4u0f

Hexameric HIV-1 CA in Complex with BI-2

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 79.4 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein p24

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 6 PDB 声明：Hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 133–363	突变：yes	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 3A8 (4S)-4-(4-hydroxyphenyl)-3-phenyl-4,5-dihydropyrrolo[3,4-c]pyrazol-6(1H)-one × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；12% w/v PEG 4K, 0.1 M TRIS pH 8.5, 3% v/v ethylene glycol	分辨率 2.22 Å R-free 0.270

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4U0F	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GWP STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF THE MATURE HIV-1 CAPSID PROTEIN 提交 2002-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 132–282（151 aa）片段：AMINO-TERMINAL CORE DOMAIN RESIDUES 132 - 282	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1	分辨率未提供
1HIW TRIMERIC HIV-1 MATRIX PROTEIN 提交 1996-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–131（131 aa）片段：CORE PROTEIN P17, RESIDUES 1 - 131 OF GAG POLYPROTEIN WITH N-TERMINAL HIS AND MET 链 B 1–131（131 aa）片段：CORE PROTEIN P17, RESIDUES 1 - 131 OF GAG POLYPROTEIN WITH N-TERMINAL HIS AND MET 链 C 1–131（131 aa）片段：CORE PROTEIN P17, RESIDUES 1 - 131 OF GAG POLYPROTEIN WITH N-TERMINAL HIS AND MET	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.332
1HIW TRIMERIC HIV-1 MATRIX PROTEIN 提交 1996-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Q 1–131（131 aa）片段：CORE PROTEIN P17, RESIDUES 1 - 131 OF GAG POLYPROTEIN WITH N-TERMINAL HIS AND MET 链 R 1–131（131 aa）片段：CORE PROTEIN P17, RESIDUES 1 - 131 OF GAG POLYPROTEIN WITH N-TERMINAL HIS AND MET 链 S 1–131（131 aa）片段：CORE PROTEIN P17, RESIDUES 1 - 131 OF GAG POLYPROTEIN WITH N-TERMINAL HIS AND MET	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.332
1UPH HIV-1 Myristoylated Matrix 提交 2003-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–131（131 aa）片段：RESIDUES 1-131	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）100MM NACL；压力 1	分辨率未提供
2C55 Solution Structure of the Human Immunodeficiency Virus Type 1 p6 Protein 提交 2005-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 448–499（52 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3；300 K；压力 1.0 NMR样品组成 50% WATER/50% TFE-D2	分辨率未提供
2X2D acetyl-CypA:HIV-1 N-term capsid domain complex 提交 2010-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 133–278（146 aa）片段：RESIDUES 133-278	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.95 Å R-free 0.257
2X2D acetyl-CypA:HIV-1 N-term capsid domain complex 提交 2010-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 133–278（146 aa）片段：RESIDUES 133-278	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.95 Å R-free 0.257
3GV2 X-ray Structure of Hexameric HIV-1 CA 提交 2009-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–351（219 aa）片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK 链 B 133–351（219 aa）片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK 链 C 133–351（219 aa）片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK 链 D 133–351（219 aa）片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK 链 E 133–351（219 aa）片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK 链 F 133–351（219 aa）片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK	突变：W184A,M185A 突变：W184A,M185A 突变：W184A,M185A 突变：W184A,M185A 突变：W184A,M185A 突变：W184A,M185A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M imidazole, pH 6.5, 600 mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 7.00 Å R-free 0.323
4U0A Hexameric HIV-1 CA in complex with CPSF6 peptide, P6 crystal form 提交 2014-07-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：Dodecameric	链 A 133–363（231 aa）	突变：A14C,E45C,W184A,M185A	CL CHLORIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.6M sodium potassium tartrate tetrahydrate, 0.1M TRIS	分辨率 2.05 Å R-free 0.253
4U0B Hexamer HIV-1 CA in complex with CPSF6 peptide, P212121 crystal form 提交 2014-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：Dodecameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）	突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；20% v/v PEG 300, 10% v/v glycerol, 5% w/v PEG 8K, 0.1 M TRIS	分辨率 2.80 Å R-free 0.262
4U0B Hexamer HIV-1 CA in complex with CPSF6 peptide, P212121 crystal form 提交 2014-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：Dodecameric	链 G 133–363（231 aa）链 H 133–363（231 aa）链 I 133–363（231 aa）链 J 133–363（231 aa）链 K 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）	突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；20% v/v PEG 300, 10% v/v glycerol, 5% w/v PEG 8K, 0.1 M TRIS	分辨率 2.80 Å R-free 0.262
4U0C Hexameric HIV-1 CA in complex with Nup153 peptide, P6 crystal form 提交 2014-07-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：Dodecameric	链 A 133–363（231 aa）	突变：yes	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；290 K；30% v/v PEG 400, 0.1 M CHES	分辨率 1.77 Å R-free 0.211
4U0D Hexameric HIV-1 CA in complex with Nup153 peptide, P212121 crystal form 提交 2014-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：Nonameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）	突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；10% w/v PEG 8K, 0.1M imidazole	分辨率 3.00 Å R-free 0.267
4U0D Hexameric HIV-1 CA in complex with Nup153 peptide, P212121 crystal form 提交 2014-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：Nonameric	链 G 133–363（231 aa）链 H 133–363（231 aa）链 I 133–363（231 aa）链 J 133–363（231 aa）链 K 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）	突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；10% w/v PEG 8K, 0.1M imidazole	分辨率 3.00 Å R-free 0.267
4U0E Hexameric HIV-1 CA in complex with PF3450074 提交 2014-07-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：Hexameric	链 A 133–363（231 aa）	突变：yes	CL CHLORIDE ION × 6 1B0 N-METHYL-NALPHA-[(2-METHYL-1H-INDOL-3-YL)ACETYL]-N-PHENYL-L-PHENYLALANINAMIDE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.2 M magnesium chloride, 8% w/v PEG 20K, 8% v/v PEG 550 MME, 0.1 M TRIS pH 8.5, 3% w/v 1,5-diaminopentane dihydrochloride	分辨率 2.04 Å R-free 0.239
