SAXSdb — 4ui2

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEOGENIN

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 8 其他聚合物 2 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 883–1133	片段：5TH AND 6TH FN TYPE 3 LIKE DOMAINS	BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 2, BMP2 × 2 （P12643） REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE C, RGMC, HEMOJUVELIN × 2 （Q6NW40） REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE C, RGMC, HEMOJUVELIN × 2 （Q6NW40） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SRT S,R MESO-TARTARIC ACID × 6 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 1.5 M AMMONIUM SULPHATE, 12% (V/V) GLYCEROL	分辨率 3.15 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4UI2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4BQ6 Crystal structure of the RGMB-NEO1 complex form 1 提交 2013-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 883–1133（251 aa）片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1133	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5 0.2 M SODIUM ACETATE 30% PEG4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.267
4BQ6 Crystal structure of the RGMB-NEO1 complex form 1 提交 2013-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 883–1133（251 aa）片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1133	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5 0.2 M SODIUM ACETATE 30% PEG4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.267
4BQ7 Crystal structure of the RGMB-Neo1 complex form 2 提交 2013-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 883–1133（251 aa）片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1133	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5, 0.2 M LITHIUM SULPHATE, 25 % PEG3350	分辨率 6.60 Å R-free 0.280
4BQ7 Crystal structure of the RGMB-Neo1 complex form 2 提交 2013-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 883–1133（251 aa）片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1133	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5, 0.2 M LITHIUM SULPHATE, 25 % PEG3350	分辨率 6.60 Å R-free 0.280
4BQ8 Crystal structure of the RGMB-NEO1 complex form 3 提交 2013-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 883–1083（201 aa）片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1083	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.6, 0.18 M POTASSIUM ACETATE, 18 % PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.199
4BQ9 Crystal structure of the FN5 and FN6 domains of NEO1, form 1 提交 2013-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 883–1083（201 aa）片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1083	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5, 0.2 M SODIUM ACETATE, 30% PEG4000	分辨率 2.91 Å R-free 0.230
4BQ9 Crystal structure of the FN5 and FN6 domains of NEO1, form 1 提交 2013-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 883–1083（201 aa）片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1083	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5, 0.2 M SODIUM ACETATE, 30% PEG4000	分辨率 2.91 Å R-free 0.230
4BQB Crystal structure of the FN5 and FN6 domains of NEO1, form 2 提交 2013-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 883–1133（251 aa）片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1133	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.13 M POTASSIUM NITRATE, 13% PEG3350, pH 8.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.223
4BQB Crystal structure of the FN5 and FN6 domains of NEO1, form 2 提交 2013-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 883–1133（251 aa）片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1133	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.13 M POTASSIUM NITRATE, 13% PEG3350, pH 8.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.223
4BQB Crystal structure of the FN5 and FN6 domains of NEO1, form 2 提交 2013-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 883–1133（251 aa）片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1133	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.13 M POTASSIUM NITRATE, 13% PEG3350, pH 8.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.223
4BQB Crystal structure of the FN5 and FN6 domains of NEO1, form 2 提交 2013-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 883–1133（251 aa）片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1133	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.13 M POTASSIUM NITRATE, 13% PEG3350, pH 8.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.223
4BQC Crystal structure of the FN5 and FN6 domains of NEO1 bound to SOS 提交 2013-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 883–1133（251 aa）片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1133	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.15 M POTASSIUM NITRATE, 15% PEG3350, pH 8.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.259
4BQC Crystal structure of the FN5 and FN6 domains of NEO1 bound to SOS 提交 2013-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 883–1133（251 aa）片段：FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1133	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.15 M POTASSIUM NITRATE, 15% PEG3350, pH 8.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.259
4PLN Crystal Structure of Chicken Netrin-1 (LN-LE3) complexed with mouse Neogenin (FN4-5) 提交 2014-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 765–964（200 aa）片段：FN4-5 (UNP residues 765-964) 链 D 765–964（200 aa）片段：FN4-5 (UNP residues 765-964)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Hepes pH 7.0, 12% PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.239
6Z3M Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and Neogenin 1 (NEO1). 提交 2020-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 E 883–1123（241 aa）链 F 883–1123（241 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M NaCl, 20 mM MES pH 6.7, 6.6% w/v PEG 4000	分辨率 5.50 Å R-free 0.428
6Z3M Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and Neogenin 1 (NEO1). 提交 2020-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 K 883–1123（241 aa）链 L 883–1123（241 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M NaCl, 20 mM MES pH 6.7, 6.6% w/v PEG 4000	分辨率 5.50 Å R-free 0.428
6Z3M Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and Neogenin 1 (NEO1). 提交 2020-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 Q 883–1123（241 aa）链 R 883–1123（241 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M NaCl, 20 mM MES pH 6.7, 6.6% w/v PEG 4000	分辨率 5.50 Å R-free 0.428

