4qde

Dcps in complex with covalent inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

m7GpppX diphosphatase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	PHOSPHATE ION × 3 2-{[(2,4-diaminoquinazolin-5-yl)oxy]methyl}benzenesulfonic acid × 1	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	PHOSPHATE ION × 4 2-{[(2,4-diaminoquinazolin-5-yl)oxy]methyl}benzenesulfonic acid × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCPS_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–337； UniProt 2–337 作者链 B； PDB构建体 2–337； UniProt 2–337 作者链 C； PDB构建体 2–337； UniProt 2–337 作者链 D； PDB构建体 2–337； UniProt 2–337

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4qde
沉积日期 deposition_date	2014-05-13
结构标题 title	Dcps in complex with covalent inhibitor
关键词 keywords	;Decapping scavenger enzyme, residual cap structure cleavage, mRNA degradation, 3'->5' exosome-mediated mRNA decay pathway, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex ;; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4qde__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4qde__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4qde__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.21 Å
Rg（电子密度）	25.09 Å
总 Rg	25.98 Å
原子数	4812
残基数	575
排除体积	85346 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4qde__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4qde__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	m7GpppX diphosphatase
分子量 formula_weight	38588.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.59
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	9655

GADAAPQLGKRKRELDVEEAHAASTEEKEAGVGNGTCAPVRLPFSGFRLQKVLRESARDKIIFLHGKVNEASGDGDGEDAVVILEKTPFQVEQVAQLLTGSPELQLQFSNDIYSTYHLFPPRQLNDVKTTVVYPATEKHLQKYLRQDLRLIRETGDDYRNITLPHLESQSLSIQWVYNILDKKAEADRIVFENPDPSDGFVLIPDLKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILHQGQEAILQRYRMKGDHLRVYLHYLPSYYHLHVHFTALGFEAPGSGVERAHLLAEVIENLECDPRHYQQRTLTFALRADDPLLKLLQEAQQS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-{[(2,4-diaminoquinazolin-5-yl)oxy]methyl}benzenesulfonic acid
分子量 formula_weight	346.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d4qdea1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.246 — mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.246.1 — mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain
家族 Family family	d.246.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4qdea2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.13 — HIT-like
超家族 Superfamily superfamily	d.13.1 — HIT-like
家族 Family family	d.13.1.3 — mRNA decapping enzyme DcpS C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d4qdeb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.246 — mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.246.1 — mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain
家族 Family family	d.246.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4qdeb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.13 — HIT-like
超家族 Superfamily superfamily	d.13.1 — HIT-like
家族 Family family	d.13.1.3 — mRNA decapping enzyme DcpS C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d4qdec1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.246 — mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.246.1 — mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain
家族 Family family	d.246.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4qdec2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.13 — HIT-like
超家族 Superfamily superfamily	d.13.1 — HIT-like
家族 Family family	d.13.1.3 — mRNA decapping enzyme DcpS C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d4qded1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.246 — mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.246.1 — mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain
家族 Family family	d.246.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4qded2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.13 — HIT-like
超家族 Superfamily superfamily	d.13.1 — HIT-like
家族 Family family	d.13.1.3 — mRNA decapping enzyme DcpS C-terminal domain

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	4qdeA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4qdeA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	428 — HIT family, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HIT-like

结构域编号 domain_id	4qdeB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4qdeB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2240 — mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4qdeB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	428 — HIT family, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HIT-like

结构域编号 domain_id	4qdeC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4qdeC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2240 — mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4qdeC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	428 — HIT family, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HIT-like

结构域编号 domain_id	4qdeD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4qdeD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	428 — HIT family, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HIT-like

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晶胞边长 a length_a	101.370 Å
晶胞边长 b length_b	105.610 Å
晶胞边长 c length_c	137.130 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	38.680 Å
R 因子 r_factor	0.2109
R_work r_work	0.2088
R_free r_free	0.2514

Dcps in complex with covalent inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

m7GpppX diphosphatase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4qde__assembly_1__model_1

4qde__assembly_1__model_1 | I(q)

4qde__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

Dcps in complex with covalent inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

m7GpppX diphosphatase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4qde__assembly_1__model_1

4qde__assembly_1__model_1 | I(q)

4qde__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)