50S ribosomal protein L1
Thermus thermophilus
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 1–229 | 突变:T217V | SO4 SULFATE ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 GLY GLYCINE × 3 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 10;295 K;15 MG/ML L1 50 MM GLYCINE, INITIALLY AT PH 10 5% (V/V) METHANE PENTANEDIOL 1.2 M AMMONIUM SULFATE EQUILIBRATED AGAINST 2.4 M AMMONIUM SULFATE 7% (V/V) METHANE PENTANEDIOL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | 分辨率 1.35 Å R-free 0.209 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 4REO | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1AD2 RIBOSOMAL PROTEIN L1 MUTANT WITH SERINE 179 REPLACED BY CYSTEINE 提交 1997-02-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–228(228 aa)
|
突变:S179C | SO4 SULFATE ION × 3 HG MERCURY (II) ION × 1 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
DROPS CONTAINING: APPR. 15 MG/ML L1 50 MM GLYCINE, INITIALLY AT PH 10 5% (V/V) METHANE PENTANEDIOL 1.2 M AMMONIUM SULFATE EQUILIBRATED AGAINST 2.4 M AMMONIUM SULFATE 7% (V/V) METHANE PENTANEDIOL
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.270 |
| 1EG0 FITTING OF COMPONENTS WITH KNOWN STRUCTURE INTO AN 11.5 A CRYO-EM MAP OF THE E.COLI 70S RIBOSOME 提交 2000-02-11 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 11 PDB 声明:pentadecameric |
链 N
1–229(229 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;20 mM Hepes, 6 mM Mg(CH3COO)2 150 mM NH4Cl, 4 mM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 11.50 Å |
| 1ZHO The structure of a ribosomal protein L1 in complex with mRNA 提交 2005-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:dimeric |
链 A
1–228(228 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | K POTASSIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;KCl, MgCl2, HgCl2, PEG 10000, cacodylate, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.281 |
| 1ZHO The structure of a ribosomal protein L1 in complex with mRNA 提交 2005-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:dimeric |
链 C
1–228(228 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | K POTASSIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;KCl, MgCl2, HgCl2, PEG 10000, cacodylate, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.281 |
| 1ZHO The structure of a ribosomal protein L1 in complex with mRNA 提交 2005-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白–RNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:dimeric |
链 E
1–228(228 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | K POTASSIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;KCl, MgCl2, HgCl2, PEG 10000, cacodylate, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.281 |
| 1ZHO The structure of a ribosomal protein L1 in complex with mRNA 提交 2005-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白–RNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:dimeric |
链 G
1–228(228 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | K POTASSIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;KCl, MgCl2, HgCl2, PEG 10000, cacodylate, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.281 |
| 2HW8 Structure of ribosomal protein L1-mRNA complex at 2.1 resolution. 提交 2006-08-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:dimeric |
链 A
1–228(228 aa)
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 BU1 1,4-BUTANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293 K;PEG1000, sodium cacodylate,0.5% glycerol, 0.2 mM HgCl2 , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.247 |
| 2OUM The first domain of L1 from Thermus thermophilus 提交 2007-02-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
2–68(67 aa)
链 A
160–229(70 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 8.5;277 K;30% v/v polyethylenglycol 4K, 100 mM Tris-HCl, 200 mM acetate Na, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.270 |
| 2OV7 The first domain of the ribosomal protein L1 from Thermus thermophilus 提交 2007-02-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
2–68(67 aa)
链 A
160–229(70 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 8.5;277 K;30% v/v polyethylenglycol 4K, 100 mM Tris-HCl, 200 mM LiSO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.233 |
| 2OV7 The first domain of the ribosomal protein L1 from Thermus thermophilus 提交 2007-02-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
2–68(67 aa)
链 B
160–229(70 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 8.5;277 K;30% v/v polyethylenglycol 4K, 100 mM Tris-HCl, 200 mM LiSO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.233 |
| 2OV7 The first domain of the ribosomal protein L1 from Thermus thermophilus 提交 2007-02-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 C
2–68(67 aa)
链 C
160–229(70 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 8.5;277 K;30% v/v polyethylenglycol 4K, 100 mM Tris-HCl, 200 mM LiSO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.233 |
| 2VPL The structure of the complex between the first domain of L1 protein from Thermus thermophilus and mRNA from Methanococcus jannaschii 提交 2008-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:dimeric |
链 A
2–68(67 aa)
片段:FIRST DOMAIN, RESIDUES 2-68,160-229
链 A
160–229(70 aa)
片段:FIRST DOMAIN, RESIDUES 2-68,160-229
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å R-free 0.274 |
