin-1-yl]-3H-pyridin-6-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；22.5 % PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 8.0	分辨率 2.06 Å R-free 0.225
9C82 Structure of human ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex 提交 2024-06-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–887（887 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；added 0.05% (w/v) octylglucopyranoside as surfactant	分辨率 6.84 Å
9DKP The structure of human vacuolar protein sorting 34 catalytic domain bound to RD-I-53 提交 2024-09-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 290–871（582 aa）	未记录	A1A6F (8R)-3-(1,3-benzothiazol-2-yl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 ETX 2-ETHOXYETHANOL × 1 ETZ diethyl ether × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 K POTASSIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；20% PEG, 0.2M MES pH 6.0	分辨率 2.16 Å R-free 0.235
9E4V The structure of human vacuolar protein sorting 34 catalytic domain bound to MES 提交 2024-10-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 290–871（582 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 4 K POTASSIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；100mM MES, pH 6.0, 18% PEG3350	分辨率 2.36 Å R-free 0.231
9MHF Cryo-EM reconstruction of PI3KC3-C1 in complex with Human RAB1A(Q70L) 提交 2024-12-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–887（887 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 MYR MYRISTIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.73 Å
9MHG Cryo EM reconstruction of PI3KC3-C1 in complex with Human RAB1A(Q70L), VPS34 kinase domain in the inactive conformation 提交 2024-12-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–887（887 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 MYR MYRISTIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；OG supplemented at time of grid preparation 0.05% cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；100% humidity, 3 s wait time, blot force -15	分辨率 3.20 Å
9MHH PI3KC3-C1 in complex with RAB1A. VPS34 kinase domain active conformation 提交 2024-12-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–887（887 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；OG supplemented at time of grid preparation 0.05% cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
9NIN The structure of human Vacuolar Protein Sorting 34 catalytic domain bound to RD-I-86 提交 2025-02-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 290–871（582 aa）	未记录	A1BYW 2-[(8R)-pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-3-yl]-1,3-benzothiazol-6-ol × 1 ACT ACETATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CL CHLORIDE ION × 14 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；0.1 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 17% w/v Polyethylene glycol 10,000	分辨率 2.01 Å R-free 0.212
9ORM The structure of human Vacuolar Protein Sorting 34 catalytic domain bound to RD-I-137 提交 2025-05-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 290–871（582 aa）	未记录	A1CD6 ethyl 2-[(8S)-pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-3-yl]-1,3-benzothiazole-6-carboxylate × 1 GOL GLYCEROL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 CL CHLORIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；0.1 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 17% w/v Polyethylene glycol 10,000	分辨率 2.06 Å R-free 0.227
9RX5 VPS34-CII (VPS34 199-REIE-202 to 199-AAAA-202 mutant) bound to RAB5A (Q79L) 提交 2025-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–887（887 aa）	突变：199-REIE-202 to 199-AAAA-202	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.15 Å
9RX6 VPS34-CII (VPS34 199-REIE-202 to 199-ERIR-202 mutant) bound to RAB5A (Q79L) on the VPS15 subunit 提交 2025-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–887（887 aa）	突变：199-REIE-202 to 199-ERIR-202	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.52 Å
9RX8 Apo VPS34-CII (VPS34/VPS15/BECLIN1/UVRAG) 提交 2025-07-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–887（887 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.87 Å
9RX9 VPS34-CII bound to RAB5A-GTP 1-212 (C19S, C63S, Q79L) on the VPS34 subunit 提交 2025-07-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–887（887 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.99 Å
9RXA VPS34-CII bound to RAB5A-GTP 1-212 (C19S, C63S, Q79L) on the VPS15 subunit 提交 2025-07-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–887（887 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.00 Å
9RXB VPS34-CII (VPS34/VPS15/BECLIN1/UVRAG) bound to RAB5A (Q79L) on the VPS34 and VPS15 subunits 提交 2025-07-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–887（887 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.03 Å
9S47 Human complex II-BATS bound to membrane-attached Rab5a-GTP 提交 2025-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–887（887 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 9.88 Å
9ZF4 The structure of human Vacuolar Protein Sorting 34 catalytic domain bound to RD-II-83 提交 2025-12-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 290–871（582 aa）	未记录	A1C15 methyl 2-[(8R)-pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-3-yl]-1,3-benzothiazole-6-carboxylate × 1 GOL GLYCEROL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；297 K；0.2 M Sodium Chloride, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.09 Å R-free 0.224
9ZPC Cryo-EM structure of human PI3KC3-C2 提交 2025-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–887（887 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.83 Å
9ZPD Cryo-EM structure of human PI3KC3-C2 in complex with Rubicon Middle Region of C terminus 提交 2025-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–887（887 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	PK3C3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 31–625； UniProt 293–887

