4r7z

PfMCM-AAA double-octamer

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division control protein 21

Pyrococcus furiosus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 16	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 MAGNESIUM ION × 16	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8U3I4_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–91； UniProt 262–352 作者链 A； PDB构建体 125–338； UniProt 753–966 作者链 B； PDB构建体 1–91； UniProt 262–352 作者链 B； PDB构建体 125–338； UniProt 753–966 作者链 C； PDB构建体 1–91； UniProt 262–352 作者链 C； PDB构建体 125–338； UniProt 753–966 作者链 D； PDB构建体 1–91； UniProt 262–352 作者链 D； PDB构建体 125–338； UniProt 753–966 作者链 E； PDB构建体 1–91； UniProt 262–352 作者链 E； PDB构建体 125–338； UniProt 753–966 作者链 F； PDB构建体 1–91； UniProt 262–352 作者链 F； PDB构建体 125–338； UniProt 753–966 作者链 G； PDB构建体 1–91； UniProt 262–352 作者链 G； PDB构建体 125–338； UniProt 753–966 作者链 H； PDB构建体 1–91； UniProt 262–352 作者链 H； PDB构建体 125–338； UniProt 753–966 作者链 I； PDB构建体 1–91； UniProt 262–352 作者链 I； PDB构建体 125–338； UniProt 753–966 作者链 J； PDB构建体 1–91； UniProt 262–352 作者链 J； PDB构建体 125–338； UniProt 753–966 作者链 K； PDB构建体 1–91； UniProt 262–352 作者链 K； PDB构建体 125–338； UniProt 753–966 作者链 L； PDB构建体 1–91； UniProt 262–352 作者链 L； PDB构建体 125–338； UniProt 753–966 作者链 M； PDB构建体 1–91； UniProt 262–352 作者链 M； PDB构建体 125–338； UniProt 753–966 作者链 N； PDB构建体 1–91； UniProt 262–352 作者链 N； PDB构建体 125–338； UniProt 753–966 作者链 O； PDB构建体 1–91； UniProt 262–352 作者链 O； PDB构建体 125–338； UniProt 753–966 作者链 P； PDB构建体 1–91； UniProt 262–352 作者链 P； PDB构建体 125–338； UniProt 753–966

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4r7z
沉积日期 deposition_date	2014-08-28
结构标题 title	PfMCM-AAA double-octamer
关键词 keywords	AAA+, MCM, helicase, ATPase, DNA replication, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4r7z__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4r7z__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4r7z__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	60.15 Å
Rg（电子密度）	59.75 Å
总 Rg	60.03 Å
原子数	39296
残基数	5056
排除体积	701260 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4r7z__assembly_1__model_1`	hexadecameric （16）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cell division control protein 21
分子量 formula_weight	37185.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P
原子数 atom_count	39296

SPEEEQIIKELAKRKDIVDAIVDSIAPAIYGYKEVKKGIALALFGGVSRKLPDGTRLRGDIHVLLVGDPGVAKSQILRYVANLAPRAIYTSXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXGGYALIDELDKMSDRDRSVIHEALEQQTISISKAGITATLNARTTVIAAANPKQGRFNRMKNPFEQIDLPPTLLSRFDLIFVLIDEPDDKIDSEVARHILRVRRGESEVVAPKIPHEILRKYIAYARKNIHPVISEEAMEEIEKYYVRMRKSVKKTKGEEEGIPPIPITARQLEALIRLSEAHARMRLSPIVTREDAREAIKLMEYTLKQIAMD

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	4r7zA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4r7zB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4r7zC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4r7zD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4r7zE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4r7zF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4r7zG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4r7zH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4r7zI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4r7zJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4r7zK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4r7zL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4r7zM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4r7zN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4r7zO00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4r7zP00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	124.956 Å
晶胞边长 b length_b	127.082 Å
晶胞边长 c length_c	128.025 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	71.85 °
晶胞夹角 β angle_beta	72.82 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	80.39 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.800 Å
最低分辨率 resolution_low	48.370 Å
R 因子 r_factor	0.3010
R_work r_work	0.3010
R_free r_free	0.3140

PfMCM-AAA double-octamer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division control protein 21

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4r7z__assembly_1__model_1

4r7z__assembly_1__model_1 | I(q)

4r7z__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

PfMCM-AAA double-octamer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division control protein 21

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4r7z__assembly_1__model_1

4r7z__assembly_1__model_1 | I(q)

4r7z__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)