共 8 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NEO1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–254； UniProt 883–1133

BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 2, BMP2

HOMO SAPIENS

UniProt P12643

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 8 其他聚合物 2 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 283–396	片段：C-TERMINAL DOMAIN SIGNALING DOMAIN	NEOGENIN × 2 （P97798） REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE C, RGMC, HEMOJUVELIN × 2 （Q6NW40） REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE C, RGMC, HEMOJUVELIN × 2 （Q6NW40） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SRT S,R MESO-TARTARIC ACID × 6 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 1.5 M AMMONIUM SULPHATE, 12% (V/V) GLYCEROL	分辨率 3.15 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4UI2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ES7 COMPLEX BETWEEN BMP-2 AND TWO BMP RECEPTOR IA ECTODOMAINS 提交 2000-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 283–396（114 aa）链 C 283–396（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；296 K；sodium acetate, imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.90 Å R-free 0.229
1REU Structure of the bone morphogenetic protein 2 mutant L51P 提交 2003-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 294–396（103 aa）片段：mature part	突变：L51P	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；lithium sulfate, tert-butanol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.65 Å R-free 0.235
1REU Structure of the bone morphogenetic protein 2 mutant L51P 提交 2003-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 294–396（103 aa）片段：mature part	突变：L51P	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；lithium sulfate, tert-butanol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.65 Å R-free 0.235
1REW Structural refinement of the complex of bone morphogenetic protein 2 and its type IA receptor 提交 2003-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 283–396（114 aa）片段：mature part 链 B 283–396（114 aa）片段：mature part	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；280 K；sodium acetate, imidazole, glucose, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K	分辨率 1.86 Å R-free 0.229
2GOO Ternary Complex of BMP-2 bound to BMPR-Ia-ECD and ActRII-ECD 提交 2006-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 283–396（114 aa）片段：Residues 283-396 链 D 283–396（114 aa）片段：Residues 283-396	未记录	NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；4M sodium formate, 100mM Hepes, 3% dioxane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
2H62 Crystal structure of a ternary ligand-receptor complex of BMP-2 提交 2006-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 283–396（114 aa）链 B 283–396（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；294 K；50% PPG400, 0.1M Bis-Tris, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.85 Å R-free 0.225
2H64 Crystal structure of a ternary ligand-receptor complex of BMP-2 提交 2006-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 283–396（114 aa）	突变：L100K, N102D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.75；294 K；30% PEG3350, 0.1M Tris-HCl pH 8.75, 0.2M NH4CH3COO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.92 Å R-free 0.264
2QJ9 Crystal structure analysis of BMP-2 in complex with BMPR-IA variant B1 提交 2007-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 283–396（114 aa）片段：mature part (residues 283-396) 链 B 283–396（114 aa）片段：mature part (residues 283-396)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；0.8M K Na phosphate, 25% ethylene glycol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.44 Å R-free 0.253
2QJA Crystal structure analysis of BMP-2 in complex with BMPR-IA variant B12 提交 2007-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 283–396（114 aa）片段：mature part (residues 283-396) 链 B 283–396（114 aa）片段：mature part (residues 283-396)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；0.8M K Na phosphate, 25% ethylene glycol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.254
2QJB Crystal structure analysis of BMP-2 in complex with BMPR-IA variant IA/IB 提交 2007-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 283–396（114 aa）片段：mature part (residues 283-396) 链 B 283–396（114 aa）片段：mature part (residues 283-396)	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；0.8M K Na phosphate, 25% ethylene glycol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.263
3BK3 Crystal structure of the complex of BMP-2 and the first Von Willebrand domain type C of Crossveinless-2 提交 2007-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 283–396（114 aa）链 B 283–396（114 aa）	突变：F41M, Y91M 突变：F41M, Y91M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；2.2M ammonium phosphate, 0.1M Tris pH 7.5, 8% glycerol, 5% sucrose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.245