4XFX Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein 提交 2014-12-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 42 CL CHLORIDE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, MMT	分辨率 2.43 Å R-free 0.249
4XFY Structure of the native full-length dehydrated HIV-1 capsid protein 提交 2014-12-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 12 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate	分辨率 2.80 Å R-free 0.250
4XFZ Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein in complex with PF-3450074 (PF74) 提交 2014-12-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 36 CL CHLORIDE ION × 12 1B0 N-METHYL-NALPHA-[(2-METHYL-1H-INDOL-3-YL)ACETYL]-N-PHENYL-L-PHENYLALANINAMIDE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate	分辨率 2.70 Å R-free 0.241
4XRO Disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 4mut (S41A, Q67H, V165I, L172I) 提交 2015-01-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	突变：A14C,S41A,E45C,Q67H,V165I,L172I,W184A,M185A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1 M NaCl, 12% w/v PEG 4K, 0.1 M TRIS pH 8.5, 4% v/v formamide	分辨率 2.01 Å R-free 0.226
4XRQ Disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 4mut (S41A, Q67H, V165I, L172I) in complex with PF-3450074 提交 2015-01-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	突变：A14C,S41A,E45C,Q67H,V165I,L172I,W184A,M185A	1B0 N-METHYL-NALPHA-[(2-METHYL-1H-INDOL-3-YL)ACETYL]-N-PHENYL-L-PHENYLALANINAMIDE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.2 M potassium thiocyanate, 8% w/v PEG 20K, 8% v/v PEG 550 MME, 0.1 M TRIS pH 8.5, 3% 1,4-dioxane	分辨率 1.95 Å R-free 0.221
5HGL Hexameric HIV-1 CA, open conformation 提交 2016-01-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）	突变：C14A, C45E, A184W, A185M 突变：C14A, C45E, A184W, A185M 突变：C14A, C45E, A184W, A185M 突变：C14A, C45E, A184W, A185M 突变：C14A, C45E, A184W, A185M 突变：C14A, C45E, A184W, A185M	1B0 N-METHYL-NALPHA-[(2-METHYL-1H-INDOL-3-YL)ACETYL]-N-PHENYL-L-PHENYLALANINAMIDE × 6 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；PEG550MME (13-14%), KSCN (0.15M), TRIS (0.1M, pH 8.5)	分辨率 3.10 Å R-free 0.282
5HGM Hexameric HIV-1 CA in complex with dATP 提交 2016-01-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	突变：C14A, C45E, A184W, A185M	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；PEG550MME (13-14%), KSCN (0.15M), TRIS (0.1M, pH 8.5), 10mM dATP	分辨率 2.04 Å R-free 0.263
5HGN Hexameric HIV-1 CA, apo form 提交 2016-01-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	突变：C14A, C45E, A184W, A185M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；PEG550MME (13-14%), KSCN (0.15M), TRIS (0.1M, pH 8.5)	分辨率 1.90 Å R-free 0.223
5HGO Hexameric HIV-1 CA R18G mutant 提交 2016-01-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	突变：C14A, C45E, A184W, A185M, R18G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；PEG550MME (13-14%), KSCN (0.15M), TRIS (0.1M, pH 8.5)	分辨率 2.00 Å R-free 0.221
5HGP Hexameric HIV-1 CA in complex with hexacarboxybenzene 提交 2016-01-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	突变：C14A, C45E, A184W, A185M	BHC BENZENE HEXACARBOXYLIC ACID × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；PEG550MME (13-14%), KSCN (0.15M), TRIS (0.1M, pH 8.5), Mellitic acid (1mM). Mellitic acid stock was adjusted to pH 8.0 with TRIS prior to setting up trays.	分辨率 1.95 Å R-free 0.221
5IRT Dimerization interface of the noncrystalline HIV-1 capsid protein lattice from solid state NMR spectroscopy of tubular assemblies 提交 2016-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLID-STATE NMR NMR测量条件 pH 8；278 K；离子强度（mmCIF原始值）1；压力 1 NMR样品组成 15 mM U-15N,13C-Met and U-15N Capsid protein, water \| water NMR样品组成 15 mM 2-13C-glycerol and U-15N Capsid protein, water \| water NMR样品组成 15 mM 2-13C-glycerol, U-15N, unlabeled Tyr and Phe Capsid protein, water \| water NMR样品组成 7.5 mM Methyl-13C-Met Capsid protein-1, 7.5 mM 15N-indole Capsid protein-2, water \| water NMR样品组成 15 mM Methyl-13C-Met, 2-13C-indole, U-15N Capsid protein, water \| water	分辨率未提供
5JPA Hexameric HIV-1 CA H12Y mutant 提交 2016-05-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	突变：H12Y, A14C, E45C, W184A, M185A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；PEG 550MME (12% w/v), KSCN (0.15M), 0.1M TRIS	分辨率 1.70 Å R-free 0.232
5L93 An atomic model of HIV-1 CA-SP1 reveals structures regulating assembly and maturation 提交 2016-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 148–371（224 aa）链 B 148–371（224 aa）链 C 148–371（224 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；Virus-like particles were assembled in the presence of nucleic acid (73mer oligonucleotide, 1:10 molar ratio oligonucleotide:protein). cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；10nM colloidal gold was added to the sample prior to plunge freezing.	分辨率 3.90 Å
5O2U Llama VHH in complex with p24 提交 2017-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–500（500 aa）链 C 1–500（500 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM Tris base pH 8.0, Polyethylene glycol (PEG) 6000 25% Ethylene Glycol	分辨率 2.76 Å R-free 0.256
5TSV HIV-1 CA hexamer with NUP153 peptide - R3 crystal form 提交 2016-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）	未记录	FLU 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Tris, pH 8.2 12% PEG 8000 2% Tacsimate	分辨率 2.50 Å R-free 0.251
5TSX HIV-1 CA hexamer with NUP153 peptide - P1 crystal form 提交 2016-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 H 133–363（231 aa）链 I 133–363（231 aa）链 K 133–363（231 aa）	未记录	FLU 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Tris, pH 9 12% PEG 8000	分辨率 1.90 Å R-free 0.228
5TSX HIV-1 CA hexamer with NUP153 peptide - P1 crystal form 提交 2016-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）链 G 133–363（231 aa）链 J 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）	未记录	FLU 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Tris, pH 9 12% PEG 8000	分辨率 1.90 Å R-free 0.228
