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4r9u

Structure of vitamin B12 transporter BtuCD in a nucleotide-bound outward facing state

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 109.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vitamin B12 import system permease protein BtuC

Escherichia coli

UniProt P06609

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–326 链 B； UniProt 1–326 突变：C18S, C32S, C120S, C156S, C205S, C206S, C267S Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD × 2 （P06611） LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 4 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；283 K；PEG2000MME (14-18%), NaCl (1.2 M), ADA (100 mM, pH 6.9), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K 分辨率 2.79 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4R9U Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1L7V Bacterial ABC Transporter Involved in B12 Uptake 提交 2002-03-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–326（326 aa）
链 B 1–326（326 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） V4O CYCLO-TETRAMETAVANADATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；278 K；PEG 2000, LDAO, Tris, magnesium nitrate, MPD, D2O, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K
分辨率 3.20 Å R-free 0.286
2QI9 ABC-transporter BtuCD in complex with its periplasmic binding protein BtuF 提交 2007-07-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–326（326 aa）
链 B 1–326（326 aa）
突变：C18S, C32S, C120S, C156S, C205S, C206S, C267S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C18S, C32S, C120S, C156S, C205S, C206S, C267S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；30-38% (w/v) polyethylene glycol 400, 50mM either of Tris‑HCl pH 8.4 or Glycine-NaOH pH 9.4 and 400mM (NH4)2SO4., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.60 Å R-free 0.280
4DBL Crystal structure of E159Q mutant of BtuCDF 提交 2012-01-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–326（326 aa）
链 B 1–326（326 aa）
突变：C18S, C32S, C120S, C156S, C205S, C206S, C267S 突变：C18S, C32S, C120S, C156S, C205S, C206S, C267S PO4 PHOSPHATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；0.1M sodium citrate, pH 5.4, 0.3-0.4M ammonium sulphate, 30-35% PEG-400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.49 Å R-free 0.251
4DBL Crystal structure of E159Q mutant of BtuCDF 提交 2012-01-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 F 1–326（326 aa）
链 G 1–326（326 aa）
突变：C18S, C32S, C120S, C156S, C205S, C206S, C267S 突变：C18S, C32S, C120S, C156S, C205S, C206S, C267S PO4 PHOSPHATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；0.1M sodium citrate, pH 5.4, 0.3-0.4M ammonium sulphate, 30-35% PEG-400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.49 Å R-free 0.251
4FI3 Structure of vitamin B12 transporter BtuCD-F in a nucleotide-bound state 提交 2012-06-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–326（326 aa）
链 B 1–326（326 aa）
突变：C18S, C32S, C120S, C156S, C205S, C206S, C267S 突变：C18S, C32S, C120S, C156S, C205S, C206S, C267S ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；20-30% PEG400, 100 mM ADA pH6.8, 100 mM Na/K-citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.47 Å R-free 0.274

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BTUC_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 8–333； UniProt 1–326 作者链 B； PDB构建体 8–333； UniProt 1–326

Vitamin B12 import ATP-binding protein BtuD

Escherichia coli

UniProt P06611

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–249 链 D； UniProt 1–249 突变：C180S, E159Q, N162C Vitamin B12 import system permease protein BtuC × 2 （P06609） LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 4 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；283 K；PEG2000MME (14-18%), NaCl (1.2 M), ADA (100 mM, pH 6.9), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K 分辨率 2.79 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4R9U Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1L7V Bacterial ABC Transporter Involved in B12 Uptake 提交 2002-03-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–249（249 aa）
链 D 1–249（249 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） V4O CYCLO-TETRAMETAVANADATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；278 K；PEG 2000, LDAO, Tris, magnesium nitrate, MPD, D2O, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K
分辨率 3.20 Å R-free 0.286
2QI9 ABC-transporter BtuCD in complex with its periplasmic binding protein BtuF 提交 2007-07-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–249（249 aa）
链 D 1–249（249 aa）
突变：C180S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C180S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；30-38% (w/v) polyethylene glycol 400, 50mM either of Tris‑HCl pH 8.4 or Glycine-NaOH pH 9.4 and 400mM (NH4)2SO4., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.60 Å R-free 0.280
4DBL Crystal structure of E159Q mutant of BtuCDF 提交 2012-01-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–249（249 aa）
链 D 1–249（249 aa）
突变：C180S 突变：C180S PO4 PHOSPHATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；0.1M sodium citrate, pH 5.4, 0.3-0.4M ammonium sulphate, 30-35% PEG-400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.49 Å R-free 0.251
4DBL Crystal structure of E159Q mutant of BtuCDF 提交 2012-01-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 H 1–249（249 aa）
链 I 1–249（249 aa）
突变：C180S 突变：C180S PO4 PHOSPHATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；0.1M sodium citrate, pH 5.4, 0.3-0.4M ammonium sulphate, 30-35% PEG-400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.49 Å R-free 0.251
4FI3 Structure of vitamin B12 transporter BtuCD-F in a nucleotide-bound state 提交 2012-06-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–249（249 aa）
链 D 1–249（249 aa）
突变：C180S, E159Q, N162C 突变：C180S, E159Q, N162C ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；20-30% PEG400, 100 mM ADA pH6.8, 100 mM Na/K-citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.47 Å R-free 0.274

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BTUD_ECOLI
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 D； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4r9u

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4r9u
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4r9u
沉积日期 deposition_date2014-09-08
结构标题 titleStructure of vitamin B12 transporter BtuCD in a nucleotide-bound outward facing state
关键词 keywordsnucleotide, AMPPNP, ATP binding cassette, membrane protein, ABC transporter, BtuF, inner membrane, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.25 Å
零角强度 I(0) i0220031000.00
分子量 molecular_weight125060.0 kDa
排除体积 excluded_volume159490 ų
包络体积 envelope_volume202940 ų
水化壳体积 shell_volume50203 ų
包络直径 envelope_diameter112.0 Å
壳层 Rg shell_rg40.77 Å
包络 Rg envelope_rg33.03 Å
形状 Rg shape_rg33.27 Å
总 Rg total_rg33.76 Å
总原子数 total_atoms8792
残基数 n_residues1144
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax109.7 Å
Rg (实空间) rg_real33.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real2.2000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal220000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8210
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary39.7 Å
偏度 Skewness skewness0.315
峰度 Kurtosis kurtosis-0.415
角度范围 angular_range— – 0.2350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha49720000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.891; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd4r9ua_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.22 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC
超家族 Superfamily superfamilyf.22.1 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC
家族 Family familyf.22.1.1 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC
结构域编号 domain_idd4r9ub_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.22 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC
超家族 Superfamily superfamilyf.22.1 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC
家族 Family familyf.22.1.1 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC
结构域编号 domain_idd4r9uc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.12 — ABC transporter ATPase domain-like
结构域编号 domain_idd4r9ud_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.12 — ABC transporter ATPase domain-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4r9uA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology3470 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC
结构域编号 domain_id4r9uB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology3470 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ABC transporter involved in vitamin B12 uptake, BtuC
结构域编号 domain_id4r9uC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id4r9uD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)