4r8h

The role of protein-ligand contacts in allosteric regulation of the Escherichia coli Catabolite Activator Protein

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 70.6 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cAMP-activated global transcriptional regulator CRP

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–210 链 B； UniProt 1–210	未记录	SP1 6-(6-AMINO-PURIN-9-YL)-2-THIOXO-TETRAHYDRO-2-FURO[3,2-D][1,3,2]DIOXAPHOSPHININE-2,7-DIOL × 4 GOL GLYCEROL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 3350, MPD, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.46 Å R-free 0.215

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4R8H	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CGP CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN (CAP)/DNA COMPLEX + ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE 提交 1991-08-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–206（205 aa）链 B 2–206（205 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.00 Å
1G6N 2.1 ANGSTROM STRUCTURE OF CAP-CAMP 提交 2000-11-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–210（210 aa）链 B 1–210（210 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 7.5；298 K；0.1mM cAMP, 0.2M sodium chloride, 5mM Tris, O.1mM EDTA, 2mM DTT, .02% sodium azide, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 298.0K	分辨率 2.10 Å
1HW5 THE CAP/CRP VARIANT T127L/S128A 提交 2001-01-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–210（210 aa）链 B 1–210（210 aa）	突变：T127L, S128A 突变：T127L, S128A	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；PEG 4K, isoprotanol, cAMP, HEPES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.82 Å R-free 0.300
1I5Z STRUCTURE OF CRP-CAMP AT 1.9 A 提交 2001-03-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–210（209 aa）链 B 2–210（209 aa）	未记录	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；pH 7.8；298 K；100mM KCl, 1mM EDTA, 50mM TRIS, 35% Glycerol, cAMP, pH 7.8, LIQUID DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.242
1I6X STRUCTURE OF A STAR MUTANT CRP-CAMP AT 2.2 A 提交 2001-03-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–210（209 aa）链 B 2–210（209 aa）	突变：D53H 突变：D53H	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；pH 7.8；298 K；100MM KCL, 1MM EDTA, 50MM TRIS, 35% GLYCEROL, 20:1 CAMP:CRP, pH 7.8, LIQUID DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.269
1J59 CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN (CAP)/DNA COMPLEX + ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE 提交 2002-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–210（209 aa）链 B 2–210（209 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.50 Å R-free 0.279
1LB2 Structure of the E. coli alpha C-terminal domain of RNA polymerase in complex with CAP and DNA 提交 2002-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 A 2–210（209 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；NaCl, NaAcetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.244
1O3Q PROTEIN-DNA RECOGNITION AND DNA DEFORMATION REVEALED IN CRYSTAL STRUCTURES OF CAP-DNA COMPLEXES 提交 2003-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 9–208（200 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.23；293 K；PEG 8000, 1,4-DIOXANE, MES, NACL, MGCL2, CAMP, pH 6.23, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.318
1O3R PROTEIN-DNA RECOGNITION AND DNA DEFORMATION REVEALED IN CRYSTAL STRUCTURES OF CAP-DNA COMPLEXES 提交 2003-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 9–208（200 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.23；293 K；PEG 8000, 1,4-DIOXANE, MES, NACL, MGCL2, CAMP, pH 6.23, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.283
1O3S PROTEIN-DNA RECOGNITION AND DNA DEFORMATION REVEALED IN CRYSTAL STRUCTURES OF CAP-DNA COMPLEXES 提交 2003-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 9–208（200 aa）	突变：GLU181ASP	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.23；293 K；PEG 8000, 1,4-DIOXANE, MES, NACL, MGCL2, CAMP, pH 6.23, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.308
1O3T PROTEIN-DNA RECOGNITION AND DNA DEFORMATION REVEALED IN CRYSTAL STRUCTURES OF CAP-DNA COMPLEXES 提交 2003-03-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 9–208（200 aa）链 B 9–208（200 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 3350, MES, NACL, MGCL2, CACL2, CAMP, NAN3, DITHIOTHREITOL, SPERMINE, N-OCTYL-B-D-GLUCOPYRANOSIDE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.303
1RUN CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN (CAP)/DNA COMPLEX + ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE 提交 1996-05-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–210（209 aa）链 B 2–210（209 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.70 Å
1RUO CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN (CAP) MUTANT/DNA COMPLEX + ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE 提交 1996-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–210（209 aa）链 B 2–210（209 aa）	突变：CHAIN A, B, E181F 突变：CHAIN A, B, E181F	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.70 Å
1ZRC 4 Crystal structures of CAP-DNA with all base-pair substitutions at position 6, CAP-ICAP38 DNA 提交 2005-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–210（209 aa）链 B 2–210（209 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；2mM cAMP, 0.1M MES, 0.2M NaCl, 0.05M MgCl2, 5% PEG 8000, 15% Dioxane, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.290