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ph4
沉积日期 deposition_date	2014-05-04
结构标题 title	The crystal structure of Human VPS34 in complex with PIK-III
关键词 keywords	VPS34, autophagy, class III, phosphatidylinositol-3-kinase, PIK3C3, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.05 Å
零角强度 I(0) i0	58397500.00
分子量 molecular_weight	60509.0 kDa
排除体积 excluded_volume	76255 Å³
包络体积 envelope_volume	91524 Å³
水化壳体积 shell_volume	30277 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.2 Å
壳层 Rg shell_rg	32.57 Å
包络 Rg envelope_rg	25.37 Å
形状 Rg shape_rg	25.06 Å
总 Rg total_rg	25.86 Å
总原子数 total_atoms	4258
残基数 n_residues	529
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.4 Å
Rg (实空间) rg_real	26.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.8400e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.4140e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	58400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9006
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.239
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.424
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.965

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
分子量 formula_weight	71845.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.137
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	4367

MSYYHHHHHHDYDIPTTENLYFQGAMGSGIRDQLNIIVSYPPTKQLTYEEQDLVWKFRYYLTNQEKALTKFLKCVNWDLPQEAKQALELLGKWKPMDVEDSLELLSSHYTNPTVRRYAVARLRQADDEDLLMYLLQLVQALKYENFDDIKNGLEPTKKDSQSSVSENVSNSGINSAEIDSSQIITSPLPSVSSPPPASKTKEVPDGENLEQDLCTFLISRACKNSTLANYLYWYVIVECEDQDTQQRDPKTHEMYLNVMRRFSQALLKGDKSVRVMRSLLAAQQTFVDRLVHLMKAVQRESGNRKKKNERLQALLGDNEKMNLSDVELIPLPLEPQVKIRGIIPETATLFKSALMPAQLFFKTEDGGKYPVIFKHGDDLRQDQLILQIISLMDKLLRKENLDLKLTPYKVLATSTKHGFMQFIQSVPVAEVLDTEGSIQNFFRKYAPSENGPNGISAEVMDTYVKSCAGYCVITYILGVGDRHLDNLLLTKTGKLFHIDFGYILGRDPKPLPPPMKLNKEMVEGMGGTQSEQYQEFRKQCYTAFLHLRRYSNLILNLFSLMVDANIPDIALEPDKTVKKVQDKFRLDLSDEEAVHYMQSLIDESVHALFAAVVEQIHKFAQYWRK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4'-(cyclopropylmethyl)-N~2~-(pyridin-4-yl)-4,5'-bipyrimidine-2,2'-diamine
分子量 formula_weight	319.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	91

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	4ph4B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK)

结构域编号 domain_id	4ph4B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1010 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4

结构域编号 domain_id	4ph4B03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	114.532 Å
晶胞边长 b length_b	114.532 Å
晶胞边长 c length_c	146.257 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	48.340 Å
R 因子 r_factor	0.1953
R_work r_work	0.1938
R_free r_free	0.2232

fit	/app/data/saxs_computation/ph/4ph4/4ph4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ph/4ph4/4ph4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ph/4ph4/4ph4.dat