4pt2

Myxococcus xanthus encapsulin protein (EncA)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 130.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Encapsulin protein

Myxococcus xanthus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 180 PDB 声明：180-MERIC（180）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 8–294 链 B； UniProt 8–294 链 P； UniProt 8–294	片段：UNP residues 8-294	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：10 mM Tris, 10 mM MgCl2；pH 7.6；10 mM Tris, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件：83 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (LEICA KF80)	分辨率 4.60 Å
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 8–294 链 B； UniProt 8–294 链 P； UniProt 8–294	片段：UNP residues 8-294	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：10 mM Tris, 10 mM MgCl2；pH 7.6；10 mM Tris, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件：83 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (LEICA KF80)	分辨率 4.60 Å
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 8–294 链 B； UniProt 8–294 链 P； UniProt 8–294	片段：UNP residues 8-294	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：10 mM Tris, 10 mM MgCl2；pH 7.6；10 mM Tris, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件：83 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (LEICA KF80)	分辨率 4.60 Å
4	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 8–294 链 B； UniProt 8–294 链 P； UniProt 8–294	片段：UNP residues 8-294	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：10 mM Tris, 10 mM MgCl2；pH 7.6；10 mM Tris, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件：83 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (LEICA KF80)	分辨率 4.60 Å
5	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 8–294 链 B； UniProt 8–294 链 P； UniProt 8–294	片段：UNP residues 8-294	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：10 mM Tris, 10 mM MgCl2；pH 7.6；10 mM Tris, 10 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件：83 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (LEICA KF80)	分辨率 4.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4PT2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7S20 M. xanthus encapsulin shell protein EncA with T=3 symmetry 提交 2021-09-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7S20 M. xanthus encapsulin shell protein EncA with T=3 symmetry 提交 2021-09-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7S20 M. xanthus encapsulin shell protein EncA with T=3 symmetry 提交 2021-09-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7S20 M. xanthus encapsulin shell protein EncA with T=3 symmetry 提交 2021-09-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7S20 M. xanthus encapsulin shell protein EncA with T=3 symmetry 提交 2021-09-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7S21 M. xanthus encapsulin shell protein EncA with T=1 symmetry 提交 2021-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7S21 M. xanthus encapsulin shell protein EncA with T=1 symmetry 提交 2021-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7S21 M. xanthus encapsulin shell protein EncA with T=1 symmetry 提交 2021-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7S21 M. xanthus encapsulin shell protein EncA with T=1 symmetry 提交 2021-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7S21 M. xanthus encapsulin shell protein EncA with T=1 symmetry 提交 2021-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7S2T M. xanthus encapsulin EncA bound to EncB targeting peptide 提交 2021-09-03	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 360 PDB 声明：360-meric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å
7S2T M. xanthus encapsulin EncA bound to EncB targeting peptide 提交 2021-09-03	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å
7S2T M. xanthus encapsulin EncA bound to EncB targeting peptide 提交 2021-09-03	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å
7S2T M. xanthus encapsulin EncA bound to EncB targeting peptide 提交 2021-09-03	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å
7S2T M. xanthus encapsulin EncA bound to EncB targeting peptide 提交 2021-09-03	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å
7S4Q M. xanthus encapsulin EncA bound to EncC targeting peptide 提交 2021-09-09	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 360 PDB 声明：360-meric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å
7S4Q M. xanthus encapsulin EncA bound to EncC targeting peptide 提交 2021-09-09	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å
7S4Q M. xanthus encapsulin EncA bound to EncC targeting peptide 提交 2021-09-09	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å
7S4Q M. xanthus encapsulin EncA bound to EncC targeting peptide 提交 2021-09-09	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å
7S4Q M. xanthus encapsulin EncA bound to EncC targeting peptide 提交 2021-09-09	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20 mM HEPES, pH 7.3, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å
8TK7 Myxococcus xanthus EncA protein shell with compartmentalized SNAP-tag cargo protein 提交 2023-07-25	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 360 PDB 声明：360-meric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.53 Å
8TK7 Myxococcus xanthus EncA protein shell with compartmentalized SNAP-tag cargo protein 提交 2023-07-25	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.53 Å
8TK7 Myxococcus xanthus EncA protein shell with compartmentalized SNAP-tag cargo protein 提交 2023-07-25	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.53 Å
8TK7 Myxococcus xanthus EncA protein shell with compartmentalized SNAP-tag cargo protein 提交 2023-07-25	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.53 Å
8TK7 Myxococcus xanthus EncA protein shell with compartmentalized SNAP-tag cargo protein 提交 2023-07-25	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.53 Å
8V4N Myxococcus xanthus EncA 3xHis pore mutant with T=1 icosahedral symmetry 提交 2023-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–287（287 aa）	突变：K199H, T200H, G201H	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 5 Blot time: 2 seconds	分辨率 2.43 Å
8V4Q Myxococcus xanthus EncA 3xHis pore mutant with tetrahedral symmetry 提交 2023-11-29	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）	突变：K199H, T200H, G201H 突变：K199H, T200H, G201H 突变：K199H, T200H, G201H	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 5 Blot time: 2 seconds	分辨率 2.71 Å
8VJO Cryo-EM structure of Myxococcus xanthus EncA encapsulin shell loaded with EncD cargo 提交 2024-01-07	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 360 PDB 声明：360-meric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20mM HEPES, 150mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
8VJO Cryo-EM structure of Myxococcus xanthus EncA encapsulin shell loaded with EncD cargo 提交 2024-01-07	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20mM HEPES, 150mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
8VJO Cryo-EM structure of Myxococcus xanthus EncA encapsulin shell loaded with EncD cargo 提交 2024-01-07	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20mM HEPES, 150mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
8VJO Cryo-EM structure of Myxococcus xanthus EncA encapsulin shell loaded with EncD cargo 提交 2024-01-07	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20mM HEPES, 150mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
8VJO Cryo-EM structure of Myxococcus xanthus EncA encapsulin shell loaded with EncD cargo 提交 2024-01-07	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–294（294 aa）链 B 1–294（294 aa）链 C 1–294（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.3；20mM HEPES, 150mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å
9B9I Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=1 icosahedral symmetry 提交 2024-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–287（287 aa）片段：I203G, Y204G, del(205-210)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 2.86 Å
9B9I Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=1 icosahedral symmetry 提交 2024-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–287（287 aa）片段：I203G, Y204G, del(205-210)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 2.86 Å
9B9I Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=1 icosahedral symmetry 提交 2024-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–287（287 aa）片段：I203G, Y204G, del(205-210)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 2.86 Å
9B9I Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=1 icosahedral symmetry 提交 2024-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–287（287 aa）片段：I203G, Y204G, del(205-210)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 2.86 Å
9B9I Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=1 icosahedral symmetry 提交 2024-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–287（287 aa）片段：I203G, Y204G, del(205-210)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 2.86 Å
9B9Q Cargo-loaded Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=3 icosahedral symmetry 提交 2024-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 360 PDB 声明：360-meric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）	突变：I203G, Y204G, del(205-210) 突变：I203G, Y204G, del(205-210) 突变：I203G, Y204G, del(205-210)	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.14 Å
9B9Q Cargo-loaded Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=3 icosahedral symmetry 提交 2024-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）	突变：I203G, Y204G, del(205-210) 突变：I203G, Y204G, del(205-210) 突变：I203G, Y204G, del(205-210)	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.14 Å
9B9Q Cargo-loaded Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=3 icosahedral symmetry 提交 2024-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）	突变：I203G, Y204G, del(205-210) 突变：I203G, Y204G, del(205-210) 突变：I203G, Y204G, del(205-210)	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.14 Å
9B9Q Cargo-loaded Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=3 icosahedral symmetry 提交 2024-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）	突变：I203G, Y204G, del(205-210) 突变：I203G, Y204G, del(205-210) 突变：I203G, Y204G, del(205-210)	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.14 Å
9B9Q Cargo-loaded Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=3 icosahedral symmetry 提交 2024-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）	突变：I203G, Y204G, del(205-210) 突变：I203G, Y204G, del(205-210) 突变：I203G, Y204G, del(205-210)	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.14 Å
9BC8 Cargo-loaded Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=4 icosahedral symmetry 提交 2024-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 480 PDB 声明：480-meric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）链 D 1–287（287 aa）	突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.46 Å
9BC8 Cargo-loaded Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=4 icosahedral symmetry 提交 2024-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）链 D 1–287（287 aa）	突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.46 Å
9BC8 Cargo-loaded Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=4 icosahedral symmetry 提交 2024-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：40-meric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）链 D 1–287（287 aa）	突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.46 Å
9BC8 Cargo-loaded Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=4 icosahedral symmetry 提交 2024-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）链 D 1–287（287 aa）	突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.46 Å
9BC8 Cargo-loaded Myxococcus xanthus EncA encapsulin engineered pore mutant with T=4 icosahedral symmetry 提交 2024-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–287（287 aa）链 B 1–287（287 aa）链 C 1–287（287 aa）链 D 1–287（287 aa）	突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G 突变：I203G, Y204G	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force: 20 Blot time: 4 seconds Wait time: 0 seconds	分辨率 3.46 Å