1ZRD 4 crystal structures of CAP-DNA with all base-pair substitutions at position 6, CAP-[6A;17T]ICAP38 DNA 提交 2005-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–210（209 aa）链 B 2–210（209 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；2mM cAMP, 0.1M MES, 0.2M NaCl, 0.05M MgCl2, 5% PEG 8000, 15% Dioxane, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.297
1ZRE 4 crystal structures of CAP-DNA with all base-pair substitutions at position 6, CAP-[6G;17C]ICAP38 DNA 提交 2005-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–210（209 aa）链 B 2–210（209 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；2mM cAMP, 0.1M MES, 0.2M NaCl, 0.05M MgCl2, 5% PEG 8000, 15% Dioxane, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.283
1ZRF 4 crystal structures of CAP-DNA with all base-pair substitutions at position 6, CAP-[6C;17G]ICAP38 DNA 提交 2005-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–210（209 aa）链 B 2–210（209 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；2mM cAMP, 0.1M MES, 0.2M NaCl, 0.05M MgCl2, 5% PEG 8000, 15% Dioxane, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.10 Å R-free 0.266
2CGP CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN/DNA COMPLEX, ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE 提交 1997-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1–210（210 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；COMPLEX WAS CRYSTALLIZED AT PH 6.0 FROM 4-6% PEG, 20% ETHYLENE GLYCOL, 0.2 M NACL, 25 MM MGCL2 AND 2 MM AMP.	分辨率 2.20 Å R-free 0.296
2GZW Crystal structure of the E.coli CRP-cAMP complex 提交 2006-05-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–210（209 aa）链 B 2–210（209 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；MG ACETATE, AMMONIUM ACETATE, PEG 4000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.21 Å R-free 0.278
2GZW Crystal structure of the E.coli CRP-cAMP complex 提交 2006-05-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–210（209 aa）链 D 2–210（209 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；MG ACETATE, AMMONIUM ACETATE, PEG 4000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.21 Å R-free 0.278
3FWE Crystal Structure of the Apo D138L CAP mutant 提交 2009-01-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 8–217（210 aa）链 B 8–217（210 aa）	突变：D138L 突变：D138L	PRO PROLINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 4000 and 200mM Proline, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.277
3IYD Three-dimensional EM structure of an intact activator-dependent transcription initiation complex 提交 2009-08-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 G 2–210（209 aa）链 H 2–210（209 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 25 mM HEPES, 100 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT, 0.2 mM cAMP；pH 8；25 mM HEPES, 100 mM KCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT, 0.2 mM cAMP	分辨率 19.80 Å
3KCC Crystal structure of D138L mutant of Catabolite Gene Activator Protein 提交 2009-10-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–210（210 aa）链 B 1–210（210 aa）	突变：D138L 突变：D138L	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；10% PEG4000, 7% isopropanol, 3mM cAMP, 0.1M HEPES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.66 Å R-free 0.241
3N4M E. coli RNA polymerase alpha subunit C-terminal domain in complex with CAP and DNA 提交 2010-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 A 2–210（209 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293.2 K；100 mM sodium acetate (pH 4.5), 625 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.2K	分辨率 2.99 Å R-free 0.224
3QOP Domain-domain flexibility leads to allostery within the camp receptor protein (CRP) 提交 2011-02-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–210（210 aa）链 B 1–210（210 aa）	突变：S62F 突变：S62F	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；15% ethanol, 100MM TRIS, 3mM CAMP, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.96 Å R-free 0.244
3RDI Domain-domain flexibility leads to allostery within the camp receptor protein (CRP) 提交 2011-04-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–210（210 aa）链 B 1–210（210 aa）	突变：S63F 突变：S63F	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；15% ETHANOL, 100MM TRIS, 3MM CAMP, PH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K	分辨率 2.95 Å R-free 0.276
3ROU Domain-domain flexibility leads to allostery within the camp receptor protein (CRP) 提交 2011-04-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–210（210 aa）链 B 1–210（210 aa）	突变：S63F 突变：S63F	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；15% ETHANOL, 100MM TRIS, 3MM CAMP, PH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.10 Å R-free 0.247
3RPQ Domain-domain flexibility leads to allostery within the camp receptor protein (CRP) 提交 2011-04-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–210（210 aa）链 B 1–210（210 aa）	突变：S63F 突变：S63F	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；15% ETHANOL, 100MM TRIS, 3MM CAMP, PH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.61 Å R-free 0.258
3RYP Domain-domain flexibility leads to allostery within the camp receptor protein (CRP) 提交 2011-05-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–210（210 aa）链 B 1–210（210 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；10% ETHANOL, 100MM PHOSPHATE, PH 6.8, 3MM CAMP, 5% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.60 Å R-free 0.234