3BK3 Crystal structure of the complex of BMP-2 and the first Von Willebrand domain type C of Crossveinless-2 提交 2007-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 283–396（114 aa）链 B 283–396（114 aa）	突变：F41M, Y91M 突变：F41M, Y91M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；2.2M ammonium phosphate, 0.1M Tris pH 7.5, 8% glycerol, 5% sucrose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.245
3BK3 Crystal structure of the complex of BMP-2 and the first Von Willebrand domain type C of Crossveinless-2 提交 2007-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 283–396（114 aa）	突变：F41M, Y91M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；2.2M ammonium phosphate, 0.1M Tris pH 7.5, 8% glycerol, 5% sucrose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.245
3BK3 Crystal structure of the complex of BMP-2 and the first Von Willebrand domain type C of Crossveinless-2 提交 2007-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 283–396（114 aa）	突变：F41M, Y91M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；2.2M ammonium phosphate, 0.1M Tris pH 7.5, 8% glycerol, 5% sucrose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.70 Å R-free 0.245
3BMP HUMAN BONE MORPHOGENETIC PROTEIN-2 (BMP-2) 提交 1999-03-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 283–396（114 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.4；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM LITHIUM SULFATE, 12% TERT-BUTANOL, 50 MM CITRATE, PH 5.4	分辨率 2.70 Å R-free 0.278
4N1D Nodal/BMP2 chimera NB250 提交 2013-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 283–305（23 aa）链 A 362–396（35 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；288 K；0.2M NaCl, 0.1 M Na acetate pH 4.6, 30% 2-Methyl-2,4-pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 1.91 Å R-free 0.204
4UHY Crystal structure of the human RGMA-BMP2 complex 提交 2015-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 283–396（114 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN SIGNALING DOMAIN, RESIDUES 283-396 链 B 283–396（114 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN SIGNALING DOMAIN, RESIDUES 283-396	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；0.1 M CITRIC ACID, PH 4.0, 20% (V/V) 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL (MPD), 0.2 M GLYCINE	分辨率 3.20 Å R-free 0.264
4UHZ Crystal structure of the human RGMB-BMP2 complex, crystal form 1 提交 2015-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 283–396（114 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN SIGNALING DOMAIN, RESIDUES 283-396	未记录	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 2 M AMMONIUM SULPHATE, 8% (V/V) 2,5- HEXANEDIOL	分辨率 2.85 Å R-free 0.229
4UI0 Crystal structure of the human RGMB-BMP2 complex, crystal form 2 提交 2015-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 283–396（114 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN SIGNALING DOMAIN, RESIDUES 283-396 链 B 283–396（114 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN SIGNALING DOMAIN, RESIDUES 283-396	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 FLC CITRATE ANION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；0.08 M CITRIC ACID PH 4.0, 15% (V/V) MPD	分辨率 2.80 Å R-free 0.267
4UI1 Crystal structure of the human RGMC-BMP2 complex 提交 2015-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 283–396（114 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN SIGNALING DOMAIN, RESIDUES 283-396	未记录	NO3 NITRATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；20% (W/V) PEG3350, 0.2 M AMMONIUM NITRATE, PH 7.5	分辨率 2.35 Å R-free 0.238
4UI1 Crystal structure of the human RGMC-BMP2 complex 提交 2015-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 283–396（114 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN SIGNALING DOMAIN, RESIDUES 283-396	未记录	NO3 NITRATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；20% (W/V) PEG3350, 0.2 M AMMONIUM NITRATE, PH 7.5	分辨率 2.35 Å R-free 0.238
6OMN Glycosylated BMP2 homodimer 提交 2019-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 289–396（108 aa）链 F 289–396（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；100mM TrisHCl pH 8.5, 100mM NaCl, 12% MPD	分辨率 2.68 Å R-free 0.243
6OMN Glycosylated BMP2 homodimer 提交 2019-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 289–396（108 aa）链 H 289–396（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；100mM TrisHCl pH 8.5, 100mM NaCl, 12% MPD	分辨率 2.68 Å R-free 0.243
7AG0 Complex between the bone morphogenetic protein 2 and its antagonist Noggin 提交 2020-09-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 283–396（114 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；1.4 M NaKPO4	分辨率 3.10 Å R-free 0.280
8E3G BMP2/GDF5 heterodimer 提交 2022-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 283–396（114 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Tris, magnesium formate	分辨率 2.80 Å R-free 0.234
8E3G BMP2/GDF5 heterodimer 提交 2022-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 283–396（114 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Tris, magnesium formate	分辨率 2.80 Å R-free 0.234

