4tky

The complex structure of E. coli DsbA bound to a peptide at the DsbA/DsbB interface

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 101.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiol:disulfide interchange protein DsbA

Escherichia coli K-12

UniProt P0AEG4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 20–208 片段:UNP residues 20-208 PRO-PHE-ALA-THR-CYS-ASP-SER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;Ammonium sulfate, BIS-TRIS, Pentaerythritol ethoxylate 分辨率 2.50 Å R-free 0.237
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 20–208 片段:UNP residues 20-208 PRO-PHE-ALA-THR-CYS-ASP-SER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;Ammonium sulfate, BIS-TRIS, Pentaerythritol ethoxylate 分辨率 2.50 Å R-free 0.237
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 20–208 片段:UNP residues 20-208 PRO-PHE-ALA-THR-CYS-ASP-SER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;Ammonium sulfate, BIS-TRIS, Pentaerythritol ethoxylate 分辨率 2.50 Å R-free 0.237
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 20–208 片段:UNP residues 20-208 PRO-PHE-ALA-THR-CYS-ASP-SER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;Ammonium sulfate, BIS-TRIS, Pentaerythritol ethoxylate 分辨率 2.50 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 75 个其他 PDB 条目、149 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DSBA_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–191; UniProt 20–208 作者链 B; PDB构建体 3–191; UniProt 20–208 作者链 C; PDB构建体 3–191; UniProt 20–208 作者链 D; PDB构建体 3–191; UniProt 20–208

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4tky

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4tky
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4tky
沉积日期 deposition_date2014-05-28
结构标题 titleThe complex structure of E. coli DsbA bound to a peptide at the DsbA/DsbB interface
关键词 keywords;DsbA, DsbB, Dithiol oxidase, complex, DsbA/DsbB, peptide inhibitor, thioredoxin-related protein, OXIDOREDUCTASE-PEPTIDE INHIBITOR complex ;; OXIDOREDUCTASE/PEPTIDE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.56
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.87
零角强度 I(0) i0116678000.00
分子量 molecular_weight86774.0 kDa
排除体积 excluded_volume108940 ų
包络体积 envelope_volume138390 ų
水化壳体积 shell_volume38093 ų
包络直径 envelope_diameter105.7
壳层 Rg shell_rg37.34
包络 Rg envelope_rg30.66
形状 Rg shape_rg30.86
总 Rg total_rg31.49
总原子数 total_atoms6114
残基数 n_residues781
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax101.8
Rg (实空间) rg_real31.52
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56
I(0) (实空间) i0_real1.1670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5900e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.54
I(0) (倒空间) i0_reciprocal116700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8997
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary38.7
偏度 Skewness skewness0.289
峰度 Kurtosis kurtosis-0.454
角度范围 angular_range— – 0.2500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha30930000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.929

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4tkyA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id4tkyB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id4tkyC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id4tkyD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)