4u0b

Hexamer HIV-1 CA in complex with CPSF6 peptide, P212121 crystal form

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein p24

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6 × 6 （Q16630）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6 × 6 （Q16630）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GAG_HV1N5
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 B； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 C； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 D； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 E； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 F； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 G； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 H； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 I； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 J； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 K； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363 作者链 L； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363

Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6

物种未注明

UniProt Q16630

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Capsid protein p24 × 6 （P12493）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Capsid protein p24 × 6 （P12493）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CPSF6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–15； UniProt 276–290 作者链 N； PDB构建体 1–15； UniProt 276–290 作者链 O； PDB构建体 1–15； UniProt 276–290 作者链 P； PDB构建体 1–15； UniProt 276–290 作者链 Q； PDB构建体 1–15； UniProt 276–290 作者链 R； PDB构建体 1–15； UniProt 276–290 作者链 S； PDB构建体 1–15； UniProt 276–290 作者链 T； PDB构建体 1–15； UniProt 276–290 作者链 U； PDB构建体 1–15； UniProt 276–290 作者链 V； PDB构建体 1–15； UniProt 276–290 作者链 W； PDB构建体 1–15； UniProt 276–290 作者链 X； PDB构建体 1–15； UniProt 276–290

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4u0b
沉积日期 deposition_date	2014-07-11
结构标题 title	Hexamer HIV-1 CA in complex with CPSF6 peptide, P212121 crystal form
关键词 keywords	Capsid, Complex, viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4u0b__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4u0b__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4u0b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.66 Å
Rg（电子密度）	34.76 Å
总 Rg	35.30 Å
原子数	9970
残基数	1298
排除体积	177860 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4u0b__assembly_1__model_1`	Dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4u0b__assembly_2__model_1`	Dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein p24
分子量 formula_weight	25461.3 kDa
突变 mutation	yes
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	19958

PIVQNLQGQMVHQCISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSCGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTHNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNAATETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVL

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B
通用名 common_name	HIV-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11698
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6
分子量 formula_weight	1550.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X

PVLFPGQPFGQPPLG

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	4u0bA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	375 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein

结构域编号 domain_id	4u0bA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Retrovirus capsid C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4u0bB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	375 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein

结构域编号 domain_id	4u0bB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Retrovirus capsid C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4u0bC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	375 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein

结构域编号 domain_id	4u0bC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Retrovirus capsid C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4u0bD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	375 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein

结构域编号 domain_id	4u0bD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Retrovirus capsid C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4u0bE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	375 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein

结构域编号 domain_id	4u0bE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Retrovirus capsid C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4u0bF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	375 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein

结构域编号 domain_id	4u0bF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Retrovirus capsid C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4u0bG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	375 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein

结构域编号 domain_id	4u0bG02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Retrovirus capsid C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4u0bH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	375 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein

结构域编号 domain_id	4u0bH02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Retrovirus capsid C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4u0bI01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	375 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein

结构域编号 domain_id	4u0bI02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Retrovirus capsid C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4u0bJ01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	375 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein

结构域编号 domain_id	4u0bJ02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Retrovirus capsid C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4u0bK01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	375 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein

结构域编号 domain_id	4u0bK02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Retrovirus capsid C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4u0bL01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	375 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein

结构域编号 domain_id	4u0bL02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Retrovirus capsid C-terminal domain

▶

晶胞边长 a length_a	135.130 Å
晶胞边长 b length_b	135.890 Å
晶胞边长 c length_c	208.190 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	48.600 Å
R 因子 r_factor	0.2311
R_work r_work	0.2295
R_free r_free	0.2619

Hexamer HIV-1 CA in complex with CPSF6 peptide, P212121 crystal form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein p24

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4u0b__assembly_1__model_1

4u0b__assembly_1__model_1 | I(q)

4u0b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

Hexamer HIV-1 CA in complex with CPSF6 peptide, P212121 crystal form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein p24

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4u0b__assembly_1__model_1

4u0b__assembly_1__model_1 | I(q)

4u0b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)