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4qdw

Joint X-ray and neutron structure of Streptomyces rubiginosus D-xylose isomerase in complex with two Ni2+ ions and linear L-arabinose

Dmax: 84.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Xylose isomerase

物种未注明

UniProt P24300

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–388 未记录 NI NICKEL (II) ION × 12 LAI L-arabinose × 4 实验方法未声明 X-ray结晶条件：batch；pH 7.7；291 K；30% ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.7, batch, temperature 291K 分辨率 1.80 Å R-free 0.179

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB 相对当前条目 4QDW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1GW9 Tri-iodide derivative of Xylose Isomerase from Streptomyces Rubiginosus 提交 2002-03-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 8 LXC beta-L-xylopyranose × 8 IOD IODIDE ION × 116 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；1.8M AMMONIUM SULPHATE, 10MM TRIS-HCL AT PH7.5 AND THEN SOAKED IN AN EQUIVALENT SOLUTION WITH 50MM KI/50MM I2 AND 1.9M L-XYLOSE ADDED AS CRYO-PROTECTANT., pH 7.50
分辨率 1.55 Å R-free 0.188
1MNZ Atomic structure of Glucose isomerase 提交 2002-09-06 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 0–387（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；295 K；MPD, Magnesium chloride, Tris base, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 295K
分辨率 0.99 Å R-free 0.134
1O1H STRUCTURE OF GLUCOSE ISOMERASE DERIVATIZED WITH KR. 提交 2002-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–387（387 aa）
链 B 1–387（387 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 4 KR KRYPTON × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；MPD, MgCl2, TRIS, pH 7.00
分辨率 1.40 Å R-free 0.161
1O1H STRUCTURE OF GLUCOSE ISOMERASE DERIVATIZED WITH KR. 提交 2002-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
链 B 1–387（387 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 8 KR KRYPTON × 8 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；MPD, MgCl2, TRIS, pH 7.00
分辨率 1.40 Å R-free 0.161
1OAD Glucose isomerase from Streptomyces rubiginosus in P21212 crystal form 提交 2003-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–388（387 aa）
链 B 2–388（387 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 4 MQD 2-METHYLPENTANE-1,2,4-TRIOL × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；17 MG/ML PROTEIN, 12 % MPD, 0.1 M MGCL2, 50 MM TRIS BUFFER PH 7.0
分辨率 1.50 Å R-free 0.186
1XIB MODES OF BINDING SUBSTRATES AND THEIR ANALOGUES TO THE ENZYME D-XYLOSE ISOMERASE 提交 1994-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.60 Å
1XIC MODES OF BINDING SUBSTRATES AND THEIR ANALOGUES TO THE ENZYME D-XYLOSE ISOMERASE 提交 1994-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 XLS D-xylose × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.60 Å
1XID MODES OF BINDING SUBSTRATES AND THEIR ANALOGUES TO THE ENZYME D-XYLOSE ISOMERASE 提交 1994-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 ASC ASCORBIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å
1XIE MODES OF BINDING SUBSTRATES AND THEIR ANALOGUES TO THE ENZYME D-XYLOSE ISOMERASE 提交 1994-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 ASO 1,5-anhydro-D-glucitol × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å
1XIF MODES OF BINDING SUBSTRATES AND THEIR ANALOGUES TO THE ENZYME D-XYLOSE ISOMERASE 提交 1994-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.60 Å
1XIG MODES OF BINDING SUBSTRATES AND THEIR ANALOGUES TO THE ENZYME D-XYLOSE ISOMERASE 提交 1994-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 XYL Xylitol × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å
1XIH MODES OF BINDING SUBSTRATES AND THEIR ANALOGUES TO THE ENZYME D-XYLOSE ISOMERASE 提交 1994-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 SOR sorbitol × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å
1XII MODES OF BINDING SUBSTRATES AND THEIR ANALOGUES TO THE ENZYME D-XYLOSE ISOMERASE 提交 1994-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 XUL D-XYLULOSE × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å
1XIJ MODES OF BINDING SUBSTRATES AND THEIR ANALOGUES TO THE ENZYME D-XYLOSE ISOMERASE 提交 1994-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 THE THREONATE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å
1XIS A METAL-MEDIATED HYDRIDE SHIFT MECHANISM FOR XYLOSE ISOMERASE BASED ON THE 1.6 ANGSTROMS STREPTOMYCES RUBIGINOSUS STRUCTURES WITH XYLITOL AND D-XYLOSE 提交 1991-03-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.60 Å
2G4J Anomalous substructure of Glucose isomerase 提交 2006-02-22 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.85 Å R-free 0.177
2GLK High-resolution study of D-Xylose isomerase, 0.94A resolution. 提交 2006-04-05 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 GOL GLYCEROL × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；50mM tris-HCl,25%AMSO4,2mM Mn2+ and 2mM Co2+ , XI @ 25mg/ml., pH 8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 0.94 Å R-free 0.128
2GUB Crystal Structure of Metal Free D-Xylose Isomerase. 提交 2006-04-29 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 SMALL TUBES；pH 8；279 K；Crystallization from solution containing metal free enzyme at 20 mg/ml, 0.8M AmSO4, 2mM Pipes. Crystallization occurred over 2 day period in sealed tubes., pH 8.0, SMALL TUBES, temperature 279K
分辨率 1.80 Å R-free 0.193
2GVE Time-of-Flight Neutron Diffraction Structure of D-Xylose Isomerase 提交 2006-05-02 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 CO COBALT (II) ION × 8 NEUTRON DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；pH 8；293 K；50mM tris-HCl,38%AMSO4,2mM Mn2+ and 2mM Co2+,XI @ 125mg/ml, pH 8.0, LIQUID DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.319