5UPW CryoEM Structure Refinement by Integrating NMR Chemical Shifts with Molecular Dynamics Simulations 提交 2017-02-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–353（221 aa）片段：UNP residues 133-353 链 B 133–353（221 aa）片段：UNP residues 133-353 链 C 133–353（221 aa）片段：UNP residues 133-353 链 D 133–353（221 aa）片段：UNP residues 133-353 链 E 133–353（221 aa）片段：UNP residues 133-353 链 F 133–353（221 aa）片段：UNP residues 133-353	突变：A92E 突变：A92E 突变：A92E 突变：A92E 突变：A92E 突变：A92E	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；The assembled sample (1.5 microliter) was applied to the carbon side of a glow discharged perforated Quantifoil grid, followed by application of 3 microliter of low salt buffer (100 milimolar NaCl, 50 milimolar Tris pH 8.0) on the back side of the grid, and blotting, from the back side, with a filter paper, before plunge-freezing in liquid ethane	分辨率 5.00 Å
6AYA Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein in complex with Nup153 peptide 提交 2017-09-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 42 CL CHLORIDE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, MIB, Glycerol	分辨率 2.40 Å R-free 0.274
6BHS HIV-1 CA hexamer in complex with IP6, hexagonal crystal form 提交 2017-10-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	突变：A146C, E177C, W316A, M317A	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；10% PEG 8,000, 2% Tacsimate, 0.1 M Tris	分辨率 1.98 Å R-free 0.284
6BHT HIV-1 CA hexamer in complex with IP6, orthorhombic crystal form 提交 2017-10-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）	突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；290 K；8% PEG 8000, 0.1M Tris	分辨率 2.69 Å R-free 0.255
6BHT HIV-1 CA hexamer in complex with IP6, orthorhombic crystal form 提交 2017-10-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 133–363（231 aa）链 H 133–363（231 aa）链 I 133–363（231 aa）链 J 133–363（231 aa）链 K 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）	突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；290 K；8% PEG 8000, 0.1M Tris	分辨率 2.69 Å R-free 0.255
6H09 HIV capsid hexamer with IP6 ligand 提交 2018-07-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–351（219 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；PEG 4K	分辨率 2.00 Å R-free 0.266
6WAP Atomic-Resolution Structure of HIV-1 Capsid Tubes by Magic Angle Spinning NMR 提交 2020-03-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLID-STATE NMR NMR测量条件 pH 6；277 K；离子强度（mmCIF原始值）2.4；压力 1 NMR样品组成 100 % [U-13C; U-15N] HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 100 % [1,6-13C]-Glucose,U-15N HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 100 % [2-13C]-Glucose,U-15N HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 100 % 13C,15N-His HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 100 % 13C,15N-Tyr HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 50 % 13C,15N-Ala HIV-1 capsid protein, 50 % 13C,15N-Ile HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 50 % 13C,15N-Ala HIV-1 capsid protein, 50 % 13C,15N-Val HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 86 % HIV-1 capsid protein, 14 % U-13C,15N-CA HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 50 % [U-13C] HIV-1 capsid protein, 50 % [U-15N] HIV-1 capsid protein, solid \| solid	分辨率未提供
6X63 Atomic-Resolution Structure of HIV-1 Capsid Tubes by Magic Angle Spinning NMR 提交 2020-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 378 PDB 声明：378-meric	链 0 133–363（231 aa）链 0A 133–363（231 aa）链 0B 133–363（231 aa）链 0C 133–363（231 aa）链 0D 133–363（231 aa）链 0E 133–363（231 aa）链 1 133–363（231 aa）链 1A 133–363（231 aa）链 1B 133–363（231 aa）链 1C 133–363（231 aa）链 1D 133–363（231 aa）链 1E 133–363（231 aa）链 2 133–363（231 aa）链 2A 133–363（231 aa）链 2B 133–363（231 aa）链 2C 133–363（231 aa）链 2D 133–363（231 aa）链 2E 133–363（231 aa）链 3 133–363（231 aa）链 3A 133–363（231 aa）链 3B 133–363（231 aa）链 3C 133–363（231 aa）链 3D 133–363（231 aa）链 3E 133–363（231 aa）链 4 133–363（231 aa）链 4A 133–363（231 aa）链 4B 133–363（231 aa）链 4C 133–363（231 aa）链 4D 133–363（231 aa）链 4E 133–363（231 aa）链 5 133–363（231 aa）链 5A 133–363（231 aa）链 5B 133–363（231 aa）链 5C 133–363（231 aa）链 5D 133–363（231 aa）链 5E 133–363（231 aa）链 6 133–363（231 aa）链 6A 133–363（231 aa）链 6B 133–363（231 aa）链 6C 133–363（231 aa）链 6D 133–363（231 aa）链 6E 133–363（231 aa）链 7 133–363（231 aa）链 7A 133–363（231 aa）链 7B 133–363（231 aa）链 7C 133–363（231 aa）链 7D 133–363（231 aa）链 7E 133–363（231 aa）链 8 133–363（231 aa）链 8A 133–363（231 aa）链 8B 133–363（231 aa）链 8C 133–363（231 aa）链 8D 133–363（231 aa）链 8E 133–363（231 aa）链 9 133–363（231 aa）链 9A 133–363（231 aa）链 9B 133–363（231 aa）链 9C 133–363（231 aa）链 9D 133–363（231 aa）链 9E 133–363（231 aa）链 A 133–363（231 aa）链 AA 133–363（231 aa）链 AB 133–363（231 aa）链 AC 133–363（231 aa）链 AD 133–363（231 aa）链 AE 133–363（231 aa）链 AF 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 BA 133–363（231 aa）链 BB 133–363（231 aa）链 BC 133–363（231 aa）链 BD 133–363（231 aa）链 BE 133–363（231 aa）链 BF 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 CA 133–363（231 aa）链 CB 133–363（231 aa）链 CC 133–363（231 aa）链 CD 133–363（231 aa）链 CE 133–363（231 aa）链 CF 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 DA 133–363（231 aa）链 DB 133–363（231 aa）链 DC 133–363（231 aa）链 DD 133–363（231 aa）链 DE 133–363（231 aa）链 DF 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 EA 133–363（231 aa）链 EB 133–363（231 aa）链 EC 133–363（231 aa）链 ED 133–363（231 aa）链 EE 133–363（231 aa）链 EF 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）链 FA 133–363（231 aa）链 FB 133–363（231 aa）链 FC 133–363（231 aa）链 FD 133–363（231 aa）链 FE 133–363（231 aa）链 FF 133–363（231 aa）链 G 133–363（231 aa）链 GA 133–363（231 aa）链 GB 133–363（231 aa）链 GC 133–363（231 aa）链 GD 133–363（231 aa）链 GE 133–363（231 aa）链 H 133–363（231 aa）链 HA 133–363（231 aa）链 HB 133–363（231 aa）链 HC 133–363（231 aa）链 HD 133–363（231 aa）链 HE 133–363（231 aa）链 I 133–363（231 aa）链 IA 133–363（231 aa）链 IB 133–363（231 aa）链 IC 133–363（231 aa）链 ID 133–363（231 aa）链 IE 133–363（231 