3RYR Domain-domain flexibility leads to allostery within the camp receptor protein (CRP) 提交 2011-05-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–210（210 aa）链 B 1–210（210 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；10% ETHANOL, 100MM PHOSPHATE, PH 6.8, 3MM CAMP, 5% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.70 Å R-free 0.273
4BH9 A structural model of CAP mutant (T127L and S128I) in the apo state 提交 2013-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–210（209 aa）	突变：T127L, S128I	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；305 K；离子强度（mmCIF原始值）500；压力 1 NMR样品组成 10% WATER/90% D2O	分辨率未提供
4BHP A structural model of CAP mutant (T127L and S128I) in cGMP-bound state 提交 2013-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–210（209 aa）	突变：YES	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；305 K；离子强度（mmCIF原始值）500；压力 1 NMR样品组成 10% WATER/90% D2O	分辨率未提供
4FT8 E. coli Catabolite Activator Protein with Cobalt and Sulfate Ligands 提交 2012-06-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–210（209 aa）链 B 2–210（209 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 13 CO COBALT (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；A CAP-DNA complex was screened by hanging-drop vapor diffusion with Hampton Research Crystal Screens and pregreased VDX plates. Optimization of Crystal Screen 2 condition #25 yielded ruby-red colored crystals appearing within 3 days at 20 C in 0.01 M CoCl2.6H2O, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5 and 2.5 M (NH4)2SO4. The crystallization process yielded crystals containing only CAP protein without DNA, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.97 Å R-free 0.230
4FT8 E. coli Catabolite Activator Protein with Cobalt and Sulfate Ligands 提交 2012-06-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–210（209 aa）链 B 2–210（209 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 13 CO COBALT (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；A CAP-DNA complex was screened by hanging-drop vapor diffusion with Hampton Research Crystal Screens and pregreased VDX plates. Optimization of Crystal Screen 2 condition #25 yielded ruby-red colored crystals appearing within 3 days at 20 C in 0.01 M CoCl2.6H2O, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5 and 2.5 M (NH4)2SO4. The crystallization process yielded crystals containing only CAP protein without DNA, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.97 Å R-free 0.230
4HZF structure of the wild type Catabolite gene Activator Protein 提交 2012-11-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–210（210 aa）链 B 1–210（210 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；10% (w/v) polyethylene glycol 3350 and 15-20% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.48 Å R-free 0.242
4I01 Structure of the mutant Catabolite gen activator protein V140L 提交 2012-11-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–210（210 aa）链 B 1–210（210 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；7-10% PEG 3350, 15-20% MPD, 2mM cAMP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.262
4I02 structure of the mutant Catabolite gene activator protein V140A 提交 2012-11-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–210（210 aa）链 E 1–210（210 aa）	突变：V140A 突变：V140A	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；7-10% PEG3350, 15-20% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.216
4I02 structure of the mutant Catabolite gene activator protein V140A 提交 2012-11-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–210（210 aa）链 C 1–210（210 aa）	突变：V140A 突变：V140A	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；7-10% PEG3350, 15-20% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.216
4I02 structure of the mutant Catabolite gene activator protein V140A 提交 2012-11-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–210（210 aa）链 F 1–210（210 aa）	突变：V140A 突变：V140A	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；7-10% PEG3350, 15-20% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.216
4I09 structure of the mutant Catabolite gene activator protein V132L 提交 2012-11-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–210（210 aa）链 B 1–210（210 aa）	突变：V132L 突变：V132L	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；7-10% Peg3350, 15-20% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.05 Å R-free 0.256
4I0A structure of the mutant Catabolite gene activator protein V132A 提交 2012-11-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–210（210 aa）链 B 1–210（210 aa）	突变：V132A 突变：V132A	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；7-10% Peg3350, 15-20% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.233
4I0B structure of the mutant Catabolite gene activator protein H160L 提交 2012-11-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–210（210 aa）链 B 1–210（210 aa）	突变：H160L 突变：H160L	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；7-10% Peg3350, 15-20% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.208
5CIZ E. coli RNA polymerase alpha subunit CTD in complex with CAP and DNA: A(5)-tract binding site for alpha CTD 提交 2015-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 A 2–210（209 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；28% (w/v) PEG4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M sarcosine, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6	分辨率 5.01 Å R-free 0.214