2XIS A METAL-MEDIATED HYDRIDE SHIFT MECHANISM FOR XYLOSE ISOMERASE BASED ON THE 1.6 ANGSTROMS STREPTOMYCES RUBIGINOSUS STRUCTURES WITH XYLITOL AND D-XYLOSE 提交 1991-03-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 XYL Xylitol × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.71 Å
3CWH D-xylose Isomerase in complex with linear product, per-deuterated xylulose 提交 2008-04-21 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 XUL D-XYLULOSE × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 OH HYDROXIDE ION × 4 NEUTRON DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；293 K；50MM TRIS-HCL, 38%(NH4)2SO4, 2MM MG2+ XI @ 125 MG/ML, PH=8.0, LIQUID DIFFUSION, T=293K; NATIVE CRYSTAL WERE SOAKED WITH 0.2M PER-DEUTERATED XYLOSE IN D2O BUFFERED IN 50MM TRIS-DCL, PH=7.6 (PD=8.0), 2MM MGCL2
分辨率 2.20 Å R-free 0.288
3GNX Structure of dehydrated D-xylose isomerase from streptomyces rubiginosus 提交 2009-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–388（387 aa）
链 E 2–388（387 aa）
未记录 XYL Xylitol × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；278 K；6mM Tris-HCl, 33mg/ml crystalline suspension, 0.91M ammonium sulfate, 1mM magnesium sulfate (Hampton Research Ltd.); Soaked in xylitol solution, pH 7.0, temperature 278K
分辨率 2.00 Å R-free 0.206
3KBJ Room temperature X-ray structure of apo-D-Xylose Isomerase 提交 2009-10-20 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.7；290 K；40mg/ml protein, 30%(v/v) ammonium sulfate (sat.), pH 7.7, temperature 290K
分辨率 2.00 Å R-free 0.226
3KBM Room Temperature X-ray structure of D-Xylose Isomerase complexed with 2Cd(2+) co-factors and d12-D-alpha-glucose in the cyclic form 提交 2009-10-20 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 8 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.7；290 K；40mg/ml protein, 5mM CdCl2; 500mM d12-D-glucose, 30% (v/v) ammonium sulfate (sat.), batch, pH 7.7, temperature 290K
分辨率 2.00 Å R-free 0.211
3KBN Room temperature structure of D-Xylose Isomerase in complex with 2Ni(2+) co-factors and d12-D-glucose in the linear form 提交 2009-10-20 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 NI NICKEL (II) ION × 12 GLO D-glucose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.7；290 K；40mg/ml protein, 5mM NiCl2, 500mM d12-D-glucose 30% (v/v) ammonium sulfate (sat.), pH 7.7, temperature 290K
分辨率 1.53 Å R-free 0.181
3KBS Room Temperature X-ray structure of D-Xylose Isomerase in complex with 2Cd(2+) co-factors 提交 2009-10-20 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 batch；pH 7.7；293 K；40mg/ml protein, 5mM CdCl2, 30% (v/v) ammonium sulfate (sat.), pH 7.7, batch, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.284
3KBV Room temperature structure of D-Xylose Isomerase in complex with 2Ni(2+) co-factors 提交 2009-10-20 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 NI NICKEL (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 batch；pH 7.7；290 K；40mg/ml protein, 5mM NiCl2, 30% (v/v) ammonium sulfate (sat.), pH 7.7, batch, temperature 290K
分辨率 1.80 Å R-free 0.223
3KBW Room temperature X-ray mixed-metal structure of D-Xylose Isomerase in complex with Ni(2+) and Mg(2+) co-factors 提交 2009-10-20 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 NI NICKEL (II) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 batch；pH 7.7；290 K；40mg/ml protein, 2mM NiCl2, 2mM MgCl2, 30% (v/v) ammonium sulfate (sat.), pH 7.7, batch, temperature 290K
分辨率 1.60 Å R-free 0.167
3KCJ Room temperature neutron structure of apo-D-Xylose Isomerase (refined jointly with X-ray structure 3KBJ) 提交 2009-10-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 未记录非水小分子 实验方法未声明
X-ray结晶条件 pH 7.7；293 K；50MM HEPES, 40% v/v (NH4)2SO4 (sat.), protein 40 MG/ML, PH 7.7, BATCH METHOD, temperature 293K
分辨率 1.80 Å
3KCL Room temperature neutron structure of D-Xylose Isomerase in complex with two Cd2+ cations and d12-D-alpha-glucose in the ring form (refined jointly with X-ray structure 3KBM) 提交 2009-10-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 8 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 实验方法未声明
X-ray结晶条件 pH 7.7；293 K；50MM HEPES, 40% v/v (NH4)2SO4 (sat.), protein 40 MG/ML, PH=7.7, BATCH METHOD, APO-XI CRYSTALS WERE WITH 5mM CDCL2 SALT, 0.5M PER-DEUTERATED D-GLUCOSE IN D2O, temperature 293K
分辨率 2.00 Å
3KCO Room temperature neutron structure of D-Xylose Isomerase in complex with two Ni2+ cations and d12-D-glucose in the linear form (refined jointly with X-ray structure 3KBN) 提交 2009-10-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 NI NICKEL (II) ION × 12 GLO D-glucose × 4 实验方法未声明
X-ray结晶条件 pH 7.7；293 K；50MM HEPES, 40% v/v (NH4)2SO4 (sat.), protein 40 MG/ML, PH=7.7, BATCH METHOD, APO-XI CRYSTALS WERE SOAKED WITH 5mM NiCl2 SALT, 0.5M PER-DEUTERATED D-GLUCOSE IN D2O, temperature 293K
分辨率 1.80 Å
3N4A Crystal structure of D-Xylose Isomerase in complex with S-1,2-Propandiol 提交 2010-05-21 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–388（387 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 CL CHLORIDE ION × 4 PGO S-1,2-PROPANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；20-28% Propandiol, 0.2M MgCl, 50mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.94 Å R-free 0.182
3QYS Room Temperature X-ray Structure of D-Xylose Isomerase in complex with 0.6Ni2+ cation bound in M2 metal binding site at pH=5.8 提交 2011-03-03 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 NI NICKEL (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 batch crystallization；pH 5.8；280 K；apo-XI was crystallized with ammonium sulfate as precipitant; 0.2mM Ni2+ salt was added to make the complex, pH 5.8, batch crystallization, temperature 280K
分辨率 1.85 Å R-free 0.217
