SAXSdb — 4quf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RE36324p

Drosophila melanogaster

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 19–85 链 B； UniProt 19–85	未记录	H3(1-15)K9me3 peptide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.2 M ammonium nitrate and 20% PEG3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.249
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 19–85 链 D； UniProt 19–85	未记录	H3(1-15)K9me3 peptide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.2 M ammonium nitrate and 20% PEG3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.249
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 19–85 链 F； UniProt 19–85	未记录	H3(1-15)K9me3 peptide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.2 M ammonium nitrate and 20% PEG3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4QUF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4QUC Crystal structure of chromodomain of Rhino 提交 2014-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–85（67 aa）片段：chromodomain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.2M Sodium nitrate and 20%(w/v) PEG3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.253
4U68 Crystal structure of Rhino chromodomain in complex with H3K9me3 提交 2014-07-28	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 20–90（71 aa）片段：chromodomain, UNP residues 20-90	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；290 K；30 %(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M sodium acetate, 25 % (w/v) PEG 1500	分辨率 1.80 Å R-free 0.206
4U68 Crystal structure of Rhino chromodomain in complex with H3K9me3 提交 2014-07-28	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 20–90（71 aa）片段：chromodomain, UNP residues 20-90 链 C 20–90（71 aa）片段：chromodomain, UNP residues 20-90	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；290 K；30 %(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M sodium acetate, 25 % (w/v) PEG 1500	分辨率 1.80 Å R-free 0.206

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7JXA8_DROME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–68； UniProt 19–85 作者链 B； PDB构建体 2–68； UniProt 19–85 作者链 C； PDB构建体 2–68； UniProt 19–85 作者链 D； PDB构建体 2–68； UniProt 19–85 作者链 E； PDB构建体 2–68； UniProt 19–85 作者链 F； PDB构建体 2–68； UniProt 19–85

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4quf
沉积日期 deposition_date	2014-07-10
结构标题 title	crystal structure of chromodomain of Rhino with H3K9me3
关键词 keywords	piRNA biogensis, histone binding, protein binding; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.62 Å
零角强度 I(0) i0	35835900.00
分子量 molecular_weight	46818.0 kDa
排除体积 excluded_volume	58897 Å³
包络体积 envelope_volume	75465 Å³
水化壳体积 shell_volume	24637 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.1 Å
壳层 Rg shell_rg	32.65 Å
包络 Rg envelope_rg	26.37 Å
形状 Rg shape_rg	26.63 Å
总 Rg total_rg	27.29 Å
总原子数 total_atoms	3303
残基数 n_residues	394
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.4 Å
Rg (实空间) rg_real	27.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0380e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	35840000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8892
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.233
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.549
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3821000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.869; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.956; Smooth: 0.993

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RE36324p
分子量 formula_weight	7885.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	3506

SDHVEEYVVEKILGKRFVNGRPQVLVKWSGFPNENNTWEPLENVGNCMKLVSDFESEVFRLHRKAAAK

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	H3(1-15)K9me3 peptide
分子量 formula_weight	1607.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q,R,T,V,U

ARTKQTARKSTGGKA

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	203

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4qufA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	4qufB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	4qufC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	4qufD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	4qufE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	4qufF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.317 Å
晶胞边长 b length_b	79.932 Å
晶胞边长 c length_c	81.181 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.41 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.501 Å
最低分辨率 resolution_low	37.216 Å
R 因子 r_factor	0.1976
R_work r_work	0.1948
R_free r_free	0.2494

fit	/app/data/saxs_computation/qu/4quf/4quf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qu/4quf/4quf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qu/4quf/4quf.dat

crystal structure of chromodomain of Rhino with H3K9me3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RE36324p

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)