aa）链 J 133–363（231 aa）链 JA 133–363（231 aa）链 JB 133–363（231 aa）链 JC 133–363（231 aa）链 JD 133–363（231 aa）链 JE 133–363（231 aa）链 K 133–363（231 aa）链 KA 133–363（231 aa）链 KB 133–363（231 aa）链 KC 133–363（231 aa）链 KD 133–363（231 aa）链 KE 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）链 LA 133–363（231 aa）链 LB 133–363（231 aa）链 LC 133–363（231 aa）链 LD 133–363（231 aa）链 LE 133–363（231 aa）链 M 133–363（231 aa）链 MA 133–363（231 aa）链 MB 133–363（231 aa）链 MC 133–363（231 aa）链 MD 133–363（231 aa）链 ME 133–363（231 aa）链 N 133–363（231 aa）链 NA 133–363（231 aa）链 NB 133–363（231 aa）链 NC 133–363（231 aa）链 ND 133–363（231 aa）链 NE 133–363（231 aa）链 O 133–363（231 aa）链 OA 133–363（231 aa）链 OB 133–363（231 aa）链 OC 133–363（231 aa）链 OD 133–363（231 aa）链 OE 133–363（231 aa）链 P 133–363（231 aa）链 PA 133–363（231 aa）链 PB 133–363（231 aa）链 PC 133–363（231 aa）链 PD 133–363（231 aa）链 PE 133–363（231 aa）链 Q 133–363（231 aa）链 QA 133–363（231 aa）链 QB 133–363（231 aa）链 QC 133–363（231 aa）链 QD 133–363（231 aa）链 QE 133–363（231 aa）链 R 133–363（231 aa）链 RA 133–363（231 aa）链 RB 133–363（231 aa）链 RC 133–363（231 aa）链 RD 133–363（231 aa）链 RE 133–363（231 aa）链 S 133–363（231 aa）链 SA 133–363（231 aa）链 SB 133–363（231 aa）链 SC 133–363（231 aa）链 SD 133–363（231 aa）链 SE 133–363（231 aa）链 T 133–363（231 aa）链 TA 133–363（231 aa）链 TB 133–363（231 aa）链 TC 133–363（231 aa）链 TD 133–363（231 aa）链 TE 133–363（231 aa）链 U 133–363（231 aa）链 UA 133–363（231 aa）链 UB 133–363（231 aa）链 UC 133–363（231 aa）链 UD 133–363（231 aa）链 UE 133–363（231 aa）链 V 133–363（231 aa）链 VA 133–363（231 aa）链 VB 133–363（231 aa）链 VC 133–363（231 aa）链 VD 133–363（231 aa）链 VE 133–363（231 aa）链 W 133–363（231 aa）链 WA 133–363（231 aa）链 WB 133–363（231 aa）链 WC 133–363（231 aa）链 WD 133–363（231 aa）链 WE 133–363（231 aa）链 X 133–363（231 aa）链 XA 133–363（231 aa）链 XB 133–363（231 aa）链 XC 133–363（231 aa）链 XD 133–363（231 aa）链 XE 133–363（231 aa）链 Y 133–363（231 aa）链 YA 133–363（231 aa）链 YB 133–363（231 aa）链 YC 133–363（231 aa）链 YD 133–363（231 aa）链 YE 133–363（231 aa）链 Z 133–363（231 aa）链 ZA 133–363（231 aa）链 ZB 133–363（231 aa）链 ZC 133–363（231 aa）链 ZD 133–363（231 aa）链 ZE 133–363（231 aa）链 a 133–363（231 aa）链 aA 133–363（231 aa）链 aB 133–363（231 aa）链 aC 133–363（231 aa）链 aD 133–363（231 aa）链 aE 133–363（231 aa）链 b 133–363（231 aa）链 bA 133–363（231 aa）链 bB 133–363（231 aa）链 bC 133–363（231 aa）链 bD 133–363（231 aa）链 bE 133–363（231 aa）链 c 133–363（231 aa）链 cA 133–363（231 aa）链 cB 133–363（231 aa）链 cC 133–363（231 aa）链 cD 133–363（231 aa）链 cE 133–363（231 aa）链 d 133–363（231 aa）链 dA 133–363（231 aa）链 dB 133–363（231 aa）链 dC 133–363（231 aa）链 dD 133–363（231 aa）链 dE 133–363（231 aa）链 e 133–363（231 aa）链 eA 133–363（231 aa）链 eB 133–363（231 aa）链 eC 133–363（231 aa）链 eD 133–363（231 aa）链 eE 133–363（231 aa）链 f 133–363（231 aa）链 fA 133–363（231 aa）链 fB 133–363（231 aa）链 fC 133–363（231 aa）链 fD 133–363（231 aa）链 fE 133–363（231 aa）链 g 133–363（231 aa）链 gA 133–363（231 aa）链 gB 133–363（231 aa）链 gC 133–363（231 aa）链 gD 133–363（231 aa）链 gE 133–363（231 aa）链 h 133–363（231 aa）链 hA 133–363（231 aa）链 hB 133–363（231 aa）链 hC 133–363（231 aa）链 hD 133–363（231 aa）链 hE 133–363（231 aa）链 i 133–363（231 aa）链 iA 133–363（231 aa）链 iB 133–363（231 aa）链 iC 133–363（231 aa）链 iD 133–363（231 aa）链 iE 133–363（231 aa）链 j 133–363（231 aa）链 jA 133–363（231 aa）链 jB 133–363（231 aa）链 jC 133–363（231 aa）链 jD 133–363（231 aa）链 jE 133–363（231 aa）链 k 133–363（231 aa）链 kA 133–363（231 aa）链 kB 133–363（231 aa）链 kC 133–363（231 aa）链 kD 133–363（231 aa）链 kE 133–363（231 aa）链 l 133–363（231 aa）链 lA 133–363（231 aa）链 lB 133–363（231 aa）链 lC 133–363（231 aa）链 lD 133–363（231 aa）链 lE 133–363（231 aa）链 m 133–363（231 aa）链 mA 133–363（231 aa）链 mB 133–363（231 aa）链 mC 133–363（231 aa）链 mD 133–363（231 aa）链 mE 133–363（231 aa）链 n 133–363（231 aa）链 nA 133–363（231 aa）链 nB 133–363（231 aa）链 nC 133–363（231 aa）链 nD 133–363（231 aa）链 nE 133–363（231 aa）链 o 133–363（231 aa）链 oA 133–363（231 aa）链 oB 133–363（231 aa）链 oC 133–363（231 aa）链 oD 133–363（231 aa）链 oE 133–363（231 aa）链 p 133–363（231 aa）链 pA 133–363（231 aa）链 pB 133–363（231 aa）链 pC 133–363（231 aa）链 pD 133–363（231 aa）链 pE 133–363（231 aa）链 q 133–363（231 aa）链 qA 133–363（231 aa）链 qB 133–363（231 aa）链 qC 133–363（231 aa）链 qD 133–363（231 aa）链 qE 133–363（231 aa）链 r 133–363（231 aa）链 rA 133–363（231 aa）链 rB 133–363（231 aa）链 rC 133–363（231 aa）链 rD 133–363（231 aa）链 rE 133–363（231 aa）链 s 133–363（231 aa）链 sA 133–363（231 aa）链 sB 133–363（231 aa）链 sC 133–363（231 aa）链 sD 133–363（231 aa）链 sE 133–363（231 aa）链 t 133–363（231 aa）链 tA 133–363（231 aa）链 tB 133–363（231 aa）链 tC 133–363（231 aa）链 tD 133–363（231 aa）链 tE 133–363（231 aa）链 u 133–363（231 aa）链 uA 133–363（231 aa）链 uB 133–363（231 aa）链 uC 133–363（231 aa）链 uD 133–363（231 aa）链 uE 133–363（231 aa）链 v 133–363（231 aa）链 vA 133–363（231 aa）链 vB 133–363（231 aa）链 vC 133–363（231 aa）链 vD 133–363（231 aa）链 vE 133–363（231 aa）链 w 133–363（231 aa）链 wA 133–363（231 aa）链 wB 133–363（231 aa）链 wC 133–363（231 aa）链 wD 133–363（231 aa）链 wE 133–363（231 aa）链 x 133–363（231 aa）链 xA 133–363（231 aa）链 xB 133–363（231 aa）链 xC 133–363（231 aa）链 xD 133–363（231 aa）链 xE 133–363（231 aa）链 y 133–363（231 aa）链 yA 133–363（231 aa）链 yB 133–363（231 aa）链 yC 133–363（231 aa）链 yD 133–363（231 aa）链 yE 133–363（231 aa）链 z 133–363（231 aa）链 zA 133–363（231 aa）链 zB 133–363（231 aa）链 zC 133–363（231 aa）链 zD 133–363（231 aa）链 zE 133–363（231 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLID-STATE NMR NMR测量条件 pH 6；277 K；离子强度（mmCIF原始值）2.4；压力 1 NMR样品组成 100 % [U-13C; U-15N] HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 100 % [1,6-13C]-Glucose,U-15N HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 100 % [2-13C]-Glucose,U-15N HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 100 % 13C,15N-His HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 100 % 13C,15N-Tyr HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 50 % 13C,15N-Ala HIV-1 capsid protein, 50 % 13C,15N-Ile HIV-1 capsid, solid \| solid NMR样品组成 50 % 13C,15N-Ala HIV-1 capsid protein, 50 % 13C,15N-Val HIV-1 capsid, solid \| solid NMR样品组成 86 % HIV-1 capsid protein, 14 % U-13C,15N-CA HIV-1 capsid, solid \| solid NMR样品组成 50 % [U-13C] HIV-1 capsid protein, 50 % [U-15N] HIV-1 capsid, solid \| solid	分辨率未提供