3QZA Joint neutron and X-ray structure of apo-D-Xylose Isomerase at pH=5.9 提交 2011-03-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 D8U deuterium(1+) × 4 实验方法未声明
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 5.9；280 K；crystals grew with ammonium sulfate as a precipitant at pH of 5.9, batch crystallization, temperature 280K
分辨率未提供
3U3H X-Ray Crystallographic Analysis of D-Xylose Isomerase-Catalyzed Isomerization of (R)-Glyceraldehyde 提交 2011-10-05 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 03W (2R)-propane-1,1,2,3-tetrol × 4 FMT FORMIC ACID × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；298 K；20mg/ml XI in water was mixed with an equal volume of well solution consisting of 0.2-0.3M Mg formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 0.97 Å R-free 0.125
3XIS A METAL-MEDIATED HYDRIDE SHIFT MECHANISM FOR XYLOSE ISOMERASE BASED ON THE 1.6 ANGSTROMS STREPTOMYCES RUBIGINOSUS STRUCTURES WITH XYLITOL AND D-XYLOSE 提交 1991-03-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 XYS alpha-D-xylopyranose × 4 XLS D-xylose × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.60 Å
4A8I Protein crystallization and microgravity: glucose isomerase crystals grown during the PCDF-PROTEIN mission 提交 2011-11-21 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CO COBALT (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；32,7 MG/ML PROTEIN, 0.6 M AMMONIUM SULPHATE, 100 MM HEPES PH 7.0
分辨率 0.95 Å R-free 0.132
4A8L Protein crystallization and microgravity: glucose isomerase crystals grown during the PCDF-PROTEIN mission 提交 2011-11-21 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CO COBALT (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；32.7 MG/ML PROTEIN, 0.6 M AMMONIUM SULPHATE, 100 MM HEPES PH 7.0
分辨率 1.35 Å R-free 0.137
4A8N Protein crystallization and microgravity: glucose isomerase crystals grown during the PCDF-PROTEIN mission 提交 2011-11-21 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 8 CO COBALT (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；28.7 MG/ML PROTEIN, 1.4 MG/ML PROTEIN COVALENTLY LABELED WITH BIS(2,2'-BIPYRIDINE)-4,4'-DICARBOXY BIPYRIDINE-RUTHENIUM DI(N-SUCCINIMIDYL ESTER) BIS(HEXAFLUOROPHOSPHATE), 0.9M AMMONIUM SULPHATE, 100MM HEPES PH 7.0
分辨率 1.20 Å R-free 0.128
4A8R Protein crystallization and microgravity: glucose isomerase crystals grown during the PCDF-PROTEIN mission 提交 2011-11-21 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 8 CO COBALT (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；28.7 MG/ML PROTEIN, 1.4 MG/ML PROTEIN COVALENTLY LABELED WITH A RUTHENIUM-CONTAINING LABEL, 0.9 M AMMONIUM SULPHATE, 100 MM HEPES PH 7.0
分辨率 1.42 Å R-free 0.130
4DUO Room-temperature X-ray structure of D-Xylose Isomerase in complex with 2Mg2+ ions and xylitol at pH 7.7 提交 2012-02-22 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 XYL Xylitol × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 batch；pH 7.7；290 K；apo-XI crystals were grown with AmSO4 by batch; to obtain the complex Mg2+ was injected into drops containing crystals up to concentration 5 mM; subsequently, xylitol was injected up to concentration of 100 mM, pH 7.7, temperature 290K
分辨率 2.00 Å R-free 0.200
4DVO Room-temperature joint X-ray/neutron structure of D-xylose isomerase in complex with 2Ni2+ and per-deuterated D-sorbitol at pH 5.9 提交 2012-02-23 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 NI NICKEL (II) ION × 12 SOR sorbitol × 4 实验方法未声明
X-ray结晶条件 batch；pH 5.9；290 K；apo-Xylose isomerase crystals were grown with AmSO4 as precipitant and 0.1 M MES at pH 5.9; they then were injected with Ni2+ salt up to the concentration of 5mM and D-sorbitol up to the concentration of 300mM, batch, temperature 290K
分辨率 2.00 Å R-free 0.214
4E3V Crystal Structure of XYLOSE ISOMERASE FROM STREPTOMYCES RUBIGINOSUS Cryoprotected in Proline 提交 2012-03-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 PRO PROLINE × 4 SO4 SULFATE ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；2.0M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 1.50 Å R-free 0.179
4J4K Crystal structure of glucose isomerase 提交 2013-02-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；10% MPD, 0.1M MES pH 6.5, 0.2M Mg Acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.90 Å R-free 0.163
4J4K Crystal structure of glucose isomerase 提交 2013-02-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 ACT ACETATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；10% MPD, 0.1M MES pH 6.5, 0.2M Mg Acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.90 Å R-free 0.163
4LNC Neutron structure of the cyclic glucose bound Xylose Isomerase E186Q mutant 提交 2013-07-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 4 实验方法未声明
X-ray结晶条件 pH 7.7；295 K；Large crystals were grown in 1.5 ml Eppendorf tubes with 15% ammonium sulfate, 72 mg/ml D-xylose isomerase at ph 7.7, Batch method, temperature 295K
分辨率未提供
4QDP Joint X-ray and neutron structure of Streptomyces rubiginosus D-xylose isomerase in complex with two Cd2+ ions and cyclic beta-L-arabinose 提交 2014-05-14 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 8 ARB beta-L-arabinopyranose × 4 实验方法未声明
X-ray结晶条件 batch；pH 7.7；291 K；0.1M HEPES, pH 7.7, 30% ammonium sulfate, batch, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.247
4QE1 Room temperature X-ray structure of D-xylose isomerase in complex with two Cd2+ ions and L-ribulose 提交 2014-05-15 配体/离子不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 8 RUU alpha-L-ribulofuranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 batch；pH 7.7；291 K；30% ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.7, batch, temperature 291K
分辨率 1.55 Å R-free 0.190
