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4uox

Crystal structure of YgjG in complex with Pyridoxal-5'-phosphate and putrescine

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 119.2 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PUTRESCINE AMINOTRANSFERASE

ESCHERICHIA COLI

UniProt P42588

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–459 链 B； UniProt 1–459 链 C； UniProt 1–459 链 D； UniProt 1–459 未记录 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 3 FMT FORMIC ACID × 6 GOL GLYCEROL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；0.1 M HEPES PH 7.5, 15% PEG 3350, 0.2 M SODIUM FORMATE, 0.1 MM N-DODECYL-N,N-DIMETHYLGLYCINE 分辨率 2.08 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4UOX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4UOY Crystal structure of YgjG in complex with Pyridoxal-5'-phosphate 提交 2014-06-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–459（459 aa）
链 B 1–459（459 aa）
链 C 1–459（459 aa）
链 D 1–459（459 aa）
未记录 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 FMT FORMIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M HEPES PH 7.5 15% PEG 3350 0.2 M SODIUM FORMATE 0.1 MM N-DODECYL-N,N-DIMETHYLGLYCINE
分辨率 2.31 Å R-free 0.233
5H7D Crystal structure of the YgjG-protein A-Zpa963-calmodulin complex 提交 2016-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 7–453（447 aa） 片段：UNP RESIDUES 7-453,UNP RESIDUES 220-267
链 B 7–453（447 aa） 片段：UNP RESIDUES 7-453,UNP RESIDUES 220-267
链 C 7–453（447 aa） 片段：UNP RESIDUES 7-453,UNP RESIDUES 220-267
链 D 7–453（447 aa） 片段：UNP RESIDUES 7-453,UNP RESIDUES 220-267
突变：N222V, G240A 突变：N222V, G240A 突变：N222V, G240A 突变：N222V, G240A CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；296 K；0.1M HEPES pH 7.5, 20.7% PEG 300, 99mM calcium chloride
分辨率 2.57 Å R-free 0.241
5H7D Crystal structure of the YgjG-protein A-Zpa963-calmodulin complex 提交 2016-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 I 7–453（447 aa） 片段：UNP RESIDUES 7-453,UNP RESIDUES 220-267
链 J 7–453（447 aa） 片段：UNP RESIDUES 7-453,UNP RESIDUES 220-267
链 M 7–453（447 aa） 片段：UNP RESIDUES 7-453,UNP RESIDUES 220-267
链 N 7–453（447 aa） 片段：UNP RESIDUES 7-453,UNP RESIDUES 220-267
突变：N222V, G240A 突变：N222V, G240A 突变：N222V, G240A 突变：N222V, G240A CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；296 K；0.1M HEPES pH 7.5, 20.7% PEG 300, 99mM calcium chloride
分辨率 2.57 Å R-free 0.241
5X3F Crystal structure of the YgjG-Protein A-Zpa963-PKA catalytic domain 提交 2017-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 7–453（447 aa） 片段：UNP RESIDUES 7-453,220-269
突变：N222V, G240A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；296 K；91mM MES pH 5.5, 2.33M Na formate
分辨率 3.38 Å R-free 0.227
8CPL YZw2 a scaffold for cryo-EM of small proteins of interest 提交 2023-03-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 7–457（451 aa）
链 B 7–457（451 aa）
链 C 7–457（451 aa）
链 D 7–457（451 aa）
未记录 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；16.6% w/v PEG3350, 0.2M NaF and 0.1M Bis-Tris Propane pH 5.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.210
8R2P YZwIdeal x16 a scaffold for cryo-EM of small proteins of interest crystallizing in space group 19 (P 21 21 21) 提交 2023-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 7–457（451 aa）
链 B 7–457（451 aa）
链 C 7–457（451 aa）
链 D 7–457（451 aa）
突变：G487A 突变：G487A 突变：G487A 突变：G487A PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；50% w/v PEG200, 0.2M MgCl2 and 0.1M Sodium Cacodylate buffer pH 6.5
分辨率 2.22 Å R-free 0.230

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PAT_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–459； UniProt 1–459 作者链 B； PDB构建体 1–459； UniProt 1–459 作者链 C； PDB构建体 1–459； UniProt 1–459 作者链 D； PDB构建体 1–459； UniProt 1–459

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4uox

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4uox
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4uox
沉积日期 deposition_date2014-06-11
结构标题 titleCrystal structure of YgjG in complex with Pyridoxal-5'-phosphate and putrescine
关键词 keywordsTRANSFERASE, POLYAMINE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.15 Å
零角强度 I(0) i0566927000.00
分子量 molecular_weight197850.0 kDa
排除体积 excluded_volume248750 ų
包络体积 envelope_volume291630 ų
水化壳体积 shell_volume61889 ų
包络直径 envelope_diameter122.3 Å
壳层 Rg shell_rg45.61 Å
包络 Rg envelope_rg38.12 Å
形状 Rg shape_rg38.13 Å
总 Rg total_rg38.60 Å
总原子数 total_atoms13882
残基数 n_residues1813
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax119.2 Å
Rg (实空间) rg_real38.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.84 Å
I(0) (实空间) i0_real5.6690e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.8890e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal567000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6771
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary40.7 Å
偏度 Skewness skewness0.236
峰度 Kurtosis kurtosis-0.710
角度范围 angular_range— – 0.2050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha197100000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.946; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.035; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.855
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4uoxA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)
结构域编号 domain_id4uoxB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)
结构域编号 domain_id4uoxC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)
结构域编号 domain_id4uoxD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)