| 2VPL The structure of the complex between the first domain of L1 protein from Thermus thermophilus and mRNA from Methanococcus jannaschii 提交 2008-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:dimeric |
链 C
2–68(67 aa)
片段:FIRST DOMAIN, RESIDUES 2-68,160-229
链 C
160–229(70 aa)
片段:FIRST DOMAIN, RESIDUES 2-68,160-229
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å R-free 0.274 |
| 3TG8 Mutant ribosomal protein L1 lacking ala158 from thermus thermophilus 提交 2011-08-17 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–229(229 aa)
|
突变:lacking A158 | PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;277 K;30 mM Tris-HCl, 75 mM NaCl with of 15% PEG 4K, 50 mM Tris-HCl,
0.2 M KBr (# 10 of Clear Strategy Screen I (MDL)) and 14% 2-methyl-2,4-pentandiol, 0.25 M MgCl2 in a 4:1:1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 7.5
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.226 |
| 3U4M Crystal structure of ribosomal protein tthl1 in complex with 80nt 23s rna from thermus thermophilus 提交 2011-10-10 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:dimeric |
链 A
1–229(229 aa)
|
突变:V218R | SO4 SULFATE ION × 2 MLI MALONATE ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;295 K;50mM NaCl, 2.5M Ammonium sulfate, 50mM MES, 10mM Magnesium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.208 |
| 3U56 Crystal structure of mutant ribosomal protein T217V TthL1 in complex with 80nt 23S RNA from Thermus thermophilus 提交 2011-10-11 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:dimeric |
链 A
1–229(229 aa)
|
突变:V218R | MG MAGNESIUM ION × 11 MLI MALONATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.6;295 K;50mM NaCl, 2.5M Ammonium sulfate, 50mM MES, 10mM Magnesium acetate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.238 |
| 3UMY Crystal structure of mutant ribosomal protein T217A TthL1 in complex with 80nt 23S RNA from Thermus thermophilus 提交 2011-11-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:dimeric |
链 A
2–229(228 aa)
|
突变:T217A | CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 5 NA SODIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;295 K;2.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.246 |
| 487D SEVEN RIBOSOMAL PROTEINS FITTED TO A CRYO-ELECTRON MICROSCOPIC MAP OF THE LARGE 50S SUBUNIT AT 7.5 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 2000-02-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric |
链 H
6–229(224 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 7.50 Å |
| 4F9T Ribosomal protein L1 from Thermus thermophilus with substitution Thr217Ala 提交 2012-05-21 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–229(229 aa)
|
突变:T217A | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 10 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 10;295 K;15 MG/ML L1 50 MM GLYCINE,INITIALLY AT PH 10 5% (V/V)METHANE PENTANEDIOL 1.2 M AMMONIUM SULFATE EQUILIBRATED AGAINST 2.4 M AMMONIUM SULFATE 7% (V/V) METHANE PENTANEDIOL , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 1.46 Å R-free 0.202 |
| 4QG3 Crystal structure of mutant ribosomal protein G219V TthL1 in complex with 80nt 23S RNA from Thermus thermophilus 提交 2014-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:dimeric |
链 A
2–229(228 aa)
|
突变:G219V | SO4 SULFATE ION × 5 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 8 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 4 URE UREA × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;295 K;1.8 M Ammonium sulfate, 0.05 M Bis-Tris,pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.226 |
| 4QGB Crystal structure of mutant ribosomal protein G219V TthL1 提交 2014-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
14–229(216 aa)
|
突变:G219V | CL CHLORIDE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.6;293 K;2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 0.5 l 0.65% polyacrylic acid 5100 sodium salt, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.251 |
| 4QGB Crystal structure of mutant ribosomal protein G219V TthL1 提交 2014-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
14–229(216 aa)
|
突变:G219V | CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.6;293 K;2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 0.5 l 0.65% polyacrylic acid 5100 sodium salt, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.251 |
| 4QGB Crystal structure of mutant ribosomal protein G219V TthL1 提交 2014-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
14–229(216 aa)
链 B
14–229(216 aa)
|
突变:G219V 突变:G219V | CL CHLORIDE ION × 3 ACT ACETATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.6;293 K;2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 0.5 l 0.65% polyacrylic acid 5100 sodium salt, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.251 |
| 4QVI Crystal structure of mutant ribosomal protein M218L TthL1 in complex with 80nt 23S RNA from Thermus thermophilus 提交 2014-07-15 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:dimeric |
链 A
1–229(229 aa)
|
突变:M218L | SO4 SULFATE ION × 4 ACT ACETATE ION × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;293 K;2.5 M ammonium sulfate, 0.05M MES , 0.01M Magnesium Acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.217 |
| 4V42 Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution. 提交 2001-03-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 42 PDB 声明:49-meric |
链 BC