4QE4 Room temperature X-ray structure of D-xylose isomerase in complex with two Ni2+ ions and L-ribulose 提交 2014-05-15 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 NI NICKEL (II) ION × 8 34V beta-L-ribulofuranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 batch；pH 7.7；291 K；30% ammonium sulfate, 0.1M HEPES ph 7.7, batch, temperature 291K
分辨率 1.70 Å R-free 0.180
4QE5 Room temperature X-ray structure of D-xylose isomerase in complex with two Mg2+ ions and L-ribulose 提交 2014-05-15 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 RUU alpha-L-ribulofuranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 batch；pH 7.7；291 K；30% ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.7, batch, temperature 291K
分辨率 1.56 Å R-free 0.188
4QEE Room temperature X-ray structure of D-xylose isomerase in complex with two Ni2+ ions and L-ribose 提交 2014-05-15 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 NI NICKEL (II) ION × 8 Z6J alpha-L-ribofuranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 batch；pH 7.7；291 K；30% ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.7, batch, temperature 291K
分辨率 1.60 Å R-free 0.191
4QEH Room temperature X-ray structure of D-xylose isomerase in complex with two Mg2+ ions and L-ribose 提交 2014-05-16 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 32O beta-L-ribofuranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 batch；pH 7.7；291 K；30% ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.7, batch, temperature 291K
分辨率 1.55 Å R-free 0.184
4US6 New Crystal Form of Glucose Isomerase Grown in Short Peptide Supramolecular Hydrogels 提交 2014-07-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
链 B 1–388（388 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 GOL GLYCEROL × 12 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；GEL COUNTERDIFFUSION: 1 M AMMONIUM SULPHATE, 10 MM TRIS PH 8.5
分辨率 1.20 Å R-free 0.132
4W4Q Glucose isomerase structure determined by serial femtosecond crystallography at SACLA 提交 2014-08-15 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 8.5；278 K；40%(w/v) PEG4000, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl
分辨率 2.00 Å R-free 0.196
4XIS A METAL-MEDIATED HYDRIDE SHIFT MECHANISM FOR XYLOSE ISOMERASE BASED ON THE 1.6 ANGSTROMS STREPTOMYCES RUBIGINOSUS STRUCTURES WITH XYLITOL AND D-XYLOSE 提交 1991-03-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 XLS D-xylose × 4 XYS alpha-D-xylopyranose × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.60 Å
4ZB0 A dehydrated form of glucose isomerase collected at room temperature. 提交 2015-04-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–388（387 aa） 片段：UNP residues 2-388
链 B 2–388（387 aa） 片段：UNP residues 2-388
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 20 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 FRU beta-D-fructofuranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Hepes, 10% PEG 400, 0.05 M Manganese Chloride, 20% Glucose
分辨率 2.00 Å R-free 0.180
4ZB2 A native form of glucose isomerase collected at room temperature. 提交 2015-04-14 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 FRU beta-D-fructofuranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M Hepes, 10% PEG 400, 0.05 M Manganese Chloride, 20% Glucose
分辨率 2.00 Å R-free 0.140
4ZB5 A form of glucose isomerase collected at 100K. 提交 2015-04-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M Hepes, 10% PEG 400, 0.05 M Manganese Chloride, 20% Glucose
分辨率 2.00 Å R-free 0.154
4ZBC A dehydrated form of glucose isomerase collected at 100K. 提交 2015-04-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
链 B 1–387（387 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 22 GLC alpha-D-glucopyranose × 8 FRU beta-D-fructofuranose × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Hepes, 10% PEG 400, 0.05 M Manganese Chloride, 20% Glucose
分辨率 2.00 Å R-free 0.182
5AVH The 0.90 angstrom structure (I222) of glucose isomerase crystallized in high-strength agarose hydrogel 提交 2015-06-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–387（386 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7；293 K；0.1M Tris-HCl (pH 7.0), 10% (v/v) MPD, 0.1M Ca acetate
分辨率 0.90 Å R-free 0.127
5AVN The 1.03 angstrom structure (P212121) of glucose isomerase crystallized in high-strength agarose hydrogel 提交 2015-06-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–388（387 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes-NaOH (pH 7.5), 1.75 M (NH4)2SO4
分辨率 1.03 Å R-free 0.150
5AVN The 1.03 angstrom structure (P212121) of glucose isomerase crystallized in high-strength agarose hydrogel 提交 2015-06-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–388（387 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes-NaOH (pH 7.5), 1.75 M (NH4)2SO4
分辨率 1.03 Å R-free 0.150
5AVN The 1.03 angstrom structure (P212121) of glucose isomerase crystallized in high-strength agarose hydrogel 提交 2015-06-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–388（387 aa）
链 B 2–388（387 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes-NaOH (pH 7.5), 1.75 M (NH4)2SO4
分辨率 1.03 Å R-free 0.150
5I7G Metal free Glucose Isomerase collected at room temperature using the HC1b humidity controller 提交 2016-02-17 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；10 mM Hepes pH 7.5, 1.6 M Ammonium Sulphate
分辨率 1.21 Å R-free 0.162
5VR0 Crystal structure of glucose isomerase from Streptomyces rubiginosus 提交 2017-05-09 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 CL CHLORIDE ION × 48 CA CALCIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M CaCl2, 16-22% MPD (v/v) and 0.1 M Tris-HCl pH 7.0
分辨率 1.70 Å R-free 0.142
5Y4I Crystal structure of glucose isomerase in complex with glycerol in one metal binding mode 提交 2017-08-03 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 ACT ACETATE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.5 K；16%(w/v) PEG400 and 100mM MgCl2