7M9F Structure of the wild-type native full-length HIV-1 capsid protein in complex with ZW-1261 提交 2021-03-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	YTG N-(4-chlorophenyl)-Nalpha-[(5-hydroxy-1H-indol-3-yl)acetyl]-N-methyl-L-phenylalaninamide × 6 IOD IODIDE ION × 30	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG 3350, NaI, Sodium Cacodylate, Glycerol	分辨率 2.70 Å R-free 0.253
7QDF Hexameric HIV-1 (M-group) CA R120 mutant 提交 2021-11-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 AAA 133–363（231 aa）	突变：R120	IOD IODIDE ION × 12 CL CHLORIDE ION × 30 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；9.5% PEG 3350 (v/v), 310 mM NaI, 100 mM Sodium Cacodylate. Crystals grew in 1 uL protein (3 mg/mL) + 1 uL crystallant. Cryoprotected in 20% (v/v) Glycerol.	分辨率 2.30 Å R-free 0.278
7RAO Structure of M66I mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 提交 2021-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）	突变：A14C, E45C, M66I, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, M66I, W184A, M185A	IOD IODIDE ION × 18 CL CHLORIDE ION × 21	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.125-0.35M Sodium Iodide, 2-8% Peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5	分辨率 2.29 Å R-free 0.244
7RAO Structure of M66I mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 提交 2021-07-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 133–363（231 aa）	突变：A14C, E45C, M66I, W184A, M185A	IOD IODIDE ION × 24 CL CHLORIDE ION × 30	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.125-0.35M Sodium Iodide, 2-8% Peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5	分辨率 2.29 Å R-free 0.244
7RAR Structure of Q67H mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 提交 2021-07-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 133–363（231 aa）	突变：A14C, E45C, Q67H, W184A, M185A	IOD IODIDE ION × 36 CL CHLORIDE ION × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.425M NaI, 4% peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5	分辨率 2.15 Å R-free 0.240
7RHN Co-crystal structure of Q67H mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer and lenacapavir 提交 2021-07-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 133–363（231 aa）	突变：A14C, E45C, Q67H, W184A, M185A	QNG Lenacapavir × 6 IOD IODIDE ION × 18 CL CHLORIDE ION × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.35M NaI, 4% peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5	分辨率 2.46 Å R-free 0.288
7URN Structure of HIV-1 capsid declination 提交 2022-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 A 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）链 M 133–363（231 aa）链 N 133–363（231 aa）链 O 133–363（231 aa）链 P 133–363（231 aa）链 Q 133–363（231 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing	分辨率 3.43 Å
8EJL Structure of HIV-1 capsid declination in complex with CPSF6-FG peptide 提交 2022-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 A 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）链 M 133–363（231 aa）链 N 133–363（231 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing	分辨率 3.90 Å
8EJL Structure of HIV-1 capsid declination in complex with CPSF6-FG peptide 提交 2022-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）链 M 133–363（231 aa）链 N 133–363（231 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing	分辨率 3.90 Å
8EJL Structure of HIV-1 capsid declination in complex with CPSF6-FG peptide 提交 2022-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）链 M 133–363（231 aa）链 N 133–363（231 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing	分辨率 3.90 Å
8QUB Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00074110 提交 2023-10-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	WVZ (1~{S})-1-phenyl-2,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-3-one × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 1.63 Å R-free 0.210
8QUH Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00057456 提交 2023-10-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	AJ2 4-methylquinolin-2-ol × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 1.55 Å R-free 0.195
8QUI Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00024969 提交 2023-10-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	XXL ethyl (3-oxo-2,3-dihydro-4H-1,4-benzoxazin-4-yl)acetate × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 1.69 Å R-free 0.216
8QUJ Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00100452 提交 2023-10-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 24 WWR 3-(phenylmethyl)-1~{H}-imidazol-2-one × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 1.63 Å R-free 0.200
8QUK Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00100439 提交 2023-10-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 WVU (phenylmethyl) 3-oxidanylidenepiperazine-1-carboxylate × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 1.38 Å R-free 0.203
8QUL Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00100555 提交 2023-10-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	3IP 3-(BENZYLOXY)PYRIDIN-2-AMINE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 1.67 Å R-free 0.210
8QUW Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD01044153 提交 2023-10-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	WZR (4~{R})-7-oxidanyl-4-phenyl-3,4-dihydro-1~{H}-quinolin-2-one × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 2.02 Å R-free 0.230
8QUX Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00100333 提交 2023-10-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 S0I 4-benzyl-3,4-dihydroquinoxalin-2(1H)-one × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 2.30 Å R-free 0.276
8QUY Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD01728501 提交 2023-10-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	X0L 4-[(4-methylphenyl)methyl]-1~{H}-quinoxaline-2,3-dione × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 1.88 Å R-free 0.215