1–228(228 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 5.50 Å |
| 4V4P Crystal structure of 70S ribosome with thrS operator and tRNAs. 提交 2005-01-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 52 PDB 声明:58-meric |
链 AC
1–228(228 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 5.50 Å R-free 0.356 |
| 4V4X Crystal structure of the 70S Thermus thermophilus ribosome showing how the 16S 3'-end mimicks mRNA E and P codons. 提交 2006-06-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 50 PDB 声明:55-meric |
链 BC
0–228(229 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 5.00 Å R-free 0.323 |
| 4V4Y Crystal structure of the 70S Thermus thermophilus ribosome with translocated and rotated Shine-Dalgarno Duplex. 提交 2006-06-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 50 PDB 声明:57-meric |
链 BC
0–228(229 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 5.50 Å R-free 0.326 |
| 4V4Z 70S Thermus thermophilous ribosome functional complex with mRNA and E- and P-site tRNAs at 4.5A. 提交 2006-06-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 50 PDB 声明:56-meric |
链 BC
0–228(229 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 4.51 Å R-free 0.345 |
| 4WU1 Complex of 70S ribosome with tRNA-Tyr and mRNA with G-U mismatch in the second position in the P-site 提交 2014-10-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 48 PDB 声明:54-meric |
链 71
1–229(229 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 708 ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.238 |
| 4WU1 Complex of 70S ribosome with tRNA-Tyr and mRNA with G-U mismatch in the second position in the P-site 提交 2014-10-30 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 48 PDB 声明:54-meric |
链 79
1–229(229 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 673 ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.238 |
| 4WZD Complex of 70S ribosome with cognate tRNA-Tyr in the P-site 提交 2014-11-19 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 49 PDB 声明:55-meric |
链 71
1–229(229 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 699 ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.193 |
| 4WZD Complex of 70S ribosome with cognate tRNA-Tyr in the P-site 提交 2014-11-19 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 49 PDB 声明:55-meric |
链 79
1–229(229 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 646 ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.193 |
| 4WZO Complex of 70S ribosome with tRNA-fMet and mRNA 提交 2014-11-20 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 48 PDB 声明:56-MERIC |
链 71
1–229(229 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 576 ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.258 |
| 5E7K Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and cognate tRNALys in the A-site 提交 2015-10-12 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 48 PDB 声明:55-meric |
链 71
1–229(229 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 628 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.258 |
| 5E7K Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and cognate tRNALys in the A-site 提交 2015-10-12 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 47 PDB 声明:54-meric |
链 79
1–229(229 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 510 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.258 |
| 5EL5 Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and tRNALys in the A-site with a U-U mismatch in the second position 提交 2015-11-04 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 48 PDB 声明:55-MERIC |
链 71
1–229(229 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 660 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.254 |
| 5EL6 Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and tRNALys in the A-site with a U-U mismatch in the first position and antibiotic paromomycin 提交 2015-11-04 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 48 PDB 声明:55-meric |
链 71
1–229(229 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 593 PAR PAROMOMYCIN × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.249 |
| 5EL6 Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and tRNALys in the A-site with a U-U mismatch in the first position and antibiotic paromomycin 提交 2015-11-04 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 47 PDB 声明:54-meric |
链 79
1–229(229 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 480 PAR PAROMOMYCIN × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.249 |
| 5EL7 Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and tRNALys in the A-site with a U-U mismatch in the second position and antibiotic paromomycin 提交 2015-11-04 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 48 PDB 声明:55-meric |
链 71
1–229(229 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 687 PAR PAROMOMYCIN × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.247 |
| 5EL7 Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA and tRNALys in the A-site with a U-U mismatch in the second position and antibiotic paromomycin 提交 2015-11-04 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 47 PDB 声明:54-meric |
链 79
1–229(229 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 574 PAR PAROMOMYCIN × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.247 |