分辨率 1.91 Å R-free 0.170
5Y4J Crystal structure of glucose isomerase in complex with xylitol inhibitor in one metal binding mode 提交 2017-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–386（384 aa） 片段：UNP residues 3-386
突变：Q21E MG MAGNESIUM ION × 4 XYL Xylitol × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.5 K；16% (w/v) PEG400 and 100 mM MgCl2
分辨率 1.40 Å R-free 0.180
5ZYC Crystal Structure of Glucose Isomerase Soaked with Mn2+ 提交 2018-05-24 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 ACT ACETATE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.5 K；PEG 400, MgCl2
分辨率 1.75 Å R-free 0.184
5ZYD Crystal Structure of Glucose Isomerase Soaked with Glucose 提交 2018-05-24 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 ACT ACETATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.5 K；PEG 400, MgCl2
分辨率 1.40 Å R-free 0.165
5ZYE Crystal Structure of Glucose Isomerase Soaked with Mn2+ and Glucose 提交 2018-05-24 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.5 K；PEG 400, MgCl2
分辨率 1.40 Å R-free 0.186
6IRK Crystal structure of glucose isomerase by fixed-target serial femtosecond crystallography 提交 2018-11-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa） 片段：UNP residues 3-388
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 1.75 Å R-free 0.203
6KCA Room temperature structure of glucose isomerase delivered in shortening A by serial millisecond crystallography 提交 2019-06-27 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.214
6KCC Room temperature structure of glucose isomerase delivered in shortening B by serial millisecond crystallography 提交 2019-06-27 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 2.00 Å R-free 0.201
6KD2 Room temperature structure of glucose isomerase delivered in gelatin by serial millisecond crystallography 提交 2019-06-30 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 1.70 Å R-free 0.224
6LL2 Crystal structure of glucose isomerase by fixed-target serial femtosecond crystallography 提交 2019-12-21 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 1.75 Å R-free 0.197
6OQZ Crystal structure of Glucose Isomerase from Non-merohedrally twinned crystals 提交 2019-04-29 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–387（386 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.05 mM TrisHCl buffer pH 7.5, 0.1 M MnCl2 and 14% MPD
分辨率 1.60 Å R-free 0.220
6QNC Liquid Application Method for time-resolved Analyses (LAMA) by serial synchrotron crystallography, Xylose Isomerase 0.1 s timepoint 提交 2019-02-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 CO COBALT (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.190
6QND Liquid Application Method for time-resolved Analyses (LAMA) by serial synchrotron crystallography, Xylose Isomerase 60 s timepoint 提交 2019-02-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GLO D-glucose × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CO COBALT (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 2.00 Å R-free 0.219
6QNH Liquid Application Method for time-resolved Analyses (LAMA) by serial synchrotron crystallography, Xylose Isomerase 0ms timepoint 提交 2019-02-11 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 CO COBALT (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.85 Å R-free 0.196
6QNI Liquid Application Method for time-resolved Analyses (LAMA) by serial synchrotron crystallography, Xylose Isomerase 1.0 s timepoint 提交 2019-02-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GLC alpha-D-glucopyranose × 1 CO COBALT (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.85 Å R-free 0.196
6QNJ Liquid Application Method for time-resolved Analyses (LAMA) by serial synchrotron crystallography, Xylose Isomerase 4.5 s timepoint 提交 2019-02-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GLC alpha-D-glucopyranose × 1 CO COBALT (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.85 Å R-free 0.209
6QRR X-ray radiation dose series on xylose isomerase - 0.13 MGy 提交 2019-02-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
突变：E186Q EDO 1,2-ETHANEDIOL × 48 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；2-propanol, ethylene glycol, HEPES, magnesium chloride
分辨率 1.10 Å R-free 0.147
6QRS X-ray radiation dose series on xylose isomerase - 0.13 MGy 提交 2019-02-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
突变：E186Q EDO 1,2-ETHANEDIOL × 48 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；2-propanol, ethylene glycol, HEPES, magnesium chloride
分辨率 1.17 Å R-free 0.117
6QRT X-ray radiation dose series on xylose isomerase - 1.38 MGy 提交 2019-02-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
突变：E186Q EDO 1,2-ETHANEDIOL × 48 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；2-propanol, ethylene glycol, HEPES, magnesium chloride
分辨率 1.17 Å R-free 0.118
6QRU X-ray radiation dose series on xylose isomerase - 2.01 MGy 提交 2019-02-19 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 48 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；2-propanol, ethylene glycol, HEPES, magnesium chloride
分辨率 1.17 Å R-free 0.119
6QRV X-ray radiation dose series on xylose isomerase - 2.63 MGy 提交 2019-02-19 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 48 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；2-propanol, ethylene glycol, HEPES, magnesium chloride
分辨率 1.17 Å R-free 0.124
6QRW X-ray radiation dose series on xylose isomerase - 3.25 MGy 提交 2019-02-19 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 48 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；2-propanol, ethylene glycol, HEPES, magnesium chloride
分辨率 1.17 Å R-free 0.124