8QV1 Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD01728505 提交 2023-10-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	X0H methyl 2-(2-oxidanylidene-1~{H}-quinolin-4-yl)ethanoate × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 2.20 Å R-free 0.288
8QV4 Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD01728503 提交 2023-10-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 WZX ethyl 2-(3-oxidanylidene-2,4-dihydroquinoxalin-1-yl)ethanoate × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 2.70 Å R-free 0.303
8QV9 Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD01829021 提交 2023-10-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	WZL 7-bromanyl-3-(phenylmethyl)-1~{H}-benzimidazol-2-one × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 1.76 Å R-free 0.246
8QVA Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD01829894 提交 2023-10-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 WZ9 7-azanyl-3-(phenylmethyl)-1~{H}-benzimidazol-2-one × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 2.00 Å R-free 0.254
8TY6 Disulfide-stabilized HIV-1 CA hexamer in complex with PQBP1 Nt 提交 2023-08-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）	突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8V17 HIV-CA Disulfide linked Hexamer with inhibitor bound - exploration of a benzothiazole 提交 2023-11-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–361（229 aa）	突变：A14C, E45C, W184A, M185A	Y4X N-(1,3-benzothiazol-5-yl)-3,5-difluoro-Nalpha-[(5-hydroxy-1H-indol-3-yl)acetyl]-N-methyl-L-phenylalaninamide × 6 GOL GLYCEROL × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Morpheus Condition D11	分辨率 1.50 Å R-free 0.171
8VRP HIV-CA Disulfide linked Hexamer bound to 4-Quinazolinone Scaffold inhibitor 提交 2024-01-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 133–361（229 aa）链 C 133–361（229 aa）	突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A	A1ADQ N-[(1S)-1-[(3P,7M)-3-{4-chloro-3-[(ethanesulfonyl)amino]-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-indazol-7-yl}-7-(3-fluoro-4-formylphenyl)-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl]-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-[3-(trifluoromethyl)-5,6-dihydrocyclopenta[c]pyrazol-1(4H)-yl]acetamide × 6 IOD IODIDE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Morpheus condition B2	分辨率 1.80 Å R-free 0.226
8VRP HIV-CA Disulfide linked Hexamer bound to 4-Quinazolinone Scaffold inhibitor 提交 2024-01-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–361（229 aa）	突变：A14C, E45C, W184A, M185A	A1ADQ N-[(1S)-1-[(3P,7M)-3-{4-chloro-3-[(ethanesulfonyl)amino]-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-indazol-7-yl}-7-(3-fluoro-4-formylphenyl)-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl]-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-[3-(trifluoromethyl)-5,6-dihydrocyclopenta[c]pyrazol-1(4H)-yl]acetamide × 6 IOD IODIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Morpheus condition B2	分辨率 1.80 Å R-free 0.226
9D6D Gag CA-SP1 immature lattice bound with Lenacapavir from enveloped virus like particles 提交 2024-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 B 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 C 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 D 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 E 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 F 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 G 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 H 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 I 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 J 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 K 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 L 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 M 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 N 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 O 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 P 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 Q 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 R 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)	突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I	QNG Lenacapavir × 18 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；This is the final buffer in which the enveloped viral like particle was resuspended. The Gag-CA-SP1 lattice is inside the viral like particle and thus not in the direct environment of this buffer. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.18 Å
9D6E Gag CA-SP1 immature lattice bound with Bevirimat from enveloped virus like particles 提交 2024-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 B 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 C 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 D 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 E 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 F 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 G 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 H 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 I 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 J 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 K 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 L 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 M 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 N 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 O 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 P 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 Q 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 R 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)	突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 2I4 3alpha-[(3-carboxy-3-methylbutanoyl)oxy]-8alpha,9beta,10alpha,13alpha,17alpha,19beta-lup-20(29)-en-28-oic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；This is the final buffer in which the enveloped viral like particle was resuspended. The Gag-CA-SP1 lattice is inside the viral like particle and thus not in the direct environment of this buffer. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
