4umm

The Cryo-EM structure of the palindromic DNA-bound USP-EcR nuclear receptor reveals an asymmetric organization with allosteric domain positioning

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ECDYSONE RECEPTOR

HELIOTHIS VIRESCENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	ECR-USP × 1 ;5'-D(CPAPAPGPGPGPTPTPCPAPAPTPGPCP APCPTPTPGPTP)-3' ; × 1 ;5'-D(DGPAPCPAPAPGPTPGPCPAPTPTPGPDAP APCPCPCPTPT)-3' ; × 1 GENE REGULATION PROTEIN × 1 （Q7SIF6） L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 2,3,14,20,22-PENTAHYDROXYCHOLEST-7-EN-6-ONE × 1 water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ECR_HELVI
Isoform	—
PDB实体	4, 6
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–87； UniProt 157–243 作者链 G； PDB构建体 18–266； UniProt 305–550

GENE REGULATION PROTEIN

HELIOTHIS VIRESCENS

UniProt Q7SIF6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	ECR-USP × 1 ;5'-D(CPAPAPGPGPGPTPTPCPAPAPTPGPCP APCPTPTPGPTP)-3' ; × 1 ;5'-D(DGPAPCPAPAPGPTPGPCPAPTPTPGPDAP APCPCPCPTPT)-3' ; × 1 ECDYSONE RECEPTOR × 1 （O18473） ECDYSONE RECEPTOR × 1 （O18473） L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 2,3,14,20,22-PENTAHYDROXYCHOLEST-7-EN-6-ONE × 1 water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7SIF6_HELVI
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4umm
沉积日期 deposition_date	2014-05-19
结构标题 title	The Cryo-EM structure of the palindromic DNA-bound USP-EcR nuclear receptor reveals an asymmetric organization with allosteric domain positioning
关键词 keywords	NUCLEAR RECEPTOR, TRANSCRIPTION, ECDYSONE, USP-ECR, DNA RESPONSE ELEMENT, ALLOSTERY, CRYO ELECTRON MICROSCOPY; NUCLEAR RECEPTOR
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4umm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4umm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4umm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.66 Å
Rg（电子密度）	34.91 Å
总 Rg	35.38 Å
原子数	6022
残基数	682
排除体积	105520 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4umm__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ECR-USP
分子量 formula_weight	9256.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6030

KHLCSICGDRASGKHYGVYSCEGCKGFFKRTVRKDLTYACREERNCIIDKRQRNRCQYCRYQKCLACGMKREAVQEER

来源 Source

来源生物 organism	HELIOTHIS VIRESCENS
通用名 common_name	TOBACCO BUDWORM
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7102
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;5'-D(CPAPAPGPGPGPTPTPCPAPAPTPGPCP APCPTPTPGPTP)-3' ;
分子量 formula_weight	6149.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CAAGGGTTCAATGCACTTGT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;5'-D(DGPAPCPAPAPGPTPGPCPAPTPTPGPDAP APCPCPCPTPT)-3' ;
分子量 formula_weight	6118.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GACAAGTGCATTGAACCCTT

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	ECDYSONE RECEPTOR
分子量 formula_weight	10100.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

RQQEELCLVCGDRASGYHYNALTCEGCKGFFRRSVTKNAVYICKFGHACEMDMYMRRKCQECRLKKCLAVGMRPECVVPENQCAMKR

来源 Source

来源生物 organism	HELIOTHIS VIRESCENS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7102
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	GENE REGULATION PROTEIN
分子量 formula_weight	29962.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

AAVQELSIERLLEMESLVADPSEEFQFLRVGPDSNVPPKFRAPVSSLCQIGNKQIAALVVWARDIPHFSQLEMEDQILLIKGSWNELLLFAIAWRSMEFLTEERDGVDGTGNRTTSPPQLMCLMPGMTLHRNSALQAGVGQIFDRVLSELSLKMRTLRVDQAEYVALKAIILLNPDVKGLKNRQEVEVLREKMFLCLDEYCRRSRSSEEGRFAALLLRLPALRSISLKSFEHLFFFHLVADTSIAGYIRDALRNHAPPIDTNMM

来源 Source

来源生物 organism	HELIOTHIS VIRESCENS
通用名 common_name	TOBACCO BUDWORM
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7102
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	ECDYSONE RECEPTOR
分子量 formula_weight	30369.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

GSHMASMTGGQQMGRDPLKNVPPLTANQKSLIARLVWYQEGYEQPSEEDLKRVTQTWQSDEDDEDSDMPFRQITEMTILTVQLIVEFAKGLPGFAKISQSDQITLLKACSSEVMMLRVARRYDAATDSVLFANNQAYTRDNYRKAGMAYVIEDLLHFCRCMYSMMMDNVHYALLTAIVIFSDRPGLEQPLLVEEIQRYYLNTLRVYILNQNSASPRCAVIFGKILGILTEIRTLGMQNSNMCISLKLKNRKLPPFLEEIWDVADVA

来源 Source

来源生物 organism	HELIOTHIS VIRESCENS
通用名 common_name	TOBACCO BUDWORM
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7102
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	709.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2,3,14,20,22-PENTAHYDROXYCHOLEST-7-EN-6-ONE
分子量 formula_weight	464.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	11.600 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	11.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	CROSS-COMMON LINES
颗粒数 num_particles	50000

The Cryo-EM structure of the palindromic DNA-bound USP-EcR nuclear receptor reveals an asymmetric organization with allosteric domain positioning

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ECDYSONE RECEPTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

GENE REGULATION PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4umm__assembly_1__model_1

4umm__assembly_1__model_1 | I(q)

4umm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

7. 引用文献 (1)

The Cryo-EM structure of the palindromic DNA-bound USP-EcR nuclear receptor reveals an asymmetric organization with allosteric domain positioning

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ECDYSONE RECEPTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GENE REGULATION PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4umm__assembly_1__model_1

4umm__assembly_1__model_1 | I(q)

4umm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

7. 引用文献 (1)