6QRX X-ray radiation dose series on xylose isomerase - 3.88 MGy 提交 2019-02-19 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 48 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；2-propanol, ethylene glycol, HEPES, magnesium chloride
分辨率 1.17 Å R-free 0.128
6QRY X-ray radiation dose series on xylose isomerase - merged data 提交 2019-02-19 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 48 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.5 K；2-propanol, ethylene glycol, HEPES and magnesium chloride
分辨率 1.17 Å R-free 0.110
6QUF Protein crystallization by ionic liquid hydrogel support: reference crystal of glucose isomerase grown on standard silanized glass 提交 2019-02-27 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 GOL GLYCEROL × 12 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；Protein concentration 26mg/ml in HEPES 10mM pH 7 and MgCl2 1mM. reservoir: (NH4)2SO4 1.5M
分辨率 1.19 Å R-free 0.129
6QUK Protein crystallization by ionic liquid hydrogel support: glucose isomerase grown by using ionic liquid hydrogel 提交 2019-02-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
链 B 1–388（388 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 GOL GLYCEROL × 16 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；protein 26mg/m in HEPES 10mM pH 7 and MgCl2 1mM Reservoir: (NH4)2SO4 1.5M
分辨率 1.58 Å R-free 0.194
6RND Liquid Application Method for time-resolved Analyses (LAMA) by serial synchrotron crystallography, Xylose Isomerase 15 ms timepoint 提交 2019-05-08 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.211
6RNF Liquid Application Method for time-resolved Analyses (LAMA) by serial synchrotron crystallography, Xylose Isomerase 30 ms timepoint 提交 2019-05-08 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.175
6VRS Single particle reconstruction of glucose isomerase from Streptomyces rubiginosus based on data acquired in the presence of substantial aberrations 提交 2020-02-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
链 B 1–388（388 aa）
链 C 1–388（388 aa）
链 D 1–388（388 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
6YBO RT structure of Glucose Isomerase obtained at 1.06 A resolution from crystal grown in a Kapton microchip. 提交 2020-03-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 7；293.5 K；0.1 M MgCl2, 10% w/v PEG 1K, 0.1 M Hepes pH 7.0
分辨率 1.06 Å R-free 0.131
6YBR RT structure of Glucose Isomerase obtained at 1.20 A resolution from crystal grown in a Mylar microchip. 提交 2020-03-17 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 7；293.5 K；0.1 M MgCl2, 10% w/v PEG 1K, 0.1 M Hepes pH 7.0
分辨率 1.20 Å R-free 0.131
7BJZ GLUCOSE ISOMERASE S171W in H32 提交 2021-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
链 B 1–388（388 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；294 K；30 mg.mL-1 50mM Hepes 7.0 100mM MgCl2 8% (w/v) PEG1000
分辨率 2.13 Å R-free 0.233
7BVL Crystal structure of glucose isomerase delivered in wheat starch 提交 2020-04-11 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 2.00 Å R-free 0.213
7BVN Crystal structure of glucose isomerase delivered in alginate 提交 2020-04-11 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 2.00 Å R-free 0.226
7CJO Crystal structure of metal-bound state of glucose isomerase 提交 2020-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
链 B 1–388（388 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 42 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；298.5 K；Tris-HCl, ammonium sulfate, magnesium sulfate
分辨率 1.40 Å R-free 0.147
7CJP Crystal structure of metal-free state of glucose isomerase 提交 2020-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
链 B 1–388（388 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 46 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；298.5 K；Tris-HCl, ammonium sulfate, magnesium sulfate
分辨率 1.50 Å R-free 0.166
7CK0 Room temperature structure of glucose isomerase delivered in lard by serial millisecond crystallography 提交 2020-07-15 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 1.80 Å R-free 0.177
7CVK Crystal structure of glucose isomerase by fixed-target serial synchrotron crystallography (100 ms) 提交 2020-08-26 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 1.70 Å R-free 0.199
7CVM Crystal structure of glucose isomerase by fixed-target serial synchrotron crystallography (500 ms) 提交 2020-08-26 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 2.00 Å R-free 0.248
7DFJ Crystal structure of glucose isomerase by serial millisecond crystallography 提交 2020-11-08 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 1.50 Å R-free 0.248
7DFK Crystal structure of xylitol-bound glucose isomerase by serial millisecond crystallography 提交 2020-11-08 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 XYL Xylitol × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 1.40 Å R-free 0.251
7DMM Structure of a glucose isomerase crystal grown in an aqueous glycerol solution without any precipitants 提交 2020-12-04 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–387（386 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 8 CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；precipitant-free in 30(v/v)% aqueous glycerol solution
分辨率 0.99 Å R-free 0.166
7E03 Room temperature structure of glucose isomerase delivered in beef tallow by serial millisecond crystallography 提交 2021-01-26 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 1.60 Å R-free 0.186
7NJG Xylose isomerase grown inside HARE serial crystallography chip 提交 2021-02-16 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 CO COBALT (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.244
8AW8 Xylose Isomerase in 70% relative humidity environment 提交 2022-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