共 19 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BMP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–114； UniProt 283–396

REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE C, RGMC, HEMOJUVELIN

HOMO SAPIENS

UniProt Q6NW40

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 8 其他聚合物 2 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 50–168 链 D； UniProt 169–410	片段：RESIDUES 50-168 片段：RESIDUES 169-240	NEOGENIN × 2 （P97798） BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 2, BMP2 × 2 （P12643） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SRT S,R MESO-TARTARIC ACID × 6 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 1.5 M AMMONIUM SULPHATE, 12% (V/V) GLYCEROL	分辨率 3.15 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4UI2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4BQ6 Crystal structure of the RGMB-NEO1 complex form 1 提交 2013-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 50–168（119 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 50-168 链 F 169–410（242 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 169-410	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5 0.2 M SODIUM ACETATE 30% PEG4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.267
4BQ6 Crystal structure of the RGMB-NEO1 complex form 1 提交 2013-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 50–168（119 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 50-168 链 D 169–410（242 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 169-410	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5 0.2 M SODIUM ACETATE 30% PEG4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.267
4BQ7 Crystal structure of the RGMB-Neo1 complex form 2 提交 2013-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 50–168（119 aa）片段：RESIDUES 50-168 链 F 169–410（242 aa）片段：RESIDUES 169-410	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5, 0.2 M LITHIUM SULPHATE, 25 % PEG3350	分辨率 6.60 Å R-free 0.280
4BQ7 Crystal structure of the RGMB-Neo1 complex form 2 提交 2013-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 50–168（119 aa）片段：RESIDUES 50-168 链 D 169–410（242 aa）片段：RESIDUES 169-410	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-HCL, PH 8.5, 0.2 M LITHIUM SULPHATE, 25 % PEG3350	分辨率 6.60 Å R-free 0.280
4BQ8 Crystal structure of the RGMB-NEO1 complex form 3 提交 2013-05-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 50–168（119 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 50-168 链 C 169–410（242 aa）片段：ECTODOMAIN, RESIDUES 169-410	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.6, 0.18 M POTASSIUM ACETATE, 18 % PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.199
4UHZ Crystal structure of the human RGMB-BMP2 complex, crystal form 1 提交 2015-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 52–137（86 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 52-137	未记录	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 2 M AMMONIUM SULPHATE, 8% (V/V) 2,5- HEXANEDIOL	分辨率 2.85 Å R-free 0.229
4UI0 Crystal structure of the human RGMB-BMP2 complex, crystal form 2 提交 2015-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 53–136（84 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 53-136	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 FLC CITRATE ANION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；0.08 M CITRIC ACID PH 4.0, 15% (V/V) MPD	分辨率 2.80 Å R-free 0.267
6Z3H Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) (crystal form 2) 提交 2020-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 53–136（84 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 35% w/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH; average MW 797 Da)	分辨率 3.16 Å R-free 0.268
6Z3J Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) (crystal form 1) 提交 2020-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 53–136（84 aa）链 D 53–136（84 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；294 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% v/v PEG 3350.	分辨率 1.65 Å R-free 0.219
6Z3M Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and Neogenin 1 (NEO1). 提交 2020-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 C 53–412（360 aa）链 D 53–412（360 aa）链 S 53–412（360 aa）链 T 53–412（360 aa）链 c 53–412（360 aa）链 d 53–412（360 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M NaCl, 20 mM MES pH 6.7, 6.6% w/v PEG 4000	分辨率 5.50 Å R-free 0.428
6Z3M Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and Neogenin 1 (NEO1). 提交 2020-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 I 53–412（360 aa）链 J 53–412（360 aa）链 U 53–412（360 aa）链 V 53–412（360 aa）链 i 53–412（360 aa）链 j 53–412（360 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M NaCl, 20 mM MES pH 6.7, 6.6% w/v PEG 4000	分辨率 5.50 Å R-free 0.428
6Z3M Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and Neogenin 1 (NEO1). 提交 2020-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 O 53–412（360 aa）链 P 53–412（360 aa）链 W 53–412（360 aa）链 X 53–412（360 aa）链 o 53–412（360 aa）链 p 53–412（360 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M NaCl, 20 mM MES pH 6.7, 6.6% w/v PEG 4000	分辨率 5.50 Å R-free 0.428
7NDG Cryo-EM structure of the ternary complex between Netrin-1, Neogenin and Repulsive Guidance Molecule B 提交 2021-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric	链 C 169–412（244 aa）链 F 169–412（244 aa）链 I 169–412（244 aa）链 M 53–168（116 aa）链 N 53–168（116 aa）链 O 53–168（116 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM CaCl2, 1 mM sucrose octasulfate, 0.01% NaN3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Lacey carbon grids with 3 nm ultrathin carbon support film were glow discharged for 30 seconds at high RF level using Harrick Plasma Cleaner, model PDC-002-CE, and then 3.5 microl of the sample was pipetted per grid. Excess protein was blotted away for 3 seconds using filter paper (round filter paper for Vitrobot from Agar Scientific, catalogue number 47000-100) and Vitrobot Mark IV (Thermo Fisher Scientific) (relative force -15) at 95-100% humidity. Grids were plunge frozen in liquid ethane.	分辨率 5.98 Å
7NE0 Structure of the ternary complex between Netrin-1, Repulsive-Guidance Molecule-B (RGMB) and Neogenin 提交 2021-02-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 135–168（34 aa）链 D 169–323（155 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298.15 K；0.1 M imidazole/MES pH 6.5, 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 30 mM sodium nitrate, 30 mM sodium phosphate, 30 mM ammonium sulphate	分辨率 3.25 Å R-free 0.263