| 5IB7 Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet, near-cognate tRNALys with U-G mismatch in the A-site and antibiotic paromomycin 提交 2016-02-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 49 PDB 声明:56-meric |
链 71
1–229(229 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 695 PAR PAROMOMYCIN × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.241 |
| 5IB8 Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet and near-cognate tRNALys with U-G mismatch in the A-site 提交 2016-02-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 48 PDB 声明:55-meric |
链 71
1–229(229 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 723 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 3.13 Å R-free 0.244 |
| 5IBB Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet and cognate tRNAVal in the A-site 提交 2016-02-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 48 PDB 声明:55-meric |
链 71
1–229(229 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 736 SPE THERMINE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.243 |
| 5IBB Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet and cognate tRNAVal in the A-site 提交 2016-02-22 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 48 PDB 声明:55-meric |
链 79
1–229(229 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 608 SPE THERMINE × 4 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;PEG 20000, PEG 550mme, KSCN, Tris-OAc
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.243 |
| 5IMQ Structure of ribosome bound to cofactor at 3.8 angstrom resolution 提交 2016-03-06 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 51 PDB 声明:56-meric |
链 Z
1–229(229 aa)
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;Buffer G
5 mM HEPES pH 7.5, 10 mM MgAc, 50 mM KCl, 10 mM NH4Cl, and 6 mM 2-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 5IMR Structure of ribosome bound to cofactor at 5.7 angstrom resolution 提交 2016-03-06 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 51 PDB 声明:56-meric |
链 Z
1–229(229 aa)
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;Buffer G
5 mM HEPES pH 7.5, 10 mM MgAc, 50 mM KCl, 10 mM NH4Cl, and 6 mM 2-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.70 Å |
| 5J8B Crystal structure of Elongation Factor 4 (EF-4/LepA) in complex with GDPCP bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome 提交 2016-04-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 52 PDB 声明:59-meric |
链 C
2–229(228 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 919 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.6-3.0% PEG-20K, 7-10% MPD, 0.5mM BME
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.261 |
| 5NPM CRYSTAL STRUCTURE OF MUTANT RIBOSOMAL PROTEIN TTHL1 LACKING 8 N-TERMINAL RESIDUES IN COMPLEX WITH 80NT 23S RNA FROM THERMUS THERMOPHILUS 提交 2017-04-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:dimeric |
链 A
10–229(220 aa)
|
未记录 | MLI MALONATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;295 K;2.4 M sodium malonate
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.249 |
| 5ZLU Ribosome Structure bound to ABC-F protein. 提交 2018-03-29 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 52 PDB 声明:57-meric |
链 Y
1–229(229 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6GSL Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet and cognate tRNAArg in the A-site 提交 2018-06-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 53 PDB 声明:60-meric |
链 71
1–229(229 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 954 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;Tris-OAc, KSCN, PEG-20000, PEG-550mme
|
分辨率 3.16 Å |
| 6GSL Structure of T. thermophilus 70S ribosome complex with mRNA, tRNAfMet and cognate tRNAArg in the A-site 提交 2018-06-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 47 PDB 声明:54-meric |
链 79
1–229(229 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 810 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;Tris-OAc, KSCN, PEG-20000, PEG-550mme
|
分辨率 3.16 Å |
| 6QNQ 70S ribosome initiation complex (IC) with experimentally assigned potassium ions 提交 2019-02-11 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 50 PDB 声明:57-meric |
链 71
1–229(229 aa)
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 169 MG MAGNESIUM ION × 543 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;Tris-OAc, KSCN, PEG-20K, PEG-550mme
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.251 |
| 6QNR 70S ribosome elongation complex (EC) with experimentally assigned potassium ions 提交 2019-02-11 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 50 PDB 声明:57-meric |
链 71
1–229(229 aa)
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 211 MG MAGNESIUM ION × 585 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;Tris-OAc, KSCN, PEG-20k, PEG-550mme
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.253 |
| 6QNR 70S ribosome elongation complex (EC) with experimentally assigned potassium ions 提交 2019-02-11 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 49 PDB 声明:56-meric |
链 79
1–229(229 aa)
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 155 MG MAGNESIUM ION × 409 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;Tris-OAc, KSCN, PEG-20k, PEG-550mme
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.253 |
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| UniProt名称 | RL1_THETH |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 1–229; UniProt 1–229 |