9D88 Gag CA-SP1 immature lattice from enveloped and perforated virus like particles 提交 2024-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 B 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 C 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 D 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 E 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 F 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 G 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 H 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 I 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 J 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 K 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 L 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 M 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 N 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 O 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 P 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 Q 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 R 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)	突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；This is the final buffer in which the enveloped viral-like particle was resuspended. The Gag-CA-SP1 lattice is inside the virus-like particle and not directly in the buffer environment. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
9EDZ HIV CA - GLFG peptide (4 mM) 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4 10% PEG 4,000	分辨率 3.00 Å R-free 0.267
9EDZ HIV CA - GLFG peptide (4 mM) 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 G 133–363（231 aa）链 H 133–363（231 aa）链 I 133–363（231 aa）链 J 133–363（231 aa）链 K 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4 10% PEG 4,000	分辨率 3.00 Å R-free 0.267
9EE0 HIV CA - GLFG peptide (9 mM) 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4 10% PEG 4,000	分辨率 3.10 Å R-free 0.255
9EE0 HIV CA - GLFG peptide (9 mM) 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 G 133–363（231 aa）链 H 133–363（231 aa）链 I 133–363（231 aa）链 J 133–363（231 aa）链 K 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4 10% PEG 4,000	分辨率 3.10 Å R-free 0.255
9EE1 HIV CA - GLFG peptide (43 mM) 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4, 10% PEG 4,000	分辨率 3.00 Å R-free 0.261
9EE1 HIV CA - GLFG peptide (43 mM) 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 G 133–363（231 aa）链 H 133–363（231 aa）链 I 133–363（231 aa）链 J 133–363（231 aa）链 K 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4, 10% PEG 4,000	分辨率 3.00 Å R-free 0.261
9EE2 HIV CA - FSFG peptide (14 mM) 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4, 10% PEG 4,000	分辨率 2.99 Å R-free 0.253
9EE2 HIV CA - FSFG peptide (14 mM) 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 G 133–363（231 aa）链 H 133–363（231 aa）链 I 133–363（231 aa）链 J 133–363（231 aa）链 K 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4, 10% PEG 4,000	分辨率 2.99 Å R-free 0.253
9EE3 HIV CA - FG peptide (14 mM) 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4, 10% PEG 4,000	分辨率 3.10 Å R-free 0.261
9EE3 HIV CA - FG peptide (14 mM) 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 G 133–363（231 aa）链 H 133–363（231 aa）链 I 133–363（231 aa）链 J 133–363（231 aa）链 K 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4, 10% PEG 4,000	分辨率 3.10 Å R-free 0.261
9EE4 HIV CA - FG peptide (34 mM) 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4, 10% PEG 4,000	分辨率 3.10 Å R-free 0.252
9EE4 HIV CA - FG peptide (34 mM) 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 G 133–363（231 aa）链 H 133–363（231 aa）链 I 133–363（231 aa）链 J 133–363（231 aa）链 K 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4, 10% PEG 4,000	分辨率 3.10 Å R-free 0.252
9H1P Mature HIV-1 matrix from MA-SP1 cleavage mutant 提交 2024-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 2–132（131 aa）链 B 433–448（16 aa）链 C 2–132（131 aa）链 D 433–448（16 aa）链 E 2–132（131 aa）链 F 433–448（16 aa）链 G 2–132（131 aa）链 H 433–448（16 aa）链 I 2–132（131 aa）链 J 433–448（16 aa）链 K 2–132（131 aa）链 L 433–448（16 aa）链 M 2–132（131 aa）链 N 433–448（16 aa）链 O 2–132（131 aa）链 P 433–448（16 aa）链 Q 2–132（131 aa）链 R 433–448（16 aa）链 S 2–132（131 aa）链 T 433–448（16 aa）链 U 2–132（131 aa）链 V 433–448（16 aa）链 W 2–132（131 aa）链 X 433–448（16 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；PBS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.10 Å
9MNM SPA of purified HIV-1 CA protein in vitro assembled with IP6 (mature morphology). 500 uM LEN was added post assembly. 提交 2024-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）	未记录	QNG Lenacapavir × 18 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2；25 mM MES, 2mM TCEP, 500 uM LEN cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9MNM SPA of purified HIV-1 CA protein in vitro assembled with IP6 (mature morphology). 500 uM LEN was added post assembly. 提交 2024-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）	未记录	QNG Lenacapavir × 3 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2；25 mM MES, 2mM TCEP, 500 uM LEN cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9MNM SPA of purified HIV-1 CA protein in vitro assembled with IP6 (mature morphology). 500 uM LEN was added post assembly. 