链 B 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5
分辨率 1.63 Å R-free 0.194
8AW9 Xylose Isomerase in 75% relative humidity environment 提交 2022-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
链 B 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.62 Å R-free 0.190
8AWB Xylose Isomerase in 90% relative humidity environment 提交 2022-08-29 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES 200 mM Lithium Sulphate 35% Peg3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.222
8AWC Xylose Isomerase in 85% relative humidity environment 提交 2022-08-29 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.75 Å R-free 0.229
8AWD Xylose Isomerase in 95% relative humidity environment 提交 2022-08-29 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.85 Å R-free 0.192
8AWE Xylose Isomerase in 99% relative humidity environment 提交 2022-08-29 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.165
8AWF Xylose Isomerase in 80% relative humidity environment 提交 2022-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
链 B 1–388（388 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES 200 mM Lithium Sulphate 34% Peg3350
分辨率 1.61 Å R-free 0.202
8AWS Millisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger, Xylose Isomerase with Glucose at 50ms 提交 2022-08-30 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 BGC beta-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K
分辨率 2.26 Å R-free 0.223
8AWU Millisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger, Xylose Isomerase with Glucose at 250ms 提交 2022-08-30 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.47 Å R-free 0.171
8AWV Millisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger, Xylose Isomerase with Glucose at 500ms 提交 2022-08-30 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 2.08 Å R-free 0.187
8AWX Millisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger, Xylose Isomerase with Glucose at 1s 提交 2022-08-30 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 BGC beta-D-glucopyranose × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.96 Å R-free 0.192
8AWY Millisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger, Serial measurement Xylose Isomerase with 2,3-butanediol at 50ms 提交 2022-08-30 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 12 BU9 Meso-2,3-Butanediol × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.194
8WDG Subatomic crystal structure of glucose isomerase from Streptomyces rubiginosus 提交 2023-09-15 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–387（385 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 12 XYL Xylitol × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Tris-HCl, pH 8.0, PEG400, MgCl2
分辨率 0.99 Å R-free 0.171
8WDH Crystal structure of glucose isomerase by fixed-target pink-beam serial synchrotron crystallography 提交 2023-09-15 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–387（385 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；295 K；Tris, ammonium sulfate, MgCl2
分辨率 1.70 Å R-free 0.278
8XIA X-RAY ANALYSIS OF D-XYLOSE ISOMERASE AT 1.9 ANGSTROMS: NATIVE ENZYME IN COMPLEX WITH SUBSTRATE AND WITH A MECHANISM-DESIGNED INACTIVATOR 提交 1990-10-11 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 XLS D-xylose × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å
9G5N Xylose Isomerase collected at 20C using serial fixed-target crystallography 提交 2024-07-17 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；295 K；(35% (w/v) PEG 3350, 200 mM LiSO4 and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5)
分辨率 1.70 Å R-free 0.191
9G5S Xylose Isomerase collected at 30C using serial fixed-target crystallography 提交 2024-07-17 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；295 K；(35% (w/v) PEG 3350, 200 mM LiSO4 and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5)
分辨率 1.70 Å R-free 0.210
9G5W Xylose Isomerase collected at 40C using serial fixed-target crystallography 提交 2024-07-17 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；295 K；(35% (w/v) PEG 3350, 200 mM LiSO4 and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5)
分辨率 1.70 Å R-free 0.207
9G5X Xylose Isomerase collected at 45C using serial fixed-target crystallography 提交 2024-07-17 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；295 K；(35% (w/v) PEG 3350, 200 mM LiSO4 and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5)
分辨率 1.70 Å R-free 0.182
9G61 Xylose Isomerase collected at 50C using serial fixed-target crystallography 提交 2024-07-17 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；295 K；(35% (w/v) PEG 3350, 200 mM LiSO4 and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5)
分辨率 1.70 Å R-free 0.190
9G6L Xylose Isomerase collected at 20C using time-resolved serial synchrotron crystallography with Glucose at 60 seconds 提交 2024-07-18 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 GLO D-glucose × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；295 K；(35% (w/v) PEG 3350, 200 mM LiSO4 and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5)
分辨率 1.70 Å R-free 0.205
9G6M Xylose Isomerase collected at 30C using time-resolved serial synchrotron crystallography with Glucose at 60 seconds 提交 2024-07-18 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 GLO D-glucose × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；295 K；(35% (w/v) PEG 3350, 200 mM LiSO4 and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5)
分辨率 1.70 Å R-free 0.192
9G6N Xylose Isomerase collected at 40C using time-resolved serial synchrotron crystallography with Glucose at 60 seconds 提交 2024-07-18 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 GLO D-glucose × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；295 K；(35% (w/v) PEG 3350, 200 mM LiSO4 and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5)