共 39 个其他 PDB 条目、43 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CRP_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–222； UniProt 1–210 作者链 B； PDB构建体 13–222； UniProt 1–210

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4r8h
沉积日期 deposition_date	2014-09-02
结构标题 title	The role of protein-ligand contacts in allosteric regulation of the Escherichia coli Catabolite Activator Protein
关键词 keywords	Transcription factor, Transcription; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.37 Å
零角强度 I(0) i0	36596200.00
分子量 molecular_weight	46017.0 kDa
排除体积 excluded_volume	57465 Å³
包络体积 envelope_volume	68219 Å³
水化壳体积 shell_volume	25332 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.7 Å
壳层 Rg shell_rg	29.34 Å
包络 Rg envelope_rg	22.48 Å
形状 Rg shape_rg	22.38 Å
总 Rg total_rg	23.16 Å
总原子数 total_atoms	3220
残基数 n_residues	401
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.6 Å
Rg (实空间) rg_real	23.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6600e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8320e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	36600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7339
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.143
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.534
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6614000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.962; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.223; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.991

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	cAMP-activated global transcriptional regulator CRP
分子量 formula_weight	25078.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3511

MRGSHHHHHHGSMVLGKPQTDPTLEWFLSHCHIHKYPSKSTLIHQGEKAETLYYIVKGSVAVLIKDEEGKEMILSYLNQGDFIGELGLFEEGQERSAWVRAKTACEVAEISYKKFRQLIQVNPDILMRLSAQMARRLQVTSEKVGNLAFLDVTGRIAQTLLNLAKQPDAMTHPDGMQIKITRQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEDQNLISAHGKTIVVYGTR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	6-(6-AMINO-PURIN-9-YL)-2-THIOXO-TETRAHYDRO-2-FURO[3,2-D][1,3,2]DIOXAPHOSPHININE-2,7-DIOL
分子量 formula_weight	345.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	255

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4r8ha1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.3 — cAMP-binding domain-like
家族 Family family	b.82.3.2 — cAMP-binding domain

结构域编号 domain_id	d4r8ha2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4r8hb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.3 — cAMP-binding domain-like
家族 Family family	b.82.3.2 — cAMP-binding domain

结构域编号 domain_id	d4r8hb2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4r8hA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	4r8hA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	4r8hB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	4r8hB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	45.730 Å
晶胞边长 b length_b	102.260 Å
晶胞边长 c length_c	54.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.55 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.460 Å
最低分辨率 resolution_low	51.130 Å
R 因子 r_factor	0.1886
R_work r_work	0.1871
R_free r_free	0.2150

fit	/app/data/saxs_computation/r8/4r8h/4r8h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r8/4r8h/4r8h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r8/4r8h/4r8h.dat