共 11 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q1D6H4_MYXXD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–287； UniProt 8–294 作者链 B； PDB构建体 1–287； UniProt 8–294 作者链 P； PDB构建体 1–287； UniProt 8–294

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4pt2
沉积日期 deposition_date	2014-03-10
结构标题 title	Myxococcus xanthus encapsulin protein (EncA)
关键词 keywords	HK97 fold, Shell protein, VIRUS LIKE PARTICLE; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.59 Å
零角强度 I(0) i0	132801000.00
分子量 molecular_weight	91716.0 kDa
排除体积 excluded_volume	114650 Å³
包络体积 envelope_volume	160300 Å³
水化壳体积 shell_volume	39068 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.0 Å
壳层 Rg shell_rg	39.90 Å
包络 Rg envelope_rg	36.16 Å
形状 Rg shape_rg	35.61 Å
总 Rg total_rg	35.87 Å
总原子数 total_atoms	6462
残基数 n_residues	831
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.9 Å
Rg (实空间) rg_real	36.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0530e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	132800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8577
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.336
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.370
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22840000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.772; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.844; Smooth: 0.985

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.600 Å
最低分辨率 resolution_low	771.400 Å
R 因子 r_factor	0.3489
R_work r_work	0.3489
R_free r_free	—

分辨率 resolution	4.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	reference based
颗粒数 num_particles	14000

描述 description	Encapsulin protein
分子量 formula_weight	31692.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Myxococcus xanthus encapsulin protein (EncA)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Encapsulin protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,A,B
原子数 atom_count	6462

来源生物 organism	Myxococcus xanthus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246197
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/pt/4pt2/4pt2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pt/4pt2/4pt2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pt/4pt2/4pt2.dat