SAXSdb — 4tmy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHEY PROTEIN

Thermotoga maritima

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–120	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M HEPES BUFFER (PH 7.0), 25% PEG 4000, 15MM MAGNESIUM CHLORIDE	分辨率 2.80 Å
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–120	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M HEPES BUFFER (PH 7.0), 25% PEG 4000, 15MM MAGNESIUM CHLORIDE	分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4TMY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1TMY CHEY FROM THERMOTOGA MARITIMA (APO-I) 提交 1997-05-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.1M TRIS BUFFER (PH 8.5) AND 1.8M AMMONIUM PHOSPHATE	分辨率 1.90 Å
1U0S Chemotaxis kinase CheA P2 domain in complex with response regulator CheY from the thermophile thermotoga maritima 提交 2004-07-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Y 2–119（118 aa）片段：response regulatory domain, CheY response regulator	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；25-30% PEG 12K, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.253
2LLE Computational design of an eight-stranded (beta/alpha)-barrel from fragments of different folds 提交 2011-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–11（11 aa）链 A 34–103（70 aa）	突变：R4I, D78G, I95L, L201A,V213G 突变：R4I, D78G, I95L, L201A,V213G	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；313 K；离子强度（mmCIF原始值）350；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 15N] CheYHisF-sfr_RM, 50 mM potassium phosphate, 300 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CheYHisF-sfr_RM, 50 mM potassium phosphate, 300 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2TMY CHEY FROM THERMOTOGA MARITIMA (APO-II) 提交 1997-05-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M ACETATE BUFFER (PH 4.6), 30% PEG 4000, 15MM MGCL2	分辨率 2.30 Å
3TMY CHEY FROM THERMOTOGA MARITIMA (MN-III) 提交 1997-06-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M HEPES BUFFER (PH 7.0), 25% PEG 4000, 15MM MANGANESE CHLORIDE	分辨率 2.20 Å
3TMY CHEY FROM THERMOTOGA MARITIMA (MN-III) 提交 1997-06-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–120（120 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M HEPES BUFFER (PH 7.0), 25% PEG 4000, 15MM MANGANESE CHLORIDE	分辨率 2.20 Å
4IGA The crystal structure of an activated Thermotoga maritima CheY with N-terminal region of FliM 提交 2012-12-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–120（120 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；30% (w/v) PEG 4000, 0.1M TRIS pH 8.5, 0.2M sodium acetate, 0.2M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.73 Å R-free 0.276
4QYW Structure of phosphono-CheY from T.maritima 提交 2014-07-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–120（119 aa）	突变：D54(CYQ), C81A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100mM acetate, pH 5.5, 350 uM Sc(ClO4)3, 0.02% azide, 150 mM sodium malonate, 19% PeEG 6000., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.268
6C40 CheY41PyTyrD54K from Thermotoga maritima 提交 2018-01-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–119（118 aa）链 D 2–119（118 aa）	突变：E41PyTyr, D54K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E41PyTyr, D54K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；HEPES pH 7, ammonium sulfate, PEG 4000	分辨率 2.70 Å R-free 0.295
8Q52 A PBP-like protein built from fragments of different folds 提交 2023-08-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 5–105（101 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；30% PEG 4000, 0.1M Tris.HCl, 0.3M Li sulfate	分辨率 2.15 Å R-free 0.253

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CHEY_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120 作者链 B； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4tmy
沉积日期 deposition_date	1997-06-06
结构标题 title	CHEY FROM THERMOTOGA MARITIMA (MG-IV)
关键词 keywords	CHEMOTAXIS, PHOSPHORYL TRANSFER, SIGNAL TRANSDUCTION, MAGNESIUM BINDING; CHEMOTAXIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.51 Å
零角强度 I(0) i0	9336470.00
分子量 molecular_weight	25929.0 kDa
排除体积 excluded_volume	32895 Å³
包络体积 envelope_volume	56299 Å³
水化壳体积 shell_volume	10210 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.3 Å
壳层 Rg shell_rg	53.90 Å
包络 Rg envelope_rg	41.45 Å
形状 Rg shape_rg	45.51 Å
总 Rg total_rg	45.97 Å
总原子数 total_atoms	1802
残基数 n_residues	236
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	146.9 Å
Rg (实空间) rg_real	45.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.3360e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0380e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9329000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5388
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	5
主峰位置 r_peak_primary	16.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.067
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.786
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	190200.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.000; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.001; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4tmya_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.1 — CheY-like
家族 Family family	c.23.1.1 — CheY-related

结构域编号 domain_id	d4tmyb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.1 — CheY-like
家族 Family family	c.23.1.1 — CheY-related

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4tmyA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	4tmyB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	50.066 Å
晶胞边长 b length_b	50.066 Å
晶胞边长 c length_c	186.290 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1790
R_free r_free	—

描述 description	CHEY PROTEIN
分子量 formula_weight	13234.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1802

CHEY FROM THERMOTOGA MARITIMA (MG-IV)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHEY PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2336
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

fit	/app/data/saxs_computation/tm/4tmy/4tmy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tm/4tmy/4tmy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tm/4tmy/4tmy.dat