分辨率 1.70 Å R-free 0.200
9G6O Xylose Isomerase collected at 45C using time-resolved serial synchrotron crystallography with Glucose at 60 seconds 提交 2024-07-18 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 GLO D-glucose × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；295 K；(35% (w/v) PEG 3350, 200 mM LiSO4 and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5)
分辨率 1.70 Å R-free 0.186
9G6P Xylose Isomerase collected at 50C using time-resolved serial synchrotron crystallography with Glucose at 60 seconds 提交 2024-07-18 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 GLO D-glucose × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；295 K；(35% (w/v) PEG 3350, 200 mM LiSO4 and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5)
分辨率 1.70 Å R-free 0.215
9GRD Cryo-electron microscopy structure of glucose/xylose isomerase from Streptomyces rubiginosus with cobalt ions in the active site 提交 2024-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
链 B 1–388（388 aa）
链 C 1–388（388 aa）
链 D 1–388（388 aa）
未记录 CO COBALT (II) ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50 mM PBS pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 1.99 Å
9GRE Cryo-electron microscopy structure of glucose/xylose isomerase from Streptomyces rubiginosus with magnesium ions in the active site 提交 2024-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
链 B 1–388（388 aa）
链 C 1–388（388 aa）
链 D 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50 mM PBS pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.00 Å
9I79 Xylose Isomerase collected at 20C using time-resolved serial synchrotron crystallography with Glucose at 180 seconds 提交 2025-01-31 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 GLO D-glucose × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；295 K；(35% (w/v) PEG 3350, 200 mM LiSO4 and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5)
分辨率 1.70 Å R-free 0.212
9I7L Xylose Isomerase collected at 50C using time-resolved serial synchrotron crystallography with Glucose at 180 seconds 提交 2025-01-31 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 GLO D-glucose × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；295 K；(35% (w/v) PEG 3350, 200 mM LiSO4 and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5)
分辨率 1.70 Å R-free 0.207
9R45 Spitrobot-2 advances time-resolvedcryo-trapping crystallography to under 25 ms: Xylose isomerase (apo state) 提交 2025-05-07 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7.4；295 K；10 mM HEPEs pH 7.5 0.2 M Lithium Sulphate 25% Peg3350
分辨率 1.79 Å R-free 0.244
9R46 Spitrobot-2 advances time-resolvedcryo-trapping crystallography to under 25 ms: Xylose isomerase bound with glucose (25 ms soaking) 提交 2025-05-07 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 BGC beta-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7.4；295 K；10 mM HEPES pH 7.5 0.2 M Lithium Sulphate 25% Peg3350
分辨率 2.10 Å R-free 0.243
9R47 Spitrobot-2 advances time-resolvedcryo-trapping crystallography to under 25 ms: Xylose isomerase bound with glucose (50 ms soaking) 提交 2025-05-07 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 BGC beta-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7.4；295 K；10 mM HEPES pH 7.4 0.2 M Lithium Sulphate 25% Peg3350
分辨率 1.80 Å R-free 0.206
9XEY Room temperature structure of glucose isomerase by serial femtosecond crystallography 提交 2025-10-28 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；273 K；Tris, MgCl
分辨率 1.65 Å R-free 0.229
9XIA X-RAY ANALYSIS OF D-XYLOSE ISOMERASE AT 1.9 ANGSTROMS: NATIVE ENZYME IN COMPLEX WITH SUBSTRATE AND WITH A MECHANISM-DESIGNED INACTIVATOR 提交 1990-10-11 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 DFR 3-deoxy-3-methyl-beta-D-fructofuranose × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å

共 139 个其他 PDB 条目、143 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XYLA_STRRU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–388； UniProt 1–388

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4qdw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4qdw
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4qdw
沉积日期 deposition_date2014-05-14
结构标题 titleJoint X-ray and neutron structure of Streptomyces rubiginosus D-xylose isomerase in complex with two Ni2+ ions and linear L-arabinose
关键词 keywordsTIM barrel, sugar isomerase, monosaccharides, isomerase; ISOMERASE
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.70 Å
零角强度 I(0) i038766900.00
分子量 molecular_weight49974.0 kDa
排除体积 excluded_volume62471 ų
包络体积 envelope_volume81000 ų
水化壳体积 shell_volume28059 ų
包络直径 envelope_diameter88.8 Å
壳层 Rg shell_rg31.25 Å
包络 Rg envelope_rg25.05 Å
形状 Rg shape_rg23.99 Å
总 Rg total_rg23.70 Å
总原子数 total_atoms6782
残基数 n_residues388
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.6 Å
Rg (实空间) rg_real24.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real3.8770e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.8100e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal38770000.0000
解质量估计 total_estimate0.7846
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary26.8 Å
偏度 Skewness skewness0.462
峰度 Kurtosis kurtosis-0.167
角度范围 angular_range— – 0.3200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7787000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.762; Stabil: 0.992; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.935; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd4qdwa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.15 — Xylose isomerase-like
家族 Family familyc.1.15.3 — Xylose isomerase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4qdwA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)