提交 2024-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）	未记录	QNG Lenacapavir × 3 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2；25 mM MES, 2mM TCEP, 500 uM LEN cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9P9L Gag CA-SP1 immature lattice bound with Lenacapavir from enveloped virus like particles 提交 2025-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric	链 A 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 B 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 C 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 D 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 E 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 F 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 G 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 H 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 I 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 J 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 K 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 L 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 M 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 N 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 O 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 P 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 Q 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 R 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region	未记录	QNG Lenacapavir × 18 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；This is the final buffer in which the enveloped viral like particle was resuspended. The Gag-CA-SP1 lattice is inside the viral like particle and thus not in the direct environment of this buffer. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.28 Å
9P9M CA-SP1 immature lattice assembled in vitro with inhibitor lenacapavir (dialyzed to 50nM) 提交 2025-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric	链 A 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 B 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 C 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 D 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 E 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 F 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 G 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 H 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 I 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 J 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 K 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 L 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 M 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 N 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 O 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 P 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 Q 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 R 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region	未记录	QNG Lenacapavir × 18 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；the initial Lenacapavir concentration is 180uM and CA-SP1 is 90uM upon particle assembly; the assembled particle is then dialyzed in same buffer, but have final Lenacapavir concentration drop to 50nM. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.93 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	GAG_HV1N5
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–231； UniProt 133–363

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4u0f
沉积日期 deposition_date	2014-07-11
结构标题 title	Hexameric HIV-1 CA in Complex with BI-2
关键词 keywords	Capsid, Inhibitor, viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.47 Å
零角强度 I(0) i0	9259070.00
分子量 molecular_weight	22612.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28266 Å³
包络体积 envelope_volume	36752 Å³
水化壳体积 shell_volume	15085 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.2 Å
壳层 Rg shell_rg	27.22 Å
包络 Rg envelope_rg	22.77 Å
形状 Rg shape_rg	22.46 Å
总 Rg total_rg	23.19 Å
总原子数 total_atoms	1584
残基数 n_residues	201
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.4 Å
Rg (实空间) rg_real	23.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.2590e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3600e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9259000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7245
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	18.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.464
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.562
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1763000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.633; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.516; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein p24
分子量 formula_weight	25461.3 kDa
突变 mutation	yes
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1667

PIVQNLQGQMVHQCISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSCGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTHNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNAATETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVL

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B
通用名 common_name	HIV-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11698
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(4S)-4-(4-hydroxyphenyl)-3-phenyl-4,5-dihydropyrrolo[3,4-c]pyrazol-6(1H)-one
分子量 formula_weight	291.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	76

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4u0fa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.73 — Retrovirus capsid protein, N-terminal core domain
超家族 Superfamily superfamily	a.73.1 — Retrovirus capsid protein, N-terminal core domain
家族 Family family	a.73.1.1 — Retrovirus capsid protein, N-terminal core domain

结构域编号 domain_id	d4u0fa2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.28.3 — Retrovirus capsid dimerization domain-like
家族 Family family	a.28.3.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4u0fA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	375 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein

结构域编号 domain_id	4u0fA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Retrovirus capsid C-terminal domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	90.880 Å
晶胞边长 b length_b	90.880 Å
晶胞边长 c length_c	56.580 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 6
空间群编号 int_tables_number	168
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.220 Å
最低分辨率 resolution_low	14.870 Å
R 因子 r_factor	0.2431
R_work r_work	0.2418
R_free r_free	0.2701

fit	/app/data/saxs_computation/u0/4u0f/4u0f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u0/4u0f/4u0f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u0/4u0f/4u0f.dat