4ty7

Factor XIa in complex with the inhibitor (2S)-6-amino-N-{(1S)-1-[4-(3-amino-2H-indazol-6-yl)-5-chloro-1H-imidazol-2-yl]-2-phenylethyl}-2-ethylhexanamide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 60.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coagulation factor XI

Homo sapiens

UniProt P03951

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 388–625 片段:Light chain (UNP Residues 388-625) 突变:N491G,T493G 39F trans-N-{(1S)-1-[4-(3-amino-2H-indazol-6-yl)-5-chloro-1H-imidazol-2-yl]-2-phenylethyl}-4-(aminomethyl)cyclohexane-1-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;277 K;100 MM SODIUM ACETATE, PH 4.6, 26%(w/v) MEPEG2000, 200 MM AMMONIUM SULFATE 分辨率 2.09 Å R-free 0.206

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 113 个其他 PDB 条目、120 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FA11_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–238; UniProt 388–625

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4ty7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4ty7
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4ty7
沉积日期 deposition_date2014-07-08
结构标题 titleFactor XIa in complex with the inhibitor (2S)-6-amino-N-{(1S)-1-[4-(3-amino-2H-indazol-6-yl)-5-chloro-1H-imidazol-2-yl]-2-phenylethyl}-2-ethylhexanamide
关键词 keywordsHYDROLASE, SERINE PROTEASE, BLOOD COAGULATION FACTOR, PROTEIN INHIBITOR COMPLEX, Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex; Hydrolase/Hydrolase Inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.16
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.90
零角强度 I(0) i013847600.00
分子量 molecular_weight27447.0 kDa
排除体积 excluded_volume34169 ų
包络体积 envelope_volume38626 ų
水化壳体积 shell_volume18546 ų
包络直径 envelope_diameter59.5
壳层 Rg shell_rg23.71
包络 Rg envelope_rg17.34
形状 Rg shape_rg16.86
总 Rg total_rg18.05
总原子数 total_atoms1926
残基数 n_residues229
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax60.9
Rg (实空间) rg_real18.05
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.38
I(0) (实空间) i0_real1.3850e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7160e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.07
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13850000.0000
解质量估计 total_estimate0.7886
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary23.9
偏度 Skewness skewness0.165
峰度 Kurtosis kurtosis-0.362
角度范围 angular_range— – 0.4400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5056000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.757; Stabil: 0.993; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd4ty7a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4ty7A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id4ty7A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)