4qeb

Dcps in complex with covalent inhibitor targeting Tyrosine

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

m7GpppX diphosphatase

Homo sapiens

UniProt Q96C86

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 PHOSPHATE ION × 3 3-{[(2,4-diaminoquinazolin-5-yl)oxy]methyl}benzenesulfonic acid × 1 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 PHOSPHATE ION × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DCPS_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–337; UniProt 2–337 作者链 B; PDB构建体 2–337; UniProt 2–337 作者链 C; PDB构建体 2–337; UniProt 2–337 作者链 D; PDB构建体 2–337; UniProt 2–337

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4qeb
沉积日期 deposition_date2014-05-15
结构标题 titleDcps in complex with covalent inhibitor targeting Tyrosine
关键词 keywords;Decapping scavenger enzyme, residual cap structure cleavage, mRNA degradation, 3'->5' exosome-mediated mRNA decay pathway, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex ;; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4qeb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4qeb__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

4qeb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)26.23 Å
Rg(电子密度)25.12 Å
总 Rg26.01 Å
原子数4812
残基数575
排除体积85346 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 4qeb__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 4qeb__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id4qebA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal domain
结构域编号 domain_id4qebA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology428 — HIT family, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HIT-like
结构域编号 domain_id4qebB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal domain
结构域编号 domain_id4qebB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2240 — mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain
结构域编号 domain_id4qebB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology428 — HIT family, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HIT-like
结构域编号 domain_id4qebC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal domain
结构域编号 domain_id4qebC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2240 — mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain
结构域编号 domain_id4qebC03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology428 — HIT family, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HIT-like
结构域编号 domain_id4qebD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal domain
结构域编号 domain_id4qebD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology428 — HIT family, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HIT-like
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7. 引用文献 (1)