共 10 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RGMB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3, 4
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 4–122； UniProt 50–168 作者链 D； PDB构建体 1–242； UniProt 169–410

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ui2
沉积日期 deposition_date	2015-03-27
结构标题 title	Crystal structure of the ternary RGMB-BMP2-NEO1 complex
关键词 keywords	;REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE, BONE MORPHOGENETIC PROTEIN PATHWAY, HEMOJUVELIN, MORPHOGEN, AXON GUIDANCE, CELL SURFACE RECEPTOR SIGNALING, NEOGENIN, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.97 Å
零角强度 I(0) i0	63816400.00
分子量 molecular_weight	61466.0 kDa
排除体积 excluded_volume	76340 Å³
包络体积 envelope_volume	105350 Å³
水化壳体积 shell_volume	29148 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.3 Å
壳层 Rg shell_rg	36.30 Å
包络 Rg envelope_rg	32.33 Å
形状 Rg shape_rg	31.93 Å
总 Rg total_rg	32.50 Å
总原子数 total_atoms	4311
残基数 n_residues	541
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	113.4 Å
Rg (实空间) rg_real	32.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3820e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	63810000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8403
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.549
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.139
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3951000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.765; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.834; Smooth: 0.790

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NEOGENIN
分子量 formula_weight	29221.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4311

ETGTPMMPPVGVQASILSHDTIRITWADNSLPKHQKITDSRYYTVRWKTNIPANTKYKNANATTLSYLVTGLKPNTLYEFSVMVTKGRRSSTWSMTAHGATFELVPTSPPKDVTVVSKEGKPRTIIVNWQPPSEANGKITGYIIYYSTDVNAEIHDWVIEPVVGNRLTHQIQELTLDTPYYFKIQARNSKGMGPMSEAVQFRTPKADSSDKMPNDQALGSAGKGSRLPDLGSDYKPPMSGSNSPHGSPTSPLDSNGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 2, BMP2
分子量 formula_weight	12923.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QAKHKQRKRLKSSCKRHPLYVDFSDVGWNDWIVAPPGYHAFYCHGECPFPLADHLNSTNHAIVQTLVNSVNSKIPKACCVPTELSAISMLYLDENEKVVLKNYQDMVVEGCGCR

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE C, RGMC, HEMOJUVELIN
分子量 formula_weight	13318.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

ETGQPAQCRIQKCTTDFVSLTSHLNSAVDGFDSEFCKALRAYAGCTQRTSKACRGNLVYHSAVLGISDLMSQRNCSKDGPTSSTNPEVTHDPCNYHSHAGAREHRRGDQNPPSYLFCGLFGD

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE C, RGMC, HEMOJUVELIN
分子量 formula_weight	27945.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

PHLRTFKDNFQTCKVEGAWPLIDNNYLSVQVTNVPVVPGSSATATNKITIIFKAHHGCTDQKVYQAVTDDLPAAFVDGTTSGGDSDAKSLRIVERESGHYVEMHARYIGTTVFVRQVGRYLTLAIRMPEDLAMSYEESQDLQLCVNGCPLSERIDDGQGQVSAILGHSLPRTSLVQAWPGYTLETANTQCHEKMPVKDIYFQSCVFDLLTTGDANFTAAAHSALEDVEALHPRKERWHIFPSGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	S,R MESO-TARTARIC ACID
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d4ui2b_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.2 — Transforming growth factor (TGF)-beta

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4ui2A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4ui2A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4ui2B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

结构域编号 domain_id	4ui2D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1000 — Protein Transport Mog1p; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	120.080 Å
晶胞边长 b length_b	120.080 Å
晶胞边长 c length_c	204.090 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.150 Å
最低分辨率 resolution_low	50.010 Å
R 因子 r_factor	0.1978
R_work r_work	0.1959
R_free r_free	0.2361

fit	/app/data/saxs_computation/ui/4ui2/4ui2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ui/4ui2/4ui2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ui/4ui2/4ui2.dat

Crystal structure of the ternary RGMB-BMP2-NEO1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEOGENIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 2, BMP2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE C, RGMC, HEMOJUVELIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)